顺帝先后立有三位皇后。第一任皇后是权臣燕铁木儿之女答纳失里，元统元年立，元统二年授册宝。元统三年（1335）皇后之兄唐其势被诛杀，其弟塔剌海逃入皇宫，皇后以衣蔽之，因此获罪，被贬出宫，丞相伯颜鸩皇后于开平民舍。顺帝的第二任皇后是伯颜忽都，蒙古弘吉剌氏，后至元三年（1337）册立，生皇子真金，但真金二岁便夭折而死。伯颜忽都皇后崇尚节俭，不妒忌，“动以礼法自持”。她于至正二十五年（1365）八月去世。在答纳失里皇后在世之时，顺帝十分宠幸宫中高丽女子奇完者忽都。奇氏最初是徽政院使秃满迭儿进贡给顺帝的宫女，主供茗饮。奇氏性颖黠，日见宠幸，这招致了当时皇后答纳失里的嫉妒，于是答纳失里皇后数箠辱之。答纳失里遇害之后，顺帝打算立之为皇后，当时秉政的丞相伯颜坚决反对。伯颜罢相，大臣沙剌班遂奏准立为第二皇后，居兴圣宫，改徽政院为资政院，隶属于奇皇后。
顺帝立高丽女奇氏为第二皇后遭到了朝中很多大臣的反对。至正八年十一月，监察御史李泌言：“世祖誓不与高丽共事，陛下践世祖之位，何忍忘世祖之言，乃以高丽奇氏亦位皇后？今灾异屡起，河决地震，盗贼滋蔓，皆阴盛阳微之象，乞仍降为妃，庶几三辰奠位，灾异可息。”但顺帝根本不听监察御史李泌的建言。
据载，奇氏在被立为第二皇后之后，明理从善，希望做一个贤明的皇后，无事之时，则取《女孝经》、史书，访问历代皇后之有贤行者作为效法的榜样。四方贡献之物，或有珍味，则先遣使享太庙，然后才敢食用。至正十八年（1358）京城大饥，奇皇后命官员施粥救济，又出金银粟帛，命资正院使朴不花于京都十一门置冢，葬死者遗骼十余万，复命僧人举行水陆大会超度亡灵。
至正十三年六月，顺帝立奇皇后之子爱猷识理达腊为皇太子、中书令、枢密使，授以金宝，告祭天地、宗庙。（《元史》卷一百一十四《后妃传一》）
奇皇后十分宠幸高丽宦官朴不花。她未进宫之前，与朴不花为同乡，相为依倚，关系十分密切。后来奇氏被选为宫女，进贡到元廷，遂得宠于顺帝，被立为皇后。朴不花为了能够跟随奇氏，便入宫为太监，入侍奇皇后。皇后十分宠幸他，情意甚胶固。由是朴不花累迁官至荣禄大夫、资正院使。资正院者，主掌皇后的财赋。
由于奇完者忽都被立为皇后，奇氏在高丽的族人怙势骄横，高丽王十分愤怒，将奇皇后在高丽的族人诛杀。至正二十三年（1363），奇皇后对皇太子曰：“汝何不为我复雠耶？”于是奇皇后便立在大都的高丽王族为王，以奇族之子三宝奴为元子，遣同知枢密院事崔帖木儿为丞相，用兵一万，并招倭兵，前往征伐高丽。元军渡过鸭绿江，遭遇高丽的伏兵，结果大败而归，仅有十七骑生还。
至正二十五年八月，大皇后伯颜忽都卒，同年十二月，第二皇后奇完者忽都被正式册封为正宫皇后。（《元史》卷一百一十四《后妃传一》；《元史》卷二百四《朴不花传》）
顺帝执政后期颇怠于政治，奇皇后与皇太子爱猷识理达腊谋划让顺帝让位，遣朴不花将此事通告丞相太平，寻求支持，不料太平并不表态。奇皇后又召太平至后宫，赐以美酒，申明自己的计划，但太平还是依违两可，因此皇后与太子便十分忌恨。而顺帝在得知奇皇后的计划后，十分愤怒，便故意疏远奇皇后，两个月都不见她。当时，皇太子准备铲除顺帝身边的奸佞近臣，便令监察御史弹劾顺帝亲昵之臣，御史中丞秃鲁帖木儿，然而奏章未上，这名监察御史就被迁以他官。皇太子认为丞相太平从中作梗，更加下定决心要除去太平。知枢密院事纽的该知道后叹息道：“善人国之纪也，苟去之，国将何赖乎！”纽的该便在顺帝之前竭力为太平丞相辩解，结果皇太子的计划没有得逞。在纽的该死后，皇太子便令监察御史买住、桑哥失理弹劾中书左丞成遵、参政赵中等，将他们杀害，此二人皆为丞相太平的亲信。太平看到形势对自己越来越不利，数次上书借口有病请求辞去相位。至正二十年（1360）二月，顺帝准太平辞去丞相，同时拜太平为太保，令他在家中养病。御史台大臣上奏，认为时值国家安危存亡之际，朝廷急需贤能之才，宜令太平以太保兼任丞相之职，不过顺帝拒绝了御史台的奏请。至正二十三年，在皇太子和右丞相搠思监的陷害下，太平被远徙吐蕃，搠思监又遣使者逼太平自杀。太平来到东胜，赋诗一篇，被迫自杀，享年六十三岁。（《元史》卷二百四《朴不花传》；《元史》卷一百四十《太平传》）
搠思监，蒙古怯烈氏，本是一名果断能干的官员，功勋卓著。至正十四年四月，拜中书左丞相；十五年五月，进右丞相。当时全国各地爆发了农民起义，朝廷被迫派军征伐，但农民起义已成燎原之势，元廷控制的地盘越来越小。时国库空虚，无法应对各种庞大的开支，而顺帝沉溺于淫乐享受之中，不理政务，这样的背景下，时任丞相的搠思监不但不想方设法拯救国家，竟公然收受贿赂，“贪声著闻，物议喧然”。至正十五年冬，监察御史燕赤不花弹劾搠思监任用私人朵列及妾弟崔完者帖木儿印造伪钞，害怕事情败露，又命朵列自杀以灭口。搠思监被迫请辞，顺帝下诏将其免官，收其印绶。而监察御史答里麻失里、王彝仍然不断弹劾搠思监，认为对他的处罚过轻，但顺帝仍然坚持己见。恰好当时红巾军进入辽阳行省，危及元廷东北地区的安全，至正十六年，顺帝遂起搠思监为辽阳行省左丞相去镇压红巾军的起义，但搠思监并没有赴任。至正二十年三月，在太平辞去丞相之位后，顺帝再次任命搠思监为中书右丞相，同时诏告天下。因为顺帝不理政事，宦官资正院使朴不花便乘机用事，贪赃枉法。搠思监与朴不花狼狈为奸，全国各地的战报以及奖赏有功将领的奏章皆被他们扣留，不上呈给顺帝。（《元史》卷二百五《搠思监传》）
