实际上，同盟会在刚刚成立后不久，就出现了一盘散沙的迹象。
1905年11月，日本文部省颁布《关于令清国人入学之公私立学校规程》，规定中国留学生入读日本学校，必须持有中国驻日公使的介绍书，更规定日本学校严格加强对中国留学生的约束和管禁。各个接纳中国留学生的学校，纷纷贴出布告，限令中国留学生将原籍、现住地址、年龄、学历等在三天内向学校汇报，如过期不交，后果自负。消息传出来，立即引起一片哗然，全体中国留学生纷纷表示愤怒与抗议。
日本政府的政策，给刚刚成立的同盟会提供了一个绝佳的表现舞台！当时的孙中山不在日本，黄兴也不在日本。陈天华是一个性格激昂的人，主张全面抵制日本政府的行为，但是他又没有足够的能耐和威信让东京的留学生个个服从他，于是又气又愧，一个人走向海边，纵身一跃，跳海自杀，遗下一纸薄薄的绝命书，以死来呼吁全体留学生同胞不要忘记日本人对中国人的侮辱。陈天华用他的死来点燃愤怒的抗议之火。果然，在他死后，宋教仁、胡瑛等人不甘受辱，匆匆忙忙组织起“留日学生联合会”，主张集体退学回国。但他们的主张遭到了汪精卫、胡汉民等人的反对。态度最为激烈的“鉴湖女侠”秋瑾带着一帮人，气势汹汹地来找汪精卫和胡汉民。汪精卫不敢见她，胡汉民硬着头皮去见了。双方唇枪舌剑，激烈争执。为了不让同盟会分裂，双方同意开会表决，来决定是回国还是继续留在日本。表决的结果是大部分人同意汪精卫和胡汉民的主张。秋瑾等人不服从决议，愤而离开日本，回国单独干革命去了。
此后陆续有两千多人分批回国。东京的同盟会对这些人一点都没有表现出应该有的约束力。从同盟会建立到内部出现混乱、分裂，不过短短三个月的时间！而且，这两千多人回国以后，东京的同盟会就再也没有表现出勃勃的生机，地位日渐低落。
如果说是由于同盟会的两大领袖孙中山和黄兴都不在日本，才导致组织内部在紧急事件面前出现一盘散沙的局面，那么这两个人的关系以及他们跟同盟会其他会员的关系又是怎样的呢？
1907年2月底，孙中山和黄兴发生了一场激烈的冲突。冲突是由讨论国旗的样式而引起。孙中山主张未来的国旗样式使用“青天白日旗”，黄兴主张使用“井字旗”，暗含平均地权的意思。孙中山说黄兴的井字旗既不漂亮，又有复古思想，黄兴说孙中山的“青天白日旗”是仿效日本的国旗，必须摈弃。两个人争来争去，还是争不出一个结果。孙中山火了，大声地说：“青天白日旗，是我在南洋托几万人做出来的，你说摈弃就摈弃。你要是摈弃它，就先把我开除同盟会！”黄兴不堪受辱，在气头上说要退出同盟会，跟孙中山断绝关系。[1]
未来国旗的争执问题到最后还是不了了之。这个事情，争执解决不了问题，可以开会表决，何必把事情闹到翻脸的地步呢？一时的冲动很容易使人失去理智，等冷静下来，黄兴以他成熟的胸怀豁达地宽容了孙中山。但是，孙中山在这件事情上所表现出来的激烈和专横，使得同盟会的其他会员看在眼里，忧在心里。在宋教仁看来，孙中山待人不能开诚布公，胸怀坦荡；做事又近乎专制跋扈，令人非常难堪。
宋教仁的看法跟章太炎的看法不约而同。
章太炎，著名的国学大师，本名章炳麟，出身书香门第，因敬慕明末清初思想家顾炎武，故别号为太炎，后人叫他章太炎。章太炎23岁离家来到杭州西湖孤山书院，被朴学大师俞樾收为弟子，闭门读书七年，打下坚实的学问根底。1898年，湖广总督张之洞力邀天下之才到湖北去，章太炎也是张之洞的邀请对象。章太炎来到武昌，写了一篇《排满论》的文章，一下子吓坏了张之洞，大叫“章疯子！反叛！反叛！”随即把他逐出武昌。
