康熙八年（1669年）四月十五日，在擒拿鳌拜一个月后，康熙皇帝采纳汉官建议，亲自去太学祭祀孔子。他说：“孔子有素王之称，是百代帝王的老师。朕应该执学生礼仪——不，应执臣礼，行三跪九叩的大礼！”
大臣们听了，都十分惊讶。
熊赐履说：“据奴才所知，历代帝王朝孔，从来没有行臣礼的。至多是两跪九叩，皇上是否……”
“这有什么！”康熙站起身，说道，“这是为了江山社稷嘛！孟子不是说‘国家为重君为轻’嘛。”
第二天，康熙在孔子位前，行三跪九叩的大礼。亲自祭奠完毕后，他又到彝伦堂，听司业讲《易经》、《书经》等儒家经典。
听讲后，他对百官说：“孔子说‘君子能够修身治国，可不一定受天下人的欢迎。而不在修道方面去努力，只希望得到世人的欢迎，这是不对的。’我们满人统治天下，已经不受汉人欢迎。只有爱民如子，尊孔崇儒，才有希望消除满汉之间的鸿沟！”
他又接着说：“孔圣人讲究仁政、孝道，是很有道理的，值得我们学习。”
康熙十六年十月，康熙皇帝亲自写了《曰讲四书解义序》，进一步提高了孔子、孟子的地位和作用。
在这篇文章中，他把孔子的治国理论与自己的治国思想联系统一起来，他写道：“先王之道，在于仁政。孔子是圣贤，正是这个理论的倡导者。只有把‘仁’的道统与政治统治联系起来，才能实现真正的统治，守业成功！”
他又写道：“千百年来，历代成功的君王，都遵循孔子‘仁政’‘合于礼’的理论治理国家，朕也要这样。”
这次祭拜孔庙取得很大成功，让许多汉族人士看到了康熙是一个开明重视文化的皇帝。在鳌拜平灭后，国家一度取得了安定的局面。但是明朝仍有许多的遗老遗少，怎么样得到他们的心是摆在康熙皇帝面前的一个难题。
一日康熙在上书房看书，这时大臣周培公进见。
康熙说：“朕想笼络明朝的遗老遗少，你说怎么办才好。”
周培公想了一会，说到：“臣以为祭拜明陵是个好方法，历朝历代都有这样的先例。”
康熙听了周培公的话后，一直筹划着祭奠明朝皇陵和祭拜孔庙的事。
康熙二十三年（1684年）十一月康熙第一次南巡，为笼络汉人中有才学的名儒，安定江南民心，他决定先去明朝建立之都城——南京。
这天是五月初九，司礼官推算是祭奠明孝陵的黄道吉日。明朝皇帝登基都要到南京孝陵祭祖，但自大清入关以来，很久没有皇帝祭祀的大场面了，所以，南京的百姓倾城而出，特别是前明的老士绅们也都赶来，要看看康熙是否真心祭拜。
康熙在哀乐的伴奏下，徒步走上祭台，在明太祖牌位前供上三炷香，又后退两步，小心地打下马蹄袖、跪了下去、轻叩三下头，接连又是两次——竟行了三跪九叩的大礼！
前来瞻仰大礼的前明老士绅们，大多在前明做过事为过官，对满人入关一直耿耿于怀，今见皇帝不远千里来祭奠明祖陵，又行君臣大礼，无不感动得老泪纵横。
康熙也被眼前的情景触动，颤声宣读了条文，又将一杯清酒洒在灵前。他抬头仰望孝陵所在的孤零零的山峰和已经剥落的城墙，一种孤单凄凉的感觉涌上心头，又想起前几天自己的恩师伍次友先生已经去世，再也没有人叫自己“龙儿”了，更加感到皇帝在世间没有朋友，才得称“孤”道“寡”，心中十分酸楚，哪里还忍得住，泪水像断了线的珠子般掉了下来。
所有随从的大臣以及前明的士绅老人，看到康熙皇帝如此动情，立时也都掉下泪来了。
自从康熙皇帝祭奠明孝陵，南方的汉人大为臣服，甚至很多人写了称颂康熙祭拜明孝陵的文章。
康熙也十分感慨：“教化世人靠德行，不能靠权力。接下来，我还要去祭拜孔庙，要使那些有才学的汉人都真心臣服我大清，能真心为我所用。”
康熙南巡祭拜明孝陵取得了很大成功，一路北上，来到山东。他决定亲自前往孔庙瞻仰。
康熙在孔子像前又一次行三跪九叩的大礼，并且隶书“万世师表”的匾额，悬挂在孔庙大成殿中。康熙看见孔庙有些破旧，对当地官员说：“孔子是天下人的老师，要把他的屈重新加以修缮，为天下人树立一个榜样。”
御史任朋见皇帝这么尊师重道，便上奏说：“皇上尊孔崇儒，不如赐一篇碑文，建立孔子庙碑。”
康熙听了，觉得很有道理。他亲自撰写碑文。在碑文中，他称赞孔子的道是“天道”，还写道：“与日月同明，永远闪耀光彩。”他还对孔子表达了仰慕之情：“我尊敬圣人，景仰先师，诚心向往您那皎洁的品德与大海一样深广的智慧。”
