引起便秘的病因较多，包括肠道本身疾病、全身性疾病以及神经系统病变等。并有相当多的便秘是由于饮食不当或排便习惯不良引起。
（1）排便动力缺乏：排便动力主要依靠膈肌、腹肌、骨盆底肌、肠道平滑肌等正常肌力协调运动产生，如果肌肉虚弱无力则易引起便秘。排便动力不足或缺乏可由下列原因引起：①全身因素：长期卧床、年老衰弱、营养不良、消耗性疾病、精神病、恶病质、肥胖等引起的相关肌肉衰弱无力。②局部因素：大量腹水、多产妇、腹内巨大肿瘤等引起的腹肌衰弱；肠神经麻痹、慢性重度肺气肿等引起的膈肌运动减弱；产后过早劳动使内脏压迫骨盆底，骨盆底肌衰弱；内脏下垂使结肠扭曲、排气不畅，引起肠道平滑肌张力低下；溃疡性结肠炎并发中毒性巨结肠、麻痹性肠梗阻所致肠平滑肌张力缺乏等。
（2）肠道所受刺激不足：排便有赖于结肠的蠕动，而结肠的蠕动需要足够量的肠内容物及膳食纤维的刺激。正常的平衡饮食不仅有糖类、蛋白质、脂肪、无机盐和维生素，还含有足量的纤维素、半纤维素、木质素等粗糙纤维。将结肠内容物运送时间延长而使其水分吸收过度；且粗糙纤维有亲水特性，可保留肠内水分，以免粪便干燥。如果摄食过少，所含纤维素不足，可引起便秘。如果食物成分不均衡，食物中含有过高的蛋白质而糖类（碳水化合物）较少，则肠内分解蛋白质的细菌多于发酵菌数目，肠内容物发酵减少，大便呈碱性、干燥发硬，排便次数也减少。进食大量钙化酪蛋白后，粪便内含多量不能溶解的钙皂，粪便量虽然增加，但容易干结便秘。在碳水化合物中，米粉、面粉类食品较全谷类食品易于发生便秘。饮食习惯不良、挑食、偏食、神经性厌食，以及各种原因引起的食欲减退、吞咽困难、食管或幽门梗阻等致使进入肠道的食物过少，粪便形成不足亦可造成便秘。
（3）结肠运动不协调：粪便的正常排出依赖于肠运动，尤其是结肠运动的协调，肠运动不协调则粪便在肠中被来回推动，而不能被排出。引起结肠运动不协调的主要原因是神经精神病变，如脑与脊髓病变可影响排便反射或引起自主神经功能紊乱、交感神经兴奋性过强；肠神经官能症，特别是肠易激综合征，可因肠平滑肌张力过高或结肠痉挛等导致便秘；精神过度紧张、神经官能症或精神病患者也常发生便秘。腹腔内炎性病灶可引起病理反射而有痉挛性便秘。腰髓与马尾脊髓损伤或压迫、脊髓发育不全、糖尿病性神经病变及膀胱、子宫、直肠手术所致盆腔自主神经受损等均可引起便秘。
（4）肠内容物在肠腔内运行受阻：肠外压迫、肠本身病变或腔内阻塞均可导致肠腔闭塞，使肠内容物运动受阻而引起便秘。如肠粘连、增生型肠结核、肠道肿瘤、肠道炎症所致肉芽肿性病变、各种肠疾病引起的良性狭窄、肠套叠、肠扭转、内疝、直肠膨出或脱垂、肠内蛔虫团块或偶见的巨大胆石进入肠腔等引起的肠腔狭窄；机械性因素造成的肠梗阻或功能性因素引起的麻痹性肠梗阻等均可致粪便通过困难，运行受阻，在肠道内停滞过久而致秘结。
（5）肠外肿物压迫肠道：如巨大卵巢囊肿、子宫肌瘤、腹腔巨大肿瘤、腹水或妊娠中后期的子宫等，均可压迫肠道，使肠腔变窄或影响肠蠕动而致便秘。
（6）各种胃病：一方面可造成肠道所受刺激量不足，不易引起肠蠕动；另一方面可反射性引起结肠痉挛而发生便秘。
（7）肠黏膜应激力减弱：食物残渣作为机械性刺激因素，须通过肠黏膜的正常应激性引起结肠运动。特别是在结肠集团蠕动后，粪便充盈直肠，基于黏膜的正常应激性才能有效地刺激直肠压力感受器，形成排便反射。肠黏膜炎性病变在恢复过程中对刺激的敏感性降低，使肠道对刺激的反应减弱，蠕动缓慢而发生便秘。①直肠黏膜应激性减退：平常忽视便意、不及时排便、不当用药等因素，使直肠黏膜对刺激的敏感性减弱，造成排便反射减退，发生直肠性便秘。多见于生活习惯突然改变，工作过度紧张，缺乏合适的如厕条件，卧床使用便盆不习惯或排便姿势不当，滥用泻药或灌肠，肛裂或痔疮等所致肛门痛性病变及直肠病变等。②小肠结肠黏膜应激性减退：见于长期习惯用药者、肠道炎症恢复期、充血性心力衰竭、缩窄性心包炎、门静脉高压、肝静脉阻塞综合征等。
（8）直肠肛门疾患：如痔疮、肛裂等引起的肛门括约肌痉挛等反射性抑制排便；直肠肛门瘢痕性良性狭窄等也可引起便秘。
（9）其他因素：如铅、砷、汞、磷等中毒可引起便秘；某些药物如氢氧化铝、铋剂、阿托品、吗啡、阿片等服用不当，可引起药物性便秘；生活规律和起居失常、排便习惯的打乱，甚至排便姿势的被动性改变都可引起便秘；急性热病、高热（特别是小儿）或慢性发热（低热），也常发生便秘；过量食用辛辣燥热食物，如辣椒等均易引起便秘。
