那时他已“哭向苍天几堕冠”，如今听得说李景隆又与谷王献出金川门，致使建文帝自焚“殉国”，则是“欲哭无泪”了。他凄凄惶惶，不知如何是好。打算联合姚善“航海乞兵”——其实也是逃亡海外暂避凶祸。然而姚善却说：“公乃朝臣，自是可以外出乞兵；善知府事，应该守疆卫土，与城共存亡呢。”此时“奸臣榜”已经颁告四方，黄子澄怕被人举发，不敢在苏州久呆，便又微服逃亡，投奔嘉兴杨任去了。
杨任颇重义气，担着血海般干系将黄子澄收留。不料杨家一位仆人见黄子澄行迹可疑，即向嘉兴官府告发。此时嘉兴的官吏已成了永乐的臣下，听到消息不敢怠慢，迅即带领兵丁包围了杨任的宅邸。结果将黄子澄连同杨任的两个儿子杨礼、杨益一同逮捕。黄子澄当日便被押送京师。
黄子澄被押到奉天殿东便殿，由永乐帝亲自审问。这位头号“奸臣”情知死不可免，便抗节不屈，见了永乐仍口称“殿下”，先就遭到皇帝侍从的一顿喝斥。黄子澄凛然对永乐说：
“臣知殿下以兵力取富，不知殿下即此位。富贵瞬息，何足重轻！殿下向来悖谬，不可为训，恐子孙有效尤而起无足怪者！”
永乐帝能预计到黄子澄不会屈服，却未料到黄子澄竟会诅咒他“子孙效尤”——事实上永乐的二子朱高煦后来果然“效尤”他，也想走老子的道路，夺取帝位——于是勃然大怒。将其宗族老少六十五人、妻族外亲三百八十人全部押到殿下。又令黄子澄将自己的罪状写于纸上。黄子澄援笔奋书道：
“本为先帝文臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残。后嗣慎不足法。”写罢将笔掷向帝座。
永乐受此刺激，愈发怒不可遏，立命将他的双手砍去。面对没了手的黄子澄仍不罢休，又说：“你不是要航海募兵吗？虽未入岛夷，而足迹已至海上。与我把他的双足一并斩去！”真至黄子澄疼昏过去，才又下令将其“寸磔”。然后将其族人不分老幼全部斩首，姻亲全部戍边。只有一子事先侥幸逃匿，改姓为田，辗转避祸于湖广，算是没有绝嗣。若干年后有旨赦免“奸党”，才敢复姓。
与黄子澄并列“首恶”的齐泰，因消息不畅，京师陷落后仍在安徽募兵。名日“募兵”，实则逃难。光见他骑一匹白马窜来窜去，也未见募得一兵一卒。来到广德时，不敢住馆驿，便藏身于玄妙观中。说也巧，恰好翰林修撰王叔英，带了三名随从来玄妙观投宿。一见齐泰恰在观中，王叔英暗吃一惊。言谈之际，王叔英见齐泰神色不对，怀疑齐泰已经降附了燕王，没准儿这是张开了罗网准备抓捕他的。而齐泰也担心被王叔英出卖，因之十分警惕，虚与委蛇。
齐泰与王叔英等共进晚餐。道士沽得一壶酒，又凑付几样素菜。大家喝得半酣之际，王叔英忽然把酒杯一摔，喝令：“与我拿下！”他带来的随从当即抓住齐泰胳膊，刷刷地缚了绳索。齐泰惊问：“原采（王叔英字）兄这是为何？”王叔英说：“还是我先问你——你来此何干？是否怀了贼心，要赚我去官府领赏？”齐泰跌足叹道：“啊呀原采兄，错了错了！我倒是怕你把我卖了呢！”……两人都剖白了忠于建文的心迹，恸哭一场，喝得大醉。
第二天齐泰骑着他的白马离开了玄妙观。王叔英则多住了一日，想仔细盘算一下，如何能寻找到太子文奎，以图谋后举。但想来想去，料知这是蚍蜉撼树，螳臂挡车。于是他全身沐浴，更换了干净的衣冠，书一“绝命词”，匿于衣裾间，然后自经于玄妙观的千年银杏树下。
那正是六月十七永乐登基之日。惨淡的月光透过银杏树叶，筛到王叔英身上，这倒颇有诗的意境。第二天人们读到了他的那首“绝命词”：
人生穷壤间，忠孝贵真全。
嗟予事君文，自省多过愆。
有志未及竟，奇迹忽见缠。
肥甘空在案，对之不下咽。
意者造化神，有命归九泉。
尝念夷与齐，饿死首阳巅。
周粟岂不佳，所见良独偏。
高趴渺难继，偶尔无足传。
千秋史官笔，慎勿称希贤。
