南联盟外交部提供的资料表明，自１９９９年６月１２日至２０００年１月１３日共发生恐怖活动３６８８起，其中３６３６起是针对塞族人和黑山人的，造成失踪６８８人（其中５９８人为塞族人和黑山人），死亡７９３人（其中６８４人为塞族人和黑山人），伤残６１１人。同时还造成极大的物质损失，共有５万余间房屋被焚毁。
由于生命和财产均得不到保障，大批塞尔维亚人和黑山人只得外逃，估计１９９９年６月和７月即达１５万人，到当年秋天仅剩下１０万左右的塞族人，与此同时约有７０多万阿族人自境外返回，使科索沃几成为清一色的阿族人的天下。
为对付阿族极端分子的嚣张气焰，维和部队和联合国特派团也采取了一些应急的措施，如大力扩充警察部队，在不到１００万人的科索沃竟然配置了８０００余名警察，比纽约的警察还要多，而纽约的人口超过１０００万。
但阿族极端分子此后的恐怖活动却丝毫没有收敛。２０００年２月２日，阿族恐怖分子打死塞族难民２人，打伤３人。次日，他们又用机枪和手榴弹袭击米特罗维察市一家咖啡馆，致使１２名塞族人受伤。５日，大批阿族极端分子和法国维和部队发生冲突，打伤１１名法国士兵。此后双方冲突不断，迫使法国向科索沃增兵６００余名。
为平息日益紧张的局势，意大利随后向科索沃增派３６０名维和士兵，同时北约常设理事会也决定向科索沃再派遣１０００人的兵力。
４月，局势继续动荡，共有２５０户塞族居民的住房被捣毁，并有１名俄罗斯维和部队的士兵被杀害。
联合国特派团试图用另一种方法来安抚阿族人。２０００年１０月２８日，科索沃在联合国的监督下举行了地方选举，温和派鲁戈瓦率领的科索沃民主联盟获胜，但这并不表明科索沃的局势此后将恢复平静。而南联盟政府则对此次选举的结果不予承认。
只有到了此时，某些西方政治家才无可奈何地承认北约对科索沃所推行的政策已遭到严重挫折。早在１９９９年年底，联合国驻科索沃使团首任团长库什内便坦言在科索沃事实上是“一种压迫掩盖另一种压迫”，也就是表面上看起来塞尔维亚人对阿尔巴尼亚人的压迫却掩盖着阿尔巴尼亚人对塞尔维亚人的压迫。而意大利外长迪尼则态度更鲜明地指出：“科索沃至今尚未确立和平，塞尔维亚人事实上正在遭到种族清洗。”
法国《新观察家报》杂志也指出，在南联盟军队离开科索沃一年多的时间后，那里依然是一片恐怖，出于种族因素，每周都要死上３-４人，不过现在角色变换了，是阿尔巴尼亚人在杀塞族人。
某些美国学者则强调，在军事行动结束后，科索沃所面临的主要任务是停止对塞族人使用暴力，如果这个问题得不到解决，那么当然也谈不上什么在那里实施民主化，科索沃也就永远不会有光明的前途。
可见，北约在１９９９年发动的侵略战争并未达到预期的目标，科索沃问题依旧，它仍然在困扰着西方大国。
二、马其顿烽火燃起
就在科索沃动荡不安的时候，躲过多次战火，素有“巴尔干绿洲”之称的马其顿却又卷入内战的深渊，使本来就不光明的巴尔干前景又添上了几分阴暗的色彩。
１９９１年脱离南联邦宣布独立的马其顿面积仅有２.５万平方公里，人口约２００余万，其中马其顿人占６７％，而阿族人则占２３％，其余则为塞尔维亚人和吉普赛人。但随着周边地区战乱不停，阿族人的大量涌入，使其在全国人口中所占的比重亦不断增加。
与波黑的塞尔维亚人、克罗地亚人和穆斯林混杂居住的情况完全不一样，在马其顿境内阿尔巴尼亚人和马其顿人都分地而居，几乎完全处于相互隔离的状态。由于经济不景气，阿族人的失业率高达６０％左右，再加上在政府和军队中的地位均十分低下，因此对马其顿人的敌意也随之加深。
２０００年１０月，南联盟举行总统大选，米洛舍维奇失败下野，接任的科什图尼察迅速调整对外政策，改善了和西方大国的关系。此举引起科索沃阿族人的不安，他们担心从此北约将接近南联盟，而将科索沃的独立问题长期束之高阁，于是就把注意力转向马其顿，开始大批涌入该国，希望在那里获得更广阔的活动空间。在很短时间内，原科索沃解放军成员便摇身一变，组成了阿尔巴尼亚民族解放军，开始在马其顿境内展开活动。