1900年7月，康有为的弟子唐才常邀请章太炎参加他的勤王运动，章太炎不同意唐才常的主张，说：“如果为了光复汉室天下，就不应该再拥戴满洲人做皇帝，如果你一定要这样做，我们就只好分道扬镳了。”当场，章太炎剪去发辫，换上西服，表示自己的反清决心，从此踏上推翻清王朝的道路。1902年，章太炎因为“苏报案”在上海租界被捕，章太炎因而享誉全国。
1906年6月29日，章太炎从上海出狱，同盟会派人把他接到东京。此时的章太炎在革命党人中的威信很高，很多青年学生认为，连章太炎这样有学问的人都干革命了，还有什么不能干的呢？章太炎兴致勃勃地说：“壬寅（1902年）春天，我来到日本，见着中山，那时留学诸公，在中山那边往来，可称志同道合的，不过一两个人，其偶然来往的，总是觉得中山奇怪。”仅仅过了4年，东京的留学生很多都成为孙中山的信徒，其中的感慨可想而知。章太炎也像很多人一样，开始时真心诚意地支持孙中山，但等到和他熟悉之后，孙中山身上的缺点也使他无法容忍。
章太炎从国旗事件中看到了孙中山与黄兴的分歧。章太炎对黄兴十分推崇。民国以后，他这样评价黄兴说：“无公则无民国，有史必有斯人。”国旗事件过后一个月，日本政府一面把孙中山驱逐出境，一面又送给他5000元路费。章太炎认为孙中山不该拿日本政府的钱，但是既然拿了日本政府的钱，就应该全数交给当时办报经费十分短缺的同盟会机关报《民报》，而他只留给《民报》2000元，把剩下的3000元全部带到香港去了。这让人特别恼火。章太炎是一个感情外露、有话直说的人。他大肆表达对孙中山的不满情绪，把报社里悬挂的孙中山照片扯下来，用笔写下“卖民报之友孙文应即撤去”几个字，寄到香港给孙中山看。孙中山派人到日本来购买军火，章太炎大叫：“孙某所购军火是村田式，这种式子在日本老早不用了，用到中国去不是使同志白白地丢了性命吗？可见得孙某实在不是道理，我们要破坏他！”
1907年6月，惠州起义失败的消息传到日本。章太炎伙同张继、宋教仁、谭人凤等，借机重提办报经费问题，提出要召开同盟会大会罢免孙中山的总理职务，改选黄兴担任。东京同盟会总部以庶务代行总理职权的刘揆一急了，赶紧写信给冯自由、胡汉民，请他们劝孙中山向东京总部辞职。黄兴知道了这个消息后，立即写信给东京同盟会总部说：“革命为党众生死问题，而非个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如求革命得以成功，乞勿误会，而倾心拥护，且免陷兴于不义。”这场历时数月的第一次倒孙风波，终于在黄兴的谦让下暂时得以平息。
第二次倒孙风波同样是由《民报》引起。
《民报》作为同盟会的机关报，从它诞生的第一天起，就面临着资金短缺的问题。它能够一路走下来，风风雨雨，都凝结着主笔章太炎的血与汗、笑与泪。到了1908年9月，《民报》的编辑部同仁几乎断炊。章太炎不得不派陶成章去南洋募款。在新加坡，陶成章向孙中山索要3000元《民报》印刷费，孙中山说没有，事情最后不了了之。陶成章很不甘心，又要孙中山筹款5万元让他回浙江活动。孙中山这回干脆给他写介绍信，让他自己去各地筹款。
