1907年7月2日清廷上谕宣言销除满汉，8月20日上谕又命疆臣筹画旗丁生计，且申明之曰：“化除畛域，共作国民，以副朝廷一视同仁之至意。”杨毓麟一方面指出了清廷销除满汉的虚伪与阴谋，一方面宣言排满反清革命的合理性和必然性。他指出：“以朝廷二百余年满汉成见之坚牢，畛域之高峻，既已灼然不可为讳，乃欲恃区区一纸空文间执人口，此与塞口止啼者有何异耶？”“此与痴人说梦何异？”此不过是故伎重演，实“掩耳盗铃之故态”罢了。清廷销除满汉的首要步骤是筹画旗丁生计，作“为解决满汉问题之一节目”。杨分析了八旗生计问题与满汉问题的关系后指出八旗生计与满汉政治问题，相去悬绝。”所谓筹画旗丁生计，不过是朝廷“挟政治上独占之势力，以扩张旗人经济上势力”，“则不平者益不平”，“藉经济上新辟之势力范围，以拥护政治上固有之势力范围”，“则所欲化者欲不化”，所以“汉人于政治上之苦痛以外，又复加以生计上之苦痛。旗人于政治上垄断之外，又复加以生计上之垄断”，结果“种界益生荆棘”。由此可见朝廷销除满汉四字，固已如轻尘浮沐，随风消散，并无丝毫意味之可寻。而其可寻者，独有顽然自负其托处征服地位之恶感”。他警告清廷：“中国种族亦复杂矣，无恶于蒙，无恶于回，无恶于藏番，何独恶于满人？”“何为以满人独承其敝？”是由于“由种族思想而酿成政治上之不平等。由政治上之不平等而酿成政府与民间各种接构。”清廷“果欲销除满汉问题”，需先“放弃政治上垄断之特权”，“铲除满汉民族政治荆棘，设法律上普遍国民权利保障”。除此而外“更无他术”。如若不然，销除满汉“非独救亡之梗，抑亦召乱之媒也”产“革命党人种种破坏手段，必不因政府此种阳与阴取之措施幡然遽变其初心而消归于无”。销除满汉终究要在革命党人的手里得到真正解决。
(六)唤起“国民联合运动”，实行排满革命。
杨毓麟自始至终是一个激进的民主革命家，早在1902年冬间他的《新湖南》一书里，他就提出了“破坏”、“暴动”的革命方式。他说广列国文明，皆从流血购来；自由，犹树也，溉之以虐政府之血，而后生长焉。”既然“大陆风云，亦已惨黩，而创痛亦巳酷烈”，清政府犹且引狼入室，开门揖盗，统治权已“为外人一颦一笑所左右”，“亡国灭种之不远”，那么“人民只要反抗，有可以对付之手段，无论出于何一方面，各省人士皆有自由行动之责任”，对于政府，示以“流血五步之决心”、“剑及履及，以与政府发难”，才能避免“戢戢然相率而为奴隶牛马之凄魂怨魄”的民族厄运。
那么，实行排满革命，依靠什么力量呢？在《新湖南》一书中，杨毓麟提出，要依靠“中等社会”，认为它是“下等社会之所托命，而上等社会之替人”，对“下等社会”的劳动群众的力量，估计不足。《神州日报》时期，他在这个问题上，思想有了较大的进步。他提出了“国民”、“人民”、“四万万男妇一心并力”的观点，并反复论证和宣传了“国民联合运动”的重要性和急迫性。
首先，他对“国民”的“不活泼”状态，提出了坦荡无讳的善意的批评。面对各种生死问题，国民“直徘徊歧路之间，以相推排游衍”，清政府“知国民之可狎”，专制、卖国愈发肆无忌惮。因此，首要和关键的问题是提高国民的觉悟程度，唤起国民对于政治的热情，销除“国民对于政治的冷淡”，启发国民对于“解决政治问题之思虑”。进而指出，只有游戏神通的国民，乃能豢养如此游戏神通的政府，这种着眼于提高国民觉悟人手解决社会问题的论点在当时历史条件下确是难能可贵的。
