土地的计税依据为土地的课税标准额，房屋和折旧资产的计税依据为登记在固定资产台账上的评估价格。此评估价格根据日本内阁总务大臣制定的固定资产评价标准加以评价，由知事或市町村长决定该价格，并在固定资产台账上登记。
每3年对所有的房地产进行重新评估，确定价格。重新评估的年度称为基准年度，该年度评估的价格为基准年度价格。基准年度之后的第二和第三纳税年度原则上不再评估，按基准年度的评估价格计算纳税。但是，如果在第二、三年度房地产发生了重大变化（房地产的用途发生改变、房屋损坏或改建等），则该房地产的计税依据以比照与此类似的土地或房屋的基准年度评估价格为准。折旧资产由于价值下降得比较快，每年都要进行一次评估。
（四）税率及应纳税额的计算
日本地方税法规定的固定资产税的标准税率是1.4%，在财政上如果有其他特别需要时可制定不同的税率，但最高不超过2.1%。由于各地区的固定资产税的税率及应纳税额的计算大同小异，以下各部分以东京都（包括23区）为例进行说明。
1.土地的固定资产税的计算
其计算公式为：
土地的固定资产纳税额=课税标准额×税率1.4%
土地的价格与课税标准额（此处指适于特例措施的初始课税标准额）的差距程度可能会因减税措施而造成差异。因此，为了达到税收负担水平的均衡化，日本对初始的课税标准额做了进一步的调整。
比如，一纳税人2011年的课税标准额为4500万日元，2012年住宅用地的评估价格为450万日元，则本年度的初始课税标准为750万日元（4500万×1/6），负担水平为60%。由于未满90%，纳税人的课税标准额为487.5万日元（750万×20%＜450万+750万×5%＜750万×90%）。所以，其本年度固定资产税的应纳税额为68250日元(487.5万×1.4%）。
2.房屋和折旧资产的应纳税额的计算
其计算公式为：
应纳税额=固定资产台账上登记的价格×税率1.4%
房屋与折旧资产不同之处在于关于房屋有很多减免政策。
比如，一纳税人2012年其房屋的价格为700万日元，则纳税额为9.8万日元（700万×1.4%）。由于此房屋符合新建住房的条件，故减半征收，纳税人最终的应纳税额为4.9万日元。
（五）税收优惠
1.固定资产的起征点
在区市町村的各个区域内，同一个人拥有的固定资产的评估额分别不满以下金额的不征固定资产税：土地为30万日元，房屋和建筑物为20万日元，折旧资产为150万日元。
2. 减税
（1）按评估价格的一定比率计税
符合住房供给政策规定的住宅用地按评估价格的一定比率计税（称为课税标准的特例措施）：小规模（在200平方米以内的）住宅用地的初始课税标准为评估价值的1/6；一般住宅用地（超过200平方米，为住宅楼面面积10倍的部分）的初始课税标准为土地评估价值的1/3。
（2）住宅的固定资产税的减免
新建住宅在符合下列楼面面积与价格条件时，新课税年度起的3个年度内（3层以上的耐火及准耐火建筑物为5个年度）对固定资产税（居住部分每户只限120平方米）减征1/2。另外，2009年6月4日以后认定的长期优良住宅，如果符合楼面面积的条件，新课税年度起的5个纳税年度内（3层以上的耐火及准耐火建筑物为7个年度）固定资产税减征1/2。
2008年1月1日之前就已经存在的住宅（出租部分除外），在2008年4月1日到2013年3月31日之间对窗户进行一定的节能（防止热损失）改造时，下一年度的固定资产额可减额1/3。2007年1月1日之前就已经存在的特定人群（65岁以上的人、残疾人或其他被看护保险法认定为需要看护或支援的人）的住宅，在2007年4月1日到2013年3月31日之间对房屋进行无障碍改造时（除补助金以外自费负担30万日元以上的），该住宅的固定资产税在下一个纳税年度可减征1/3。
3.免税
日本固定资产税的免税范围包括：政府、皇室、邮政部门、外国大使馆及领事馆、自然资源机构、土地改良区、宗教法人、墓地、公路、水路、国立公园和国家风景保护区、国家重点历史文化古迹、重点传统建筑群保存区、学校法人、社会福利以及公益设施更新取得的土地等。但如果符合这些免税规定的固定资产被有偿出租给他人使用，则对其所有者征收固定资产税。
根据生活保护法接受生活补助的人拥有的固定资产免税；因灾害而全部失去或遭受重大损失的固定资产免税；在1月1日后无偿转让或借给国家等用于公用事业的固定资产免税。
此外，东京都的地方税法还规定，因在2011年的大地震中受损严重而需要重建或改造的房屋满足一定的条件时，在一定的时期内免征固定资产税。
(六) 税基评估
日本房地产价格评估实行市町村长负责的房地产评估制度，其步骤是：首先，由市町村评估师做出实地调查后，将调查报告提交市町村长，估价师评估所依据的是国土交通省鉴定委员会每年1月1日确定的公示地公示价格；然后，市町村长根据全国统一的房地产评估标准和实施方案确定房地产价格，并及时在房地产征税台账上登记后公示；同时，将记载有各地区标准地价的路线价图公布，供纳税人阅览。
