滥赐、冗官、大兴土木，造成了武宗朝时国家财政危机日益加重。大德十一年九月，中书省大臣曾经上奏，言国库已经入不敷出。同年十二月，中书省又上奏请求从户部借支、预卖盐引（即取盐凭证）八十万锭以解燃眉之急，然而利用预卖盐引的办法来解决财政危机，无异于饮鸩止渴。武宗在无奈之下只好同意奏请，并用下不为例训诫中书省官员。哪知便是预卖盐引也无法应对庞大的财政支出。至大元年二月，中书省官员请求动用钞本七百一十余万锭来应对每况愈下的财政状况。钞本即发行纸币的准备金，大规模动用钞本会造成纸币的贬值，危害巨大。这是中书省官员不得已的做法，正如其所言，“臣等固知钞法非轻，曷敢辄动，然计无所出”。预卖盐引、动用钞本的做法根本无法解决财政危机。为此，中书省官员一次次建言请求缩减财政开支，武宗口头应允，却不肯下决心节制。至大元年十一月丁卯，中书省臣奏言：“今铨选、钱粮之法尽坏，廪藏空虚。中都建城，大都建寺，及为诸贵人营私第，军民不得休息。迩者用度愈广，每赐一人，辄至万锭，惟陛下矜察。”这一段话准确地道出了武宗朝财政危机的主要根源。
与中书省大臣的看法不同，武宗认为财政状况的恶化与中书省理财不力有关，应该想办法增加赋税收入。武宗想到了世祖朝设立尚书省专职理财的先例。大德十一年九月甲申，武宗下诏设立尚书省，分理财用，命中书右丞相塔剌海、中书左丞相塔思不花仍旧统领中书省，而以中书平章政事脱虎脱、教化、法忽鲁丁转任尚书省，令其自举官属，命铸尚书省印。武宗的这一决定遭致很多大臣的反对。御史台大臣奏言，认为世祖朝曾两度设立尚书省，均因事败被废，而综理财用，事在人为，让中书省整饬财政未尝不可，况且新立尚书省必然会增设机构，大规模设置官吏，反而会加重财政负担。御史台大臣还不忘劝诫武宗要勤政爱民，“自大德五年以来，四方地震水灾，岁仍不登，百姓重困，便民之政，正在今日”。武宗采纳了御史台大臣的意见，取消了设立尚书省的决定，但其加强理财的想法并没有改变，仍令脱虎脱、教化、法忽鲁丁三臣在中书省内专职理财。不过，既然是在中书省内分管理财，这些理财之臣就要受到中书省其他大臣的制约。
在国家财政状况未见好转的情况下，一些理财之臣趁机再次向武宗提议增设尚书省。至大二年七月，朝中官员乐实奏言钞法尽坏，请更立钞法，又与保八议立尚书省，于是武宗下诏，令他们与中书省主要大臣乞台普济、塔思不花、赤因铁木儿、脱虎脱等商议。然保八上奏，认为设立尚书省实是举正中书省之施政，将此事与中书省官员商量，难以得到他们认可，所谓“彼惧有累，孰愿行者”。保八建言武宗抛开顾虑，下决心设立尚书省以挽救财政危机。于是武宗力排众议，下诏设立尚书省。八月，武宗任命尚书省官员，即以乞台普济为太傅、右丞相，脱虎脱为左丞相，三宝奴、乐实为平章政事，保八为右丞，忙哥铁木儿为左丞，王罴为参知政事，中书左丞刘楫授尚书左丞、商议尚书省事。不久，脱虎脱又取代乞台普济，升任尚书省右丞相。
尚书省设立后，尚书省大臣以世祖朝尚书省垄断朝政的旧制为借口，不断奏请扩充自己的权力，中书省则逐渐被架空。如至大二年八月，尚书省奏准将中书省大部分断事官并入尚书省，并且由尚书省议定死刑。面对财政危机，武宗对尚书省的支持是不遗余力的，下诏“敢有沮挠尚书省事者，罪之”。同月，尚书省平章三宝奴又奏准尚书省可以不拘定例起用官员六十四员，其中“宿卫之士有之，品秩未至者有之，未历仕者有之”。至大二年九月，武宗又以尚书省条画诏天下，改各行中书省为行尚书省，同时赋予尚书省从宜处置、铨选官员等方面的权力。而积极促成设立尚书省的乐实到至大三年二月升为尚书左丞相、驸马都尉，封齐国公。至大三年六月丁未朔，武宗又下诏令太尉、尚书右丞相脱虎脱，太保、尚书左丞相三宝奴总治百司庶务。这样，以脱虎脱、三宝奴、乐实等人为首的尚书省就总揽朝政，积极推行财政改革。
尚书省建立后，首先做的就是变更钞法。武宗下诏，印造至大银钞颁行天下。至大银钞一两，准至元钞五贯、白银一两、赤金一钱。至大钞与至元钞并用，以至大银钞为母，至元钞为子，并停止发行至元钞。颁行至大银钞二两至一厘，定为十三等。随路立平准行用库，买卖金银，倒换昏钞。同时废止中统钞，限一百日内尽数赴库倒换。武宗还禁止民间私自买卖金银以及海船携带金、银、铜钱、绵丝、布帛入海进行贸易。至大二年十月，武宗以行铜钱法诏天下，以解决民间零钞缺乏问题，同时又废止至元钞，而以至大钞与铜钱作为交易货币。武宗朝发行的铜钱有至大通宝、大元通宝两种。至大通宝，一文相当于至大银钞一厘；大元通宝，一文相当于至大通宝钱十文。武宗还下令历代铜钱与至大钱通用。
变更钞法的同时，武宗还下诏各地路、府、州、县，设立常平仓，丰收之年储备粟麦米谷，青黄不接之时，减价出售，以平抑物价。为增加京师的粮食供应，元廷大规模增加了从江南海运到京师的粮食。
解决财政困难，当然要以增加税收为第一要务。在尚书省平章政事乐实的建言下，元廷规定江南富户有岁收粮满五万石以上者，令每石输二升于官府。元廷还将盐价每引增为至大银钞四两，同时开酒禁，立酒课提举司，追征逋负，拘收部分江南赐田以及外任官职田等等。
武宗设立尚书省理财的政策引致了很多官员的不满。至大二年十月，御史台臣言：“常平仓本以益民，然岁不登，遽立之，必反害民，罢之便。”又言：“至大银钞始行，品目繁碎，民犹未悟，而又兼行铜钱，虑有相妨。”又言：“民间拘铜器甚急，弗便，乞与省臣详议。”又言：“岁凶乏食，不宜遽弛酒禁。”武宗站在尚书省一边，并没有理睬御史台大臣的上奏，仅以“其与省臣议之”来加以搪塞。（《元史》卷二十二、二十三《武宗本纪》；《元史》卷九十三《食货志一》）
