辛亥革命前，西北回族地方实力派逐渐形成了以马安良、马福祥、马麒为代表人物的三大武装集团。他们都曾是清末名将、甘军首领董福祥的部属，跟随董部入卫京畿，在庚子年间义和团运动时期，得到一个迅速扩张实力的机会，为他们后来成为西北回族军阀集团打下了基础。义和团运动后，他们回到西北地区。从那时起到1911年辛亥革命爆发这十年，是他们积蓄力量、等待时机的十年。
光绪二十七年（1901年）秋冬，马安良、马福祥、马麒带着他们的军队和清廷赏给的荣誉，回到甘肃。从这时起到1911年辛亥革命爆发的十年里，他们暂时失去了战乱中建功立业迅速扩展势力的机会，蛰居一隅，一面继续为清政府镇压各族人民的反抗斗争效力，一面苦心经营，等待时机。
马安良在光绪二十六年十月（1900年12月）带兵赴陕护驾途中，被清廷由副将擢升为新疆伊犁镇总兵官。自正定返回河州后，因乱后各省饷源枯竭，清廷下谕，令马安良“原有各营著照旧驻防，支食甘饷。其新募调陕各营，著即遣散”。经清廷核准，马安良留下原有马步三营，驻河州镇南关，称“镇南军”。马麟率部驻扎巴镇（今循化回族自治县境内）。大乱过后，清廷对这支回族军队不能不说仍存有戒心，地方当局一方面借助他们震慑变乱，一方面对他们也有防备。马安良的伊犁镇总兵乃徒具虚名，并未到职。光绪三十四年正月（1908年2月），清廷调马安良为甘肃新疆巴里坤镇总兵官；次年三月改调为宁夏镇总兵官，均未到职。但马安良手中军队的主要骨干力量保存完好，遇有适当机会，便能迅速招兵买马，扩充实力。马麒这一时期在马安良手下迅速升迁，由旗官升任循化营参将。
马福祥在回族军阀的形成过程中与马安良有别，是自成一系的。义和团时期，他因护驾有功，被清廷赏以“记名总兵”。回到甘肃后，被补为甘肃省靖远协副将。光绪三十年（1904年）调任甘肃庄浪协镇。有资料说他在这一时期因地僻事简，延请当地知名举人高炳辰教读，“纵览经史西籍，摹习名人法帖”，刻“戎马书生”印章，以示风雅。这些记载看来并非溢美之词。马福祥与马安良、马麒等其他西北回族军阀不同，他自幼在其二兄武进士马福禄的严格调教下，精通武艺，22岁时中武举。他熟读经史，看重学子，善用幕僚，长于周旋，常以“儒将”自诩，发迹之后，不仅是军阀，更是政客，故在清朝、北洋政府和国民党政府各个时期，均能纵横捭阖，左右逢源，官运亨通，成为“三朝元老”，是为西北回族军阀的首望。
光绪三十一年（1905年）三月，清廷调升允为陕甘总督。升允在两宫驻跸西安时曾任山西布政使并总统陕军，负责西安防务。后陕西巡抚岑春煊调任山西巡抚，升允接任陕西巡抚，负责宫禁侍卫，度支款项，时与护卫两宫的马福祥“相处甚善”，马福祥曾拜升允为老师。升允到甘时，甘肃省由总督直辖的军队驻在省城兰州，称督标军。升允即调马福祥入省城，担任陕甘督标中协协台一职，统辖五营，卫戍中枢。光绪三十一年十二月（1906年1月），清廷调甘肃西宁镇总兵张行志为陕西固原提督，旋命马进祥为西宁镇总兵，举家西迁。后又遥兼阿尔泰护军使。在西宁镇任内，马福祥调解了达赖喇嘛十三世图丹嘉措与塔尔寺活佛阿嘉呼图克图十九世的冲突，初步显露了他的政治才干。1904年英军进攻西藏时，达赖仓皇北上，避居库伦。后清廷令其移驻西宁塔尔寺。驻寺期间，达赖部下的噶伦、堪布等与寺主活佛阿嘉呼图克图为争布施利益，“发生争执，几酿变故”。适逢阿嘉图克图得病，塔尔寺众僧怀疑是达赖属下的堪布请人用魔术放咒所致，遂与达赖卫兵发生械斗。马福祥与青海办事大臣庆恕闻讯带兵前往弹压。马福祥只身入寺劝谕持枪众僧达数小时，终说服众僧，和平解决了双方冲突，护达赖平安离开青海。马福祥还以息事宁人的态度排解了贵德厅沙冲寺僧人和藏民为开矿一事与官军发生的冲突，并决定暂缓开矿。