陶成章拿到孙中山的介绍信后，便兴高采烈地去了。到了筹款的地方，孙中山介绍的革命党人个个都在敷衍他。陶成章一分钱也没筹到，怀疑是孙中山故意作弄他，就开口大骂孙中山。很快，陶成章跑到南洋文岛，即散布流言，说孙中山将华侨捐款据为己有：河口起义用的钱不过1000元，筹款上万数，其中，胡汉民拿走3000元，剩下的全给孙中山占为己有了。陶成章找到当时的南洋同盟会分会领导人李燮和，以江苏、浙江、湖南、湖北、福建、广东、四川七省在南洋办事人的名义，写了一份《七省同盟会员意见书》，罗列孙中山的三大“罪状”十四件事实，遍告海内外，指出孙中山蒙骗革命党人，败坏革命党的名声，提出罢免孙中山的总理职务。
1909年秋天，陶成章带着他跟李燮和等人写的《七省同盟会员意见书》，信心满满地回到东京，打算召开同盟会本部会议，罢免孙中山的总理职务，改选黄兴担任。
陶成章的倒孙计划得到了章太炎的积极响应，两人一拍即合，决心把孙中山从同盟会总理这一职位上拉下来。但黄兴很不赞成陶成章、章太炎等人的做法。在组织内部发生严重危机的时刻，黄兴表现出他一贯成熟的心智，力挽狂澜，一面针对《七省同盟会员意见书》作书逐条批驳，并把批驳书寄给南洋李燮和等人，敦促他们进行反省；一面写信给孙中山，表示继续维护孙中山的总理权威，“陶等虽悍，弟当以身力拒之”，请孙中山放心。同时，黄兴还给欧美各国的同盟会会员说：“有人自东京发函美洲各埠华字日报，对于孙君为种种排挤之词，用心险毒，殊为可恨。”孙中山正好乘船赶往美国，黄兴写信给那里的同盟会会员说：“趁孙君此次来美，相与同心协力，以谋团体之进步，致大业于成功。”
陶成章、章太炎等人决心拥戴黄兴取代孙中山的总理位置。在他们看来，黄兴不但不领情，反而“为虎作伥”，这让他们非常不满。陶成章、章太炎等人便开始攻击黄兴，说他与孙中山朋比为奸。同盟会为了打压陶成章、章太炎等人的锐气，处心积虑公布了章太炎写给刘师培的信，揭发章太炎一度想通过刘师培与两江总督端方建立关系的不光彩行为。
最终，事态闹得一发不可收拾。陶成章、章太炎心灰意冷，决心退出同盟会，重新打光复会的大旗，走上了分裂的道路。1910年2月，东京光复会总部成立，以章太炎为会长，陶成章为副会长，章梓为庶务，沈家康为书记；以李燮和、沈钧业、魏兰三人组成南洋执行总部，代东京总部行事，就近处理一切事宜。李燮和以光复会南洋执行员的身份，将原来由他发展的南洋各地同盟会分会改组为光复会分会，并以江苏、浙江、安徽、江西、福建五省的名义筹集经费，很快取代了同盟会在南洋的地位。
光复会从同盟会里分裂出来，不仅在南洋，在东京、上海等许多地方，都有同盟会的人改换门庭，加入到光复会中来。光复会不是从同盟会中间分裂出来的第一个组织，最先分裂同盟会的是共进会。
共进会的成立也跟孙中山有关。在章太炎发动的第一次倒孙风波愈演愈烈的时候，孙中山当时只顾在南方发动起义，对同盟会照管不力，引起了很多人的不满。有人就提出：“最近一个时期，同盟会只顾去搞武装起义，差不多把会党工作忘记了，现在何不趁各省会党都有人在日本，把全国所有的会党通通联合起来。”这个主张一提出，各地哥老会、孝友会、三合会、三点会在日本的会员纷纷响应。于是，这些会员在东京成立了“共进会”。共进会的会长最初也称总理，但当时的同盟会成员有过决议：凡属革命党员，只奉孙中山一人为总理，无论何党何派，绝不得用“总理”二字，因此后来只称会长。他们不像后来的光复会，明目张胆地抬出自己的大旗来，他们还供着同盟会这个牌位，说自己是同盟会的行动队，以更激进的办法来达到同盟会的目的。
