为了孤立广西，蒋介石利用湘案，骗广东省政府主席李济深来南京，把他监视起来，使广东失去首领。然后利用陈济棠设法拆散粤桂联盟，使广西失去广东的援助。李济深是广东梧州人，在广东做官，其政治势力的划分属于粤系。广东财力充裕，但士兵战斗力较差；广西较穷，士兵勇敢。李济深利用乡土关系，长期以来与桂系结为一体，广东支援桂省经费，广西支援粤省兵力。因此，在国民党人士中习惯把李济深算做桂系首领，其实这是误解。李宗仁、白崇禧带兵远离广西之后，李济深与留守广西的黄绍竑密切配合，使蒋介石无法插手两广。蒋介石要消灭桂系，不拆散粤桂联盟是难以成功的，因此蒋介石阴谋暗算李济深。
3月13日，蒋介石主持召开中央政治会议，讨论处理湘案一事。会议一开始，蒋介石方面便先声夺人说：“胡宗铎、陶钧的行动是违法的，如果中央不严肃处理，不利于国家政治的巩固，不利于国家的建设，也不利于民众教育，应当起兵讨伐！”
其他蒋派人物亦众口一词，强烈遣谴胡宗铎、陶钧。待众人说完，李济深道：“如今战争刚停，百姓惨遭涂炭之苦多年，不宜再动干戈，湘省之事只宜政治解决。”
李济深的话自然不符蒋的意图。
3月15日，国民党第三次代表大会在南京召开，出席会议的有正式代表247人。会议开始的第二天，胡宗铎、陶钧电告李济深说蒋介石正在长江下游针对桂系布兵。
20日，蒋介石得知自己的人马已按布置进入指定地区，唐生智已掌握其原来的兵马，桂系内部李明瑞倒戈一事已成，于是便把湘案在大会上提出，蒋介石说道：“有人以为‘湘变’是局部问题，余初亦以为然，今乃觉此种认识，殊为错误。地方军人，目无我中央，骄恣成习，积而有此种重大违法之举，公然违背中央之决议，破坏国家统一。中央对于地方，只有法令，无所谓条件；只有命令，无所谓调停。自‘湘变’发生至今，叶琪等部还在湘西追击谭部，置中央驻守原防之命令于不顾。革命险象，于此至极，故必以全力维持中央威信，保障国家统一。”
说到最后，蒋介石怒气冲冲地道：“中央对于地方的不法事件，只有执行法纪，绝无所谓调停的可能！”
李济深一听蒋介石的话头不对，会下急忙面见蒋道：
“‘湘变’一案，李宗仁、白崇禧、胡宗铎、陶钧均已承认错误，至此，中央应格外宽恕，若中央再压迫，压迫过甚，其必将不能接受。”
李济深说到这，用极其恳切的语气说：
“如若用兵，打倒一个桂系，还会有第二个桂系出现，中央当用疏导之策才是。”
李济深越为桂系说好话，蒋介石对桂系越加恼恨。李济深说完了，蒋没有答言。
当天夜里，蒋介石警卫团一连人，包围了李济深住的总参谋部，将李的卫队缴械，把李济深软禁于汤山俱乐部。
蒋介石无理扣押李济深，引起各方面强烈不满，吴稚晖、张静江、李石曾、蔡元培四位元老，听到消息都急了，特别是吴稚晖，因为他在李济深面前拍着胸脯下了保证，如今蒋介石真的把李济深关了起来，自然脸面无处放，便怒冲冲地找到蒋介石，质问蒋介石为什么要扣李济深。
蒋介石答道：“稚老，你是文人，个中原由非你老所能知晓的。”
任凭吴稚晖怎么说，蒋介石也不予理睬。吴稚晖真急了，便和张静江一起，搬到汤山与李济深同住，以表示抗议。蔡元培、李石曾也谴责蒋毫无信义。
广东将领群情激奋，蒋光鼐、蔡廷锴等人联名致电蒋介石强烈要求立即恢复李济深的自由，又电邀黄绍竑到广州商议对策。但此时蒋介石已收买了广东籍将领陈济棠、陈铭枢二人回广东活动，说服广东将领服从中央。他们以貌似公允的两面派手法，以避免牵入战争为理由，把桂系孤立起来。随后，蒋介石任命陈济棠为讨逆军第八路总指挥。陈济棠从此主宰了广东。
蒋介石最拿手的办法是从对手内部收买叛将。蒋知道任何地方派系中都是派中有派，不能没有矛盾，他采用以派制派的方针从内部分化瓦解。利用他手握中央大权的条件，许诺投靠者以高官厚禄，往往容易找到叛投者。这种办法瓦解对手能起到釜底抽薪的作用，见效甚快。
