因为一场政治变故，养心殿取代了乾清宫的中心地位，成为治国方略的策源地；而上书房和南书房，则为其提供了一批后备人才。它们是故宫的真正核心，也是清代政治的中枢神经。
养心殿：后来居上的核心区
养心殿，明代嘉靖年间建造，位于内廷乾清宫西侧。清代重修。
顺治时皇帝住在养心殿，并死于养心殿，康熙年间，这里曾经作为宫中造办处的作坊，专门制作宫廷御用物品。康熙驾崩之后，雍正为了表现自己的“孝心”，在养心殿为康熙守孝，孝期满后，也就顺理成章地移居于此。从此，养心殿成为清代的政治中心。乾隆时，对养心殿大加装饰和改建。雍正到清末的二百年间，皇帝处理政务的活动及寝宫均在此处。
正厅设有宝座、御案。宝座后设有书架，藏有历代皇帝有关治国经验、教训的著述，专为传给新皇帝阅读。一些官员在升迁之前常被领到这里觐见皇帝，这种仪式叫“引见”。西间是皇帝批阅奏折，以及同军机大臣策划军政活动的要地。清代皇帝经常在这里召见大臣，有时也在这里接见外国使臣。康熙五十九年（1720年），康熙皇帝在这里接见过罗马教皇使臣嘉乐，亲自接过嘉乐所进的教皇表章，并赐给嘉乐若干衣物用具等。
养心殿外院的矮小房屋是太监值班的处所，官员们就在这里等候皇帝召见。
乾清宫前西出月华门，为东一长街，门正对面为琉璃随墙门——遵义门，又称膳房门。进门正对面为黄色琉璃照壁，其后为养心殿第一进东西横长的院落，院内西侧、东南、东北墙根下为连檐通脊的廊房共34间。建于乾隆15年，为太监的值房。
南面正中为养心门，南向。歇山琉璃门楼，进门为木照壁，牌楼式，中间为隔扇门可开启，但是平时不开只有皇帝进出养心殿的时候才开。绕过照壁是养心殿的正殿，也是第二进院落，南北长63米余，东西宽近80米，面积5000平方米。整个院落分前院（养心殿前殿）和后院（后寝殿）。
养心殿为工字形殿，正殿面阔7间（36米），进深3间（12米），黄琉璃瓦单檐歇山顶，正间和西次间、西梢间前出卷棚悬山顶抱厦，正中三间为一敞间，正中偏后设楠木宝座和屏风。北墙正间上悬雍正帝御笔“中正仁和”，东西次间悬乾隆御制文匾。屏风后又两垂帘小门，曰恬澈、曰安敦。北墙设书隔，东西按墙壁与东西暖阁相隔，墙南各有一门通往东西暖阁。
东暖阁就是东次间和梢间，分南北向前后两室，以隔扇分割。南室靠窗为一通炕，东壁西向为前后两重宝座，是清末慈禧和慈安垂帘听政的地方。每当召见大臣，策划军机要政之时，小皇帝坐于前座，慈禧和慈安坐于后座，两座之间挂一黄色纱帘，一切决策由帘后慈禧作出。慈禧在“垂帘听政”的名义下，统治中国长达四十八年之久。
东暖阁西南原有御笔“明窗”，为皇帝每年元旦开笔之处。北室虚分东西两室，东一间小室无窗，靠北墙为床，为皇帝斋戒时的寝宫，此室有仙楼，原为供佛处。西室靠北位窗，西小间北窗下设宝座，有匾“随安室”、“寄所托”等，为皇帝御笔。后“随安室”匾移到了东小室寝宫床上。“寄所托”原为后室之中室，清末改为“寿寓春晖”。
西暖阁就是西次间和梢间，分南北前后两室，前室西为“三希堂”，额为乾隆御笔，因内储晋代书法大家王氏的三张书帖而得名。东墙有小门通中室——勤政亲贤，匾额为雍正御笔，南为窗，北设宝座，为皇帝召见大臣之处。为保密，南窗外抱厦设木围墙。东为夹道，有门通后室。后室也隔有小室，西室曰“长春书屋”，东室为“无倦斋”，乾隆间设佛堂于此，养心殿西耳殿为“梅坞”，为乾隆39年添建。殿面南，1间，黄琉璃瓦硬山顶。
