历史上的雍正以“圆明居士”自诩，他不但参与佛教内部之争论，还写了专门的著作，对佛教一向热心。雍正十三年1735年，河东总督兼河南巡抚王士俊上书皇帝，建议全面修整少林寺，并绘制了规划图呈请御批。雍正帝十分重视此举，做了详细的批示，并着王士俊办理，御批中指示：竣工后，少林寺应该派何人做住持，等候朕的谕旨，应从京城派人去做住持。雍正帝的批文中有“房头僧人类多不守清规，妄行生事，为释门败种”等话语，又令将门头二十五房拆毁，在寺门外修筑寺墙，这就颇耐人寻味了：如果仅仅是寺僧破戒违律，何以会让皇帝咬牙切齿？雍正帝于是年八月驾崩，乾隆帝承袭大统，但修整少林寺的九千两白银还是拨下来了。这次大规模修造，重点是两项：一是增加了山门，二是拆除二十五处房头住房，集中在寺院山墙东西两侧，加盖寮房。另外，对天王殿、大雄宝殿、法堂等做了翻修。总之，乾隆初年的大修大建，奠定了今日少林寺的格局。
雍正帝为什么一方面要拨银两整修少林寺，另一方面又主张由京城派人担任少林寺住持，而且要求将门头二十五房拆毁、加修围墙呢？这可能和历史上的“西鲁故事”有关。
嘉庆十六年1811年，清政府在广西东兰州今东兰县姚大羔家查获天地会《会簿》一件。《会簿》记述了天地会创立的一段悲壮历史，这就是著名的“西鲁故事”，大意是说：少林寺僧曾帮助康熙皇帝打退西鲁人入侵，而未受朝廷的封赏。他们回少林寺后，却遭到奸臣陷害，寺院被焚，128位和尚大都惨死，只有18人死里逃生。又历尽艰辛，剩下5人，走向海石连天的长沙湾口。这时，从海面上漂来白锭香炉一个，他们取来一看，香炉底上有“兴明绝清”四字，大受鼓舞，认为命不该绝，决定效法三国时刘、关、张“桃园结义”，乃歃血盟誓，结拜“天地会”，组织反清复明的活动。清初天地会的历史一直无从考证，但清初少林寺参加反清活动是极有可能的，这从少林寺住持不愿接受清政府的委任，甚至辞去方丈的职位，可以看出线索，从雍正帝处心积虑要捣毁门房、委派住持也可以看出端倪，至于拨给银两建寺，那只不过是软硬兼施的手段而已，但清初帝王的确没有像人们传说中那样捣毁寺庙、屠尽寺僧。传说中的焚寺可能就是雍正帝下令将二十五房门头的住所悉数拆毁，以便于“稽查管束”，雍正帝推测这次强行拆除行动必遭到反抗，因此“寺院被焚”可能指雍正帝派人焚烧门头住所的强行之举。
少林寺最大一次灾劫发生在民国十七年（1928年），军阀混战，少林僧人站在樊钟秀一方，让樊军驻扎寺内，樊钟秀败退，石友三一怒之下，派兵焚寺，一场大火连续焚烧了45个日夜，把寺内无数殿堂、楼阁和很多经文、刻本、古文物化为灰烬。
·南少林是否存在
传说少林寺有南北两寺，而位于今河南登封县境内的少林寺因其地理位置较靠北，所以通常被人们称为北少林，那么有没有南少林，南少林在何处，它又是怎样建立的呢？
相传，唐朝初年，福建沿海海盗猖獗。李世民又派少林寺十三棍僧之一的道广和尚，率五百僧兵前往福建协助官兵平定海盗，后来，五百僧兵便留在福建，建起了一座少林寺分寺，这就是后来举世闻名的“南少林寺”。从此，嵩山少林寺与福建南少林寺，一南一北，遥相呼应，弘扬禅宗佛法，广度有情众生，而源于嵩山的少林武术也随着南少林寺的建立，得以在东南沿海一带广为流传。
