查圩委员陆续派出，分散于各州县，本无局、所名目，但其薪水由粮台开支，任务与事权皆由曾国藩亲授，颇有“小钦差”之意。从性质上说，归于司法机构之类，属曾国藩幕府与幕僚的一部分。查圩委员的主要任务是从政治上和组织上割断当地绅民与捻军的联系，变捻军的根据地为湘军粮、物供应之源。这是曾国藩剿捻战争中直接配合军事行动的重要措施之一。
淮河以北，包括皖北、豫西在内的广大地区，布满了一个个圩寨，而每个圩寨都修有围墙、寨门，四周开挖着深深的壕沟。寨中居民都有民团一类组织，由绅士充任圩长，白天黑夜都有人把守，无论官兵、土匪都不能随意进寨。由于这一带绅民与地方官隔阂甚深，故这些圩寨通常处于半独立状况。他们根据本寨利益的需要，对一切外界势力，无论官府、苗练还是捻军，能抗则抗之，不能抗则送粮草钱物，以求保全。这里曾是捻军的发源地，后又长期处于苗沛霖团练势力的控制之下，成为清朝统治势力较为薄弱的地区。曾国藩北上剿捻以来，所需粮饷皆由江南供应，不仅长途运输耗费人力物力，且难以得到保障。而湘军欲从这些圩寨购买一些粮食、草料，却往往遭到拒绝。而捻军所到之处，则皆能得到圩寨的接济，供应源源不绝。这样，在行军作战之际，湘军辎重车辆行动迟缓，而且时有供应断绝之虞。而捻军不带辎重，行动飘忽，供应却有保障。曾国藩由此断定，这广大地区的圩寨基本上不在清政府的控制之下，而与捻军保持联系，此中必有通捻之人。为改变这种状况，曾国藩就派出一批查圩委员，前往捻军老家蒙、亳、宿、阜等州县进行清查。按曾国藩的布置，其主要办法是“分别良莠”，而工作的关键则是选任圩长。不论过去是否从苗从捻，只看今日是否为湘军所用，为湘军所用者为良，违令不从者为莠。对于不从湘军的圩长，轻则撤，重则杀，对于归家的捻众更是格杀勿论，旨在造成白色恐怖，使这一带圩寨在这场剿捻战争中站在湘军一边。为保证查圩的成功，曾国藩给予查圩委员以生杀予夺大权，是杀是捕不要任何法律条文和司法程序，全由委员一人决定，只要事后向曾国藩禀报一下就行了。为了打消查圩委员的顾虑，曾国藩极力鼓励查圩委员杀人立威，多多益善，杀人多者受奖，心慈手软的严加斥责，基本上是以杀人多少定功过。有的人开始缩手缩脚，数月之中仅杀了10人。而受到曾的斥责后胆大妄为，一次就杀了9人，因而受到赞赏，誉为能员。在曾国藩的鼓励下，仅同治五年八月至六年四月的9个月中即杀152人之多。计蒙城63人，亳州58人，宿州30人，阜阳1人。这样，无疑会造成大量冤假错案。而当有人提出为这些冤魂平反时，却遭到曾国藩坚决反对。理由是他自办理团练以来，办案甚多，多系奉有格杀勿论之谕，或准以军法从事之札，若事后纷纷翻案，则不仅有碍体制，且“翻之不胜其翻也”。所以，多年以来，凡有来翻控者，“概不准予申理”。然而，曾国藩的查圩却没有如在湖南办团杀人那样奏效。那些追随曾国藩的圩寨发现，他们在受到捻军的攻击时并不能得到湘军的及时援助，甚至湘军近在咫尺却不肯援手，眼看着他们的圩寨被捻军攻破而在旁嘻笑。因而，他们在上当之后，愤而从捻而抗湘，使湘军无法在当地取得粮饷支援。与此同时，地方官员、士绅亦纷纷上控曾国藩，使他上上下下在政治上陷于孤立，成为他剿捻受挫、中途被撤的重要原因之一。
