1912年1月16日，孙武、刘成禺、蓝天蔚、谭延闾等发起在上海成立民社，拥黎元洪为党魁，提出拥护共和，保障民国，但主张迁都武昌，而与南京临时政府相龃龉。宁调元作为谭延阎的驻沪特派员，也参与发起工作。民社成立初，在上海组织《民声日报》，推宁调元为总编纂。宁调元在《民声日报》上发表《国都平论》、《上天下地》等文，提出建都武昌，颇为时人垢病；然而只要对此说作具体分析，就不难找到其中的缘由。如所周知，民社成立，适南北和谈之时，双方在定都南京抑或迁都北京何题上争论不休，试图找到一种中性的办法，以促成和平解决。毫无疑问，宁调元此时的主张客观上反映了黎元洪、孙武等人的意见，既不利于革命党在谈判中取得优势，对袁世凯等北洋派亦无肋益，这纯是善良的宁调元不了解建都之争的实质所致。宁调元任《民声日报》总编职仅从2月20日至28日为止，不及10日，29日即因祖母病故，奔丧回湘，推荐杨德邻、汪文溥继任，此后与《民声日报》脱离关系。1912年5月，在袁世凯授意下，民社与其它党派合组为共和党，黎元洪任理事长。当宁了解到民社日益沦为袁氏帮凶后，愤慨异常，于1912年5月公开登报声明脱离民社，云：“近见该党宗旨歧异，举动日非，调元不敢附和，谨随姚雨平、王正廷、李登辉、叶楚伧、林叔慧、郭健霄、汪文溥、王景春诸君子之后，宣告脱党。”随后，“顾《民声》议论益披猖，君夜被酒，直入报社，思拳殴其人以泄义愤，会不遇，乃已。”不久，当宁获悉革命同志逐渐脱离民社，欣慰莫名，于10月6日致函文斐长沙民社归并国民党，上海同志之在民社者，已一律分别脱离。弟之罪过，可以少减矣。”
先是，是年4月，为三佛铁路支路公司总办人员任命事，湘、粤两省发生纠葛。由于宁调元在湘深孚众望，湘路公司与谭延阖分别致电广东都督陈炯明，决定改推宁调元为总办。不久，宁赴粤就任三佛铁路总办职，同乡好友刘泽湘随同入粤为总文案宁至粤后，知路事积弊甚多，采取严厉措施，整肃路政。一蔡姓工程师利用职务之便把持路务有年，滥用浮报，且勾结外站，私印客票出售，得赃款数万，上下相蒙，坐分膏润。宁赴任后，抓住此事，穷追不舍。并以此为突破口，顺藤摸瓜，一抓到底，“不数月，积薮一空”。虽遭神奸巨蠹的嫉恨和联合攻击，但“君一意孤行，弗顾也。”同年10月，粤路协理李某与总理詹某不和，日思据其位而有之，正好碰上詹总理辞职。宁调元希望董事不让李某升任总理，因为李在前清时代充粤路坐办时，声名欠佳，曾经邮传部严参撤任。为此，他多次致函文斐，希望文给予支持；宁还与鄂省总办预议，万一李某升任总理，宁将联合鄂粤两省同事拒绝之。宁任三佛铁路总办期间，他掌握路政财权，但他依然廉洁自律。一次，宁夫人阳秀贞致函调元，希望能多寄钱回家，一则维持生活，二则可置办产业，但遭到严肃拒绝。他说：“我手中不是没钱，钱很多，用飞机装都有，但不能寄回家，家里只要能生活下去就行了”。宁在工作余暇，尝与邓万岁、蔡守、黄节、谢英伯诸人饮酒赋诗，互相唱和，遍游广州附近石门、昌华、白云诸山，借此陶冶性情，砥砺品行。如同孙中山、黄兴一样，宁原以为清朝政府已经被推翻，民族主义已经完成，剩下的问题是实现民生主义，此后只要筑好铁路、办好厂矿，民众就能安居乐业了，并准备此后退隐泉下，“天涯何处无芳草，归隐终须到此乡”。谁知风云突变，袁黎互相勾结，向革命派举起了屠刀。一直关心时局的宁调元乃奋不顾身地投身于反袁革命的斗争洪流。