实际上共进会是一个完全独立于同盟会的组织，它更像一个会党，有山、水、香、堂的名称，山是中华山，水是兴汉水，香是报国香，堂是光复堂。光复堂的堂诗是：
堂上家家气象新，敬宗养老勉为人；
维新守旧原无二，要把恩仇认得真。
很明显，从它的山水香堂，从这首堂诗，我们可以看出，共进会宣扬的是推翻满清政府，夺回原属于汉族人的江山，因此他们制定了十八星旗：红底、黑心、轮角、外加十八颗黄色的星星。十八颗星星表示汉族人居住的十八个省，黄色表示黄帝的子孙。同盟会纲领中有“驱除鞑虏，恢复中华，创建民国，平均地权”十六字方针，他们只摘取前面的“驱除鞑虏，恢复中华”八个字，把“平均地权”改为“平均人权”。平均人权，实际上就是恢复汉族人的权利，争取与满族人平等。
“驱除鞑虏，恢复中华，平均人权”就是共进会的纲领，实际上，他们的纲领仅仅指向一个非常具体的目标：打倒满清政府！
1908年夏天，黄兴从越南回到东京，对共进会从同盟会中分裂出来非常不满，便找来共进会的发起人焦达峰问为什么要另立山头？焦达峰回答说：“我们不是另立山头，只是觉得同盟会走路太慢，我们成立共进会，是想助同盟会走得快一点，没有另立山头的意思，请不要误会。”黄兴说：“像你这么说，革命将会出现两条道路，哪一条是正统？”焦达峰笑了笑说：“现在还没走路，何必就要分出正统不正统呢？将来你成功了，你就是正统，我成功了，我就是正统。”黄兴呆住了，再也说不出什么话来。
共进会和光复会的分裂，以及连续两次的倒孙风波，都明显地表明，同盟会向来只是一个有组织无纪律的革命联盟。孙中山只是这个联盟的盟主，里面各门各派都有自己的大王。这些大王们需要孙中山这个盟主的时候，就纷纷聚合在他周围；而一旦孙中山没有需要的价值了，他们便纷纷离孙中山而去。
美国著名的历史学家费正清说：“1905年成立的同盟会是由日本人联合各省的组织而成的，多数成员和领导人是来自华中的，包括领头的军事家黄兴和领头的党的组织家宋教仁。广东的一派是次要的。但是孙中山的农民出身和外国背景，和那些居于会员多数的地主官吏家庭出身的青年留学生，又不完全是一路。在那些人中，很少有为改造农民群众生活而搞社会革命的愿望。他们从来没有为这个目的到人民中间去。他们是来自统治阶级的士大夫。他们接受孙中山的领导，主要在于忍受约束方面，希望借重外国的帮助、华侨资金和秘密会党勇士们夺取政权。”
费正清的分析可谓一语中的。孙中山比同盟会的其他所有人都有国际背景，在英国有老师帮助，在日本有朋友帮忙，他的哥哥孙帝眉是檀香山声名远播的巨富，他曾经加入过秘密组织致公堂。同盟会的其他人带着希望的目光，看着他由远而近地走过来。随着距离越来越近，孙中山的形象由神变人，由神的光芒变成人的喜怨。