前殿东配殿，明建，面阔五间前出廊，黄琉璃瓦硬山顶。初名为“覆仁斋”。明间开门，东西次间、梢间为槛窗。西配殿规制同东配殿，初名“一德轩”。东西配殿清代无殿名，雍正以后设佛堂于此，是皇帝专用佛堂。
穿过养心殿正间“安敦、恬澈”二小门为穿堂，直通后殿。后殿面阔五间，黄琉璃瓦硬山顶，明代曰“涵春室”，清代无殿额。正间额曰“乾元资始”靠北墙为一炕，正间南为穿堂与前殿正间相连，成工字殿。东西次间梢间为槛窗。西梢间为“华滋堂”内设床，西次间为南窗下设通炕，北墙设雕龙柜。东梢间为“自强不息”，内设床，床上额曰“又日新”。东次间靠北墙下设宝座，上额曰“天行健”。
后殿东耳房为“体顺堂”，明建，初名“隆禧馆”，雍正时，无殿额。咸丰赐名“绥覆殿”，后改为“同和殿”，光绪时改今名。面阔5间，前出廊，东与东围房相接，黄琉璃瓦硬山顶，为皇后前来养心殿时临时坐卧休息之处。皇后主管后宫，但不得干预皇帝的私生活。
后殿西耳房为“燕喜堂”，明建，初名“臻祥馆”，雍正时，无殿额。咸丰赐名“平安室”，光绪时改今名。是妃子被召幸御陪宿时的临时歇息之所。因为后妃们在宫中都有各自的住处，没有皇帝的旨意，是不得轻易来此的。
东西耳房外有东西向的围房，6间前出廊。北接小房2间，与前殿东西配殿后围房相连。为妃嫔等待侍寝时的临时用房。
现在西殿的南窗下，还保留有当年的木板围墙，是防备有人偷听和偷看而设的。
●移居养心殿的幕后故事
乾清宫是后宫正殿，皇帝居住符合典制。但雍正登基后为什么要改养心殿为寝宫呢？
关于雍正胤禛继位，民间流传有许多说法。其中最为著名是改写遗诏。其实稍一分析，这种传说是站不住脚的，清朝的遗诏是用满文写的，改写一事实在不大可能。但暗害一说却不能完全排除。
康熙六十一年（1722年）十一月初，康熙病危，十三日丑时（1：00—3：00为丑时）急令在天坛代其祭天的皇四子胤禛回宫，继而又召见皇八子、皇十二子等人。寅时（3：00—5：00）宣布胤禛继承皇位，此时，胤禛虽未能赶到，但应该很快便得知遗诏的内容了。巳时（9：00—11：00）胤禛来到康熙身边。申时（15：00—17：00），康熙去世。
从寅时宣布继位诏书到申时去世，相隔十几个小时，胤禛必定是度日如年，因为康熙死得越慢，时间越长，危险就越多。胤禛放毒的时间和心理条件都具备。但事实究竟如何，胤禛在这段时间里究竟做了什么，我们不得而知，我们知道的是胤禛不在此处为其父守灵，而改在养心殿守孝，以后又以养心殿为寝宫，这些举动都不合典制。胤禛还远离其祖父顺治、父亲康熙所建的东陵，为自己修建了西陵，似乎是心虚。不论怎样，从此以后，乾清宫和养心殿的地位发生了微妙的变化，乾清宫依然是名义上的后宫正殿，但养心殿则是实际上的政治中心。二者一升一降，而这种升降又和建筑安全性、实用性与礼仪性毫不相干，从雍正的性格来说，他又不是异想天开任意妄为的人，这就不能不让人怀疑他是有意避开父亲康熙曾经朝夕居住的寝宫，而他之所以要避开的原因，则很容易让人联想到是因为篡位了。
虽然雍正帝位的继承或许让人疑虑，但他却创建了秘密建储制。我国历代王朝皇位的继承者，大都采取公开建储的制度，预先公开册立皇太子，以备继承皇位。一般皆以长子为继承者，如无子则兄终弟继。康熙为建储事伤透了脑筋，皇太子废了又立，立了又废，其他皇子们又分成几派展开激烈斗争，势如水火。或许康熙已意识到公开立储弊病太多。雍正即位后，吸取以前的经验教训，结合自己争夺皇位时的亲身体会，始创了秘密立储制度。将一份亲书的继位书当众装入匣中，搁置在乾清宫正殿悬挂的“正大光明”匾后，另一份随身携带，明令死后才可取出，两份相对无误便可生效。从此，“正大光明”匾便成了让皇子们仰视和惦念的地方了。
