针对上述企业研发费用绩效评价体系的缺陷，在借鉴国内外相关成果的基础上，本文提出了一种较为全面、合理和实用性较强的高新技术企业研发费用绩效评价指标体系。该体系是一种财务指标与非财务指标相结合、投入指标与产出指标相结合的绩效评价体系。
企业绩效评价的核心就是对企业经营活动的所费（投入）与所得（产出）进行比较。评价所遵循的是经济学中的“最大”、“最小”法则，即以尽可能少的所费获得尽可能大的所得。高新技术企业的R&；D活动既是一个复杂过程，并且也是一个典型的投入产出过程。
投入部分包括企业自身投入的研发资金，政府直接支持研发投入的资金、人才、物质、技术、信息等各种要素。本文选用衡量企业物质资本投资的研发费用投入强度、衡量人力资本投资的技术人员比例以及衡量政府物质资本投入的政府支持度等作为研发费用绩效评价指标体系中的投入指标；产出部分包括专利、产品、新工艺技术等，综合反映到企业中可以量化的产出指标便是衡量企业现时经营业绩的主营业务利润率、衡量企业发展能力的资本积累率（由于数据限制，北京市高新技术企业研发费用绩效评价指标体系中没有该项）以及衡量企业技术创新能力的技术资产比率（北京市高新技术企业研发费用绩效评价指标体系中用无形资产代替）等指标。
