在签约过程中，俄国是否给了崇钦差什么好处我们不得而知，但崇厚与俄签订的这个《交收伊犁条约》，却千真万确是个完全倒向俄方的条约，是彻头彻尾的卖国条约。
左宗棠很快在肃州拜发《复陈交收伊犁事宜》一折，折后又附《请敕令刘锦棠帮办新疆军务》一片。
折曰：“窃维国家建中立极，东南滨海，西北以昆仑枝干为界画，向与俄罗斯不相联接，以蒙部、哈萨克、布鲁特、浩罕为之遮蔽间隔也。近自俄人日迫，诱胁日众，哈萨克、布鲁特各部落多附俄人，俄又取浩罕三部落，拓其边圉，于是俄与中国边境毗连，无复隔阂矣。”
又说：“中国削平发捻，兵力渐强，制炮造船，已睹成效，彼如思逞，亦有戒心。而渝约称兵，各国商贾先失贸易之利。苟可相安无事，其亦知难而息焉。若夫俄与中国则陆地相连，仅天山北干为之间隔。哈萨克、安集延、布鲁特大小部落从前与准回杂处者，自俄踞伊犁，渐趋而附之，俄已视为已有。若此后蚕食不已，新疆全境将有日蹙百里之势，而秦、陇、燕、晋边防且将因之益急。彼时徐议筹边，正恐劳费不可殚言，大局已难复按也。夫陆路相接，无界限可分，不特异日无以制凭陵，即目前亦苦无结束，不及时整理，坐视边患日深，殊为非计……察俄人用心，殆欲踞伊犁为外府，为占地之广，藉以养兵之计，久假不归，布置已有成局。我索旧土，俄取兵费巨资，于俄无损而有益。我得伊犁，只剩一片荒郊，北境一二百里间皆俄属部，孤注万里，何以图存？此外，俄人容纳叛逆一节，崇厚曾否与之理论，无从悬揣……是臣今日所披沥上陈者，或尚不在俄人意料之中。
当此时事纷纭、主忧臣辱之时，苟心知其危而复依违其间，欺幽独以负朝廷，耽便安而误大局，臣具有天良，岂宜出此？就事势次第而言：先折之以议论，委婉而用机；次决之以战阵，坚忍而求胜。臣虽衰庸无似，敢不勉旃！”
折子最后又对关外兵力布置作了一番安排：“除乌里雅苏台、科布多边务应请旨敕下该将军大臣预筹布置以臻妥慎外，所有新疆南、北两路军务，臣既身在事中，身当与各将领敬慎图维，以期有济。现调南疆立功后告假回籍饬赴喀什噶尔军营换防之头品顶戴题奏提督、陕西汉中镇总兵、骑都尉世职、伯奇巴图鲁谭上连，挑带旧部一营并统杨昌濬所练关内三营赴肃，俟明春冻解，先赴喀什噶尔，仍归刘锦棠总统外，并催头品顶戴记名提督、甘肃宁夏镇总兵、一等轻车都尉世职、嘎什普祥巴图鲁谭拔萃，头品顶戴记名提督、甘肃巴里坤镇总兵、骑都尉世职加一云骑尉、霍隆武巴图鲁席大成，头品顶戴记名提督、骑都尉世职，额尔克巴图鲁戴宏胜，由籍挑选旧部到甘，分统杨昌濬所练之关内各营，驰赴喀什噶尔，均归刘锦棠总统，以厚兵力而资分布。臣率驻肃亲军，增调马步各队，俟明春冻解，出屯哈密，就南北两路适中之地驻扎，督饬诸军妥慎办理。”
片曰：“再，通政使司通政使、二等男，法福灵阿巴图鲁臣刘锦棠，出关以来，克复各城，勋绩丕着，迭蒙天恩不次擢用，优加赏赉，遐尔闻知，同深感服。
其现办善后事宜，因地施治，宽猛得宜，吏畏民怀，已睹成效，洵一时杰出之才，非臣衰庸所能及也。
维边方之任，非贤能不足宏兹远谟，亦非重其事权不足舒其蕴蓄。窃见俄人近时目睹刘锦棠勋望日盛，不免因畏惮而生忌嫉之心，动辄造谣传播，妄思摇撼。古云‘盗憎主人’，故无足怪。惟威名日久，疑谤易滋，无以寒远人之胆；又飞鸟未尽，良弓已藏，足隳任事之气。区区愚忱，不敢不尽。
伏恳天恩，并案论功，将刘锦棠优赏钦差衔，敕令帮办新疆北路军务，以彰殊眷而资镇压之处，伏候圣裁。”