●养心殿侍寝的内情
朱家溍先生的《故宫退食录》中有对后妃侍寝制度的详细说明，总结一下，基本上有这样几个特点：
其一，东西六宫不分等级都是住后妃的，明朝皇后住坤宁宫，所以叫中宫。清朝的皇后，只有经过大婚，才在坤宁宫住三天，三天后，在东西六宫指定一个宫，不像明朝那样永远住坤宁宫，清朝皇后住的本宫是她自己居住的地点。没经过大婚的皇后，一辈子都不能住在坤宁宫里。
其二，皇后除住本宫外，还有一个经常的住所，比如在圆明园总住“天地一家春”，在宫里皇后总住在养心殿的东院。养心殿是共字殿建筑，后面共字的东院光绪年间称“体顺堂”，原来叫“绥履殿”，体顺堂是皇后常住的地方。光绪的皇后就住在那里，皇上斋戒的时候她就回本宫钟粹宫，皇后和皇帝吃饭的时候也就在体顺堂。
其三，别的妃嫔的待遇就不同了。在皇帝吃饭时递绿头签。妃嫔晚上到燕喜堂等候传唤，皇上叫某妃就把桌上的某妃的绿头签翻过，内殿首领就叫某妃，某妃就陪着吃晚饭，晚上共同生活，其余“叫散”，未被传唤的妃嫔等于下班回去了，就是这种形式。从前传说妃和皇帝睡觉脱了衣服拿被子裹上扛着进去，纯粹是胡说。
●军机处——养心殿的“外脑”
军机处是中央的决策机关，是清朝雍正皇帝建立的机构。雍正皇帝移居养心殿不久，就设立了这个机构。当时清朝正在对西北发兵征战，雍正皇帝为了及时地了解战况，指定战术决策，便建立了军机处。后来这一机构在强化中央集权方面成为清代皇帝最得力的工具。在军机处任职的称为“军机大臣”，其僚属称为“军机章京”。
养心殿里的激战
养心殿作为政治中枢，承载着超乎想象的压力，因此，这里最容易受到关注，也最容易爆发危机。影响中国历史走向的若干决策，干扰中国发展的偶然事件，多多少少都和这座寝宫有些关系。
●“礼仪之争”与禁教令
前面提到过，养心殿曾经是康熙皇帝接见罗马教皇特使的地方，那么，为什么教皇要派特使来中国？特使与康熙之间有过怎样的接触？康熙限制基督教在中国的传播，又和特使之行有着什么样的关系？
这件事的梗概基本是这样的：公元1704年，罗马教廷声称中国教徒祭祖、祭天、祭孔的做法为异端行为，必须予以禁止。接着，教皇派特使到中国任意张贴所谓禁止异端的教皇“谕旨”，下令所有的中国教徒放弃对祖先，上天和孔子的崇拜。对此，康熙采取断然措施，下令将教皇特使多罗驱逐，一面颁布上谕，严格规定，只有保证在中国定居永不回国，并遵循利玛窦以来定下的原则，保证中国教徒有祭祖、祭孔、祭天的自由，并经内务府发给执照的外国传教士，方可在中国传教。1720年，当罗马教皇再次派特使来中国坚持无理要求时，康熙再次下令将特使驱逐出境。罗马教廷干涉中国内政的事件，引起了康熙对西方殖民者的注意，他朦胧意识到“海外如西洋等国，千百年后，中国恐受其累。”因此，到了康熙晚年，对西方传教活动一直采取抵制态度。
而这个冲突的源头，可以追溯到明代。利玛窦等传教士来到中国之后，觉得儒家文化是传教的重要阻碍，于是他们进行了变通，宣称信教者可以保留儒家礼仪信条，不必完全按照基督教的教义进行皈依。这本来是一种高明的办法，但是却被教廷的强硬派所反对。
1704年11月20日，教皇克莱门特十一世（Clement XI）发出“禁约”，规定：
