据《厦门志》载，日本从我国汉朝起，至宋代，都来朝贡的。但到了元代就“黠”了，到明代，则为“寇”了。
明太祖朱元璋有天下后，相继诛服方国珍、张士诚。但亡命诸豪往往纠集倭人入寇山东滨海州县。明洪武二年（1369）三月，明太祖派行人（官职名）杨载出使日本，日本王良怀不奉命。当年，倭寇又侵扰山东，转掠温、台、明州，接着侵犯福建沿海。
洪武三年（1370）三月，明太祖又派莱州府同知赵秩出使日本。良怀说：“我们虽处于扶桑之东，未尝不仰慕中国。只是元代的蒙古和我们同样是‘夷’，却要把我们当‘臣妾’。我们先王不服。”当时，元世祖派赵良弼几次出使日本，“招之不至”，就命忻都、范文虎等率10万舟师征讨，遭遇飓风，全军覆灭。日本也就不朝贡了。良怀问赵秩：“你这使者也姓赵，莫非是蒙古人的后代，也将用仁义之类的话斥责我们，而随后派兵来征讨吗？”目示左右杀赵秩。赵秩不为所动，说：“我大明天子，神圣英武，不是蒙古可比的。我也不是蒙古使者。你能杀我就杀！”良怀这才气沮，遣使奉表称臣。但同年，倭寇又掳掠温州。洪武五年（1372），在侵犯海盐、澉浦后，又骚扰福建沿海诸郡。这样，一面朝贡，一面侵犯，反复无常。
《明史·外国传·日本》载：洪武“十六年，倭寇（侵犯）金乡、平阳。十九年，遣使来贡，却之。明年，命江夏侯周德兴往福建海滨四郡，相视形势，卫城不当要害者移置之。民户三丁抽一，以充戍卒。”镇海卫城就是此时（洪武二十年，即1387年）周德兴奉命兴建，用于防倭、抗倭的。
卫下设千户所。镇海卫有六鳌、铜山、玄钟3个千户所。
镇海卫城，周长873丈，城背宽1.3丈，城墙高2.2丈；为女墙1660、窝铺20、垛口720；开东西南北四门，后因东门失险，常关闭，另开一水门。它全用石块垒砌而成。
卫中官员有指挥使1员，指挥同知2员，指挥佥事4员，镇抚2员，经历司、经历各1员，知事1员。而千户所又有正副千户各1员，所镇抚使1员。按明代兵制，卫有兵5307，千户所有兵1168至1898不等。如此，这镇海卫连同所辖千户所，有约10000兵力，是个海疆军事重镇。
从洪武二十年（1387）至嘉靖二十八年（1549）的162年，镇海卫安然无恙。
它不仅“武功慑海疆”，而且“文教冠闽中”。
在这安定的环境中，店肆市廛，日渐繁荣起来，而文教也日益隆盛。卫中除了武职官员外，还有教谕、训导，负责教授生员。而且，还有谪戍而来的朝廷大员，如兵部、吏部尚书陆完，翰林学士丰熙，刑部主事、员外郎邵经邦，等等。他们到了镇海卫，或“讲学著书”，或“聚生徒”，“苦心向导，极力启蒙”。由于这样，“人文蔚起”，有明一代，这镇海卫就出举人43名、进士18名，成了漳州的“文教名区”。
然而，武备却日渐废弛。有个断头罗汉的故事，至今还在流传着。
据《明史·外国传·日本》载，嘉靖三十七年（1558）十一月，倭寇船泊浯屿，掳掠同安、惠安、南安诸县，攻福州，破福安、宁德。三十八年（1559）四月，围福州经月不解，福清、永福诸城被攻毁。倭患蔓延于兴化，奔突于漳州。四十一年（1562）十一月，倭寇攻陷兴化府。
浯屿在镇海卫城东北，相距很近。船泊浯屿的倭寇时时窥伺卫城，但每次来袭，城中就鸡鸣狗叫，有猛士在城上守卫，不能得手。后来，倭寇派出间谍，化装为货郎，混入城里，探知城内有石鸡石狗，贼来就叫；守城猛士乃南门外半里天门宫的十八罗汉。探明虚实后，倭寇夜袭卫城，大肆劫掠，又用烟熏死藏在大石洞里成千上万的百姓，还将这十八罗汉的头全敲掉。
这是传说，但现在原边防所操场边，还收存有6尊石罗汉，都没有头。
这当然不是史实，但它反映了当时的现实。镇海卫原有兵力5307，后来只旗军1042名，新选余丁（应充军役丁口之外的）285人，少了4000多人。且石鸡石狗报警，石罗汉守城，卫城将士是干什么吃的！
其实，自明朝中叶起，军政就很腐败了。《明英宗实录》中载：“沿海卫所官旗，多克减军粮入己，以致军士艰难，或相聚为盗贼，或兴贩私盐。”如此镇海卫城就是铜墙铁壁，也变成不堪一击的鸡蛋了。
卫所军官克扣军粮，士兵没得吃，就当盗贼，或卖私盐，能指望他们守土保民吗？这也就是倭寇为什么会如入无人之境、狂暴肆虐的根本原因。断头罗汉的故事正是这种社会现实的反映。
据《镇海卫志》载，嘉靖四十年（1561）闰五月十三夜，在广东造反的张琏率众由水门袭陷卫城，它又遭一场焚掠，但城还是在的。
到清顺治十八年（1661）九月，为切断沿海百姓与郑成功反清武装的联系，清廷下令“迁界”，沿海百姓内迁30里。镇海卫城连同铜山等3个守御千户所一齐被毁。民居、公署，甚至连寺庙也都一火了之。连树木也砍光，又甚至“割青”，将田里禾苗尽行割除。真是“落了片白茫茫大地真干净”了！
清康熙二十年（1681），重修它为金门水师的汛防城。康熙五十七年（1718），和乾隆二年（1737）、五年（1740），也都曾重修过。但历史上曾作为“福建五卫”之一的镇海卫，而今只残留4个城门，还有连接水门与北门的一道城墙颓垣，有如败鳞残甲的一条长龙。
保存较好的是南门，残高4.2米。外有瓮城。瓮城内左边有座小庙，庙门正对城门。瓮城门开在右侧，内外两门错开，不相面向。城门边，长着一棵榕树，郁郁葱葱。它当是卫城被毁后长出来的。因为它，这古城门也就不枯寂，而显得滋润，有生气。
城门内有座牌坊，为都指挥徐兴、徐麟所立。正中石匾上，一面刻“父子承恩”，一面刻“祖孙传阃”各4个大字，人称“世阃坊”。
门内一条古街，宽约2米，长100米左右。从城门沿土坡层层斜上，各层之间砌以石阶。街道上铺的石头，已被脚板、岁月磨得光溜溜的。两边店铺早就无存。走在街上，已很难想象这曾是熙熙攘攘的一处市井了。
在南门内有口古井，叫罗汉井。还有两口，一在原卫署中，叫柳树井，石井栏上有汲水井绳痕二十几道，深寸许；一在卫城西北角，叫七星井，井底有6孔泉眼。据说，当时卫城有井99口，均为江夏侯周德兴筑城时所凿。
600多年了，还未被时光洗掉的历史遗迹，大抵如镇海卫城般的残缺。它不能再生而完美，但它能矫正社会、人生，免致残缺，日趋完美。