李明瑞，广西北流人，曾毕业于广东韶关滇军讲武堂炮兵科。当年，李宗仁率林虎残部进入六万大山时，李明瑞、钟祖培便在李宗仁部为连长。从那时起，李钟二将，就不离李宗仁左右，南征北战，是桂系的宿将。1927年夏，桂系部队第七军驻守芜湖地区时，李明瑞升任第七军第一师师长。1928年桂系与唐生智争夺两湖的“西征战役”结束后，桂系拥有两湖地盘，乘机大肆扩充军队。李宗仁、白崇禧为了笼络湖北籍军人，先发表胡宗铎、陶钧为湖北省清乡督办、会办。不久又扩编第十八军，以陶钧兼军长，而对第七军立下战功的桂籍战将李明瑞、钟祖培等，则竟然置之不顾。李、钟二人为师长时，陶钧仅是一旅长，且各战役均无显著战功。钟祖培性格外向，不满便愤然而起，盛怒之下，挂甲而辞；李明瑞性格内向，心虽恼愤，但形色不露。
胡宗铎、陶钧独揽湖北全省军政大权，一切税收由他们支配。他们对自己的十八军和十九军两军的军饷，月月发清；而对第七军的经费时有拖欠，使得第七军官兵生活困苦异常。加上湖北籍军官利用职权，大做其走私生意，营私舞弊，贪婪违法，无恶不作。因此，第七军各级官兵，对胡、陶甚为愤恨，一怒发出了“广西人打仗，湖北佬享福”的愤慨情绪。蒋介石得知桂系内部的矛盾，串通蛰居香港的俞作柏，俞是李的表哥，两人关系密切，蒋争取到李明瑞和第七军的另一将领杨腾辉在前线倒戈的许诺。
3月29日，蒋介石完成扣李逐白和李明瑞倒戈的计划之后，亲自担任总司令，到九江指挥作战，讨伐桂系。何应钦任总参谋长，共出动三个军：刘峙的第一军，朱绍良的第二军和朱培德的第三军，另有14艘舰艇配合作战。
蒋介石发出了《讨逆时告将士文》，大肆痛斥桂系：
桂系军阀盘踞两广两湖之地盘，把持两广两湖之财政，劫持两广两湖之军队以自私，其割据行为已非一日。”“桂系军阀反革命的行为，最大者厥有五项：（一）投机取巧，以扩张一系势力；（二）阴谋毒计，以消灭革命武力；（三）挑拨离间，以分裂革命袍泽；（四）贪残掠夺，以剥削民众利益；（五）违背中央，以破坏中国统一。”“总之过去行为，其阴谋狡诈恶毒险狠，实超出北洋军阀之上。”
是时，李明瑞为桂系第七军代总指挥，3月29日，李明瑞在汉口太平洋饭店，召开第七军团以上干部秘密会议。他说：
“弟兄们，我们北伐的目的，原是为了打倒军阀，打倒帝国主义。在历次战役中，旧的军阀被打倒了，但是，现在又有新的军阀起来了，比如蒋介石、胡宗铎、陶钧等就是。”
他列举蒋介石利用中央职权，扩充实力，排除异己，以及胡、陶把持湖北地盘，横征暴敛的种种事实。进而言道：
“我们的官兵，在北伐各次战役中，出生入死，现在倒落得一个食不饱、衣不暖、连按月领饷都成问题的地步。现在蒋介石的军队向武汉打来了，即使我们打败了蒋介石，还不是为胡、陶他们这些新军阀创造机会，结果我们还是吃亏。所以，我的意见是：把我们的部队开到安全的地方，不参加这一场肮脏的战争，等他们打得精疲力尽的时候，不管他哪方面打赢，我们再把他们消灭。我的意见，大家看看怎样？”
第七军将士早就对胡、陶怨声载道，大多数军官都举手喊“同意”。李明瑞环视了到会者，又沉着脸道：“此次会议，不得透出半点风声。”
说到这儿，他把手枪往桌上“叭”地一放。
“有人胆敢透露风声，此枪决不饶恕！”
众皆呼道：“愿与将军同生共死！”
3月30日，蒋介石下令总攻，蒋军的各路人马齐向武汉逼进。
当日，陈济棠等广东军官发表通电，拥护南京，反对桂系，陈济棠下令进攻广西。
蒋介石手令：
“委任何键为讨逆军第四军军长，拨发该部给养70万元，湘省一切要事请芒樵负责。”
何键立即发电表示“竭诚拥护”中央。
