牛顿所在的三一学院，其教育制度还带着浓厚的中世纪经院哲学的味道，传授一些经院式的课程，如语法、古文、逻辑、古代史、神学，等等。学院以培养“富有影响的精神贵族”而闻名于世。
但是，由于克伦威尔执政和查理二世的复辟，使得剑桥大学身在火热之中，曾一度“降到了教育历史上的最低水平”。
牛顿的导师是本杰明·普林教授，舅舅在上大学时，普林教授曾是舅舅的好朋友。
普林教授从接触到牛顿开始，就想把牛顿引上传统的正道，而牛顿却不甘心。
也就在这个时候，英国剑桥大学正处在清教的中心，这也是17世纪的知识分子动乱的中心。牛顿也受到了清教思想和伦理的影响。虽然他感到很孤独，但是，当他埋头于学习中时，便从中找到了乐趣，并且勇于创新思想，开创新方法，寻求新的科学之路。
当普林教授与牛顿相处一段时间后，慢慢感觉到牛顿这个人才华出众，智慧过人，这些传统的课程满足不了他的要求。于是，普林教授也不再限制牛顿的新思路、新方法，而且对牛顿独到的见解和想法更加鼓励，这样牛顿就可以放心地读书学习了。
1663年，三一学院出现了新气象，一个专门讲授自然科学的卢卡斯讲座在三一学院创办了。这个讲座主要讲授自然科学知识，如物理、地理、天文和数学课程。这是剑桥大学前所未有的，也是牛顿科学生涯中的一个转折点。
卢卡斯讲座由亨利·卢卡斯创办，他曾就读于剑桥大学，还代表剑桥大学当选为国会议员，1663年他因病去世。他在遗嘱中声明，在三一学院设立一个专门讲授自然科学的数学教授职位，数学教授的薪水是仅低于学校校长的。
讲座的第一任教授艾萨克·巴罗是个博学的科学家。
巴罗出生在伦敦，他从小就被称为小神童；这一点牛顿是无法企及的。巴罗在14岁时，就已考入了剑桥大学的三一学院；那时他的学习成绩是非常优秀的。而牛顿在14岁时，却辍学在家，帮妈妈做家务活呢！
巴罗是一位很有才华的数学家，他是微积分的先驱，并在天文、物理、光学方面也有很高的造诣。
巴罗也是一位比较固执的王党分子，当克伦威尔掌权后，他为了躲避克伦威尔的抓捕，就到处流浪。后来，查理二世恢复了政权，他又重新回到了剑桥大学。他有着丰富的知识，又先后担任过哲学、希腊文、数学教授。在1672年，英王查理二世便任命他为剑桥大学三一学院的院长。还称赞他是“全欧洲最优秀的学者”。
巴罗有一句名言：“一个爱书的人，他必定不至于缺少一个忠实的朋友，一个良好的老师，一个可爱的伴侣，一个温情的安慰者。”可以说，巴罗是把牛顿推向科学道路的良师益友。
1664年，牛顿的各科成绩都非常优秀，巴罗教授决定授予他公费生的资格。这样，牛顿看书学习的时间就比较充足了。
巴罗教授第一次见到牛顿后，就对他产生了好感。
巴罗教授主讲卢卡斯讲座以后，牛顿对他的才华更加佩服了，每次讲课，牛顿都要去听，从来不缺席。巴罗的讲课风格比较自由，灵活多样，又富于启发性，这给牛顿留下了深刻的印象，他自从接触到这些学科后，从来没有产生过这样的感觉，科学竟这么有意思，有许多奥妙所在，牛顿被深深地吸引了，决定要探索那些奥秘。
巴罗教授看出了牛顿具有深邃的观察力、敏锐的理解力，于是将自己的数学知识，包括计算曲线图形面积的方法，全部传授给了牛顿。
在巴罗教授的指导下，牛顿开始阅读大量的自然科学和哲学著作。首先阅读的是伽利略的《恒星使节》和《两大世界体系的对话》；接着阅读开普勒的《光学》，随后阅读的是笛卡儿的《哲学原理》，胡克的《显微图集》，还有皇家学会的历史和早期的哲学学报。
牛顿在数学上很大程度都是依靠自学。他学习了欧几里得的《几何原本》、笛卡儿的《几何学》、沃利斯的《无穷算术》、巴罗的《数学讲义》及韦达等许多数学家的著作。
其中，对牛顿具有决定性影响的要数笛卡儿的《几何学》和沃利斯的《无穷算术》，它们将牛顿迅速引导到当时数学最前沿的解析几何与微积分。
牛顿不断在知识的海洋里寻找属于自己的东西，并用心钻研近代科学革命所带来的科学发明与成果。
1664年，牛顿发现了新分析学和新自然哲学，这是他科学生涯的开始。
巴罗教授是个天才，然而，就人类历史、科学史来讲，他真正伟大之处在于发现了牛顿这个伟大的天才，并使这个天才得到了更好的发挥。
牛顿在巴罗门下的这段时间，是他学习的关键时期。渐渐地，牛顿和比他大12岁的巴罗教授建立了密切的关系，他们既是师生，又是好朋友。这让牛顿感到很自豪，这是其他同学所没有的。
牛顿在剑桥学的知识越来越多，逐渐成为了一个博学多才的学者。当他在回忆这段经历时说：“巴罗教授当时讲授关于运动学的课程，也许正是这些课程激发了我去研究这方面的问题。”
他曾在一本题为《一些哲学问题》的笔记中写道：“柏拉图是我的好朋友，亚里士多德也是我的好朋友，但我最好的朋友却是真理。”
牛顿在大学时代就已经立志要寻求真理。这主要是受教于巴罗教授，才取得这一切的，也正是卢卡斯讲座改变了牛顿。
