第三，为了《癸卯学制》更好实施，清政府相继又颁布了一系列配套法规。有各级各类学堂的章程，如《初等小学堂章程》、《高等小学堂章程》、《中学堂章程》、《高等学堂章程》、《大学堂章程》，以及初级、优级师范学堂章程和初等、中等、高等农工商实业学堂章程等，对学堂的办学宗旨、学科设置、学习的年限、入学要求、办学条件、教员管理等分别作了规定。还有《任用教员章程》、《学务纲要》、《各学堂管理通则》。
第四，1909年对中学制度进行调整，实行文、实分科，课程各有侧重。
(三)教育宗旨的确定
维新运动开始后，涉及教育宗旨的议论逐渐多起来，1902年，梁启超着文明确提出教育当定宗旨，张之洞等在1904年奏请颁布《奏定学堂章程》时，明确指出“立学宗旨”：“无论何等学堂，均以忠孝为本，以中国经史之学为基。俾学生心术壹归于纯正，而后以西学瀹其智识，练其艺能，务期他日成材，各适实用，以仰副国家造就通才、慎防流弊之意。”这也是中国历史上第一次明确提出教育宗旨。这个教育宗旨，很明显地体现了洋务派的“中学为体，西学为用”的文教政策精神。1906年，鉴于学习西学有背弃中国伦理道德之偏，在《学部奏请宣誓教育宗旨折》中又提出“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”的教育宗旨，其基本精神仍是洋务派的“中学为体，西学为用”。所以说，中国近代制定教育宗旨，从宏观上给教育以管理和指导，是从癸卯学制及其配套法规开始的。
《癸卯学制》在建立、修订过程中，不仅规定了各学堂总的教育宗旨，而且在各级各类学堂《章程》中，对各学堂具体的办学宗旨也作了明确规定。如初等小学堂“以启其人生应有之知识，立其明伦理爱国家之根基，并调护儿童身体，令其发育为宗旨”；高等小学堂“以培养国民之善性，扩充国民之知识，强壮国民之气体为宗旨”；中学堂“以施较深之普通教育，俾毕业后不仕者从事于各项事业，进取者升入各高等专门学堂均有根柢为宗旨”；高等学堂“以教大学预备科为宗旨”；大学堂“以谨遵谕旨，端正趋向，造就通才为宗旨”；初等农业学堂“以教授农业最浅近之知识技能，使毕业后实能从事简易农业为宗旨”等等。
三、科举制的废除
科举制度不仅是中国封建社会选拔人才的制度，也是封建统治者对教育进行宏观管理的手段。它就像指挥棒一样，指挥、控制着教育的目的、教学内容和教学方法，在历史上曾起过积极作用。但是，随着封建社会的日益没落，资本主义的萌芽、发展，科举制完全沦为文化专制的工具，其历史的进步性与存在的合理性逐渐丧失，要求改革科举、废除科举的呼声日益高涨。
鸦片战争以后，封建教育已经远远不能满足“富国强兵”的需要，于是洋务派为培养洋务人才，陆续兴建了一批新式学堂。维新运动时期，官方和民间又设立一批新式学堂。清政府推行所谓“苎政”，办理“新教育”，于1901年9月，颁布“兴学诏书”，促进了新学堂的进一步建立和发展。然而，随着新教育的发展，与科举制度的矛盾日益尖锐。人们平时在新式学堂学习近代科技知识，而在举行科举考试时，为了不失去科举入仕的机会，要请假去应试。更为严重的是，许多士人为了能入仕做官，不愿入新式学堂。科举制成为新教育发展的严重障碍。在此情况下，当时许多有识之士强烈要求废除科举。他们指出：“科举一日不停，士人皆有侥幸得第之心，以分其砥砺实修之志。民间更相率观望，私立学堂者绝少，又断非公家财力所能普及，学堂决无大兴之望”，“救时艰，必自推广学校始，而欲推广学校，必自先停科举始”。在朝野的共同要求下，光绪帝于1905年9月2日（光绪帝三十一年八月四日）下诏各省停止科举考试，我国实行了1300年的科举制被废除了。科举制的废除，在中国教育发展史上是一件大事。它标志着封建社会占统治地位的旧教育在形式上宣告结束，为我国新教育的发展清除了一大障碍；一个新的半殖民地半封建的教育制度在逐步形成。
（第三节）晚清的教育行政制度
一、学部的建立