市町村房地产价格评估则根据土地用途和距离城市中心的位置，在每一状况类似的地段选出标准地和标准田。标准地价以地价公示价格的70%为尺度，并根据市场价进行调整。路线价采用划地计算法对宅地的宽度，形状、街道进行修正后反映在评估价格上。
宅地和房屋价格评估采用不同的方法，在人口集中的商业区、办公区、住宅区、工厂区设置路线价，对市区以外的宅地价格评估则按照评估额乘以相应倍率的方式；房屋价格评估则通常采用以在建建筑价格为基准的评估方法，即评估时先求出在同一场所新建房屋所需建筑费用，再根据房屋现状，减除房屋的折旧和损耗。
对农田和市区内农田的价格也采用不同的评估和征税方法。普通农田按照买卖价格评估，市区内农田比照类似宅地价格评估。对宅地的税负调整通常根据负担水平确定相应的调整系数，商业地比照宅地，地价下降时调整系数向下调整。
（七）税收管理
固定资产税的核定征收日为每年的1月1日，纳税期为6月（第一期）、9月（第二期）、12月（第三期）、次年2月（第四期），记载有各期应纳税额、纳税期限和纳税场所的纳税通知书在第一期的纳税月期间内送达纳税人。并且，关于土地、房屋的纳税，在寄纳税通知单的同时还要寄送课税明细单。
纳税人缴纳固定资产税时，除了可在都税事务所、都水分所、支厅进行窗口缴纳外，还可以利用网上银行和手机银行等进行纳税。
在规定的期限内未按时纳税的，都税事务所会寄送纳税人督促信。发出督促信后10日内仍不缴纳的就会查封其财产。如果仍然不缴税，法院便会拍卖财产来充当都税。另外，对未按期缴税的纳税人要加收滞纳金。
纳税人要依法按时纳税，其权利也受到充分保护。如果纳税人对固定资产台账上新登记的价格不服时，可以在固定资产台账登记价格等事宜的公布之日起至接到纳税通知书后的60天为止的期限内向都固定资产评估审查委员会以书面形式提出申请审查。若对审查结果不满意可以提起诉讼。如果纳税人对纳税通知单上所记载的内容不服，可以在获悉该通知之日的第二天起的60日内以书面的形式向都知事提出审查请求，若对审查结果不满意仍可提起诉讼。
三、不动产取得税
纳税人在取得土地、房屋和自建房屋的时候（继承取得除外），不管有没有登记都必须缴纳不动产取得税。
不动产取得税的纳税人为通过对土地或房屋进行买卖、赠与、交换、建筑（新建、增建、改建）等取得不动产的人，无论是个人还是法人，无论是有偿还是无偿。
不动产取得税的计税依据为不动产的价格，2015年3月31日之前取得的不动产按其取得价格的一半计征。不动产的税率因取得日的不同而有所差异。
东京都地区对不动产的取得采取各种优惠措施，不但减轻了纳税人取得环节不动产时的税负，同时也鼓励了土地开发利用。比如，当不动产的价格低于一定的金额时不征收不动产取得税；如超过这一金额，只对其超过部分征收不动产取得税。
此外，对于符合条件的新建住宅、二手住宅以及土地，可以从其价格中对一定的金额加以税前扣除。
根据地方税法的规定，纳税人在取得不动产后的30日内需要到管辖地的税事务所、税分所或支厅申报纳税，
四、日本房地产税收制度的启示
日本是我国的邻国，它在第二次世界大战后经历了一段较快速的经济发展时期，与现在我国的状况有着某些相似之处。在我国探索房地产税的过程中，日本房地产税收制度的演变会给我们一些启示，特别是日本房地产泡沫的破灭导致了长达十几年的经济低迷，以及泡沫破灭之后采取的房地产税收政策对我国具有警醒作用。
（一）日本非常重视财产登记制度
早在明治政府时期，日本政府就组织人员先后用了16年的时间丈量全国的土地并建立档案，这为后续的土地开发管理与税收的征收奠定了可靠的数据基础。现在日本法律规定，纳税人在规定的时间内要进行财产申报，如在新建、增建、重建住宅，改变房屋用途，由于各种原因毁坏、丧失住宅时必须在1月31日之前进行申报；拥有折旧资产的人在1月31日之前到税事务所申报折旧资产。这些措施确保了房地产税的足额征收，防止了偷漏税行为的发生。
（二）日本的地价公示制度值得我们借鉴
纳税人可以随时查阅关于自己资产的固定资产台账，租房、租地者也可以查阅对象资产的具体情况。此外，纳税人可以将自己土地、房屋的评估与同一市町村的其他土地、房屋的评估价格进行比较，以确定自己的资产得到了公平、合理的评估。
（三）重视税收的滞后效应
日本在1985年签署了《广场协议》后，土地、房屋价格飞涨，房地产泡沫在土地神话下快速膨胀。为了应对房地产价格的飙升，日本政府在1991年陆续出台了一些强有力的抑价措施，包括开征地价税、强化特别土地保有税、改革遗产税等。但是，在实施这些措施的时候房地产泡沫已经破灭，这些措施加重了房地产所有者的税收负担，使之急于出售所拥有的土地和房屋，从而进一步加速了房地产的下跌。日本政府房地产税收政策的失误在于忽视了税收的滞后效应。现在我国的房价处于一个很高的水平，但这并不意味着房价调控要一步到位，在制定税收政策时要充分把握经济形势。