康熙尊孔崇儒的至诚态度，使汉族士大夫倍感亲切。康熙皇帝尊孔，不仅限于口头称赞，而且采取了一系列实际行动。
康熙八年，一夭，他召见大学士熊赐履，对他说：“朕打算恢复以八股文取士的旧制，你有什么意见？”
“什么？”熊赐履简直不敢相信自己的耳朵，他问：“皇上，八股文早在康熙二年，您不是宣布废除了吗？还下文说八股文‘浮华，没有实际内容’，现在又恢复，不是和原先的诏文相反吗？”
康熙点点头，说：“是这样的。八股文是明代流行的科举考试文体，有固定的段落和字数限制，内容还只许围绕《四书》、《五经》出题，只许阐发圣人观点，不许有任何个人创见。”顿了一下，他又继续说：“但是，二百多年来，汉族士大夫已经习惯了这种死板、生硬的八股文。突然取消了，他们很不习惯。他们认为，不写八股文，就不是讲圣贤的学问。”熊赐履说：“臣也听一些太学生和汉族文官反映，要求恢复八股文。”康熙皇帝感叹说：“朕何尝不知八股文有只能叫人‘死读书，读死书’的弊端，但为了笼络才士，驱策英才，也只好迁就汉族士大夫的要求了。”
于是，从康熙八年开始，八股文考试又恢复了。康熙知道，儒家思想有利于巩固统治，于是就认真学习，始终坚持不懈。他设立了翰林院，邀请著名的大儒为他定期讲解儒家经书。
有一次，熊赐履给康熙皇帝讲“道千乘之国”一章。康熙听了以后，很满意，他对熊赐履说：“朕听你讲经，觉得哲理深奥，很有启发，从即日起，朕任命你为掌院学士，为朕讲经。”康熙学习儒家经典十分认真，由于朝廷政事繁忙，他有时不得不五更起来读书。晚上，工作了一天后，还要常常读书到深夜。由于学习太劳累了，他十七八岁时身体一直很弱，有好几次吐的痰中带血。但是，他还是坚持不懈地努力学习。
一天，康熙问熊赐履：“你认为，近来朝政怎么样？”熊赐履说：“皇上倡导天下要节俭，反对奢侈。但是，做事要求实际才能办好。”
“应该怎么理解这句话才对呢？”
“奢侈的问题到了今天，已经达到了极限。一篇诏文是无法立刻扭转这种弊病的，官吏们也视做空文，不努力地奉行。”
“那应该怎么办呢？”
“只有皇上亲自以身作则，身体力行，从皇上到大臣再到地方，形成一种风气，不断倡导，国家才能形成清平俭朴的风气。”康熙皇帝听了，点点头，表示同意。
“治理国家，首先要使百姓安定。百姓安定了，就不会有盗贼，现在外面盗贼稍微减少了一些吗？”
“臣最近听说，盗案反倒增多了。臣认为，这是有原因的。”
“什么原因？”
“朝廷用士兵来抓盗贼，而士兵有时就做盗贼；设立官员来消除盗贼的隐患，而官员很忌讳抓盗贼。官员不愿意抓盗贼，是因为处分他们的法律太严厉，一件小的盗窃案就可以判人死刑；士兵做盗贼，是因为他们的月饷太少了，根本不够花。今天消除盗患的方法，就是对捕盗者给予重赏，而对一般的盗贼要量刑惩办，不要太严厉残酷。”
康熙皇帝听了，很有感触地说：“你说得很有道理，我一定会这样努力做的。作为一个君主，要让百姓丰衣足食，要给士兵增加月蚀，要时刻检查官员们的政绩，防止他们偷懒。”
“皇上爱民如子，如果这样做，盗案一定会减少的。”
“朕决定以儒家思想教育全国百姓，你为朕拟一道诏命吧。”康熙九年十月初九日，康熙颁布了一道诏命，内容大体是这样的：朕认为治理国家的方法，不应该以法令为主，而应该把教民作为根本的治国大法。他又写道：
敦孝弟以重人伦，笃宗族以昭雍睦，
和乡亲以息争讼，重家桑以足衣食。
尚节俭以惜财用，隆学校以端士习，
点异端以崇正学，讲法律以征愚顽，
明礼让以厚风俗，务本业以定民志，
训子弟以禁非为，息诬告以全善良，
诚匿逃以免连株，完银粮以省催科，
联邻居以弭盗贼，解仇忿以重身命。
这条诏命，就是历史上著名的《圣谕十六条》。
一个月后，康熙采纳了礼部的意见，把这《圣谕十六条》向全国颁布。他命令说：“让满族各旗，汉族以及其他民族，全国都要切实遵行。”这道诏命的公开宣布，表明了康熙皇帝以儒学治国的决心。康熙皇帝倡导信奉儒家思想，在当时有利于联络广大汉族官民的感情，缓和满汉民族矛盾，进一步加强了统治力量。
