东晋南朝时期各政权的行政状况，姚察作了一个最为形象的总结：“魏正始及晋之中朝，时俗尚于玄虚，贵为放诞，尚书丞郎以上，簿领文案，不复经怀，皆成于令史。逮乎江左，此道弥扇，惟卞壶以台阁之务，颇欲综理，阮孚谓之曰：‘卿常无闲暇，不乃劳乎？’宋世王敬弘身居端右，未尝省牒，风流相尚，其流遂远。望白署空，是称清贵；恪勤匪懈，终滞鄙俗。是使朝经废于上，职事隳于下。”到了陈朝后主时期，“既属邦国殄瘁，不知稼穑艰难。初惧阽危，屡有哀矜之诏，后稍安集，复扇淫侈之风。宾礼诸公，唯寄情于文酒，昵近群小，皆委之以衡轴。谋谟所及，遂无骨鲠之臣，权要所在，莫非侵渔之吏。政刑日紊，尸素盈朝……”在这样的政治生态之下，要求保证中央对地方的有效控制，实在太难了。因此，这时的权力运作，总的特点是主弱臣强。所谓“晋自中兴以来，号令威权多出强臣”。具体而言，则是开国之君集权较强，继体之君集权不足的基本格局。
地方行政层级依然是州郡县三级。朝廷在上，直统府州。地方则“府以统州，州以监郡，郡以莅县”。同时，行政环境也发生了很大变化。
第一，南北分裂。北方处于五胡相攻，十六国递相为政的混乱之中。直到东晋安帝隆安初，鲜卑人开始崛起于北方。386年建立北魏政权。398年迁都平城。439年统一北方。北方各政权间、南北政权间频有征讨，战争连绵。
第二，行政单元激增。三国时期，魏吴蜀三政权合计有州18个（魏：12；吴：4；蜀：2）。西晋时达到19个州。东晋定都建康，偏居江南，州区竟达到30个。宋政权有州22个。齐政权23个。梁政权到梁武帝大同中猛增到107个。陈政权“土宇弥蹙”，至陈宣帝太建末，犹有州64个。
第三，州区数量激增，大小不同，轻重有异，平剧不均。在梁武帝时期州开始分为上品、次品、次品、次品、下品五个等级。
第四，州的实质内容发生了很大变化。三国西晋时期的州，州有其土，土有其民，面积大小，各有定数，都是实土州郡。而东晋南朝时期，除了有所谓的实土州郡外，开始出现所谓的侨州郡、遥领州郡、双头州郡（即两州共设一刺史，两郡共设一郡守）。这些行政单元，或有名无实，或有实无名，或“名号骤易，境土屡分，或一郡一县，割成四五，四五之中，亟有离合，千回百改，巧历不算”。花样各异的行政单元给地方管理带来极大不便。
第五，在这样一种行政生态下，地方州郡实力的强弱，政治的向背，开始对朝政产生重大影响。于是为数不多的几个要州，成为朝廷和地方争夺的重点。一些门阀世族，居朝廷以为巢窟，借要州作为后援，朝野互应，内外结合，演绎出一幕幕这个时期中央与地方的关系活剧来。
一行政权上：宗王出镇要州，朝廷集权不足
公元318年，建都洛阳的西晋政权，在北方少数民族势力的冲击下灭亡了。时镇建康的琅邪王司马睿，在以山东琅琊王氏为主体的南北大族支持下，于建康称帝，建立东晋政权。初建东晋政权的司马睿，既无有力的宗藩，又无较强的武力，更无治国用兵之术，只好容忍“王与马共天下”的政治现状。由于王室力弱，王氏势强，东晋一朝，自王导时起，即行“愦愦之政”。中央对地方的行政统领软弱无力。当时，朝廷以尚书省作为中央行政中枢，向地方州郡下达政令。州郡长官及重要属佐，则由尚书省的吏部任命。由于实行九品中正制的选官制度，实际的选举权却在门阀世族手里。州郡各设中正，由各州郡在朝做官的门阀大族担任，并由朝廷任命。由朝廷任命的州郡中正，对本州郡的士人出来做官有很大的参议权，有时还起决定作用。如齐武帝永明初，吴郡人张绪为扬州大中正，长沙王司马晃要选用吴兴人闻人邕为州议曹（参军），“绪以资籍不当，执不许。晃遣书佐固请之，绪正色谓晃信曰：‘此是身家州乡，殿下何得见逼？’”可见，州大中正作为州刺史的属佐，在人事行政的任命上有很大的干预权。