２００１年３月４日，马其顿政府感到边境地区情况不稳，遂向马其顿和科索沃交界处增派警察部队，以图控制住那里的局势，但在进入塔努谢奇村时即遭阿族非法武装分子的袭击，当场有３人被打死。
此次冲突标志着马其顿内战的开始。聚集在泰托沃周围的阿族人立即动员和武装起来，由于他们装备精良，且有丰富的作战经验，因此很快使战火蔓延开来。与此同时，自３月２５日起，马其顿军警也开始向盘踞在泰托沃附近山区的阿族武装分子发起反击，双方冲突日趋激烈。为应付国内出现的紧张局势，马其顿各派政治力量经过磋商，组成联合政府，紧急商讨对策。当时马其顿共有４个政党，即马其顿民族团结民主党、马其顿社会民主联盟、民主繁荣党和阿尔巴尼亚民主党，虽然都主张早日解决两个民族之间的纷争，但所持的态度却大有差异。总统特拉依科夫斯基和总理格奥尔吉耶夫斯基虽同属民族团结民主党，但前者主张尽量用和平手段解决与阿族人之间的矛盾，而后者则断言与阿族极端分子无法达成妥协，声称要宣布整个国家都处于“战争状态”，将“阿族人驱逐出政府”，并公开扬言：“我赞同发动无情的战争。”
原来持温和立场的阿尔巴尼亚民主党的领袖哈菲里此时态度却变得强硬起来，多次指出如果阿尔巴尼亚平民再遭杀害，那么该党成员将集体退出政府，以示抗议。就在各派争吵不休时，马其顿局势也继续动荡。６月阿族非法武装攻占阿拉希诺瓦镇，该镇靠近全国唯一的国际机场彼得罗维斯及一座重要的炼油厂，离首都斯科普里仅６公里之遥，使全国上下为之震惊不已。马其顿人民纷纷要求政府采取强硬措施，而此时北约部队却在防止冲突扩大化的借口下于６月２５日护送３００余名全副武装的阿族极端分子撤离阿拉希诺瓦镇。这一偏袒阿族非法武装的行动激起了全国人民的公愤，当晚数千名马其顿人在斯科普里举行游行示威，包围并冲入议会大厦，要求政府不要姑息阿族极端分子。大批马其顿预备役警察还手持自动步枪加入游行队伍，不时鸣枪以示抗议。直至次日，在特拉依科夫斯基总统的再三呼吁和劝说下，马其顿首都的局势才渐趋平静。此后，马其顿社会各界也对北约展开猛烈的批评。格奥尔吉耶夫斯基总理愤愤不平地指出：“北约对恐怖分子和阿尔巴尼亚极端分子真是太温和了”，并断言“９０％的马其顿人都相信北约正在和阿尔巴尼亚人相互协作，以摧毁我们这个国家，并促成大阿尔巴尼亚思想的发展”。同时也有一些西方的政界和学术界人士讥讽北约，用嘲弄的口吻说，如果促成马其顿加入北约确是解决问题的好办法的话，那么这却需要至少１０年的时间，而现在却急需在１０天内就把一切都安排好。为制止事态进一步扩大，欧盟出面进行斡旋，促成马其顿各政党自７月９日起就和平方案展开谈判。该方案的主要内容有：使阿族人有更多的机会参与政治生活；在公共和官方场合更广泛地使用阿尔巴尼亚语；削弱中央政府职权，扩大市、镇地方行政领导人的权限；修改宪法，使阿族人真正成为国家平等的成员。在谈判的过程中，马其顿人的各政党均作出不少让步，但由于阿尔巴尼亚民主党要求在议会中阿族代表对于任何涉及阿族人权益及法律的问题均拥有否决权，致使谈判陷入僵局。
直到７月底，参加谈判的各方代表才在南方旅游城市奥赫里德就阿尔巴尼亚语的地位问题达成某种共识，同意阿语在阿族人口超过２０％的地区可作为官方语言使用。接着在８月初，各方又达成在两年内增加阿族警察１０００人的协议，使阿族人在警察中所占的比例有所上升，但对警察部队的控制权则仍掌握在马其顿人手中。
８月１３日，谈判各方最终在奥赫里德达成如下协议：政府允诺将进行改革，而阿尔巴尼亚民族解放军则承诺停火。
为保证停火协议得以实施，自８月２１日起，北约部队开始进入马其顿境内，开展代号为“收获”的收缴阿族极端分子武器的行动。据马其顿政府估计，阿族非法武装共拥有武器８５０００件（其中有步枪９０００余支和榴弹炮１０门），但北约方面却断言仅有３５００件，并按照此数字进行收缴武器的工作，使马其顿方面深为不满。就在马其顿各方进行谈判和北约部队收缴阿族非法武装武器的时候，局势仍然平静不下来。８月２０日，泰托沃市附近的东正教教堂被炸毁，９月又有８名马其顿警察在巡逻时被地雷炸死，表明阿族极端分子仍在进行破坏活动。９月２４日，马其顿议会就特拉依科夫斯基总统提出的宪法修正条款进行表决，结果６８名议员投票赞成，２４名议员反对，２名议员弃权，获得通过。
