顺治死后，玄烨即位，号康熙，这就是后世的康熙大帝，他在位61年，是中国历史上在位时间最长的皇帝。玄烨八岁即位，十岁时他的亲生母亲佟佳氏亡故，由祖母孝庄太皇太后抚养长大，祖孙二人感情十分融洽。在两人的共同努力下，清王朝从动乱走向稳定，经济从萧条走向繁荣，为平定三藩、统一台湾和边疆用兵等大规模战争奠定了物质基础。清王朝在康熙朝形成第一个黄金时代，这其中包含了孝庄的一份功劳和心血。
在康熙朝这一代中，发生了几件大事：诛除鳌拜，废除三藩，收复台湾，剿灭蒙古噶尔部首领噶尔丹。
康熙即位时年仅八岁，顺治遗命朝政由大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜共同辅政。当时曾经有人上书要求皇太后垂帘听政，孝庄严词拒绝了。清朝建国之初曾总结历史上外戚干政导致亡国的教训，规定后妃不得临朝干政，孝庄当时虽然有足够的声望与资历临朝听政，但她怕此例一开，将来或许会贻患后代，因此她坚持了大臣辅政的体制，把朝政托付给四位大臣，自己则全力调教孙儿，以便其亲政后能担当起统御庞大帝国的重任。
不料顺治所择非人，鳌拜很快就暴露出了专横暴戾的本性。他欺负皇帝年幼无知，在朝中广植党羽，排斥异己，一手把揽朝政。鳌拜本是满洲镶黄旗人，他的叔父早年追随努尔哈赤起兵，是清朝的开国元勋，而鳌拜康熙盛世本人也曾随皇太极征讨各地，立下了赫赫战功。他曾经参加皮岛战役，当时皮岛守备森严，清军久攻不下，鳌拜自请做先锋，立誓说：“攻不下皮岛，我就不再回来了。”然后领兵乘舟渡海，直冲敌阵。战斗时，鳌拜冒着飞箭奋勇杀敌，登上了城墙，大败敌兵，攻克了皮岛。皇太极十分欣赏鳌拜，赐他“巴图鲁”的称号，也就是英雄的意思。此后，鳌拜又屡建大功，在松锦会战中，他因为打败了明军的步军营，功居首位。后来明总督洪承畴率领十三万大军救援，皇太极也亲自率领大军应战，鳌拜身先士卒，打了五场战斗，五战五捷，致使明军大败而归。清兵入关后，多尔衮考核群臣的功绩，鳌拜封为一等子需。后来鳌拜又随阿济格征战湖北，大败李自成，后又随豪格进入四川，与张献忠在川北大战，在阵前斩杀了张献忠。鳌拜不但是一员骁勇战将，而且也是皇太极的心腹，皇太极死后，鳌拜开始时拥戴豪格，后来又拥戴福临，他是两黄旗的重要代表，也是效命疆场，为清朝争夺江山的元勋。
但是鳌拜因为出身戎伍，对于顺治帝吸收汉文化、变更礼制的做法很不满意。此时他大权在手，就公然打破了顺治不再圈地的禁令，扩大圈地，导致大批农民流离失所，他的这种倒行逆施的行为，引起了朝野上下的不满，但大部分人慑于鳌拜的淫威，不敢作声。四位辅政大臣中，索尼年老怕事，遏必隆生性软弱，很快就依附于鳌拜，唯一敢于与鳌拜抗衡的苏克萨哈因为资历较浅，一直处于受压制的地位，所以一时间鳌拜权倾朝野，俨然一个摄政王的架势。
到了康熙六年，玄烨十四岁时，按例该亲政了，可是鳌拜不但没有收敛，归政康熙，反而变本加厉玩弄权势。因为不满苏克萨哈，他就和同党一起，捏造了苏克萨哈二十四条大罪，将苏克萨哈拘捕入狱，要处以死刑。康熙帝坚决不同意，鳖拜竟然就在皇帝面前大呼小叫了好几天，甚至要抓着康熙逼他同意，康熙没有办法，最后只好将苏克萨哈处以绞刑，株连九族，抄没了家产。鳌拜势力越来越大，一天比一天骄横。
此时，鳖拜的存在已经成为了皇帝权威的威胁，是可忍孰不可忍，但鳌拜党羽众多，冒然除掉他恐怕会激成巨变。于是年轻的康熙决心隐忍一切，同时不露痕迹地布置起来，他在皇宫里召集了很多练摔跤少年，整天专门练摔跤，说是皇帝喜欢这种游戏，这种喜好对于一个十四五岁的少年来说，是很容易理解的，所以鳌拜也没有多想什么，以为皇帝年纪小，喜欢玩耍，心里更加放心了，没加戒备。就在他对宫廷的游戏习以为常的时候，计划开始了。康熙八年的一天，康熙与索额图密谋将鳌拜的亲信调往了各地，又暗自派自己的亲信掌握了京师的卫戍权，然后康熙召集侍卫武士们说：“你们都是我的好朋友，你们是跟随我呢，还是跟随鳌拜？”
