实施目标管理遭遇的困难可以归纳为七项。
（一）质疑目标管理制度
目标管理对人性的看法是比较乐观的，它认为人们拥有权力、自治、成就等动机，只要给予机会，人们愿从工作中去满足这些较高层次的需要。目标管理的精神与传统管理的精神是截然不同的。许多中低阶层人员已经习惯于传统式的独裁管理，对传统管理的观念和做法早已根深蒂固。绝大多数员工都认为自己比一般人好，如果一旦发觉自己并不像自己想像的那么好，那可能是一件令人沮丧的事，因此，许多人宁愿在黑暗中自我陶醉，而不愿面对事实，他们当然不会欢迎目标管理。
为了避免这些不利的结果，应避免作个人与个人间的比较，尽可能使员工觉得他并不是在和别人竞争，而是在和他自己竞赛。在评估时，不应以别人或其他部门的目标来评估员工的绩效，而应以他本人的目标作为评估绩效的依据。
（二）怨恨强制实施目标管理
要使目标管理行得通，高层管理应向部属表明对目标管理哲学的承诺和支持，并应让部属参与决定是否推行目标管理，如果单方面由高层管理以一纸命令强制执行。部属会觉得他们只是被迫接受目标管理，很可能敷衍了事，填填表格，做些表面文章，然后丢到脑后，忘得一干二净，既无所谓对目标的个人承诺，也谈不上什么自动自发，推行目标管理也不过白忙一阵而已，不可能产生任何实质效果。
（三）抗拒书面作业和会谈
推行目标管理是很费时的一件事。
（1）传统管理的规划和控制流程由上而下，是一种单向的意见沟通，而目标管理则要求上司与部属之间在互相尊重的前提下坦诚交换意见，是一种双向的意见沟通，远较单向的沟通费时得多。
（2）实施目标管理时，上司和部属必须经常共同商讨有关问题，除了要不断进行口头上的意见交换之外，还有一大堆文字工作要做，费时甚多。许多主管面对时间的压力，常不愿意为目标管理的推行花费足够的时间，特别是目标管理往往不能在短期内看到效果，更降低了各级主管把宝贵的时间投资在目标管理上的兴趣。
（四）注意力过分狭窄
目标管理诉诸个人较高层次的自我需要，带有个人主义的色彩，它的用意是促成人们对工作作更大的承诺，但是容易造成本位主义，忽略了个人目标如何配合组织目标的问题。
譬如业务单位可能想立即推动某一新计划，而没有顾及到其他部门。为了避免本位主义的弊病，上级主管宜鼓励其部属在提出计划时考虑与其他同事的配合，必要时可召集有关部属共同商讨，以统合各部属的计划和目标。这种做法可能与目标管理的哲学不一致，因为目标管理强调自治自主，而现在却要求部属在设定目标和计划时配合其他人的目标和计划，限制部属自治的程度，这与目标管理的精神不符。不过，为了避免各部属的目标和计划零零碎碎分崩离析，稍加适当的限制是有必要的。
（五）目标流程不一致
目标管理的目标流程由下而上，逐级向上传递，理论上，较低阶层的目标汇总起来就可得到高层管理的目标。但在实际上，这种系统也行不通，因为不同的管理阶层，其努力的方向不同，目的也不一致。
高层管理也有他们的目标。有的高层主管也许城府较深，暂时不明白说出他们的目标，而让下属先提出建议，暗中希望部属能符合所望，如果与期望不符，会要求部属重提计划，重新设定目标。这样下次部属重订目标时，必然会猜想什么是上司的最低期望目标，如同在猜谜语似的。这与目标管理的精神不符。
许多组织的高层管理当局常在年度终了前，展望下年度外在环境的可能变化，并宣布下年度预期达成的各项目标。高层主管所宣布的年度目标很自然地将成为部属提出目标和计划时的重要指针，无形中对部属构成压力。这种做法虽然比上述那种秘而不宣的做法光明磊落得多，但也与目标管理的精神不符。
如何协调管理与高层管理的策略规划（strategic planning），使两者调和一致，是推行目标管理时应该设法解决的问题。
（六）考核系统与目标管理不相结合
如果实施目标管理，则对部属的考核和奖励应根据部属自行报告的工作绩效（应有绩效资料的支持）。但有的组织并不是如此，考核系统和目标管理是分开的，而且不相一致。
造成这种不合理现象的原因有二：一是管理者并未完全支持目标管理，不愿意放弃对考核与奖惩系统的控制；二是上级主管有时仍然利用一般部属所不知晓的某些秘密绩效标准去评估部属的工作绩效。譬如，有些主管把倾向于自己的那些部属评估得高一点，也有的主管喜欢那些对他个人忠诚的部属。
（七）目标无法衡量
确定目标的衡量标准不是一件容易的事，致使目标无法衡量。
如何解决实施目标管理时可能遭遇到的这些问题，孔茨曾提出以下11项建议：
（1）灌输目标管理的本质及其哲学。如果从事目标管理的人员不了解目标管理之本质及其哲学，则目标管理将只是一种毫无目的、无法产生任何成果之技术。
（2）授予管理者适当的工具。为达成目标，除需要有人力和物力资源外，还需有职责明确的组织及适当的授权，了解规划前提、组织的目标及策略以及上司的目标和问题。
（3）认识目标体系的性质与目标之必要性。管理者应设法使各项目标密切结合，否则协调工作将很困难。
（4）尽量设定可以验证的目标。坚持设定可验证的目标可能有其困难，但应尽量提高目标的可验证性，制定有意义且可付诸实行的目标。
（5）设定实行可达成的目标。如果设定的目标极易完成，则该目标将不易受重视，也无法诱发最佳的绩效；如果目标极为困难，甚或无法达成，将造成挫折。
（6）了解完成目标所需的时限。有些目标的达成期限为一星期，有些为一个月，有些为3个月，有些为一年，有些甚至会超过一年。目标的设定及其完成期限，不必与会计或预算期间相一致，而应与所需的完成期限相一致。
（7）同意变更目标。当环境变迁致使原订目标不切实际时，即应变更目标，以符合实际，以利于执行。但变更目标时应审慎从事，同时考虑对他人的目标的影响。
（8）共同设定目标。上司对部属的目标虽拥有最终的决定权，但在设定目标的过程中，应由上司与部属共同设定，此为获得部属承诺感的必要条件。
（9）建立并维护正式及健全的目标审核制度。在设定目标或评估绩效时，由一个高效的小组或委员会———直接主管为当然成员———负责审核。
（10）视目标管理为一种管理制度和管理风格。无论隐藏于目标管理背后的基本动力究竟是为了进行评估、参与管理、协助预算之执行，还是为了其他，都应视目标管理为一种制度。
（11）了解目标管理无法涵盖所有的管理工作。目标管理是有效管理的一个不可或缺的因素，但它无法涵盖所有的管理工作，管理者的全部工作并不止此。