根据修正条款，马其顿宪法前言中的“马其顿是马其顿人的国家”的字句将被删去，阿尔巴尼亚语将在议会全会和阿族人口占２０％以上的地区成为第二官方语言，阿族将在地方政权及警察部队中占有一定比例。此外宪法中有关文化和宗教等条款的内容也加以修改，使阿族能获得更多的权利。
９月２６日，北约宣布收缴阿族武器的“收获”行动已经结束。次日，阿族非法组织的首领阿里·艾哈迈德也宣称阿尔巴尼亚民族解放军已正式解散。
至此，近一年的马其顿动荡局势遂告一段落，但这并不意味着马族人和阿族人之间所有的矛盾均已解决。１１月中旬，又有３名马其顿警察被阿族极端分子打死。为此马其顿内政部长布什科夫斯基专门发表声明，指责某些外国势力仍在支持阿族极端分子进行破坏活动。
三、南联盟危机四伏
科索沃战争后，由西方耗资２５００万美元支持的南政府反对派经常聚众闹事和从事各种破坏活动，致使南联盟局势一直动荡不定。２０００年９月，南联盟提前举行总统选举，西方大国更是赤裸裸地进行干预，美国、德国、法国分别为反对派提供１０００万美元、７０００万法郎、８００万法郎的资金，并为他们培训宣传人员和提供各种通讯设备。
在此次选举中，米洛舍维奇失败下台，反对党联盟候选人科什图尼察出任新总统，并于１１月６日组成南联盟新政府。此时南联盟的经济已到了崩溃的边缘。由于自１９９２年５月３１日起，联合国即对南联盟实施全面制裁，此后国内生产总值迅速减少３０％，工业生产减少６０％，就业减少２６％，到１９９７年失业人口已达７９５０００人，占全国劳动人口总数的２５.６％。科索沃战争给南联盟带来的物质损失高达２９６亿美元，对本已衰败的南经济来说，无疑是雪上加霜。
为此，科什图尼察在度过最困难时期后立即积极开展外交活动，力图打开在国际舞台上被孤立的局面，争取得到外国资金的援助。
首先，科什图尼察致力于和邻国改善关系，于２０００年１０月２２日访问了波黑，１１月２４日又在克罗地亚首都萨格勒布参加欧盟１５国和东南欧５国首脑会议，会议期间还和克罗地亚、波黑、马其顿和阿尔巴尼亚等国的首脑进行会晤。
其次，科什图尼察又采取积极融入欧洲的步骤。１０月９日，欧盟决定部分解除对南制裁；１４日，科什图尼察出席了在法国召开的欧盟首脑非正式会议，和各国首脑进行广泛接触，表示同欧盟的关系要“向前看”。１１月，欧安组织正式接纳南联盟为会员国，南联盟同时还成为《东南欧稳定公约》和《中欧倡议国组织》的成员国。通过这些活动，南联盟不仅在政治上打破了和西方世界对峙的僵局，而且还在经济上得到了不少帮助。根据科什图尼察和欧盟主席普罗迪签署的２０００年至２００６年合作框架协议，欧盟将在２０００年和２００１年分别向南联盟提供２亿欧元和２.４亿欧元的无偿援助，并在此后５年内提供总数为２５亿欧元的无偿援助。
２０００年１１月１日，第５５届联大全体会议通过决议，决定接纳南联盟为联合国新的会员国，从而使这一长期悬而未决的问题终于得到解决。
在短短几个月时间内，科什图尼察开展的外交活动取得了丰硕的成果，为南联盟在国际舞台上争得了一个较前广阔得多的活动空间。但在内政上，科什图尼察却遇到了不少一时难以解决的棘手问题。
长期困扰南联盟的科索沃难题此时又再次凸显出来。正如某些美国学者所指出的那样，北约长期以来在巴尔干所犯的战略性错误是只想缓和科索沃危机，而不想从根本上解决那里存在的民族矛盾，致使后患无穷。不仅如此，应该指出的是美国对科索沃这块战略要地早就怀有野心，一待北约部队进驻，便在那里设置了一个庞大的名为邦德斯蒂尔的军事基地，租借期为５０年，常年驻扎有６０００余名军人和文职人员，使科索沃问题变得更加复杂起来。２００１年１１月１７日，科索沃举行议会选举，科索沃民主联盟获胜，虽经南联盟政府警告，其领导人鲁戈瓦仍宣布将为争取独立而斗争。