为保证学制颁布后兴学政策的落实，1904年《学务纲要》规定专设总理学务大臣。废科举后，为适应教育形势的新变化，加强教育管理，清政府又进一步对教育行政体制进行了改革。
在中国古代，中央教育行政机构一直与朝廷的行政机构不分。汉代由太常兼管，隋唐时期则主要由礼部兼管，设置了国子监，作为具体的管理中央官学的行政机构，从此，中央官学有了专门的行政机构。宋代设置了诸路提举学事司，地方开始有了专门的教育行政机构。但是，我国古代的教育行政，始终未能建成具有自己独立功能的机构。
1862年，洋务派创办了近代新式学堂京师同文馆，此后陆续兴建了一批新式学堂。当时中央礼部与各省学政仍依旧制，以主办科举为主要职事，新式学堂便无所依归。这就需要设立相应的教育行政机构，赋予其相应的教育行政职能。“百日维新”时创办的京师大学堂，便扮演了这一角色。京师大学堂设管学大臣，他既是京师大学堂的“校长”，又是全国最高的教育行政长官，各省学堂皆归大学堂管辖。当时的管学大臣是咸丰时期的状元孙家鼐。后来，随着“新政”的实行和学制的建立，新式学校发展很快，京师大学堂的管学大臣，很难兼管全国教育行政。于是，按张之洞等人在《学务纲要》中的奏请：在京师设总理学务大臣，统辖全国学务，在学务大臣之下设六处属官，分别主管普通学校、专门学校、实业学校之学务，以及教科书、图书仪器设施、留学教育、教育经费等事务。
与此同时，一些人深受日本教育行政体制的影响，不断上书奏请朝廷设立学部(或文部)。朝廷合并有关奏议，上呈皇上。1905年12月清政府颁旨设立学部(参见图9-3)，作为统辖全国教育的中央教育行政机关，并将原来的国子监并入。学部的最高长官是尚书，其次是左右侍郎，皆为政务官。首任学部尚书荣庆、左侍郎熙瑛、右侍郎严修。学部下设5司12科，并设司务厅、咨议官、视学官与5司平行。5司12科和司务厅为执行单位，是学部的主体，咨议官负责议事，视学官负责视导。
学部是我国近代中央教育行政机构正式的、单独的、专门的建制。学部的建立，是近代教育发展的需要，也是近代教育管理发展的体现。
二、学务公所的建立
地方教育行政也随中央教育行政机构作了相应的改革。1905年科举取消后，朝廷谕旨各省学政改为“司考学堂事务”，并且不再隶属于礼部而隶属于学务大臣。改制后的学政从属于学务大臣，不受地方督抚的节制，又不受当地官员的管辖。光绪三十二年(1906年)学部奏请裁撤学政，并于各省设置了提学使，建立了学务公所。
学务公所是省教育行政机关，提学使是省教育行政的最高长官。此机关的办事机构分设六课：总务、专门、普通、实业、会计、图书等。各课的课长从地方官中选拔。六课之外还设有参议性质的机构。省级教育行政机构的职责主要是：综理全省教育行政事务，筹划全省教育经费，管理全省各级学堂。提学使受各省督抚的节制。提学使为正三品官。有关学务公所的章程明确规定，提学使必须具有相当的教育修养，并且要接受有关教育学、教授管理诸法，及教育行政、视学制度等方面的培训。所有学务职员至少每星期须上堂听讲3次。
三、劝学所的建立
在清末维新派倡导“国民教育”思潮的影响下，《学务纲要》提出以初等教育为国民教育阶段的主张，并要求各地普遍设立初等学校。自此之后，初等教育有了长足的进步。但国民小学的发展明显暴露了地方仅设省一级教育行政机构是远远不够的。曾担任过贵州学政的严修，当他担任直隶省学务处督办时，曾经在直隶省内试行劝学所之制，以加强对小学的管理。光绪三十二年(1906年)，严修升任学部侍郎，他就把直隶省的经验向全国推广，使劝学所成为厅、州、县的教育行政机关。
《劝学所章程》规定：劝学所设总董一员，所下分设若干学区，每区设一劝学员。劝学员的责任是劝学、兴学、筹款、宣传，并为发展新教育排除社会阻力。《章程》还规定各劝学员在就任之初必须进行两个月的教育学习，就任以后每月仍要进行定期的教育学习。劝学所与其他地方教育行政机构的情形一致，都受当地政府行政长官的节制，不具有独立性，后来劝学所多受地方封建势力的把持，妨碍基础教育的发展。
至此，清政府形成了一套新的从中央到地方的教育行政系统。