孙中山是人，不是神，他有他的个性。孙中山的个性，可以从他后来跟宋庆龄的婚恋中窥见一斑。宋庆龄的父亲宋耀如跟孙中山是老朋友，宋庆龄出生的时候，孙中山27岁，曾亲自去宋家贺喜。孙中山的儿子孙科比宋庆龄大两岁。宋耀如坚决不同意女儿嫁给孙中山，就把女儿关在上海的家里。但到底还是关不住，让女儿给逃到东京去了。宋耀如立即追到东京，不料生米煮成熟饭，晚了一步，女儿跟孙中山婚事已成。宋耀如破口大骂，叫叫嚷嚷：“我要见见夺走我女儿的孙总理！”孙中山不慌不忙，慢慢吞吞地从屋子里走出来，若无其事地对宋耀如说：“你找我，有什么事吗？”宋耀如一时惊得呆了，突然“扑通”一声给孙中山跪下了，说：“请你善待我的女儿，我把她托付给你了！”说完，宋耀如转身就走。在场的日本友人个个也惊呆了，孙中山竟是用这种方式来处理他跟岳父的矛盾，他不是一般人！
同样，一直以来，孙中山在处理他跟同盟会内部成员之间的矛盾时，采取的都不是一般人的正常处理方法。当宋教仁、章太炎等人因《民报》的经费问题掀起第一次轰轰烈烈的倒孙声浪时，孙中山坚决不肯向东京的同盟会本部引咎辞职，他轻描淡写地说：“党内纠纷，惟事实足以解决，决无引咎之理可言。”由于黄兴的顾全大局，第一次倒孙没有成功。但两年后的第二次倒孙声浪更加凶猛。还是黄兴的顾全大局，始终维护孙中山的总理地位，以一己之力力挽狂澜。黄兴一边痛骂要打倒孙中山的那些人，一边写信安慰漩涡中的孙中山！孙中山正好乘船赶去美国，黄兴写信给那里的同盟会会员，要他们同心协力，维护孙中山的总理地位。
1910年2月，陶成章、章太炎打出光复会的旗帜之后，谭人凤、宋教仁等人心灰意冷，他们都不满于孙中山，认为孙中山只注重广东一地，对于长江各省一点也不关注，华侨所捐的钱也只用到广东方面去，别处的活动一个钱也不肯给。谭人凤更是说：“中山以同盟会总理资格，放弃责任，而又不自请辞职，同仁不得已商议改组。非同盟会负中山，实中山负同盟会也。”宋教仁提出“革命三策”，认为革命在边地进行为下策，长江流域进行为中策，首都（北京）及北方进行为上策。孙中山的革命都是在广东、广西、云南等边疆地带，受到大多数人的批评责难。
实际上，同盟会的两个领袖孙中山和黄兴，曾经就革命率先从什么地方进行有过争论。黄兴主张从长江一带开始干，孙中山主张从广东开始干。但是，同盟会花了几年的时间专注于在广东、广西、云南等地发动了多次起义，没有一次胜利。特别是最后的一次，黄花岗起义，死了一大批热血沸腾的同盟会精英！要知道，这些死去的七十二位同盟会烈士，个个都有匡时济世的真才实学，是革命精华中的精华！起义失败对革命党人的打击太大了，谭人凤号啕大哭，心智俱灰，一度想回他的湖南老家去，不再革命。在焦达峰的不断劝说之下，谭人凤决心振作起来。
1911年5月，谭人凤从湖北乘船前往上海，与宋教仁商议正式创建同盟会中部总会。宋教仁早在一年前就提议创建同盟会中部总会，用以专门领导长江流域的革命，但那时条件不成熟，经费无着，暂告搁浅。此时谭人凤来访，加上黄花岗起义失败，他们更觉得建立中部同盟会刻不容缓。由宋教仁拟定同盟会中部总会简章，谭人凤起草总会成立宣言。陈其美在上海活动能力很强，他负责联络其他同盟会会员。
1911年7月31日，谭人凤、宋教仁、陈其美等人在上海召开同盟会中部总会成立大会。成立宣言中不提孙中山继续担任同盟会总理一职，也不提要罢免孙中山的总理职务，但旗帜鲜明地提出总理一职暂虚不设，留以待贤豪，期待众望所归的大人物的出现！这个众望所归的大人物，其实就是黄兴。
