刘知几对上古史学的批评，要点有四：一是中国史学的起源，二是孔子的功绩及春秋史学的成绩，三是战国史学的发展，四是对《尚书》和《春秋》的怀疑与批判。
先看第一点，这一点我们曾在“原始察终”一节里有所论及。刘知几认为中国史学起源于太古，所谓太古，就是指唐、虞以上的历史时期。刘知几把唐、虞作为上古史学的一个界线，显然是根据《尚书》中的《尧典》与《舜典》而来。刘知几虽然把中国史学的起源追溯到太古，但是最后的落脚点是在“自唐、虞以下讫于周”这一段历史时期。《史官建置》篇云：“史之建宫，其来尚矣。昔轩辕氏受命，仓颉、沮诵居其职。至于三代，其数渐繁。史官之作，肇自黄帝，备于周室。”史官的设置起源于黄帝（黄帝属于太古时期），这当是根据传说，而史官“备于周室”才有文献根据。《古今正史》篇首先追溯太古时期的史书《三坟》、《五典》，但“其书不传”，因此刘知几的结论是“惟唐、虞已降，可得言者”。“唐、虞已降”之所以“可得言者”，是因为有一部《古文尚书》，也就是《二体》篇所说的：“三、五之代，书有《典》、《坟》，悠哉邈矣，不可得而详。自唐、虞以下迄于周，是为《古文尚书》。”中国史学起源或形成于唐、虞至周代，刘知几认为应当归功于孔子。
孔子是中国史学史上一个里程碑式的人物，刘知几充分肯定了孔子在上古史学发展过程中具有划时代的意义。《浮词》篇说：“昔夫子断唐、虞以下迄于周，剪截浮词，撮其机要。故帝王之道，坦然明白。嗟乎！自去圣日远，史籍逾多，得失是非，孰能刊定？”《叙事》篇说：“昔圣人之述作也，上自《尧典》，下终获麒，是属词比事之言，疏通知远之旨。子夏日：‘《书》之论事也，昭昭然若日月之代明。’扬雄有云：‘说事者莫辨乎《书》，说理者莫辨乎《春秋》。’然则意指深奥，诰训成义，微显阐幽，婉而成章，虽殊途异辙，亦各有差焉。谅以师范亿载，规模万古，为述者之冠冕，实后来之龟镜。”《自叙》篇说：“昔仲尼以睿圣明否，天纵多能，睹史籍之繁文，惧览者之不一，删《诗》为三百篇，约史记以修《春秋》，赞《易》道以黜《八索》，述《职方》以除《九丘》，讨论《坟》、《典》，断自唐、虞，以迄于周。其文不刊，为后王法。自兹厥后，史籍逾多，苟非命世大才，孰能刊正其失？”刘知几沿袭了孔子删定《六经》的传统说法，这种说法的前提即孔子与《六经》的关系迄今仍然是一个争论不清的谜。孔子是否修订过《尚书》、《春秋》等上古历史要籍，这并不重要，重要的是孔子及《尚书》、《春秋》在中国史学发展史上的楷模作用和规范价值。刘知几正是站在这样一个高度来评价孔子的历史地位。我们指出这一点，是想强调刘知几虽然对《尚书》和《春秋》进行过严厉的批判，但是丝毫无损于孔子在他心目中的崇高形象。
刘知几对春秋史学的肯定，集中在《左传》一书。刘知几从小就偏爱《左传》，《左传》是引导他走向史学道路的启蒙著作。《史通》全书中对《左传》的评价最高。《史通》外篇以整篇的篇幅评价的史书有四部。《疑吉》篇之批判《尚书》、《惑经》篇之批判《春秋》、《汉书五行志杂驳》与《五行志错误》之批判《汉书》、与《申左》篇之褒扬《左传》，形成了是非鲜明的对照，甚至给人以褒贬抑扬失去平衡的感觉。在《申左》篇里，刘知几通过《左传》与《公羊》、《谷梁》的比较，得出《左传》三长而二传五短的结论，这里面固然有古文家的立场作怪，但是就史学价值而言，《公》、《谷》的确远远不及《左传）刘知几认为《左传》是对《春秋》必不可少的补充，如果没有《左传》，春秋时代的历史就会留下许多空白：“向使孔《经》独用，《左传》不作……则当其时二百囚十年行事茫然阙如，俾后来学者兀成聋譬者矣。”刘知几在这个意义上推尊《左传》，抓住了问题的要害，表现出史学家特有的专业思想和评价标准。直到今天人们还遗憾战国时代没有一部像《左传》这样的书。刘知几不仅完全认识到《左传》的文献价值，并能引用其中的史料考证其他典籍。《申左》篇指出：“且当秦汉之世，《左氏》未行，遂使《五经》、杂史、百家诸子，其言河汉，无所遵凭。及《左传》既行，而其失自显。”
刘知几高度评价了《左传》的史料价值，但并不认为它的记载是很完备的，相反，由于春秋时代诸侯割据，交通不便等因素，《左传》的记载必然是不完备的。《探赜》篇说：“孙盛称《左氏春秋》书吴、楚则略，荀悦《汉纪》述匈奴则简，盖所以贱夷狄而贵诸夏也。案春秋之时，诸国错峙，关粱不通，史官所书，罕能周悉。异乎炎汉之世，四海一家，马迁乘传，求自古遗文，而州郡上计，皆先集太史，若斯之备也。况彼吴、楚者，僻居南裔，地隔江山，去彼鲁邦，尤为迂阔，丘明所录，安能备诸？”《烦省》篇继续阐明了这一点：“余以为近史芜累，诚则有诸，亦犹古今不同，势使之然也。求其本意，略而论之。何者？当春秋之时，诸侯力争，各闭境相拒，关粱不通。其有吉凶大事，见知于他国者，或因假道而方闻，或以通盟而始赴。苟异于是，则无得而称。鲁史所书，实用此道。至如秦、燕之据有西北，楚、越之大启东南，地僻界于诸戎，人罕通于上国。故载其行事，多有阙如。且其书自宣、成以前，三纪而成一卷，至昭、襄已下，数年而占一篇。是知国阻隔者，记载不详，年浅近者，撰录多备。此丘明随闻见而成传，何有故为简约者哉！”刘知几通过对春秋时代的史学分析，揭示了史书记载的详略必然受到一定的客观历史条件的限制，这个观点是符合史学史实际的。
