郑和下西洋所用的“宝船”，最大的宝船长四十四丈四尺，宽十八丈，载重量八百吨。这种船可容纳上千人，是当时世界上最大的船只。事实上，明朝时中国具有很强的航海能力，但由于明朝政府的规定，海防后来却出奇的弱。
由于商品经济的进一步发展，当时的对外贸易已经相当发达。沿海一带的海上贸易也有利可图，但因为明朝的“禁海令”，和国外通商是被严令禁止的。中国出产的茶、瓷器和丝绸都能在海外卖个好价钱，据说丝绸运到南洋价格可以提高十倍。这样一来，一些中国的商人或海盗，如王直、徐海等人为了经商发财，开始与倭寇互相勾结，形成海上走私集团，使得倭患愈演愈烈，那些商人也就成为了倭寇的一部分，才有了《明史·日本志》所说的：“大抵真倭十之三，从倭者十之七”的说法。
王直，《明史》亦做汪直，这个人扮演的角色很关键，他的一生也和当时的“海患”联系在一起。王直是徽州府人，由于同乡关系，他成为“徽商”代表人物许栋的得力干将，一起从事海上的私自贸易，舟山的双屿成为了他们海上贸易据点，而且由于有一些在南洋的外国商人支持，他们拥有一定海上作战实力。由于和沿海当地的富商之间的债务冲突引发了一些流血事件，引起了朝廷的重视。在嘉靖二十七年（1548年），浙江总督朱纨率军突然袭击扫平双屿，朱纨的强硬做法，引发了当地从中取利的商人的不满，他们勾结朝廷官员攻击朱纨，最后导致朱纨忧愤自杀。
在“双屿之战”后，由于徽商首领许栋逃逸并再也没有出现，王直收集残兵，北上屯居烈表山（又名烈港）。烈表山位于定海县偏北约五十里的海中，和东南面的金塘山只一港之隔，地理位置相当重要。在《筹海图编》中曾提到：“王直，少落魄，有任侠之气。及壮，多智谋，善施与”。可见他还是有些能力和魅力的，在这期间王直的部队在烈表山还只是从事私自海外贸易活动，但不让手下抢掠，因此意见的不和使王直和徐海、陈思盼等人分裂，而且王直还总是设法与当地明朝官员接近，甚至帮助政府剿除某些海盗性质的海商，以换取当地官员的好感和支持，从而达到政府同意开市交易的目的。
在先后剿灭卢七、沈九、陈思盼、邓文俊、王丹等海商集团的战斗中，王直和他的私人部队表现出色，也使得他的海上垄断地位逐渐确立。其实，当时王直和沿海一些百姓的关系相当不错，后来的巡抚王抒就曾经写道：“滨海顽民图贼厚利，从而贩取柴米、酒肉以馈之，打造枪刀、铅弹以助之，收买违禁货物以资之，饰送娼优、戏子以悦之，每见官兵动静则星火徒报，官府密令哨探则推避不从。宁杀可爱之身而不忍背不可附之贼。”
明朝是个没有“创造力”的朝代，貌似强大，却过度重文轻武，演出过一些如“土木堡之变”之类的闹剧。当时奸臣和宦官一起祸乱朝政，朝廷自己却还做着“天朝上国”的清秋大梦。“禁海”就有些不符合当时的社会发展需要，当时的赋税很重，而明国的物产丰富，沿海百姓可以从海外贸易中获得更多的利润，也就造成了当地百姓和王直的互助关系。不过王直和当地官员的亲密关系并没有起到什么好的效果，朝廷还是执意反对海外贸易。
嘉靖三十一年（1552年）七月，朝廷委派山东巡抚王忬为浙江巡抚兼提督，专门处理此事。此外，朝廷还调来了武举出身、驻守广东琼州的右参将俞大猷。
嘉靖三十二年（1553年）闰三月，明军将领俞大猷和汤克宽分兵夹击烈表山，但在王直率众的坚守之下屡攻不破，最后明军两个士卒近乎于玩命似的潜入了烈表山，并点燃了寨中的火药库，俞大猷趁势进攻，王直率部在乱军之中突围，在收集残部以后，他已无处可去，只好流亡他乡。
海盗、殖民者、民族败类
王直率领残部在日本的平户定居，并和当地的日本人搞好关系，建立了新的根据地。在《大曲记》里曾记载“有个名叫五峰的大唐人来到平户津，住在现在的印山邸址，修建中国式房屋。”其中“五峰”所指的就是王直。
另外要说的是，一般的说法是在王直退避日本之前，明朝的官方文书还把他们称为“海寇”，而在那之后，王直的部队中编入很多日本武士，在作战时也用日本妆束进行伪装，从此，“倭寇”一词就屡屡出现在明朝朝廷的奏折中，这也算是今天这个“常用词”的起源，王直也自然成为了倭寇的带头大哥。
这一点很难想象，明政府所指的倭寇的头头竟然是一个中国商人，而且他们中的大部分成员都是流亡海外的中国商人和渔民。
王直在日本训练军队学习日本刀法，并把日本武士作为作战的主要力量之一，如果说烈表山之战以前他还算是商人的话，这个时候他已经成为海盗了，朝廷官员的背信也使他开始报复。
嘉靖三十二年（1553年）三月，王直的部队开始对浙江等沿海地区发动大规模的进攻，日本当地的一些流浪武士也加入进来，同行的还有散居的各种海盗组织。