宁调元的反袁活动是以“张振武事件”发其端的。袁世凯窃取中华民国临时大总统职权后，拉拢黎元洪、梁启超、梁士诒等旧官僚和立宪派人士，疯狂迫害革命党人。先是，黎元洪于1912年7月在湖北捕杀文学社重要成员祝制六、滕亚刚、江光国，继又枪杀《大江报》主笔凌大同，复于8月12日电请袁世凯在北京捕杀张振武、方维，谎称张“怙权结党，桀骜自恣，飞扬跋扈”。袁接电，乃于16日将张、方二人枪毙。宁调元获此噩耗，愤激异常，发出“国事至此，吾党罪恶何时可以濯洗”的沉重叹息。接着，袁世凯在北京制造了“段世垣案件”、“蒋定汉、张子通、沈翔云、邓修身等案件”，同时诋毁舆论，下令封禁《亚东新闻》、《民主报》、《民国报》、《中央新闻》等刊物。宁调元获此讯息，因而“迭电辞职”。在未获批准的情况下，毅然于11月28日离粤至沪，住上海第一行台叶楚伧处，并往来于沪、皖间，与陈其美、柏文蔚商讨联合反袁计划。不久，袁世凯简任汪瑞闾为江西民政长，以分赣督李烈钧之权，同时将李烈钧订购之军械扣押不放，这就是赣省的“民政长事件”及“扣留军械事件”。李烈钧于1913年1月接连致电宁调元入赣商量政事。1月下旬，宁至南昌，与李烈钧商定粤、湘、赣、苏、皖、両等七省联合讨袁计划，并被李聘为都督府名誉顾问。宁调元一面运动广东的胡汉民支持李烈钧，另一方面又致电谭延闾，要求谭发电抗议袁世凯扣留江西军械，认为此事“非多数都督抗议，断难挽回”。由于宁调元的积极活动和李烈钧的坚决态度，这场“分治”与“反分治”的斗争以李烈钧的胜利而告终，这也是南方民军在与袁世凯的较量中取得的第一回合的胜利。
在运动武装倒袁的同时，宁调元也意识到议会斗争的重要性。1912年8月，宋教仁将同盟会改组为国民党，宁被任命为文事部干事。宁在利用文字、舆论鼓吹反袁时，也积极参预国民党的选举工作。为使国民党员团结起来，与袁开展斗争，1913年1月15日，宁调元在上海国民党交通部举行的欢迎大会上发表演讲。他强调：“国民党系由革命团体改组而成，历史和性质均极单纯，欲谋发达，本较他党为易，既破坏专制政府，必建共和政府，方无负革命之初心。须知吾党对于民国实负有绝大之责任，务望我同志诸君，以革命的精神，建共和事业。”选举开始后，为确保国民党在湘、粤等省的选举中获胜，宁调元一面致电国民党粤支部邓慕韩、陈耿夫、叶夏声、江淑颖并转广东都督胡汉民，力主“东南起义各省联为一气”，协筹对付袁世凯之办法；另一方面，宁又于1月离赣返湘，与谭延闾、周震鳞、黎尚雯、程潜、文斐、刘承烈、陆鸿逵、易宗羲、文经纬、伍任钧等计议整顿湘政及集中党内力量的办法。在宁调元等人的努力下，不仅湘、粤两省国民党员在国会议员选举中获胜，而且在全国范围内国民党员在选举中亦占优势。众议院共596人，其中国民党占269席；参议院共274人，其中国民党占123席。这种局面是袁世凯绝对不能容忍的，袁狗急跳墙，于1913年3月20日派遣特务在上海火车站暗杀了国民党的代理理事长宋教仁。
