牛顿家庭的基督教信仰气氛极浓，他的继父和舅父都是牧师，抚养他长大的外祖母和母亲都是虔诚的基督徒。他们送他上剑桥大学的目的，是希望他将来做牧师。
因此，他在科学研究里，处处协调科学与神学的关系，他说：“从事物的表象来论神，无疑是自然哲学分内的事。”“只有在科学里揭示和发现神对万物的最智慧和最巧妙的安排，以及最终的原因，才对神有所认识。”
1678年，牛顿在剑桥毕业时，按照当时的规定，是必须接受神职的。但是，牛顿却公开声明，为了更好地“侍奉上帝”，他将不接受神职，而代之以自然哲学的研究来证明上帝的存在，从而赢得了英王查理二世的特许。
牛顿作为一位虔诚的基督徒，很早就在他的自然科学研究上处处刻上了神的印记。
牛顿在研究自然科学的过程中，曾遇到许多令他困惑不解的问题。其中一个重要的问题是，使天体产生原始速度的原始动力到底是什么呢？牛顿很难作出回答，就当时的科技发展水平来说，也很难给出答案。
于是，牛顿便开始向神求助，他认为：“是神创造了世界，大自然是神的一件手工艺品。”
牛顿在他的《原理》一书中写道：
各种自然事物，也只是发源于神的意志之中。
在《光学》一书中，牛顿描写了神伟大的一面，其中有一段这样写道：“它没有真正的实体，却仍然生活着，它有无所不在的智慧。”
牛顿也曾对一位牧师讲道：“是神赋予了行星运动的第一动力。”为了使这种理论更有说服力，牛顿运用科学的缜密思维钻研了神学。
哲学家罗克给予他很高评价，认为他在科学上是巨人，在宗教研究上也是一位能手。
牛顿虽然在科学上作出了无与伦比的贡献，但他总结了科学的发展规律后认为，人类理性的能力有限，不能包容一切经验，所以他开始相信《圣经》中的预言。
牛顿年轻时，曾怀疑高级生命的存在，但自从他精密研究和考察奇妙的宇宙构造后，便深深地感到创造宇宙者的伟大，实在无可测度。他虽然是举世闻名的大科学家，却自认为对宇宙的奥秘所知有限，几如沧海一粟。
牛顿认为，在没有物质的地方有什么存在呢？太阳与行星的引力从何而来呢？宇宙万物为什么井然有序呢？行星的作用是什么？动物的眼睛是根据光学原理设计的吗？岂不是宇宙间有一位造物主吗？虽然科学未能使我们立刻明白万物的起源，但这些都引导我们归向万有的神面前。
论到天体的构造与运行，牛顿严正地表示：
“从诸天文系的奇妙安排，我们不能不承认这必是全知全能的高级生命的作为。宇宙间一切有机无机的万象万物，都是从永生真神的智慧大能而来；他是充满万有，全知全能的；他在这无边无量、井然有序的大千世界中，凭其旨意，创造万物，运行万物，并将生命、气息、万物赐给人类；我们的生活，动作、存留，都在乎他。宇宙万物，必有一位全能的神在掌管统治。在望远镜的末端，我看到了神的踪迹。”
“毫无疑问，我们所看到的这个世界，其中各种事物是绚烂多彩的，各种运动是如此错综复杂，它不是出于别的，而只能出于指导和主宰万物的神的自由意志。”
牛顿认为：“我们应该更进一步去欣赏这大自然的美，并使自己陶醉于快乐的深思之中，从而更加深刻地激起我们对伟大的创世主和万物主宰的敬爱和崇拜的心情，这才是哲学的最优美和最有价值的果实。”
“如果有谁从事物的这些最明智最完善的设计中看不到全能创世主的无穷智慧和善良意志，那么他一定是个瞎子，而如果拒绝承认这些，那他一定是一个毫无感情的疯人。”