其次，杨毓麟认为“国民联合运动”，是实行排满革命的主要途径。他指出察今世文明各国之所以优胜，与吾国之所以劣败者……质言之，即以能执行联合运动与不能执行联合运动为断”。他把国民联合运动分为政治事情之联合运动和社会事情之联合运动两种。因为“政治事情之进步”“常追逐社会之后尘”，所以国民联合运动的第一步是需进行社会事情之联合运动，包括实业、学术、习俗、宗教等社会生活的方方面面。但他并不是把两种联合运动截然分开，因为“社会事情一方面之进步，可以为政治事情一方面之前茅”，二者“相依为生活，如脉管之于神经”。”社会事情吐纳万类为补益政治之营养物，政治事情吸取营养物之精华，而以有目的、有系统之作用表而出之”。社会事情“不可不含孕以政治事情为目的物之性质”。”所谓社会事情之联合运动者，但足以唤起政治事情联合运动之思想而已”。由此可知唤起国民政治联合运动是他的最终目标。
联合运动的程序是“必先养成指导社会之知识，凝固倡率社会之勇气，刮磨容保社会之品性”，再“成立一有主义之小小根据，尔后发展壮大成为一有系统之大团体”，并且总以“步武以为趋赴”。联合运动的目标是“举现在官僚政治而大变革之”、“摧陷廓清之”。他号召国民“不惜腐心碎首”、“自成壁垒”、“一心并力”、“当社会之冲”、“以先锋自任”，把联合运动的矛头首先指向种族问题，因为种族问题，即民族的不平等是导致国家“槁落不振”的根本原因。同年，华商体操会会员黄勋伯因见义勇为，为邻居捉贼被对方连刺二十余刀，“被重创不挠，遂以擒贼”，自己终亦因伤势过重而卒这在“二千年来，侠骨颓废，武德陵弛，分别人我，以利相市”、人人自危的清末社会，无疑是一种壮举。杨毓麟赶写了《黄勋伯诔词》，赞扬此举说：“黄君虽死，其嗜义之热诚，临事之定力，犹岳岳然植立天壤间，与从古国殇英灵毅魄相揖让。”若中国四万万男妇，都如黄氏，那么“夏屋沉沉，有贼在垣”、风雨如晦的中国，一定会变成一个“神州大陆新舞台”。
杨毓麟“国民联合运动”的思想，是他民族主义思想的一次飞跃，一次升华。他隐约提出了资产阶级革命党人脱离人民群众的现实缺憾，又在一定程度上弥补了这一致命的缺憾。因而具有超前性。在他近百万字的着述中，这种并不多见的创意，无疑将成为后来国民革命的先声。
强烈的反帝爱国思想是杨毓麟民族主义思想的又一项重要内容，也是其中极有特色的一部分。
如所周知，帝国主义是近代中国人民最凶恶的敌人，帝国主义的侵略是造成中国“一穷二白”的主要根源。为此，杨毓麟深刻揭露了帝国主义列强的侵略罪行，深入分析了帝国主义各国在侵华问题上的矛盾和斗争，批判了列强制造的各种“侵略有理”的谬论，号召国民团结御侮，为争取民族独立而斗争。
(一)列强“以殖民政略为主脑”，“蹂躏我主权”。