宋教仁被害使宁调元意识到武力讨袁才是惟一出路。”宋案”发生后，有人劝宁养晦东瀛，谭延闾愿提供千金为路费，宁不为所动。于是星夜走沪，会见孙中山、黄兴，力言东南各省已趋一致，建议迅速举兵，北定中原。但孙、黄等人在讨袁策略上出现分歧，孙中山认为“国会乃口舌之争，法律无抵抗之力”，与谭人凤、戴天仇等主张即时兴师讨袁，而黄兴则认为“民国已经成立，法律非无效力，对此问题，宜持以冷静态度，而待正当之解决0”并且“以为南方武力之不足恃，苟或发难，必至大局糜烂。”都督中只有李烈钧反袁最坚决，柏文蔚、谭延闾动摇不定，胡汉民正与陈炯明争都督，对此漠不关心，程德全则首鼠两端。对此情形，宁调元亦无可奈何。《善后借款合同》签字后，袁世凯气焰更加嚣张，黄兴只得组织武力讨袁，并任命宁调元为秘书长。1913年4月至6月，在黄兴主持下，由李烈钧发起，赣、皖、湘、粤、闽五省都督秘密联盟，决心以武力讨伐袁世凯。宁调元参与制订了作战计划，拟定赣军为第一军，粤军为第二军，湘、鄂、豫联军为第三军，拟与苏、浙、皖、闽、川各军相策应。计划制订后，宁考虑到湖北武汉交通便利，商业发达，革命基础好，乃向黄兴建议自愿前往武汉发动起义，经黄兴同意，宁于4月底至5月初启程途经九江，曾与耿毅商谈一切，耿毅建议“必须多方侦察，尚不至有大误；若听一面之词，恐有失败之虞”，
宁调元至汉口，寓德租界日本人所开之富贵旅馆，与在汉之革命同志季雨霖、夏述堂、詹大悲、胡秉柯、彭养光、郞永成、钟勖庄、刘英、张秉文、王道等第一次开会时，即遭暗探监视，此后他们只好深夜聚会，机关经常转移。不久，黄兴派熊樾山至汉协助宁开展工作。宁调元与湖北革命党人商议后，成立讨袁临时鄂军机关部，由夏述唐、王之光、潘康时、季良轩负责军事，詹大悲、邹永成任会计，钟仲衡、杨王鹏、赵鹏飞、彭养光、温楚珩任联络，宁调元负责机关曰常事务。在军事方面，也做了具体分工：由夏述唐、郑曜午等担任豫南及京汉路一段；蒋翊武、李岳锻、李达武运动湘军监视谭延阍；潘康时、詹大悲、杨王鹏、王华国、丁人杰、季雨霖等任鄂西、鄂北军事；与此同时，蒋翊武派谢远达赴襄阳与章裕昆联络发动；刘英也派人赴荆州与刘铁所部联系；蔡济民在都督府任内应。革命党准备尚未就绪，袁、黎亦加快了反动步骤。6月9日，袁氏下令免除李烈钧江西都督职，由黎元洪兼任鄂赣两省都督职务，同时派李纯率北军南下。对此，宁一面派熊樾山赴湖口会晤李烈钧，劝其不要离赣；另一方面，又以时机紧迫，召集各方同志数十人紧急会议，派季雨霖、詹大悲、邹永成、刘钺、杨王鹏等指挥军队，皮宗石、曾毅、李剑农、潘仲清、马惕冰等起草文告宣言，约定6月25曰晚在武汉三镇同时发难。不料风声外泄，6月24日，黎元洪即派军警会同法国巡捕搜查汉口《民国日报》馆，搜去文电布告多件，并将曾毅、周览、杨端六、成希禹等4人逮捕。詹大悲见事机巳泄，当晚督队攻汉阳制造局失败；25日，詹大悲派人在武昌多处放火，南湖地方的军队亦准备发动，但均遭镇压。其时，宁调元尚未知道汉阳和武昌两处起义已经失败，耒能及时躲避。26日，潘康时与杨王鹏因事至富贵馆宁调元处。入门时，见卖花人有异，急告宁调元速离旅馆，宁未介意。潘、杨急出，而巡警突至，潘、杨乘原汽车驶去，宁当场被捕，随后熊樾山亦被捕。搜出日本钞票三千余元，银元三百余元，李烈钧签署的特别证及密码本、日记本、讨袁临时鄂军机关总部事务人员名单，派人赴荆、沙、田镇及邻省各处川资支付清单等件，宁、熊被羁押于汉口德租界巡捕房。7月5日，袁世凯饬令外交部与德国公使及驻汉领事交涉，将宁、熊二人从汉口引渡过江，投入武昌湖北省军法局陆军监狱。
在狱中，宁调元发扬不怕牺牲的革命乐观主义精神，坚持与敌人抗争，大义凛然，视死如归。7月12日，他寄书刘谦，声言“生死关头，已于十年前勘破”，并嘱托刘谦为其告湘中好友，“幸自珍爱，无以我为念”。7月28日，宁致函文斐，谓“死生性命，早已听之自然。近年党争剧烈，政治毫无生气。瓜分之祸，迫燃眉睫，迟早不免一死。故在此间，亦不甚愁闷。”但是，当宁赣败耗传来时，宁调元大哭不止，口占一绝，诗云：“一局残棋尚未终，纷纷铁骑下东蒙。可怜五族共和史，容易昙花一现中。”可见，既使在最危险的关头，宁调元关心的还是国家的前途、民族的命运，表现了革命者高贵的品德。