马福祥在西宁镇任内时，其长子马鸿逵、侄儿马鸿宾一直跟随在身边。光绪三十四年（1908年），马福祥兼西宁矿务总办，为护矿曾组织三十余骑的矿务马队，由马鸿宾任队官。这支队伍后来便发展成为马鸿宾的基本武装力量。
宣统元年（1909年）二月，清廷授马福祥为巴里坤镇总兵官（未到职）。这一年升允改编甘肃军队，马福祥任常备军第二标标统，仍调回省城驻防。
马安良、马麒、马福祥在辛亥革命前十年各族人民反清斗争加剧，民变峰起的动荡局势中，始终充当着清朝统治者镇压西北各族人民反抗斗争的得力帮凶。
光绪三十年（1904年），贵德厅已革武举姚尚志、贡生祁之灿与古哇寺藏僧洛硕进行羊毛交易时，陆续拖欠银两并妄图骗赖。时值候补通判余鼎铭署贵德厅同知。余刚到任，祁之灿等即以洛硕豢贼殃民之言怂恿余为地方“除害”。是年三月十九日，洛硕进藏，随行二百余人，途经贵德。祁之灿密告余鼎铭，余将洛硕一行诱至城内，杀死洛硕及其弟塔秀和马夫三名，占夺驼载行李等物，并谎称洛硕结伙抢劫，缉拿时格杀身死，通禀报案。洛硕的管家甘都完的亦被捉获，后获保释，即聚集众僧，声言复仇。时陕甘总督命循化营参将马麒“就近剿办”。次年五六月间，“甘都完的及各族番民以屡受官绅欺虐，冤抑莫伸”，再次起事，“凶焰风驰，几有燎原之势”。陕甘总督升允即调马安良率所部镇南马队两旗、马麒所部巡警左旗马队、赵有正所部常备右旗马队和张行志所部左旗步队前往镇压。至九月，马安良部与果马塘之麻尼寺将甘都完的等起事首领捉获。马麒率部入山搜拿起事群众。甘都完的等后被押往西宁杀害。
宣统三年（1911年）二月，甘州（张掖）知府李建飏和豪绅王振鹏假借禁烟铲苗，勒索民众。农民以种烟完税，铲绝烟苗无疑置他们于死地。广大农民呼吁无效，遂聚千人，捣毁王振鹏的住宅，赶走了提督马进祥派来弹压的官兵，声称：“攻破城池，杀尽贪官。”一时上下震动。清廷谕令：“著长庚迅饬马福祥酌带队伍驰赴甘、凉一带，认真巡防，藉资弹压，并严拿余匪而弭后患。”马福祥等带兵迅速镇压了起事农民，经清廷核准，杀害了起事首领徐成明、刘祝林、丁积庆。
宣统三年（1911年），西宁、丹噶尔厅爆发了李旺、裴道人、董腊夫妇为首的黄表会（黄标会）聚众反清事件。李旺当过脚户，与四川、凉州、西安等地会党中人来往甚密。他认为：“推翻满清，四万万人都是同胞，我们应当在西北联络人，联络的手段，应采取神佛迷信的方法。”并自称“李上天”、“真主”，广泛劝人入会。从宣统二年（1910年）起，李旺、裴道人等散发许多传单，以“扫清灭洋”为题，所散发的《讨满檄文》中有“四万万同胞共同起来，推倒满清，争取平等自由”等词句。他们还拥立马隆地方的一个十三岁的少年李占云做“皇帝”。宣统三年六月初一日，李旺等在西川揽隆庄集合各乡会众两三千人准备起事。西宁镇总兵张定邦派副将吕登科率官兵前往镇压。会众与官兵鏖战一昼夜，击毙官军百余人，终因以棍棒木石抵不过官军的洋枪洋炮，被击散。次日，李旺等率残众二百余人猛扑丹噶尔城。守城厅官康敷熔和副将邓威林早有准备，李旺等苦战数天，最后退至纳隆庄被地主团勇包围，死伤甚众，李旺也因力竭被擒。李占云逃至西拉科西的大山中，后到西宁投案自首。事后，陕甘总督长庚派马福祥到丹噶尔与西宁镇总兵张定邦、道员胡孚宗、西宁知府兴廉和知县陈问洤等进行三堂会审。李旺、董腊匠夫妇等十余人被处死，裴道人被拷打死于狱中。李占云经马福祥最后审讯，被免除死罪，判为永远监禁。《甘宁青史略》记载，康熙三十年西宁姓包的道人起事反清，最后被擒，“株连者无算”；而“马福祥审办李旺一案，深明大义，全活多人”。