然而，一千多年后，河南嵩山少林寺依旧香火不绝，武风昌盛，而那座历史上同样威名显赫的南少林寺却突然神秘地消失了。尽管后世无数的寻访者踏遍了福建的山山水水，却始终找不到南少林寺的任何痕迹，那么，传说中的南少林寺是否真的存在过？它又在哪里呢？
据说南少林建在福建莆田九连山，可也有历史记载是在福建泉州晋江县东门外风山麓。近年来，人们在福清市嵩山风景区内发现线索，最初仅仅是发现刻有僧兵继言造和北宋英宗年号的石槽。显然，石槽是北宋时期的僧家用物，但是表明石槽用途的铭文“诸罗汉浴煎茶散”却令人大为疑惑，这颇似某种药剂名称的字样又是什么意思呢？专家们通过走访当地的卫生部门，知道了石槽是疗伤用的，随后，有关部门组织了大规模的发掘工作，发掘出寺庙地基、蹬道、古桥、古墓、古窑、摩崖石刻等物，景区内发现的寺庙遗址规模之宏伟、遗迹结构之完整、遗物分布之丰富，无不显示着深厚的文化内涵。但出土的文物显示，该寺庙名为林泉院，史料记载林泉寺毁于康熙初年。林泉院的石槽上为什么会公然刻着僧兵的字样呢？历史上也只有少林寺才被允许拥有僧兵组织，也就是说凡是僧兵一定出自少林寺，毫无疑问，林泉院即使不是南少林寺，也必然与少林寺有着某种密切的联系。
专家们在当地民间调查，结果找到了流传民间的南少林拳谱和医书，书中朴实而传神的图画和文字依然清晰可辨。令人难以置信的是，其中一本拳谱绘制的正是久已失传、海内外武术界至今仍在苦苦寻觅的南少林绝技之一——点穴法。这套拳谱，无疑成为证明林泉院就是南少林寺的重要物证之一。但林泉寺，也就是南少林寺又是怎样消失的呢？
考古学家继续在当地调查，走访当地老人，发现流传于民间的五百武僧造反的传说，不久，便得到证实，人们在发掘的遗址中终于发现了林泉院被火烧的有力证据。原来清初南少林支持郑成功的抗清活动，遭到清政府的镇压。清军控制了沿海一带后，对福清的林泉寺的僧兵进行屠杀，引起僧兵造反，导致寺庙被毁，也导致了南少林的毁灭，传闻中清政府焚毁的少林寺就是指南少林寺。
·相关链接
1.少林支派众多，有“三大家”、“四大门”之说。“三大家”是红家少林、孔家少林、俞家少林；“四大门”是大圣门、罗汉门、二郎门、韦驮门。
2.历代相传，少林寺里有一块神奇的石头，名叫“达摩影石”，又称“达摩面壁石”，石头上有隐约的达摩影像。据说是达摩面壁九年，精诚所至，以致影像也透入石中。现今寺中的影石是河石复制的，原石已在几十年前少林寺被军阀焚毁时破坏了。
3.天台山国清寺
国清寺位于浙江省天台县城北面的华顶山麓上，它规模宏大，不仅与南京栖霞寺、山东灵岩寺和湖北玉泉寺合称佛教“天下四大丛林”，而且还是目前中国寺院中保存最完整的一座。国清寺自隋代建成，经唐、宋、元、明、清的历代修缮，现存建筑为清雍正十二年（1734年）所建。
据考证，国清寺乃杨广所建，而杨广之所以建该寺，却是应一僧人的请求，那么，是谁有如此面子？
845年，作为著名古刹国清寺被强行拆毁。
隋塔是国清寺的标志之一，但这个精致的古塔，却竟然没有塔头，而在另一个叫金地岭的地方，却有一个塔头寺。