就这样，蒋桂还未经交战，桂系占据的湖北、湖南两省，从地方到军队，都已被蒋介石分化瓦解了。蒋介石的侍从副官郑介民在武汉市内指挥蒋系的特务，也做好了内应的安排。
此时，李宗仁、白崇禧都不在军中。李宗仁从上海返回广西；白崇禧正在从塘沽逃往广西的途中；黄绍竑坐镇广西，桂系群龙无首。李宗仁从上海发电到汉，电令胡宗铎代理第四集团军总指挥职。胡召开高级军官会议研究整个军事部署：第一路何键的人马守湘东；第二路叶琪的人马守青山；第三路李明瑞的人马守黄陂祁家湾一线；第四路胡宗铎的人马守阳罗；第五路陶钧的人马在第三、四路的中间地带布防，主阵地长约七十华里。
蒋桂两方的军队装备相同，军官和士兵的素质相等，战斗技能也是旗鼓相当。一场势均力敌的大战迫在眉睫。
4月2日，蒋军先头团迫近阳罗时，胡、陶在黄陂县总指挥部下令各部队进入临战状态。是夜，李明瑞带着所部人马踏着月色，悄悄撤出阵地。这一下对胡、陶是一个沉重的打击，他们主鄂以来，搜刮民财，腰缠万贯，本无冲锋陷阵之勇气，骤遭灾变，实力大减，更无斗志，其他各将领，也多厌战，知道李明瑞阵前倒戈，多主张撤退。结果，桂系军队几乎不战自退。蒋介石遂不费一枪一弹，兵不血刃，占领武汉。冯玉祥先于蒋而入武汉的幻想也破灭了。
蒋介石进入武汉之后，封官犒赏，发给李明瑞部大批现金。电示湖南何键“肃清余孽，只问首恶，不问其他”。又在武汉召开的群众大会上，大骂叛逆，耀武扬威，不可一世。蒋介石还在武汉单独召见了冯玉祥的部将韩复榘，蒋氏夫妇“盛情”款待，当面许韩任河南省主席职，并赠以数十万巨款，开始作瓦解冯部的工作。
从武汉败下来的桂系第四集团军的残部，在胡宗泽、陶钧、夏威的带领下，退到鄂西，想联络四川军阀杨森。蒋介石岂能容他们在鄂西立足，他命张发奎、朱绍良、夏斗寅部追击，同时发出招抚桂系的《告桂系军队书》，称：“官兵如带兵归来，各赏洋五元；官兵如为徒手来归的一律收容；如能杀了你叛逆长官来归的，必得重赏官级。杀了你连排长，赏银百元官升一级；杀了团营长赏银五百元，升二级；杀了师长总指挥来归的，赏银五千元，升三级。”胡、陶、夏三人顶不住蒋介石的武力与金钱双管齐下的手段，三人同时宣布下野，部队听候改编。桂系第四集团军至此全部瓦解。
蒋介石并不满足湖北桂军的消灭，他要趁势彻底铲除桂系，并以此镇服其他派系。4月8日，他发表了《告武汉民众书》，声称：
“此次讨逆之目的，亦不仅在讨伐李、白。务使李、白铲除之后，永无继李、白而起之叛徒。”
蒋介石趁得胜之机，又在《告武汉民众书》中声言，要把两湖建成“为全国训政的模范省”。他甚至表示要广开言路，博来众议。称：“无论团体个人，均可据实直言，具函投入海陆空军行营所特设之纳言箱中。每日上午八时起，至下午五时止，中正当详加批阅，虚衷讲究。如确有可采，当分别详报国民政府或移交省市政府，切实施行。”但是，他又要求具函之人一定注明姓名、籍贯、职业、现住址等详细情况，且不许“故唱难行之高调”，这样一来，大家又都不敢去领教蒋介石的“虚心纳言了”。然而，在当时也不无欺骗作用。
蒋介石“彻底铲除”桂系的战事是从5月5日开始的。蒋介石限5月25日前占领柳州，他又从武汉跑到长沙督战。此前蒋介石也曾胁迫过黄绍竑叛桂投蒋，但黄未能听命。
李宗仁、白崇禧、黄绍竑在蒋介石的紧逼之下，决定争取主动，以攻为守。在蒋介石向广西进攻的同一天，李宗仁在梧州打起“护党救国军”的旗号，由白崇禧、黄绍竑率兵分两路向广东进攻，企图对粤作战后打开新局面。李宗仁则去香港联系其他反蒋力量。5月21日，粤、桂军在广东白泥进行血战，桂军失败，退回广西。白、黄在广西虽反复作战，但无力抵挡蒋介石从四面八方调来攻桂的军队。6月2日，白崇禧、黄绍竑由广西南端的龙州败逃越南，待机再起。
