陕西秦岭是大熊猫分布最北的山系，秦岭的大熊猫作为一个独立的种群，本身数量较少，而且由于人类活动范围的扩大和道路的建设，又被分隔成几个小种群。因此即使这里被誉为“大熊猫的天然庇护所”，但如果栖息地退化和破碎化的程度继续加深，秦岭大熊猫的命运也是岌岌可危。由于认识到了陕西秦岭在大熊猫和生物多样性保护上的重要地位和保护的紧迫性，经过一年的考察论证，世界自然基金会于2001年底确定在秦岭开始实施秦岭生态保护与社会经济可持续发展项目。该项目的目标是调动和发挥各界力量，尤其是非传统的保护力量，使自然保护和可持续利用的思路和方法在政策、决策、管理、投资和消费各个过程中得以应用，使秦岭成为以大熊猫为代表的野生动物的完整家园，创造人与自然和谐相处的美好未来。基于这样的目标，该项目分为秦岭大熊猫栖息地保护和基于保护的当地经济发展两大部分。前者致力于秦岭大熊猫巡护监测网络化建设；新建大熊猫保护区；森林资源可持续管理；已建保护区的能力建设；108国道秦岭隧道区域生物走廊及大熊猫栖息地恢复。后者致力于南太白山旅游生态化和社区可替代生计。秦岭大熊猫栖息地保护和可持续经济发展项目覆盖了整个秦岭地区。
世界自然基金会不仅致力于大熊猫物种的保护，也十分关注大型猫科动物的保护工作。目前世界自然基金会在大型猫科动物方面的保护工作集中在黑龙江流域东北虎保护和制止西藏的野生动物皮毛制品的非法贸易。
黑龙江、吉林和内蒙古东北部与隔黑龙江相望的俄罗斯远东地区共同被世界自然基金会认定为全球重点生态区之一，合称为黑龙江流域生态区。这里也是很多珍稀动物的栖息地，如东北虎、远东豹、黑熊、丹顶鹤、白枕鹤等。世界自然基金会从2002年开始在这一地区开展针对森林自然保护区的保护项目，帮助当地政府新建或升级了五个保护区，面积达到90万公顷；同时，还运用自然保护区管理有效性的理念，对这一区域内主要保护区进行了已建保护区的管理有效性评估，针对保护区存在的问题和威胁，提出解决问题的策略。
此外，为了拯救孟加拉国虎、金钱豹、雪豹等亚洲大型猫科动物，世界自然基金会与野生物贸易研究组织在拉萨和那曲地区开展了动物毛皮的市场和消费调查，并于2005年8月共同在拉萨举办了关于制止亚洲大型猫科动物非法贸易的研讨和项目规划。该项目于2006年1月正式启动，其重点是通过与政府部门，研究、教育机构，宗教界等合作，开展市场和消费调查、宣传教育、政策研究、提高执法能力等项目，来制止藏区非法贸易和消费。
淡水项目
世界自然基金会在全球50多个流域开展湿地与淡水保护及流域综合管理示范工作。1998年中国发生洪灾之后，湿地和淡水生态系统的保护也成为世界自然基金会在中国的主要工作领域之一，并通过与国家林业局等相关部门的合作，先后在湿地恢复、湿地替代生计、湿地保护区网络建设、重建江湖季节性生态与水文联系、提名国际重要湿地、湿地宣传教育、流域综合管理政策倡导等方面开展了大量工作。世界自然基金会在中国的淡水项目主要有“携手保护生命之河”长江项目；世界自然基金会——汇丰银行“气候与伙伴同行”中国项目。
生命之河长江项目启动于1999年。该项目致力于协助建立西洞庭湖省级保护区，在西洞庭湖、青山垸（湖）、西畔山洲等开展湿地恢复、保护与可持续利用等工作，通过发展湿地替代生计生态旅游、生态渔业等，促进社区共管、协助建立保护区并不断提高其能力、宣传教育等途径，推动洞庭湖地区湿地的保护和可持续利用。在增加湿地保护区面积的同时，也增加了当地人民的收入。在此项目的影响下，2002年，汇丰银行通过其“投资大自然”项目支持世界自然基金会在湖北启动了以“重建江湖联系，恢复长江中游生命网络”为目标的“恢复长江生命之网——WWF-HSBC长江项目”。到2007年，长江中下游成功推动了1000平方公里湿地的恢复，促进中国流域综合管理政策的实施。
“气候与伙伴同行”中国项目的目标：制定中国“2050能源展望”，发展“低碳城市”；推动应对气候变化的流域综合管理政策。该项目有以下主要实际行动。2007年10月，世界自然基金会联合中国地质大学（武汉）、湖北省畜牧兽医局等相关单位成立了“清洁生产与清洁发展机制研究中心”，并和湖北原种猪场及相关公司合作启动了“低碳养猪”示范项目。2008年，中国水利部黄河水利委员会和世界自然基金会联合主办河流环境流量研讨会，交流环境流量领域的理论研究成果和实践探索经验。2008年，长江中下游五省（湖北、湖南、江西、安徽、江苏）布“网”监测淡水豚类，长江流域豚类保护网络正式成立。该网络致力于建立统一的长江豚类动态信息平台，并制定全流域范围内的长江豚类保护政策，编写豚类保护监测和救护手册，并定期对保护区人员提供标准和统一化豚类监测和救护培训。
森林项目