州牧郡守要在劝农、理狱、征赋、恤民、荐才、教化、陈奏时政等政事上，严格执行朝廷命令。“为政小大，必先启闻。”“事无大小，动皆咨启。”中央朝廷在必要时，还可以派遣尚书台等中央官员下至州郡，对朝廷所发布的各项行政命令的执行状况进行督导。宋政权文帝时下诏：“凡诸州郡，皆令尽勤地利，劝导播殖，蚕桑麻，各尽其方，不得但奉行公文而已。”后废帝元徽三年（475年）夏四月，朝廷专门派遣尚书郎到各州督促检核户口。齐政权时下诏：“守宰亲民之要，刺史案部所先，宜严课农桑，相土揆时，必穷地利。”“若耕蚕殊众，足厉浮堕者，所在即便列奏。其违方骄矜，佚事妨农，亦以名闻。”梁武帝时甚至在朝中设有“知十州损益事”一职，以加强对一定地区行政事务的干预。地方州郡要定期地接受朝廷的考课。东晋元帝时下诏，“课督农功，诏二千石长吏以入谷多少为殿最。其非宿卫要任，皆宜赴农，使军各自佃作，即以为廪”。
但是，在门阀政治的环境下，地方的州郡牧守，包括他们的重要属佐都来自高门。地方的军政要职，被他们所把持。他们以清官自居，养尊处优，望白署空，不以地方政务为心。东晋初，王导为扬州刺史，曾派遣八部从事到州内访查各郡国二千石长官得失。诸部从事访查结束返州汇报时，有一名叫顾和的从事，不但不向王导汇报，反而略带抵触情绪地对王导说：“明公作辅，宁使网漏吞舟，何缘采听风闻，以察察为政。”王导听到这句话不但不怪罪顾和，反而咨嗟称善。这说明东晋一朝对地方行政的领导，是处于一种统而不领，管而不制的松弛状态。一些边远州镇，甚至擅立地方规制，坑害农商。刘道济，元嘉初做益州刺史。益州物阜人丰，“远方商人多至蜀土资货，或有值数百万者，（州长史）谦等限布丝棉各不得过五十斤，马无善恶，限蜀钱二万。府又立冶，一断民私鼓铸，而贵卖铁器，商旅吁嗟，百姓咸欲为乱”。东晋南朝各政权，一直没有建立起规范的对地方政权的考核制度，这和门阀政治的影响关系很大。
朝廷想知道地方州郡是否在政治上忠诚，其标准之一是看地方能否努力向朝廷贡献。因此，倾力上贡成为地方州郡的一件大事。宋末，荆州刺史沈攸之起兵反朝廷。萧道成责备沈攸之不忠的表现之一，就是在做荆州刺史时，无任何荐献。齐建元初，交趾人李叔献为交州刺史。“叔献受命，既而割断外国，贡献寡少。世祖欲讨之。永明三年（485年），以司农刘楷为交州刺史，发南康、庐陵、始兴郡兵征交州。”后叔献遣使表示愿宽缓数年，献十二对纯银兜鍪孔雀縝，齐世祖仍不答应。益州刺史刘悛，“罢广、司二州，倾资贡献，家无留储。在蜀作金浴盆，余金物称是。罢任，以本号还都，欲献之，而世祖晏驾，郁林新立，悛奉献减少，郁林知之，讽有司收悛付廷尉，将加诛戮。高宗启救之，见原，禁锢终身”。萧惠休，“永明四年（486年），为广州刺史。罢任，献奉倾资”。《南齐书》卷46《萧惠休传》载齐武帝称赞惠休，下情厚于前后人。崔慧景“每罢州，辄倾资献奉，动数百万，世祖以此嘉之”。明帝时由于地方进献太滥，特下诏：“自今雕文篆刻，岁时光新，可悉停省。蕃牧守宰，或有荐献，事非任土，严加禁断。”州郡牧守的进献，又引起县令长也向朝廷进献，致使明帝再次诏断。梁时，州郡县向朝廷献奉依然成风。梁武帝登基伊始即下诏：“断诸郡县献奉二宫。惟诸州及会稽，职惟岳牧，许荐任土……”陈初，欧阳为广州刺史，“又多致铜鼓、生口，献奉珍异，前后委积，颇有助于军国焉”传》。】。陈文帝时，华皎为湘州刺史。“皎起自下吏，善营产业，湘川地多所出，所得并入朝廷，粮运竹木，委输甚众；至于油蜜脯菜之属，莫不营办。又征伐川洞，多致铜鼓、生口，并送于京师”。这种现象无法从行政制度上去作合理的解释，但它确实反映着此时中央和地方关系的一种现状。