左宗棠的折子先分析了崇厚与俄所定之约的弊端，并一针见血地指出：“我得伊犁，只剩一片荒郊，北境一二百里间皆俄属部，孤注万里，何以图存？”然后提出自己的观点：“先折之以议论，委婉而用机；次决之以战阵，坚忍而求胜”。
左宗棠认为，先在谈判桌上与俄理论，俄若坚持前约，便动用武力收复伊犁。
左宗棠的折、片到京的当日，大学士直隶总督北洋大臣李鸿章也给朝廷上了一折。
李鸿章在折子中这样写道：“就总理衙门寄到分界图说核之，伊犁西界割去一条，长数百里，其患犹浅；南界割去一条，亦数百里，跨踞天山之脊，隔我南八城往来要道。细揣俄人用意，一则哈萨克、布鲁特游牧诸部新附俄邦，今复遮其四境，绝彼向化之途。一则扼我咽喉，使新疆南北声气中梗，心殊叵测。夫中国所以必收伊犁者，以其居高临下，足以控制南八城。谈形势者，谓欲守回疆，必先守伊犁也。今三面临敌，将成孤注，自守方不易图，岂足控制南路？想左宗棠等碍难遵办，是界务与商务相较，界务尤重矣。”
李鸿章也认为崇厚与俄所定之约弊端太多，称“夫中国所以必收伊犁者，以其居高临下，足以控制南八城。谈形势者，谓欲守回疆，必先守伊犁也。今三面临敌，将成孤注，自守方不易图，岂足控制南路？”
李鸿章的这段宏论，与左宗棠可谓英雄所见略同。
但李鸿章话锋一转，又从外交的角度这样写道：“崇厚出使，系奉旨给与全权便宜行事字样，不可谓无立约定议之权。若先允后翻，其曲在我。自古交邦之道，先论曲直，曲在我而侮，必自招用兵之道；亦论曲直，曲在我而师必不壮。今日中外交涉，尤不可不处于有直无曲之地，我既失伊犁而复居不直之名，为各国所讪笑，则损失更多。且彼仍必以分界修约为词，时相促迫，促迫不已，必启兵端，而西北路各军与俄人逼处，积不相能，约既不换，则随时随事易生猜嫌，亦难保不渐开边衅。中俄接壤之处，约万余里，迨兵衅一开，其所要求恐仅照现议而不可得者，况防不胜防。”
李鸿章又说：“是崇厚所定俄约行之，虽有后患，若不允行，后患更亟。”
通读全折可以看出，李鸿章尽管承认崇厚与俄所定之约弊端太多，对国家大是不利，但他仍劝朝廷同意此约，理由是崇厚系钦差大臣，又奉旨给与全权便宜行事字样，有立约定议之权。李鸿章担心朝廷不批准此约会启兵端，引发中俄两国全面的战争。这是李鸿章最担心的结果。
李鸿章老于外交，他老上的折子，朝廷自然倍加重视。但就此便同意崇厚所定之约，军机大臣王文韶等却坚不同意，恭王等亦心有不甘。
一时间，街谈巷议，无不以一战为快。
慈禧太后经与王大臣们反复商讨，决定采纳左宗棠的建议：“先折之以议论，委婉而用机；次决之以战阵，坚忍而求胜”。
慈禧太后认为，只有左宗棠的建议，才是真正的“老成谋国之论”。
军机大臣沈桂芬经过反复权衡，毅然上折，又提出了一个“易使往议，改订条约”的折中办法，算是对左宗棠建议的一个补充。
此办法经过朝议，认为可行，于是批准。
此时，关外的刘锦棠是什么态度呢？
刘锦棠上书总理衙门，先是痛斥崇厚所定之约的危害，表示：“彼如越境窥伺，则勒兵以痛击之，静以制动，逸以待劳。”
刘锦棠接着又说：“其能就我范围交还伊犁也，固可相遇而安；其不就我范围交还伊犁也，亦可相机而动。”
刘锦棠同左宗棠的观点一致，建议朝廷在继续谈判无成果的前提下，动用武力收复伊犁。
刘锦棠把密函发走的当日，曾对道员罗长佑说道：“本官听说，俄国的那个科尔帕科夫斯基很会用兵，是俄国一等一的人物。本官倒很想和他打上一仗，见识一下他用兵的手段！”
这话说过没几天，刘锦棠便开始悄悄地由南疆向北疆调派人马，以防战事突启，被俄人占了上风。