人们又在他睡过的房间里发现有他题写的一联，静静地置于案上。联曰：“生既已矣，未有补于当时；死亦徒然，庶无惭于后世。”这本身就是他为自己所做的挽联。他自比伯夷、叔齐，饿死不食周粟，而他也不羡永乐朝臣的荣华富贵。对他来说，生与死的价值全在于“千秋史官笔”了。
与王叔英之死相比，齐泰却没有那么诗意；不仅没有诗意，甚至有点滑稽。
齐泰急急如丧家之犬，惶惶如漏网之鱼。中国之大，竟无寸许空间容得其身。他早就与全家失去了联系。但他能估计到，他的所有亲人已被收系狱中。只是书房里那架书有文天祥正气浩然之句的屏风尚在否？……他用“太子（文奎）尚在”这种念头鼓舞着自己东躲西藏。怕人认出他的模样，时常化装、易服。且独出心裁地将白马用墨汁染为黑马。后来他才知道这是枉费心机，弄巧成拙。
这一天，天气本来就热，而他又奔驰得太急，“黑马”汗水淋漓，墨汁脱落。行人看到淋淋沥沥渐渐变白的这“黑马”，无不惊讶，而他竟浑然不觉。忽听有人惊喊一声：“呀！这不是齐尚书的马吗？”
他想跑也来不及了。他的裤上沾满了墨迹，被逮捕时的样子十分狼狈。这与王叔英诗意地将其幽魂凝于千年银杏和永恒的明月相比，实在太没意思了。
齐泰、黄子澄、方孝孺是在同一天即六月丁丑（二十五日）在聚宝门外被“寸磔”的。对齐、黄，永乐帝没有特意嘱咐，所以刽子手就按通常的标准，割二十四刀。齐泰的某位朋友暗暗买通了执刑者，其实未等割到二十四刀时，已将他攘死，使其少受一会儿罪。他没有同胞兄弟，陪死的是两位从兄弟齐敬宗和齐宰。叔父时永、阳彦竟得以活命，被谪戍。独生子刚刚六岁，更是幸运，被发配功臣家为奴。六岁的孩子自然无法侍候别人的，倒是要被别人抚养了。
这一天死得最惨的是方孝孺。时年四十六岁的方孝孺被紧紧地箍在了网里。他的肉被一小片一小片地切割，却不能速死。那时因其妻郑氏及诸子皆已自杀，所以与他一起就戮的只有三弟方孝友。三弟临刑时，孝孺为之泪下。孝友倒安慰他说：“兄长莫为我难过。”随即口占一绝：
阿兄何必泪潸潸，
取义成仁在此间。
华表柱头千载后，
旅魂依旧到家山！
其时观者如堵，都佩服方孝友胆壮气宏，不愧为方孝孺之弟。
方孝孺因被判（其实是他“自请”）“诛十族”，故尔牵涉到他的朋友、门生，总计坐罪八百七十三人，谪戍者则不可胜计。其门生之中，就有曾向他献计离间燕王父子兄弟关系的林嘉猷。另有卢原质，既是门生，也是亲戚，曾任建文朝的太常少卿；郑公智，为御史；胡子昭，任检讨，后迁至刑部侍郎。这几人其实也因方孝孺所荐而受到建文重用。而河南参政郑居贞，纯属方孝孺朋友。坐“方党”伏诛。还有几位当年方孝孺主持应天乡试时所取的举人，如长洲的刘政、桐城的方法等，未等逮捕已先殒身。
方孝孺有两个女儿，年未及笄，被逮捕过秦淮河时，趁押解官不注意，联袂投水而死。
这时候陈瑛已从广西返京就都御史任。陈瑛又引荐了两名御史袁纲和覃衍为帮手。他们揣测帝意，知道哪些人应是杀戮的对象，于是以疯狂的热情，令人惊叹的精力，开始罗织那些建文遗臣的罪状。
陈瑛在返京的漫漫旅途中已经进入了角色，他大体已拟定了一个名单，所以莅任后向皇上奏的第一份折子便是：“陛下应天顺人，百姓率服。而廷臣有不顺命、效死建文者，如某某某……其心与叛逆无异，请追戮之。”永乐帝当即御批：“准奏”。然后，陈瑛拟的单子又交到纪纲手里。纪纲率领着“缇骑”，迅即扑向一座座官邸……
六月末，七月初，应天城一片腥风血雨。
对重要的“诏狱”，皇帝是要亲自审问的。开始他还有些耐性和理智。比如说，他还能向犯人解释自己“效周公辅成王”的苦心孤诣，希望能得到对方的理解；他对犯人也还算有点人格上的尊重，仅仅是按规矩杀头而已。可是越审越没了耐性，渐渐地丧失了理智。他甚至如商纣王那样，丧心病狂地以杀人为乐趣了。