一、西洋地方称呼天地万物之主用“斗斯”（Deus）二字，此二字在中国用不成话，所以在中国之西洋人，并入天主教之人方用“天主”二字，已经日久。从今以后，既不许用“天”字，亦不许用“上帝”字眼，只称呼天地万物之主。如“敬天”二字之匾，若未悬挂，即不必悬挂，若已曾悬挂在天主堂内，即当取下，不许悬挂。
二、春秋二季，祭孔子并祭祖宗之大礼，凡入教之人，不许做主祭、助祭之事，连入教之人，并不许在此处站立，因为此与异端相同。
三、凡入天主教之官员或进士、举人、生员等，于每月初一日、十五日，不许入孔子庙行礼。或有新上任之官，并新得进士，新得举人生员者，亦俱不许入孔庙行礼。（注意，这里只涉及入教的进士、举人。）
四、凡入天主教之人，不许入祠堂行一切之礼。
五、凡入天主教之人，或在家里，或在坟上，或逢吊丧之事，俱不许行礼。或本教与别教之人，若相会时，亦不许行此礼。因为还是异端之事。凡入天主教之人，或说我并不曾行异端之事，我不过要报本的意思，我不求福，亦不求免祸，虽有如此说话者亦不可。
六、凡遇别教之人行此礼之时，入天主教之人，若要讲究，恐生是非，只好在旁边站立，还使得。（既入天主教，就得遵守天主教“礼仪”，此乃天经地义。）
七、凡入天主教之人，不许依中国规矩留牌位在家，因有“灵位神主”等字眼，又指牌位上有灵魂。要立牌位，只许写亡人名字。再者，牌位作法，若无异端之事，如此留在家里可也，但牌位旁边应写天主教孝敬父母之道理。
同时，教廷还派意大利人多罗（Charles Maillard de Towrnon）主教带着这道禁约到中国。多罗于1705年4月到广州，12月4日到北京。他到北京，表面上受欢迎，实际上暗中受到监视。
萧若瑟说：“至康熙年间，各省传教神父，争执益力，纷纷上书于罗马教皇，求察明断决，以息群喙。历任教皇，以神父所言不同迟疑不决者久之。至一千七百零四年教皇格勒孟第十一，又详细考核，知以上诸礼，难免异端臭味，不合圣教之至圣。遂不复迟疑，即出谕禁绝。”这个评价很中肯。
广东的耶稣会士察知多罗此行的目的，暗中联络在京的耶稣会士，密商对策，劝多罗不要以教皇“特使”身份见康熙。所以，多罗见康熙，关于衔命来华发布禁令之事，只字不提。
1706年康熙第二次接见，向多罗谈了关于中国祭祖的意义，并云：中国两千年来，奉行孔学之道，传教士入传中国，常受中国“保护”。若是反对敬孔祀祖，传教士便“休想留在中国”。他又说，中国人古来所敬拜的天和基督教的神是二而一的，中国拜孔祀祖与基督教义并不冲突，基督教之《圣经》，可与中国经书相通。
多罗不敢正面回答，答应引荐被称为“中国通”的主教阎当。阎当只会说福建话，不会讲官话，康熙就说他：“愚不识字，擅敢妄议中国之道！”
多罗不得已于1706年8月离开北京，到达南京。康熙皇帝则在1706年12月通令在中国的传教士必须向朝廷领取“居留证”，并声明遵守利玛窦的规矩，否则驱逐出境。
1707年2月，多罗在南京宣布教皇禁令，并加上自己的解释，谴责使用“上帝”和“天”的称呼以及用牌位表示阴灵的做法，宣布对违者处以绝罚。康熙闻之大怒，将多罗遣送到澳门。在澳门，多罗被葡萄牙人所困，于1710年6月8日病故。
多罗被囚澳门将近三年，被教皇任命为枢机主教。多罗虽身处逆境，仍愿意与中国朝廷修好，立即将教皇恩命奏闻中国朝廷，又向清朝政府推荐随员潘如（精通天文历算）、德里格（精通音律之学）、马国贤（长于绘画），“乞赐简用”。三人遵多罗之命进京，并领取印票（印票上写有姓名、年龄、某国、某会，“永不复回”等字样）。