慈禧太后也没闲着，她一连几天同恭王等一班王大臣们反复商讨“改订条约”
的人选，计议将要照会俄国文本的措辞。
几乎与此同时，清廷又向中外发布圣谕：“将崇厚革职，押赴京师交刑部治罪，驻俄公使一职，暂由参赞官邵友濂署理。”
光绪六年（公元1880年）元月十日，总理衙门禀承太后的懿旨，正式照会俄国驻华公使馆，称崇厚在俄国所议条约、章程、专条各款，“多有违训越权之处，事多窒碍难行”，不予批准，将另派大臣赶往俄都重新议约。
越两日，朝廷又发布改订条约人选：诏中国驻英、法两国公使曾纪泽兼署驻俄公使，加钦差大臣衔，驰赴俄都重议条约。
将改约人选通报给俄驻华公使馆的同时，为防俄国不同意改约突启衅端，朝廷又紧急给刘锦棠飞下一旨。
旨曰“通政使司通政使刘锦棠着帮办新疆军务。”
同日，朝廷又给左宗棠飞下一旨。
旨曰：“本日据王大臣等会议筹务边防事宜一折。此次俄国与崇厚所议条约章程，多所要求，断难允准，已改派曾纪泽前往再议。惟该国不遂所欲，恐其伺隙启衅，必须有备无患。新疆防务紧要，左宗棠熟悉边情，老于军情，即着将南北两路边防通盘筹画，务臻周密。本日有旨，令刘锦棠帮办新疆军务。刘锦棠、金顺两军均在前敌，尤为吃重，并着随时侦探防范，会商左宗棠妥为布置。锡纶现驻哈城，兵力太单，且与俄人逼处，宜策万全，如能就地选募边人，招徕蕃属亦可壮我声威，着与左宗棠商酌办理。棍噶札勒参久在边疆，闻为俄人所惮，该呼图克图前经给假三年，现在用人之际，着锡纶传旨，令其销假赴营，统带所部，以为掎角。
左宗棠前有移营哈密之奏，究竟移扎该处，能否联络声势，有裨前敌？是否于后路不致悬隔，可以兼顾？该督当斟酌情形，妥筹进止。至练生军已防师老，足粮食以计久长，联兵势以完后路，均系目前要着，并着悉心经画，以图疆圉。现在时势艰难，全赖该督等为国宣勤，同仇敌忾。所有一切机宜，着于奉旨一月内迅速具奏，以慰廑系。”
圣旨先通报了朝廷已拒绝批准崇厚与俄所定之约，并改派曾纪泽赴俄都继续谈判的情况，又命左宗棠“即着将南北两路边防通盘筹画”，宜策万全。
同时，朝廷飞旨直隶总督李鸿章、两江总督刘坤一，令二人迅速对南、北二洋海上防务作出布置，又檄催原淮军将领宋庆等，速统带旧部赶往吉林、黑龙江边陲，加强防务。
大清国一面派人改约，一面又紧急调兵遣将，做着两手准备。
毫无疑问，西征大军对阿古柏侵略军之战所取得的全面胜利，极大地鼓舞了清廷上下的斗志。鸦片战争以来饱尝各国欺侮的清政府，终于决定挺直脊梁，昂起头颅，和不讲道理的大俄帝国拼上一拼。
左宗棠在肃州行辕已是几夜不得安枕。他心里异常清醒：朝廷敢于昂起头颅拒绝批准崇厚擅订之约，全因官军在对阿古柏之战中打得好。俄国能否同意与中国“改订条约”，关键还要看中国的武备如何。而中国的武备，说穿了，就是中国目前的海防与塞防是否能比拼得过俄国。海防是李鸿章的北洋水师，塞防自然就是目前在疆的以及黑龙江沿线的各路官军。
左宗棠对着全疆舆图熟虑了五天，终于拟定出三路进规伊犁的方案：金顺为一路，扼住晶河一线，严防俄军窜防；刘锦棠为一路，取道乌什，从冰岭以西经布鲁特游牧区直指伊犁；张曜为一路，从阿克苏冰岭之东，沿特克斯河指向伊犁。
左宗棠决定先把自己的进军计划函告刘锦棠，征求一下刘锦棠的意见，然后再上奏给朝廷。
哪知左宗棠信尚未发出，刘锦棠的快函倒先期递进了行辕。
左宗棠读过刘锦棠的信后不由愣住了：刘锦棠提出的进军路线竟然与自己的想法一般无二！
