不过同治帝毕竟不同于光绪帝，作为亲生的儿子，慈禧太后对他的母子情意虽然表现得不多，但还是不吝于流露的。侍从女官就曾经记载过同治帝死后，慈禧太后对他幼年的玩具不忍释手的场面。大学士翁同□在日记中也写到过，同治帝重病期间，慈禧太后面对群臣时“继以涕泪，群臣皆莫能仰视”，及等到同治帝弥留之时，慈禧太后更是“哭不能词”。
然而无论是怎样的母子之情，都不能弥补同治帝活着时与生身母亲之间的隔阂冷漠。造成母子疏离的原因很简单，他们并不仅仅是一对母子，他们是皇太后与皇帝，而且是大权在握的皇太后、急于掌权的皇帝。
按照顺治帝、康熙帝的先例，无论是太后理政还是辅政大臣摄政王理政，小皇帝到十四岁时就应该大婚亲政了。然而在同治八年（1869），同治帝已满十三周岁进入十四岁，他的婚事、他的政事，却仍然没有一点儿动静。
同治帝没能早日成婚的原因，当然是因为他的生母慈禧太后不同意。慈禧太后不愿早点儿让儿子成婚的原因，当然是因为她不愿意交出手中的权力。不过从另一方面来讲，同治帝自己的表现也非常令人遗憾，使得慈禧太后有岔子可寻。
据同治帝师傅翁同□的日记记载，同治帝厌学，甚至公开对帝师抱怨，说自己每天要早起向两宫太后问安，又要陪着精力旺盛的太后们临朝听政，又要到弘徽殿去读书……少年皇帝对母亲们的安排怨声载道，宣称自己“当差劳苦”。作为一个十来岁的孩童，载淳的抱怨还是值得同情的，因为他承担的压力确实太大，慈安太后对他倒还时有溺爱放纵，慈禧太后却是个信奉“不打不成材”的，对他要求极其严格，没有给儿子安排丝毫玩乐的时间。载淳六岁入学，学业极其艰深，文武军政俱全，一年间只有三十余日全假、四十余日半假，除夕之日也只能提早放学而已。从入学之日起，载淳做得好是应该的，也就得不到褒奖，稍有犯错，慈禧太后的训斥却从不曾含糊。时间长了，同治帝想不厌学恐怕也难。不过即使如此，同治帝的学业还是有可观之处的，偶尔也会给帝师们带来意外惊喜——但可惜的是，慈禧并不曾将儿子与同龄人相比，她是将他当成一个皇帝来要求。同治帝的厌学也就越来越厉害，最终发展到逃学、与陪读的宗室子弟溜到宫外浪荡。
慈禧有意无意地贬低同治帝的学习成绩，除了她确实可能有些“拔苗助长”的倾向之外，更引人猜测的原因恐怕就是她希望借贬低儿子的学业，向朝臣暗示小皇帝还未有独理朝政的能力，以此延长自己掌权的时间。然而恐怕她自己也不曾想到，儿子最后竟会发展到去宫外浪荡的地步。
如果用现代人的眼光来看，同治帝是一个命运极其不幸，却也极其任性倔犟逆反、甚至有些自甘堕落的少年。虽然他是个皇帝，自幼被世人捧在最高处，他却总喜欢做些在普通人眼里都很不上台面的事情。
和生身母亲一样，同治帝也爱看戏，而且他还爱自己唱戏。但是他却从不愿在戏中扮演主角，反倒是乐于演些下里巴人。据记载，他曾经给两宫太后和其他的太妃们演过戏，这倒还可以用孝道来解释。但有一次，他偏要在一出《黄鹤楼》中演配角赵云，让太监演主角刘备，而且坚持要“遵守剧情”在台上向太监行大礼参拜——关于这一点，即使是野史的记载者都忍不住叹息：道光帝也演戏，可都是演的孝子，而且在出演的戏中绝对不让别人演帝王角色，同治帝却乐于给人打下手，真是戏运如命运。
对于小皇帝如此不自重，帝师和王公大臣们焦虑万分。终于忍不住给了同治帝一点教训。当然他们不敢教训皇帝，而是教训跟他搭档的人。那个人就是恭亲王奕诉的儿子、同治帝的陪读载澄。当载澄某次“投入”地在戏中扮演高于同治帝所饰的角色之后，恭亲王终于大发作，把儿子关起了禁闭。