任土作贡，是朝廷对地方在政治上保持控制的标志之一。对于那些贡献消极而又天高帝远的州郡，如交、广二州，不仅物产丰富，人口众多，且权力较大，可以自署郡县长官，因而历来是中原政权这个“原子团”中最易溜出的两个“离子”，也是朝廷始终眈眈注目的地区，尤其是当刺史的政理越突出的时候。如梁元帝时，萧勃做广州刺史。“兵强位重，元帝深患之，遣王琳代为刺史”传》。】。欧阳纥，陈文帝天嘉中进位至广州刺史、都督交广等十五州军事。“在州十余年，威惠著于百越……（陈废帝）光大中，上流藩镇并多怀贰，高宗以纥久在南服，颇疑之。”为最大限度保证此二州不至失控，朝廷除了定时使用组织处理措施，如迁代、内征等办法外来解除其权力外，还不时地或明令，或暗讽，让交、广刺史遣送家人做人质。如陈高宗时，马靖为广州刺史，“甚得岭表人心，而兵甲精炼，每年深入俚洞，又数有战功，朝野颇生异议。高宗以（萧）引悉岭外物情，且遣引观靖，审其举措，讽令送质。引奉密旨南行，外托收督赕物。既至番禺，靖即悟旨，尽遣儿弟下都为质”。南陈高祖陈霸先初受禅，湘洲刺史王琳反叛。临川人周迪为江洲刺史，“欲自居南川，乃总召所部八郡守宰结盟，声言入赴（击王琳）……王琳败后，世祖（陈？）征迪出镇湓城，又征其子入朝，迪趑趄顾望，并不至。（终至起兵）”
东晋南朝诸政权均定都建康，地处长江下游。因此，上游的荆、郢、江、益诸州，北边的豫、徐、南兖诸州，东南的南徐、南豫、东扬州等州，成为神都的护围，尤其是荆州，为上流形胜，地广兵强。首都所在地--扬州，成为神都的核心，更是朝廷控制的重点。南朝各政权对上述各州，通常都是派皇子或宗王作刺史和都督（此点将在朝廷与地方在军权方面的关系中论述）。扬州刺史（牧）通常为宰相的兼职，或由皇子（部分为宗王）出任州牧。神都所在的郡为丹阳郡，又是扬州的核心地区，自然也是朝廷必控地区。丹阳尹通常也都由中书监（令）或尚书令兼任。如宋末刘秉，为尚书令，领丹阳尹。袁昂，“普通三年，为中书监、丹阳尹”。扬州部内的郡守，多数亦例为内官兼领。后世封建王朝，中央驾驭地方的方法大多是在京畿及其周围地区陈设重兵，以中驭外。而南北朝时期则是通过朝内重臣控制京畿，皇子或宗王控制重要州区的方式来驾驭地方，即史家所谓：“江左以来，树根本于扬越，任推毂于荆楚。……民户境域，过半于天下。晋世幼主在位，政归辅臣，荆、扬司牧，事同二陕。宋室受命，权不能移，二州之重，咸归密戚。”南徐州的州治--京口要地，“去都邑密迩，自非宗室近戚，不得居之”。虽然其间也曾一度让刘延孙为南徐州刺史，乃一时权宜：为防竟陵王刘诞。刘诞威胁一旦解除，刘延孙的南徐州刺史一职即刻被授予孝武帝的小儿。要么，就通过拆分强镇，设置新政区来削弱地方力量，达到控驭地方的目的。如宋孝武孝建元年（454年），分别从荆、湘、江三州，分出八郡二县立郢州，“欲以削臣下之权，而荆、扬并因此虚耗”。尚书令何尚之有鉴于此，不久即建言复合二州，被孝武帝坚决驳回，即使是“矫枉过直，藩城既剖，盗实人单，阃外之寄，于斯而尽”，也在所不惜。因为，有时皇子宗王也未必可靠。宋时南郡王义宣，都督荆湘等八州军事、荆湘二州刺史，“朝廷所下制度，意所不同者，一不尊承”。又“密治舟甲”，举兵向阙。南齐宗室萧遥欣，明帝建武元年（494年）为荆州刺史，都督荆雍益等七州军事，镇江陵。明帝任遥欣，“意寄甚隆；而遥欣至州，多招宾客，厚自封殖，明帝甚恶之”。本传里更记其“聚畜武士，以为行援”。南陈始兴王陈叔陵，做江洲刺史，都督江郢晋三州军事。年十六，政由己出，僚佐莫预。“诸公子侄及罢县令长，皆逼令事己。……州县非其部内，亦征摄案治之……太建四年（572年），迁……湘洲刺史……日益暴横，征伐夷獠，所得皆入己，丝毫不以赏赐。征求役使，无有纪极。……其曹局文案，非呼不得辄自呈。笞罪者皆系狱，动数年不省视。潇、湘以南，皆逼为左右。里殆无遗者。其中脱有逃窜，辄杀其妻子。州县无敢上言，高宗弗之知也。”俨然成为一个独立的小朝廷。
而对于边远地区郡县长官的使任，则视情而定。东晋时，周访做梁州刺史。“守宰有缺辄补，然后言上。”