刘锦棠在信中还特别强调指出：“兵锋指向伊犁的同时，须以十二营分屯阿克苏、哈密为后应，以五至六营增强塔尔巴哈台防务，方为万全。”
左宗棠沉思许久，边点头边抚须笑道：“这个龟儿子，他是越来越会用兵了！——一个刘毅斋，收复伊犁足矣！”
左宗棠于是不再犹豫，很快拜发《复陈布置情形》一折。
折曰：“现拟规复伊犁东路宜严兵晶河一带，扼其纷窜，伊犁将军金顺主之；中路由阿克苏冰岭之东沿特克斯河经趋伊犁，计程一千二百五十里，本商货往来之道，按察使衔，嵩武军统领署广东陆路提督张曜主之；西路取道乌什，由冰岭之西经布鲁特游牧地约七站抵伊犁，计程一千二百五十里，此路久经封禁，道光初那彦成、德英阿奉敕复陈，指为换防官兵往来捷径也，通政使司通政使刘锦棠主之。三路兵力本不为单，然踞伊犁之俄兵来去靡常，未知确数，而俄官安置清水河、塔尔奇、绥定三处汉回，诇知约尚三四千之多，俄人已将其眷属送归俄境，胁为其用。
土回闻伊犁有交还之说，凶恶者惧为官军所不容，携带逆眷投入俄境，其留伊犁人数无从稽考。此外旗营除伤亡外，存者寥寥。而锡伯一旗，虽尚有八九千之多，然心怀两端，非但难期得力，并须防其内讧。是三路之军，战守相资，非厚集其势不可也。按刘锦棠驻西四城，总统马步二十五营旗，计弁丁八千五百七十名，马队一千五百骑，内步营应换防者颇多。臣前饬题奏提督、陕西汉中镇总兵谭上连选募旧部将弁勇丁七百余名，并统杨昌濬挑练三营余丁百数十名，赴刘锦棠营补换防缺额，已于二月初三日出关，约五月初旬可到喀什噶尔。至檄调之记名提督、宁夏镇总兵谭拔萃等五营，尚无到兰确信，已催其迅速成行。俟到齐后，刘锦棠始可分军出乌什，以图进取也。张曜驻阿克苏之军，步队四千五百有奇，马队五百余骑，以之径取伊犁，兵力未免单薄。张曜拟增募皖北步队千名，挑选旧土尔扈特马队数百骑同进。臣饬拨步队四营、马队一营归其节制调遣，并拟令提督易开俊率所部步队填防后路。金顺函商增募湖北四川步队、河南马勇。臣以新军既需整饬，又路远未能克期必到，不若先就近分拨皖军卓胜营马步，可期得力；拟饬提督金运昌分所部马队五百、步队一千五百助之，其如何布置，仍听金顺调度。塔尔巴哈台地介穷边，与俄逼近，锡纶兵力既单，诚如谕旨非‘选募边人，招徕蕃属’不可。顷接其正月十二日来函，商调乌鲁木齐等处土勇。按乌鲁木齐土勇，即徐学功、孔才旧有振武、定西营勇丁内挑出二千零六十名原备复立制兵者，嗣陆续汰革归并，共只存一千一百余名，已拨归都统恭镗、提督博昌分统。分马步二千赴前敌归金顺调遣，应调还派驻古城、阜康各处步队备填扎原防。其古城、阜康，应俟臣到哈密后分营填扎，始臻周密。此规复伊犁三路布置大略情形也。”
通读全折可以看出，左宗棠完全赞同刘锦棠的观点，准备三路兵发伊犁。
东路宜严兵晶河一带，伊犁将军金顺主之；由阿克苏冰岭之东沿特克斯河经趋伊犁，嵩武军统领署广东陆路提督张曜主之；西路取道乌什，由冰岭之西经布鲁特游牧地约七站抵伊犁，通政使司通政使刘锦棠主之。
三路之外，左宗棠又调已进关任职的提督衔陕西汉中镇总兵谭上连，选募旧部将弁勇丁七百余名，并统杨昌濬挑练三营余丁百数十名，赴刘锦棠营补换防缺额；张曜增募皖北步队千名，挑选旧土尔扈特马队数百骑同进，并拨步队四营、马队一营归其节制调遣；金顺则增募湖北四川步队、河南马勇数百，补充兵力。
俄国沙皇得知大清国不承认崇厚所订之约，准备易使往议，重新谈判后，不仅登时恼羞成怒。
他把外务大臣格尔斯召进宫里，大骂道：“中国把我大俄帝国当成阿古柏了！