义和团运动之后，各省皆起练新军。至光绪三十年（1904年），清廷划定军制，在京师设立练兵处，各省设督练公所，以西法编练新军。光绪三十二年（1906年），清廷合并兵部、练兵处、太仆寺，设立陆军部，统辖各省军队，负责全国练兵事宜，令各省督抚裁汰绿营，兴办学堂。各省纷纷按新制整军。到光绪三十三年（1907年），甘肃共编练新军步队二标、炮队一营，驻扎省城兰州；另有新军兵士4128名、军官221名分驻河州、固原、西宁。这一时期，各省基本都将绿营、防军按新制改为巡防队。“至宣统元年，非特绿营尽汰，即湘、淮营勇驻防南北详者，所存亦无几矣！”升允任陕甘总督后，于宣统元年（1909年）编立甘肃常备军马步四标、马队一标（标统为马安良），所属各营由镇南军和原督标部队改编成立；步兵共三标。第一标标统为张定邦，张调署西宁镇总兵后，由第一营管带陆洪涛升任标统；第二标标统为马福祥，所属各营由西宁镇、河州镇和固原提督所属部队改编成立；第三标标统为周务学，所属各营全部是招募的新兵。固原提督张行志为常备军标统，名义上统带以上四标。
同年冬，升允去职。原伊犁将军长庚调为陕甘总督。到任后，长庚将常备军马步四标改为巡防队。马安良的马队一标仍改为镇南军；固原提督所属各营改为东路巡防队，以固原提督张行志为东路巡防统领；马福祥所属第二标改为西路巡防队，仍由马福祥任统领。此外，还有宁夏镇总兵张绍先为统领的北路巡防队、河州镇总兵杨廷弼为统领的南巡防队和罗平安为统领的东南巡防队。这时，马安良、马福祥手下各有四营兵力，在甘肃新军中具有举足轻重的地位。辛亥革命爆发后，陕西脱离清廷宣布独立，长庚为组织甘肃军队进攻西安，对甘肃常备军又作改编，并各建番号：将马安良的镇南军改为精锐军（俗称西军），马福祥的第二标（即西路巡防队）改为昭武军，周务学的第三标改为忠武军，陆洪涛的第一标改为振武军，固原提督张行志部改为壮凯军，天水吴炳鑫部改为建威军，黄绒、崔正午部改为骁锐军。
马安良以镇南军马步四营为基础，迅速扩充兵力，建立精锐军。他招集河州一带的大小门宦，利用教权实行“拔门兵”，按所拔人数多少募给以营长、哨官等职。很快招募马步十六营，共六千多人。同时还带来成千徒手随营准备“打捞”的人。马安良亲任精锐军总兵，并擢马麒为邦统。这支军队毫无纪律，训练极差，军行所至，奸淫烧杀，无恶不作。
马福祥的昭武军没有像马安良的精锐军那样借机大肆招兵买马。马福祥的父亲马千龄于宣统二年（1910年）八月十九日，病故于河州，时年85岁。清廷追封为建威将军。马福祥回籍奔丧。此时，长庚曾令马福祥招募十营兵士攻陕，马以“服制未除，呈请给丧，许其辞差”。马福祥并不是不想扩充兵力，而是因为另有所虑。马福祥平时注意阅读报纸，察看时势，此时借故辞却率兵攻陕，乃是在政治上为自己留下退路，从而在这次社会大变动中真正保存实力。至于他的昭武军，也是装备“陋缺不全”，纪律极差，“官兵每天饱食终日，无所事事，赌博酗酒、打架斗殴、吸食鸦片，是经常的事”，恶习极深，难以尽述。
精锐军和昭武军的建立，标志着西北回族军阀最终形成的主观条件业已具备。辛亥革命中清廷的垮台又为他们创造了客观条件——夺取统治地盘，至此，新军阀的雏形已经基本具备了。
（署名：吴忠礼、刘钦斌、杜力夫、霍维洮）