寒山和拾得是情同手足的好朋友，他们的生活中出现了一个叫芙蓉的女子，寒山年长无妻，拾得与芙蓉倾心相爱，他们如何处理这段情感纠葛？
国清寺外有一刻有“一行到此水西流”字样的石碑。一行是佛教密宗之祖、天文学家，他到国清寺去做什么？原本东流水，缘河滚滚西流去？
·千古国清寺与它的两次劫难
南朝陈代年间，一位德高望重的僧人来到了天台，他就是中国佛教天台宗的创建人、著名古刹国清寺的奠基者智。智虽是国清寺的奠基者，但他却没有看到国清寺，这是个很奇怪的事情。要知道事情的来龙去脉，还得从智两入天台山的事情说起。567年，30岁的智奉师命到当时的首都、全国的佛学中心金陵（今南京）弘扬其理论。这次金陵之行使他一鸣惊人，他以新颖的见解和敏捷的辩才，折服众多僧徒，深得陈代君主的殊遇。然而没过几年，智却坚辞陈主固留，从金陵来到了僻远的天台山。那么是什么事情促使智离开繁华的金陵而去偏僻的天台山呢？原来574年发生了一件大事件，即北周武帝灭佛，这对于智来说是一件十分伤心的事情，为了确保继续宣言自己的佛法，他毅然隐居到荒山野岭中去。
那么，智后来又是如何与国清寺扯上关系的呢？这便与智二入天台山是密不可分的。隋朝建立后，智与隋文帝以及当时尚在晋王府邸的杨广关系不错，他们对智的尊崇一如陈宣帝和陈后主，然而频频出入于权门豪宅并非智的初衷。他在回故乡玉泉山隐居一段时期后，再次上了天台山。这次上天台山后他营建了许多殿宇，不过其中并没有国清寺。可为什么说智没有营建国清寺，国清寺却与他密不可分呢？传说智入天台不久，即遇一老僧对他说：“山下有皇太子基，可造寺院。”智说：“现在草舍尚且困难，何论此事？”老僧回答说：“禅师想要建造一座寺庙，山下有皇太子寺基。等到三国统一后，自然会有大贵人来建造的。”他还预言说：“寺若成，国必清。”这片“皇太子基”在天台山南麓，五座明秀的山峰回环而立，从碧霭重重的峰峦上，东西两方各有一道溪水跳荡奔泻而下，穿过疏林密石，在此汇成了一道较为开阔的涧流。“皇太子基”给智留下了深刻的印象，但是智生前未能了却在此新辟寺院的夙愿。直到597年他临终时，才在给杨广的信中提出了这一请求：“山下一处，非常之好。又更仰为立一伽蓝……不见寺成，瞑目为恨。”杨广接受了智的请求，601年，由杨广资助、智继承者灌顶主持修建，于是一座美轮美奂的佛宇在五峰双涧之间出现了。可是新寺院起初并不叫“国清寺”，而是叫天台寺，此名一直沿用到607年隋炀帝（杨广）继位，此时他才想到智对自己提出的建议非常合理，加之炀帝也认为原寺名天台寺太俗气了，便下诏改天台寺为国清寺，此后一千余年都用了这个名字。
国清寺的第一任住持是何许人也？他便是国清寺的建造者灌顶，灌顶（561—632年），字法云，名非凡，俗姓吴，原籍常州义兴（今江苏宜兴），祖上因避乱迁往临海县章安镇（今浙江省椒江市），人称“章安大师”，是天台宗五祖、国清寺开创者。他7岁入附近摄静寺，拜慧拯为师。20岁时，只身来到天台山跟随智学习佛法。585年，灌顶随同智前往金陵讲学。595年，灌顶和智同返天台山。智圆寂后，灌顶整理大师的遗书和遗物，并去会稽嘉祥寺讲《法华经》，了却大师生前未了之愿。601年正月，灌顶与师弟普明周去扬州谒见晋王杨广，献上智的遗书、遗物和《净名义疏》。杨广特意派遣司马王弘送他们回山，设千僧斋，并根据智的遗志，在五峰山麓建国清寺，由灌顶任第一任住持，灌顶晚年为天台宗的确立和发展做出了贡献。632年8月7日，灌顶圆寂于国清寺，终年72岁。