大家都说：“跟随皇上您。”于是康熙当即宣布了鳌拜的罪状，在鳌拜单独入朝时，突然命令这些少年出击，将鳌拜擒拿下狱，当朝宣布了鳌拜的三十条罪状，但康熙念在鳌拜资深年久，又曾屡立战功，而且并没有明显的篡逆行动，对他宽大处理，免了死刑，派人将他禁锢了起来。然后一举将鳌拜的党羽或者处死或者罢免，夺回了政权。康熙清除鳌拜集团的行动经过了周密策划和精心的布置，既没有动用军队，也没有经过恶战，让朝政保持了稳定。所以人们评论他说：“声色不动而除巨恶，实在是很难得。”
康熙亲政后的第二件事，就是平定三藩。三藩都是降清的明朝将领，吴三桂封平西王，留镇云南；尚可喜封平南王，留守广东；耿仲明及其子死后，孙子耿精忠袭靖南王，镇守福建。他们各自拥有重兵、拥有自己属地的官员任免权，可以自由招兵买马，势力越来越大，严重地威胁到了清王朝的统治。康熙十二年，康熙在户部尚书米思翰和兵部尚书明珠等人的支持下，果断地下令撤藩，命令三藩郡王率领他们各自的部队回归到辽东，这个削藩令激起了三藩的反叛。先是吴三桂举兵反清，主力攻打贵州，湖南，同时分兵攻打四川和江西，没过多久，尚可喜的儿子尚之信和耿精忠，以及广西将军孙延龄等起兵响应。康熙毅然命令八旗兵出兵征讨，平乱战争历时八年之久。在这期间，年轻的康熙表现出了卓越的政治军事才能，他先是利用政治分化和军事压力迫使尚、耿二人主动脱离了吴三桂，又花大力气招降了在陕西一同叛乱的王辅臣，同时以令人惊讶的速度迅速平定了内蒙察哈尔右翼王子布尔尼的叛乱和北京城内杨起隆的起事，从而安定了后方，使清军得以集中力量与吴三桂的主力相持于湖南。
清兵势力越来越强盛，而吴三桂的力量越来越衰弱，吴三桂看到大势已去，迫不及待地称了帝，没过多久，就被清军打败。三藩之乱由此平定。
康熙又进行了统一台湾的战争，这是一次统一中国的伟大决策。
当初，清兵入关后，建都北京，将李自成、张献忠的农民军彻底消灭，并于顺治二年五月，将残存的南明弘光政权铲除。这时候，与清政府对抗的明朝部队只剩下郑成功这支劲旅。
公元1647年，郑成功统领海上军队，从福建南澳出兵，仅用了两三年的时间便连破同安、海澄和泉州等闽南沿海众多地方，进据金门、厦门，掀起了清初抗清斗争的高潮。郑成功原名郑森，字大木，是隆武政权重臣郑芝龙之子，明朝隆武帝对他十分赏识，封他为延平郡王，赐姓朱，改名成功，因此郑成功亦称“国姓爷”。郑芝龙降清时，郑成功苦劝不听，便自己率军出走，发誓不受诏，不剃头，打出了“背父救国”的旗号，决心与清政府斗争到底。郑成功以金门、厦门为基地，曾屡次进行北伐与南征。清统治者为了对付郑成功，将沿海居民内迁三十里，同时禁止舟船出海，试图切断东南人民与郑成功的联系。那时，台湾一直被荷兰人占领，公元1661年，郑成功在厦门召集全部将领，决定立即出兵收复台湾。时年三月，将大军从厦门移驻金门，不久，军队抵达台湾海面，在水手何斌的引导下避开了荷军的炮火，巧妙地利用涨潮的机会，在荷军疏于防守的北航道淤浅地带顺利登陆。很快，郑成功指挥军队从海陆两方面向荷兰侵略者展开了猛烈攻击。在郑成功军队强大的攻势下，荷军统帅被迫在投降书上签了字。至此，非法占据了台湾38年之久的荷兰侵略者被赶了出去，台湾回归祖国。此后，郑成功就驻扎在台湾，继续和清廷对抗。
康熙起用了原来台湾守将郑芝龙的部将施琅为福建水师提督，准备进军台湾，没多久，施琅率领水师两万多人，大小战舰二百多艘，一举攻占了澎湖，使台湾失去了屏障，郑氏军事力量损失惨重，只好向清军投降。之后，朝中有很多大臣主张把台湾的百姓迁出来，丢弃台湾，而康熙支持了施琅在台湾设立官兵镇守的建议，在台湾设置了一府三县，隶属于福建省，并同时设立了总兵和副将率兵驻守台湾和澎湖，使台湾重新归于中央政府的管辖之下。