由于当时明朝的海防极弱，他们像蝗虫一样陆续扫平了当地的官署和海卫等一些海防设施。不仅如此，他们还陆续攻击县城和乡镇，对当地的百姓进行烧杀抢掠，给当地造成很大的损失，这也彻底改变了他们和当地百姓原有的亲密关系，各地的民众和乡绅也开始自发抵抗倭寇的进攻。
《明史》中记载：“王直勾诸倭大举入寇，连舰数百，蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警。破昌国卫。四月犯太仓，破上海县，掠江阴，攻乍浦。八月劫金山卫，犯崇明及常熟、嘉定。三十三年正月自太仓掠苏州，攻松江，复趋江北，薄通、泰。四月陷嘉善，破崇明，复薄苏州，入崇德县。六月由吴江掠嘉兴，还屯柘林。纵横来往，若入无人之境，忬亦不能有所为。”可见当时倭寇声势之浩大。
不过在嘉靖三十四年（1555年）五月，在明总督张经率领之下，由各族人民组成的抗倭军队还是还是于王江泾（今浙江为了实现自己“合法”海外贸易的梦想，决定赌一次。他率军来到定海港口，让部下都留在岸边，他上岸准备和胡宗宪等人进行谈判，但是刚进衙门就被抓了起来，并被软禁到了杭州。
胡欲通过生擒王直达到使倭寇解散的目的，但最后也没有取得预定效果，而王直这位“倭寇”的带头大哥，在监狱里度过了两年后，终于在嘉靖三十八年（1559年）十二月二十五日被处决。
王直的想法和西方国家一些早期殖民者很相似，他是个商人，他想对外贸易，只是西方国家的商人很多人得到了国家的支持，而他却被自己的国家遗弃。不过要说明的是，烈表山之战后他组织军队对沿海进行侵略并屠杀自己的同胞，这却是很不应该的，他所走的路和他的结局是由很多原因造成的。
在王直死后，他的养子毛海峰继承了倭寇老大的位置，而且对沿海地区进行了更疯狂的进攻和掠夺。
嘉靖三十七年（1558年）俞大猷被诬免职，倭寇数百人流劫诏安，先后数次对附近烧杀抢掠，从海澄月港进入石码、长泰，又由漳州天宝进入南靖，沿途“焚劫杀掠不计”。后又劫掠平和和漳浦等地，倭患愈演愈烈。
嘉靖三十九年（1560年），毛海峰统帅舰队突袭金门，在该地建立补给基地。嘉靖四十二年（1563年），毛海峰拿下了明军平海卫军营（今莆田县平海），倭寇以此为基地对周边陆地进行扩张和抢掠。
在沿海的军民生活在水深火热之中的同时，倭寇的“天敌”们也已经到来了。
《明史》中对年少时的戚继光的评价是“继光幼倜傥负奇气。家贫，好读书，通经史大义。”其实早在嘉靖三十四年（1555年）秋天，戚继光就从山东调到浙江御倭前线，任浙江都司金书。次年被推荐为参将，镇守宁波、绍兴、台州三府，不久又改守台州、金华、严州三府。这些地区是倭患最严重的地方，嘉靖三十五年（1556年）九月在龙山他就曾击退倭寇的进攻。
抗倭初期，明军不敌倭寇的原因有很多：
其一是明军的战斗力很差。
到嘉靖的时候，各海卫的哨船“十不存一”，士兵数也不及明初的一半，明军的一些将领也很差，如赵文华等人。
俗话说“兵熊熊一个，将熊熊一窝。”明朝的那种官场风气令人很难对他们有所指望。当地的不行，政府也曾调过外兵，不过他们的军纪并不怎么样，虽然一般战斗力蛮强，但要是军饷不足就很容易纪律涣散，有寇的时候还好，无寇的时候他们就自行为寇，戚继光最早对付的往往就是他们。
后期明政府重用了像戚继光这样的将领，部分解决了将领问题，而在战斗力方面，戚继光到任后，上疏请求招募新军。嘉靖三十八年（1559年），戚继光从浙江义乌群山之中招募农民和矿工共三千余人，采用营、官、哨、队四级编制方法编成新型军队，这支军队要英勇善战的多，被称为“戚家军”。而一些少数民族的武装也在抗击倭寇的战斗中起了很大作用，如瓦夫人领导的壮族人民武装和另一支来自湘西土家族的民兵。
第二个原因是兵器装备问题。
倭寇一般用的主要是日本刀和弓，其次是鸟铳等火器，其实弓和鸟铳应该不打紧，明军和抗倭军队也应该有这种装备，而且也不会落后。但是日本长刀就危险了，刀长约一米四左右，有长柄，其长度与重量大约是明军常用配刀的两倍左右，而且可以双手进行劈砍，而明军装备的就只能单手使用。
不仅如此，由于日本当时战斗都是小规模的，对武器的要求也就很高，造成许多日本武士对刀十分重视，日本当时的制刀技术也变得非常发达，他们在制刀的时候采用“包钢”技术，这样的刀刀身整体十分坚固。
倒不是说明朝的制刀技术落后，其实日本的制刀技术大部分继承的是唐代的制刀技术，明朝时中国也掌握了“包钢”技术，不过由于这种方法造价很高，大规模的军队装备不起，所以只有一些将官配有这种好刀，而一般明军配备的是一种短单手刀，这种刀只有刀刃部分才是钢制，可以想象到两种刀对劈的惨痛结局。