杨毓麟认为，西方列强对中国侵略有一个逐步加深的过程，其“民族建国主义”即资产阶级民族主义未发生之前，侵略的原动力或出于世主一人之野心，或出于武夫健将一二人之权略，结果“末路往往丧败，不可收拾”。“民族建国主义”发达以后，刚开始主要是商业竞争，牟取商业利益，“列强之耀兵力以索取商权”，“但有通商主义而无殖民主义”，但随着列强“国民生殖蕃盛力之膨胀”和“工商业发达，资本充实之所膨胀”，使列强“由民族主义一变而为帝国主义”，“一变而为殖民主义”，其结果必定“以东亚为二十世纪工商业竞争之中心点，欲反客为主，目营而心醉。”这就指出列强在完成资本原始积累，渐次进入帝国主义后瓜分世界的经济根源。因此，列强“固于我无所爱”其最终目的必然是把中国变为他们的殖民地，使中国“招牌未改，而数百年之老店盘顶于他人；堂构依然，而数十世之家居已典于异姓”。而当时人们看到列强睃削中届不遗余力的现状，只是一味惊诧于列强敏捷的外交手腕和强盛的军事实力，“至其已往之历史所为远因近因者何若，未来之历史所为得尺得寸者何若，固往往不及详察而实指其所以然”。杨毓麟认为，由经济渗透，军事入侵到政治控制反映了列强“民族建国主义”政略的变化。以争夺路权为例，“始之所谓铁道者，虽有资本灌入之损失，尚无军事上之关系及政治上之关系”，俟其“政略既变，则虽有合同之名，而实则军事上之关系及政治上之关系牵连缪葛轶出于包办之外矣”。杨毓麟所提出的帝国主义“先经济力后政治力”的侵华步骤以及列强由经济控制到政治控制中国的观点与孙中山1924年在《三民主义》中所阐述的帝国主义就是“用政治力去侵略别国的主义”的观点，确有惊人的相似之处。
杨毓麟还系统地阐述了帝国主义的侵略方式和手段。他认为列强是“以殖民政略为主脑，而以租界政略、铁道政略、矿产政略、传教政略、工商政略为眉目，用以组织此殖民政略，使达于周密完全之地以铁路为例，杨毓麟认为“铁道者，善用之则为兴国无二之利器；不善用之，则为亡国无二之祸萌”，而清政府错聩颟顸，“见西客如娼妓之媚人”，使列强蜂拥而入，他们要瓜分中国便“以铁路为一奇凶极险之手段”，狼奔豕突“竞争大陆之铁道敷设权”，以“拓张政治上之区域，以证明已国权利利益之范围”。以银行为例，杨毓麟指出列强“以银行为外蔽前导，以兵力为中心和后劲”，因此“银行之灭人国也，固胜于兵力”。鳞次栉比的外国银行一可以使帝国主义“借经济之势力，以行之于农工商矿之上”，二可以“借贿赂之势力，以行之于官闱朝宇之间”，让疲癃老悖清政府之达官显宦，成为列强“健鹘盘空之爪距”。侵略者从银行里提出钱财“蚀荣寿公主及亲王大臣之心肝而摄老佛爷之魂魄”。满朝文武见钱眼开眉飞色舞，对列强的要求便惟惟诺诺。这一点，俄帝国主义最为老道圆滑，它在这方面也舍得投资，大手大把，华俄银行北京支店被戏称为“贿赂供应局”，日本亦步亦趋，并不甘示弱。
杨毓麟指出，列强的侵略会“手段愈高，方法愈巧，议论愈精，规画愈细”，最终要“扶植满洲政府为兼弱攻昧之秘藏，以开放中国门户为断腰绝臂之妙术”。杨毓麟还以印度和波兰亡国教训为例，指出列强必将故伎重演，以华治华，他说：“彼列强者方将指挥不肖之官吏以屠割我忿民，将指挥不肖之绅富以钤束我懦民，将驱策不肖之教民以歼灭同类为攻伐，将愚莠不肖之穷民以拥护异族浦酸。以犬噬犬，以虎搏虎，以蚁杀蚁。”待杞梓与樗栎同戕，鱼鳖与蚊龙共尽，“彼自民者乃始掀髯大笑”。他泣告国人“险像如此其剧”，非一志合力以御外侮，“五年之后，绝无可措手”。