战国时代，在刘知几看来，是“史籍逾多”、“史道勃兴”的时代。《书志》篇指出：“伏羲已降，文籍始备，隶于战国，其书五车，传之无穷。”战国时代的历史文献虽然比以前繁多，但实际上流传下来的史书并不繁多。《六家》篇说：“逮孔子云没，经传不作。于时文籍，唯有《战国策》及《太史公书》而已。至晋著作郎鲁国乐资，乃追采二史，撰为《春秋后传》。其书始以周贞王续前传鲁哀公后，至王赧入秦，又以秦文王之继周，终于二世之灭，合成三十卷口”《战国策》、《吏记》、《春秋后传》等书是后人对战国史实的记载与整理，战国时代缺乏一邮像《左传》那样详明的编年体的信史，因此刘知几不得不说：春秋之后，战国之时，史官阙书，年祀难记。旧刘知几一方面承认战国史学的进步和发展，一方面又指出战国史学的缺陷和不足，这种具有辩证观念的评价，也是符合史学史实际的。
刘知几根据《尚书》、《春秋》（实际上是《春秋左传》）和《史记》等历史文献，生动地描述了上古时期历史语言的发展轨迹：“上古之世，入惟朴略，言语难晓，训释方通。是以寻理则事简而意深，考文则词艰而义释，若《尚书》载伊尹之训，皋陶之谟，《洛诰》、《康诰》、《牧誓》、《泰誓》是也。周监二代，郁郁乎文。大夫、行人，尤重词令，语微婉而多切，言流靡而不淫，若《春秋》载吕相绝秦，子产献捷，臧孙谏君纳鼎，魏绛对戮杨干是也。战国虎争，驰说云涌，入持弄丸之辩，家挟飞钳之术，剧谈者以谲诳为宗，利口者以寓言为主，若《史记》载苏秦合纵，张仪连横，范雎反间以相秦，鲁连解纷而全赵是也。”刘知几展示上古时期历史语言的变化过程，是为了说明上古史学茬记言方面的成就，以此来批判后世史书不能如实记载当时口语，只会模仿古人的弊病。
刘知几对上古史学记言成就的肯定，是以对上古史学记事疏略的否定为代价的，刘知几认为《左传》以前，“记事之史不行，记言之书见重”，“古人轻事重言”，因此造成“唐虞以下帝王之事未易明”的后果。刘知几指出孔子删定《六经》时存在着比较严重的问题，如“事靡洪纤，动皆隐讳”，“其事甚著，而芟夷不存”，“饰智矜愚，爱憎由己”等，加上“古文载事，其词简约，推者难详，缺漏无补”，结果是“遂令后来学者莫究其源，蒙然靡察，有如聋瞽”。这样便导致刘知几写作《疑古》与《惑经》，对上古史学进行严厉的批判。
《疑古》与《惑经》不仅是刘知几上古史学批评中最精彩的部分，也是《史通）全书中最精彩的部分。划知几依靠事实与逻辑的力量，来揭发《尚书》和《春秋》的讳饰失实。《疑古》篇列举《尚书》可疑者十条，《惑经》篇列举《春秋》未谕者十二条，虚美者五条。这些批评本身正确与否，是无关紧要的，重要的是刘知几把怀疑和批评的触角指向上古史学，指向儒家圣贤和神圣经典，这样就有悖于宗经尊圣的传统。芷是在这一点上，刘知几比他前后的杰出文史评论家高出一个层次。刘勰的《文心雕龙）首先就标榜尊圣宗经的立场，章学诚的《文史通义》开始就是对儒家经典的解说，他们的批判性远远不及刘知几。至于那些因《疑古》与《惑经》而非议刘知几的人，其思想境界就更等而下之，不可同日而语了。如果我们承认批评家的职责主要是对批评对象说“不”而不是说“是”，如果我们承认批评家的见识主要体现在对某些公认经典的“证伪”而不是“宗经”上，那么，像刘知几这样的批评家才是完全彻底意义上的批评家。可惜的是，由于宗经思维方式的巨大压抑作用，在漫长的封建社会中，批评史并不能贡献很多的刘知几。
刘知几长篇大论、肆无忌惮地批判儒家圣贤和神圣经典，并不意味着他完全背叛了宗经尊圣的传统，相反，刘知几却不时地给《尚书》和《春秋）戴上“冠冕”的高帽子，所谓“《六经》之冠冕”、“《七经》之冠冕”、“述者之冠冕”等赞扬溢美之辞也几乎到了无以复加的程度。上文我们也论述过孔子在刘知几心目中的崇高形象。这些都是很正常的，刘知几如果没有宗经尊圣的言论反倒是超越时代而不可理解了，正如刘知几的启蒙者之一王充既问孔又尊孔一样。
从史学发展史的角度看，刘知几对上古史学的怀疑与批判有着深远的影响，正如张舜徽先生所论：“其识力之锐，发例之周，实为后世史家，辟一新径。降自有清，遂开崔述考信一派。读书求是之风，超越往代；而古史考证之业，乃成专门。”不过，这已是刘知几始料所不及的。