台湾统一以后，康熙又集中力量与割据西北的蒙族准噶尔部首领噶尔丹展开了斗争。噶尔丹在这之前常常引兵进犯境，有一次竟然直抵距北京七百里的乌兰布通。康熙解决了三藩和台湾问题后，决定亲征噶尔丹，他分别在康熙二十九年、三十五年和三十六年，三次率兵亲征，准噶尔对喀尔喀的侵扰被粉碎，原先受噶尔丹压迫的喀尔喀各部得以返回故土。这以后，康熙为了加强对该地区的管理，沿袭了皇太极以来的盟旗制度，采取联姻、封爵、年班、围班等措施，大大密切了清朝政府和当地领主贵族的关系。这对加强北部边防，发展和巩固统一的多民族国家，起到了积极的作用。
其时，沙俄派遣哥萨克远征军侵扰我国黑龙江流域已经数十年了，还在中国的领土上修筑了尼布楚、雅克萨等城堡，作为侵略据点。康熙在平定三藩和统一台湾后，决心驱逐俄军，收复失地。他先后两次组织了收复雅克萨之战，最后包围了雅克萨。在沙皇政府的请求下，两国通过平等的谈判，签订了中俄《尼布楚条约》，从法律上确定了中俄的东段边界，这是中国和西方国家签订的第一个条约，此后，康熙下令在黑龙江的重要处所建城驻兵，设置驿站，制定巡边制度，有力地保障了东北边境的安宁。
康熙十分注意休养生息，曾经多次下令减免赋税，大大减轻了农民的负担；他还十分重视对黄河的治理，曾专门研究治河问题数十年，凡是前代有关治河的书，他都曾翻阅，有时还亲自进行试验。经过几十年的努力，社会生产力获得了极大发展，人口迅速增长，出现了康乾盛世的初貌。康熙还十分注意笼络汉族的官吏和知识分子，宣称满汉一体，在康熙十六年，设置了南书房，命令翰林院詹事府和国子监官员轮流入值，以便笼络汉官。接着，在十七年时，又开了博学鸿儒科考试，以网罗负有盛名的大学者进入史馆编修明朝的史书。他的这些措施的确起到了收揽汉族官吏和士子的作用，因此，在清朝初期，一些以高风亮节自诩，遁迹山林、不愿做清朝的官的明朝遗民，这时都纷纷放弃成见，选择出仕做官，或者参与各类书籍的编纂。满族与汉族及其他各民族之间的壁垒渐渐趋向瓦解，开始彼此融合。
然而，清代严酷的文字狱也是从康熙朝开始的。文字狱是对文化思想进行严密控制的一种手段，就连写了“清风不识字，何故乱翻书”这样的诗句，也会被人抓起来问罪。康熙以后的雍正和乾隆两朝，文字狱次数更多，株连更广，处罚更严厉，大兴文字狱对文人和文化来说是一次严重的打击和破坏。康熙有三十五个儿子，其中长大成人的有二十个。在康熙十四年时，曾立皇次子胤为皇太子，后来诸皇子间储位争夺厉害，胤被两立两废，直到康熙去世前也未能解决这个问题。诸皇子争夺储位的斗争，愈演愈烈，上层统治动荡不安，致使吏治懈怠，朝中党派林立，官场腐败之风盛行，直接影响到了社会的安定。
公元1722年12月，69岁的康熙皇帝在京西的畅春园去世。七天后，皇四子胤继承了皇位，次年改年号为雍正。
雍正即位不久，有关雍正篡位的传说就开始悄悄流传，天长日久雍正篡位的故事在民间便演绎得越来越生动。野史中关于雍正篡位的传说主要有两种：一是雍正改诏，这种说法认为康熙本来是把皇位传给十四子允的，可是雍正却暗地里把诏书中的“十”字改成“于”字，这样诏书就成了“传位于四子”；第二种说法是隆科多改诏，这种说法认为，隆科多是当时的步军统领，康熙病重时，本来发了一道谕旨，叫远在西宁的十四子允紧急回京，准备传位给他，可是隆科多却把遗诏捏在手里，没有发出去，等到康熙驾崩后，隆科多假传圣旨立了四子胤。这些传说显然只是民间的猜测罢了，并不是真实的历史。现在，康熙的遗诏仍然完整的保存着，里面写道：“雍亲王皇四子胤，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统。著继朕登基，即皇帝位。”从其写法来看，改成“传位于四皇子”是完全不可能的事。