国清寺建成后到现在的一千多年的时间内经历了几次大的劫难，其中最严重的有两次。一次是842年，唐武宗颁发了一系列禁佛毁寺的敕令，全国共拆寺四千余所，还俗僧尼二十六万余人。这一事件，即历史学家所称的“会昌法难”。灭佛之风铺天盖地而来，即便是国清寺这样一座著名的大刹，亦难逃劫难，它在845年被强行拆毁。劫难给国清寺带来的创伤是深重的，以至数年后唐文宗下令重修被毁佛寺后，国清寺仍迟迟未能恢复旧观。853年9月，日本天台宗五祖圆珍求法巡礼于天台山，但见国清寺一派萧瑟。当然，国清寺毕竟是海内名刹，僧俗都很关心，并全力协助完成了浩大的修复工程。重修后的寺额“大中国清之寺”出自著名书家柳公权之手。至今在国清寺旁，尚有一方柳公权手迹“大中国清之寺”摩崖留存世上。另外一次是禅宗向天台山逐步渗透而最终导致国清寺易主事件的发生，禅宗向天台山的渗透大约始于唐中叶，他们一步步将天台宗势力挤出天台山，最后天台祖庭国清寺为宋代禅僧真歇清了入主，天台宗的法脉终于在国清寺中断了。更为严重的是建炎四年（1130年）宋高宗赵构正式下诏，命令国清寺“易教（指天台宗）为禅”。后来虽然有性澄湛堂说服元世祖，曾经恢复过国清寺天台祖庭的名义，但却是短暂的，明太祖上台后再次下诏要求禅僧昙噩住持国清寺，国清寺重新成为禅院。这桩“易教为禅”的公案一直延续到近代，1931年才由天台宗后起高僧谛闲将它彻底翻了过来。
·没有塔头的隋塔与最古老的隋梅
天台县城东北方向的山中有一座巍巍古塔，它就是国清寺的标志之一、建于1300多年前的隋塔。塔身黄褐色，高59.3米，六面九级，空心，砖壁，壁上的佛像栩栩如生。可就是这样一座精致的古塔却有一个缺憾：它的塔顶上没有塔头。为什么隋塔没有塔头呢？是有意为之还是故意为之，这是一个令人困惑的谜。也许下面这个传说有助于解开这缠绕人们心头的谜团。相传国清寺建成以后，里面供奉着五百罗汉。他们相约连夜为国清寺修造一座宝塔，以增添名刹风光。正当五百罗汉忙于搬运砖石修砌时，南海观音路过天台，她见山中两峰对峙，飞瀑高悬，十分壮观，也有心为天台山锦上添花，想架一座石桥来增添景观。观音见国清寺外砖块堆积如山，就向五百罗汉借砖，罗汉不肯。观音向罗汉借锅煮饭，罗汉又故意将铁锅敲了一个洞。观音见此，微微一笑，小施法术，在铁锅中烧出了香喷喷的米饭。罗汉见状，大吃一惊，把铁锅搬来一看，原来锅上的破洞，只漏沙，不漏米，从此这口锅就叫“漏沙锅”。后人在藏放这口大铁锅的房间门口写了一副对联：古寺犹有寒灶石，云橱尚存漏沙锅。五百罗汉造的塔头，搁在金地岭，准备待宝塔落成时再搬来安装。观音有意作难，用法力将它牢牢定住，尽管五百罗汉想尽办法，彻夜苦搬，怎奈金鸡报晓，天色已明，再也无法将塔头搬下山来，所以隋塔缺了个塔头，而金地岭上多了个塔头寺，塔头至今还在呢！
