1956年4月18日，霍东阁在印尼万隆寓所病逝，终年62岁。霍东阁的生前好友——印尼万隆清华小学校长刘锦毅给霍东阁的次子霍文亭来信，介绍了霍东阁逝世前的情况，信中说：
我与令尊认识多年……今早，霍太太给他洗过脸，他表示想出外，霍太太就扶他到院里，坐在椅子上。不多时，突然叫不应，竟这样离开了世界，时间在8时30分。据说昨晚他频频问时间，霍太太认为是一种凶兆。但昨晚还吃麦粥，也跟朋友谈话。
我曾在15日探望过他，那时，他坐在死时坐的椅子上，垫起枕头静坐，不断冒汗。他老人家连连唤辛苦，还提起你们曾寄信来。我为他拭过几次，他一再拱手称谢。
一月前，我曾介绍他看《新观察》杂志的气功疗法，他很高兴，说他以前练过，可惜住家嘈杂，不能入静。他试做练习，病况有些好转。他还表示要传授给我，可惜卧病太久，元气日虚，终于不救……
霍东阁逝世后，万隆中华总会、长黄公会、南华学会、中华药商联合会、华侨妇女会等华侨团体联合发出讣告，表示深切哀悼。吧达维亚（雅加达）、苏腊巴亚（泗水）、三宝垄等大城市的友人，纷纷致唁和登报哀悼。霍东阁的葬礼十分隆重，送葬队伍蜿蜒长行，直至墓地。
霍东阁被埋葬在印尼万隆的芝芽律墓场，在异国的土地下安息了。这位葬于异邦的武术家，为在南洋推广精武武术事业贡献了他的一生，受到南洋华侨和世界精武人的广泛称颂。