牛顿毕生的主要精力用于对精神世界的探索，视科学为余事。他在谈到自己的科学成就时说，他不过是在“追随神的思想”，“照神的思想去思想而已”。
牛顿有一位朋友，就是英国著名天文学家哈雷，他因推算出一颗彗星的轨道，这颗彗星后来被命名为哈雷彗星，他却不肯相信宇宙中一切的天体是神所创造的。
有一次，牛顿造了一个太阳系模型，中央是一个镀金的太阳，四围各大行星各按各的位置排列整齐，一拉曲柄，各星立即按自己的轨道和谐转动，非常形象和美妙。
一天，哈雷来访，见到这模型，玩弄了好久，惊叹叫好，立刻问这是谁造的。
牛顿回答说：“没有人设计和制造这个模型，它只不过是偶然由各种材料凑巧碰在一起而形成的。”
哈雷说：“无论如何必定有一人造它，并且是位天才的人。”
牛顿拍着哈雷的肩头说：“这个模型虽然精巧，但比起真正太阳系，实在算不得什么，你尚且相信一定有人制成它，难道比这个模型精巧亿万倍的太阳系，岂不是应该有全能的神，用高度智慧创造出来的？”
哈雷这才恍然大悟，也相信了有神存在。
牛顿临终前，面对着那些仰慕他智慧和称颂他伟大科学成就的人，谦虚地说：“我的工作和神的伟大创造相比，我只是一个在海边拾取小石和贝壳的小孩子。真理浩瀚如海洋，远非我们所能尽窥。”
安葬在英国伦敦威斯敏斯特大教堂的牛顿的墓碑上，铭刻着他以哲学证明了全能神的伟大。
牛顿不但是一位伟大的科学家，而且是一位虔诚的宗教信徒，研究宗教经典的浓厚兴趣绝不在科学以下。在他沉默的年代中，研究宗教经典所用的时间，远远超过研究科学所用的时间。
17世纪70年代末期，他开始撰写教会史，主要是4世纪和5世纪历史，重复他对《启示录》的解释说明。
牛顿不仅仅在科学上的成就达到登峰造极的地步，而且对宗教经典的研究和认识，也令许许多多宗教学者大为惊奇。牛顿认为值得以生命作为资本投资在宗教经典研究上，他相信自己的劳苦不会付诸东流。
看了牛顿有关研究宗教经典著作的人，都确信他的信念是完全正确的。牛顿随着科学成就的增多，名气的提高，对神的信仰也更加虔诚。牛顿所信仰的神，是《圣经》所启示和记载的高级生命。
牛顿说：“我们应当把神的话——《圣经》，看为至高无上的哲学。根据研究的结果，《圣经》记载是有证据的，实在远非世俗的历史所能比拟。”牛顿始终相信《圣经》中的预言，他说：“圣经》预言有许多可信的凭据。”
有人认为牛顿研究科学遇到无法解决的问题才转向神，才转向宗教。也有人以为牛顿后半生如不研究神学，则会在科学上取得更大的成绩，因此而为牛顿大为惋惜。
事实上没有任何科学家像牛顿取得那么大的成就，也没有任何科学家在《圣经》研究方面花这么大的工夫。说实话，世界上没有一个科学家有资格指责牛顿！
在哈雷博士还未走入宗教前的一天，他对牛顿讲了一番不信神的话，牛顿不留情面加以斥责，正告他说：“哈雷博士，我对你关于天文数理的高见，一向乐于接受，因为你是研究有素的，但你对宗教，最好不要随便发言，因为我知道你对此毫无研究，并且我敢断然地说，你根本是个门外汉。”
牛顿这样斥责他，是有重要理由的，因为哈雷正是一个盲目反对者。后来哈雷博士经过彻底而严谨地研究，也走入了宗教。
对于任何问题，照理必应先彻底研究，然后才能反对。牛顿的驳斥和见证，实在为一般盲目反对者的当头棒喝。