(二)列强“行均衡主义”，而冲突“必不可避”。
杨毓麟认为，帝国主义各国在侵华利益上有一致的地方，这就规定了他们首先要采取联合政策。“俄人之踞东三省，英美新闻之论之者，不以为恶名，而以为正义也；英人以辰州教案欲袭用德国胶州之手段，英字新闻之论者不以为暴行，而以为公理也”。俄国欲占满洲“欧美列国皆心许之，非独心许之，抑将相助而各谋其所安坐而获之天宠”。白人“利用黄人昏昧而使用纵横捭阖之手段”，以图插足极东天府，列强之间高层互访，络绎道路，“亲密异于畴昔”，被称为“帝国主义之窟穴”的欧洲天地一夜间平和敦睦，这“实与亚东危迫之现象相为倚伏”。究其实质，虽然列强借口维持和平，对满洲问题措手饶舌，虽然手段各异，但他们因为觊觎“支那大陆之宝藏，欲囊括而席有之”的野心相同都以对清经营政策为根本，所以彼间“洞察而默契”，不久都将涌入亚东大陆新舞台，粉墨登场，吹弹奏伎的也必定的是“前日之旧乐师，即欧罗巴大国转为亚细亚大国是也”。杨毓麟指出，列强之间骡马“和亲”组成攻守同盟的实质是“以联合政策，行其均衡主义”，“搜俦索偶互相奖励”，以致中国“悬于群雄樽俎之间譬如津镇、苏杭甬等各路强硬外债的成立根底则在列强开放门户，机会均等之政策”，“以日法、日俄、英俄诸协约互相鞭策之故”。
杨毓麟进一步指出：“均衡主义”的实质是列强在侵华利益上内部激烈斗争的结果，但矛盾和斗争却是主要的。他以日俄两国争夺我们东三省为例，预言日俄冲突将是不可避免的。他在分析日俄两国的狼子野心后，指出日、俄国都对满洲垂涎三尺，因此都皆欲独吞而后快，俄国以为满洲是其殖民地，“根据牢确”，因为满洲是由“俄国之金，俄国之血，俄国所建设之殖民根底”，已经是其“幼稚新领土之一名词”，而日本“无端而欲攘得之，与欲取俄人心膂之血液相等”，矫矫然以满洲新主自居；在日本人看来，满洲是“无主之荒芜的新世界之一名词”，坐视俄人饕餮大餐，美滋美味，断不能“闭目塞听，高拱揖让”。因而两国之间以诅以垢，相互攻讦时时有角立之势”，两国的盟国也溷迹其中，指手画脚，打闹得沸沸扬扬，不可开交。俄国虽然心知肚明中国乃“庞然大脔，难以独享”，但它不能容忍日本吞并朝鲜后进而染指满洲，满洲必然成为日俄争夺的焦点。俄国攻击日本从前宣称出兵朝鲜是“在巩固高丽独立及自由，然及今日，则所为高丽独立自主云者，已抛弃于太平洋大海水中，而将高丽收为日本之一县”，所以俄占满洲只不过是以日本为榜样，“循例而搬演之”。日本没空也无心去听俄国熊的絮絮叨叨没完没了，私下里已经磨刀霍霍，整兵备战，意在抓住“千载一时之期运”，与俄国一决雌雄，因此，“日俄之冲突，必不可避”。夹缝中间的清政府在列强嗾使推排中，老眼昏花，睡眼惺忪，早已是“饿虎之残骸，毒鳞之僵魄”，中国如“救火场上遇上盗贼，剥其衣，剑其肉，无与怜者。”杨毓麟通过对列强间狗咬狗斗争的剖析，使国人认识列强青面獠牙的狰狞面目，号召国人提高警惕，未雨绸缪，防患未然。
杨毓麟还以1905年发生的“大闹公堂事件”和1907年发生的“高景贤事件”为例，揭露帝国主义的侵华罪行。