世界自然基金会北京办事处林业项目结合国家重点林业工程，在长江上游岷山地区以及东北和内蒙古地区开展了大熊猫和东北虎栖息地森林保护和恢复项目，向国内介绍并引进了最新的景观保护理念和方法。通过建立保护区、提高保护区管理有效性，及探索社区和企业参与的共管机制，使呈现破碎化的栖息地得到连接和恢复。同时，为了提高我国森林资源的质量和可持续利用，把森林认证和产销监管链认证引入中国，协助政府有关部门制定相关的国内标准，帮助森林经营单位提高管理水平和对森林资源的可持续利用。为了减少中国进口木材需求增长对南美、东南亚等天然林丰富地区可能产生的不利影响，世界自然基金会北京办事处成立了中国森林贸易网络，鼓励在中国（包括香港和台湾）的从事木材贸易和生产的厂商，通过加盟全球森林贸易网络组织，促进合法采伐和贸易，推动可持续森林经营和可信赖的森林认证。与此相关的大豆和棕榈油圆桌会议也是林业项目的工作重点，旨在鼓励有影响力的厂商通过参加圆桌会议承诺促进有利于森林土地可持续发展的经营。
教育与能力建设项目
为推动可持续发展教育在中国的开展，以实现世界自然基金会的最终使命，1996年，世界自然基金会在北京正式设立办事处之时，就创建了教育与能力建设项目（原环境教育项目）。
经过近十年的建设与发展，该项目始终贯彻“能力建设、资源开发、政策影响和网络构建”的工作策略，并通过与中国教育部、国家环保总局、国家林业局等政府部门和高校学术科研机构、社区、宗教团体以及地方相关NGO合作，开展了“中国中小学绿色教育行动”、“香格里拉可持续社区”、“青少年爱水行动”、“香格里拉河流与湖泊”、“巴珠可持续社区”、“滇西北社区能力建设”、“藏东社区保护与发展”、“地球的孩子”等项目，成功地将可持续发展教育的理念、内容和方式方法引入中国的正规教育和社区可持续发展教育领域。
能源与气候变化项目
世界自然基金会中国气候变化与能源项目致力于提高公众及决策制定者对气候变化的认识，帮助易受影响的自然生态系统及社区增强适应气候变化的能力，倡导公众采取可持续的消费和生活方式，推动政府制定更有效的政策以提高能源效率、减少温室气体排放；与富有战略眼光的企业建立新型伙伴关系，鼓励企业投资并从事低碳技术的开发和利用，采取有利于减缓气候变化的生产和运营方式。世界自然基金会气候变化与能源项目在中国开展的项目主要有低碳城市发展项目、后京都气候变化谈判、节能“20行动”和气候变化见证人等。
野生物贸易项目
野生物贸易研究委员会创建于1976年，是由世界自然基金会与世界自然保护联盟合作支持成立的野生物贸易研究项目，其目标是确保野生物贸易不会对自然环境构成威胁。1996年，东亚野生物贸易研究委员会开始在中国开展工作，并于2001年在世界自然基金会办公室设立中国项目，即东亚野生物贸易研究委员会中国项目。东亚野生物贸易研究委员会在中国的项目力求以药用动植物资源保护为切入点，通过与政府相关部门、医学界、高等院校以及企业的交流与合作，使药用动植物的使用逐渐找到可持续利用的有效途径，既合理利用自然资源，又有效地遏制非法的野生药用资源贸易。通过在中国开展的各项工作，东亚野生物贸易研究委员会中国项目希望能够为制止非法野生物贸易、保证资源的可持续利用和生物多样性提供可借鉴的经验与教训，与国内外各个不同的组织一同为中国乃至东亚地区的生物多样性保护作出更多的贡献。其在中国的项目主要有：药用野生动植物资源保护；野生动植物贸易调查与监测；能力建设：加强濒危野生动植物种国际贸易公约的履约。
科学发展与国际政策项目
作为一个全球性的独立的环保组织，世界自然基金会在淡水保护、森林保护、气候变化、野生动植物贸易等方面已经具有相应的领导力和影响力。近年来世界自然基金会也开始拓展其传统的业务领域，其中的一个发展方向就是与上述保护项目密切相关的跨项目的政策领域工作。科学发展与国际政策项目（简称为政策项目）致力于推动中国的“科学发展”即可持续发展，也承担世界自然基金会全球网络之间与中国相关的政策工作的沟通、协调和实施。
按照世界自然基金会中国项目办公室“五年保护发展计划（2005~2010年）”，为应对环境保护与可持续发展的挑战，政策项目着力于以下三个主要方向：即贫困与环境（包括补偿机制和生态补偿）、消费或可持续生活方式（生态足迹）和贸易、投资与金融（是对消费与可持续生活方式方面的有力补充，目的在于“绿化”供应链环节）。此外，政策项目也承担与“中国环境与发展国际合作委员会”（简称“国合会”）的联系和合作事宜。
2007年4月，世界自然基金会发布了《重新思考中国境外投资》报告。由于中国对外投资飞速发展，整个世界都需要重新考虑现有的全球经济发展模式。报告建议在自然资源供应方、产品和服务生产制造方以及消费方之间建立对话机制，促进全球循环经济。