宁调元被捕入狱的消息传出后，宁的生平好友及革命同志尽力营救。刘揆一、蔡锷、陈文玮、陈家鼎、高旭、汪文溥等或致电，或上书，要求黎元洪释放宁调元。黎尚雯还亲至鄂军都督府，涕泣陈词，为宁求情。李烈钧于7月13日致电黎元洪，愿以所扣押之黎部参谋余大鸿、汤则沸二人交换宁调元、熊樾山。遭拒后，江西革命军群情激愤，气得将余、汤二人乱刀砍死。除革命党人外，部分立宪派人士诸如杨度、张謇等人亦在营救宁调元。宁在7月12日致函杨度，对其在北京“仗义执言”表示感激。张謇亦于7月12日致电袁世凯，要求对宁、熊二人施以“宽缓”政策，认为这也是“宽猛相济之一道”。月中旬，谭延闾与文斐设法集资三千金，遣李隆建至鄂，援救宁调元，因被坏人设计夺金而败。尽管所这些营救活动均遭失败，但反映了宁调元在人们心中的价值和地位。8月27曰，湖北都督府军法课以“内乱执行重要事务罪”，判处宁调元死刑。9月25日，袁世凯在镇压了“二次革命”之后，下令枪杀宁调元于武昌抱冰堂，时年30岁。宁调元牺牲后，其遗体由旧属晏国芗及宁之同乡傅年丰购棺具以殓。刘谦闻讯，于9月27日至10月3日自长沙入鄂，运宁调元灵柩返回醴陵。10月8日，葬于醴陵之西山。
综观宁调元革命的一生，不难看出他是一位寓学识、革命理论和革命实践三位于一体的激进民主革命活动家。宁调元深厚的文学功底为其宣传革命理论奠定了基础，其诗、文多以革命为题材。其友卜世藩称赞他的诗“不落某家窠臼”，“其文力追《史》、《汉》，句法字法多本马、班”，“词义渊雅”。其师吴称三在披阅调元的诗后感叹“吾醴洵多才矣，为慰快者久之。仙霞勉之”。从宁调元的诗、词、文章中我们亦可看出他实是一位不可多得的文学天才。宁调元对革命理论的追求又为其进行革命实践提供了指导和动力。在民族民主革命思想的推动下，宁调元一直坚持不懈地为推翻满清政府和封建专制制度而奋斗，直至生命的最后一刻。中华民国临时政府成立后，1912年2月28日，在民社第一次谈话会上的发言中，宁调元提出“至于改正条约，保护贸易之本，事极困难，然吾人当以全力赴之，不当因难而退。”可见宁调元正准备为反帝而斗争，可惜不久就被袁世凯政府杀害。宁调元虽然为革命事业壮烈捐躯，但他在辛亥革命时的历史功迹将彪炳史册，永放光芒。宁调元牺牲后，其生前好友均作诗以示哀悼。柳亚子《闻宁太一噩耗痛极有作》当年专制犹开网，此日共和竟杀身。早识兴朝菹醢急，不应左袒倡亡秦。独夫曷丧苍生愿，豪杰成灰白骨哀。血溉武昌他日事，鬼雄呵护复仇来！”高旭《吊亡友宁太一用夏存古（细林野哭）原韵》：“凄风苦雨杜鹃啼，春光又见柳初齐。去年歇浦一握手，分飞劳燕各东西……”傅钝根《为亡友宁太一辑武昌狱中诗竟因题其后述哀》如君已死更安归？风景河山举目非！传志未成应有待，母妻何托竟无依？并时功罪千秋在，惊世文章知者稀。从此西山一杯土，年年凭吊涕沾衣。”北伐后，国民政府下令褒扬，称“先烈宁调元，赋性英毅，学术湛深，早岁奔走革命，屡濒危难，矢志益坚。癸丑之役，联络长江各省密谋响应，尤着勋勤……”并拨款修墓建亭，于右任撰书碑文，柳亚子与傅纯根编印《太一遗书》传世。