然而小皇帝并没有吸取教训。此后他的戏虽然唱得少了，却发展了另一项可怕的爱好：当起了武戏教头，逼着太监们练习翻筋斗。小皇帝的训练命令对于年长些的太监来说等于酷刑，有很多太监就在这样的训练中丢了性命。
稍大些以后，载澄对小皇帝的“陪读”内容又增加了一项：带小皇帝出宫冶游。也因为如此，野史中就留下了很多同治帝在宫外的事情，最有名的莫过于儿时的同治帝在宫外吃小食，让摊主拿着自己的欠单进宫讨账，慈安太后溺爱儿子，替他在慈禧太后面前隐瞒，还代还了五十两银子的故事。这故事当然也显示了慈安太后与同治帝的感情，但也显示了小皇帝自儿时便到处游荡的事实。当时小皇帝年纪还小，大约除了欠些零碎账目外没干出什么别的事迹，随着载澄被恭亲王处罚，也就不得不收心了。然而再过数年，当长大些的他感觉到家庭生活不如意、政治权力也不如意之后，这位少年皇帝“重温旧事”的记录，就实在糟透了顶。
同治帝的家庭生活不如意，原因很简单：他没有依从生母的意愿，而是依从了嫡母的意愿，选择了阿鲁特氏为皇后，而且还在婚后经常亲近这位妻子。这当然已经足够让慈禧太后不满了，更糟的是阿鲁特氏还与慈禧太后关系非常恶劣。
在多数的描写中，阿鲁特皇后在慈禧太后面前完全就是个受气的小媳妇，同治帝亲近□妃没问题，亲近瑜妃也没问题，可是只要亲近皇后一回，慈禧太后就要跟皇后为难一回，非要逼着儿子把皇后的机会统统让给自己中意的慧妃不可。慈禧太后有句名言，大意是：“谁让我一时不痛快，我就让谁一辈子不痛快”。阿鲁特氏不幸在选后那一刻就犯了这位不好惹的婆婆了。
不过，仅仅是选后那一个瞬间，并不是全部的原因。在大婚以后，阿鲁特氏作为同治帝的妻子，眼见慈禧太后没有完全将权力还给丈夫，又有外祖父家族的旧恨，对这位婆婆的态度也是很生硬的。
关于阿鲁特氏为何态度生硬，宫廷女官德龄的解释是因为阿鲁特氏知道慈禧太后入宫前曾经与荣禄有过婚约，做了太后又给荣禄升官，因此认为慈禧太后不够清白，不配做太后——荣禄是不是真与慈禧太后有过婚约呢？这事可真是天知道。仅从表面来看，荣禄入官场并升官是因为慈禧“顾念旧情”，那真是不可能的事情。
荣禄字仲华，是满洲正白旗人，生于官宦世家，小慈禧一岁，咸丰年间以荫生出仕为官，做到户部银库员外郎，因为犯法被革职，然后又花钱买了个直隶候补道的准五品官儿。荣禄此次革职是肃顺办的，所以他理所当然地与肃顺有仇，在“辛酉政变”前后便站到了恭亲王与两宫太后的阵营里。这场政治投机很成功，同治年间他先是到神机营当了个五品京堂，又在大学士文祥的推举下升迁到了内务府大臣之职。因此，同治帝死时他参与了策立光绪的过程，并且为恭亲王出了个“俟嗣皇帝有子，承继穆宗”的建议。光绪初年当上了步军统领、左都御史、工部尚书。然而他很快就得罪了慈禧太后——1879年，慈禧太后想要自选宫监，荣禄表示反对，说有违祖制。大概是话说得不够婉转，慈禧太后就借个因头把他官职给免了，整整把他晾了十几年。1891年，荣禄百般钻营终于获得起复，却只能被赶出北京城去当西安将军。1894年，慈禧太后六十寿辰，荣禄终于找到机会回京，并借机大拍恭亲王和李莲英的马屁，终于挽回了慈禧太后对他的好感，又恰逢甲午海战，他获得了留京办理军务的机会。这一次他学乖了，不但自己大拍马屁，还让自己的老婆时常进宫讨慈禧的欢喜，于是官运大有长进，循次当上了总理各国事务大臣、兵部尚书、协办大学士、直隶总督兼北洋大臣。1898年，在“百日维新”之后的“戊戌政变”中，他立下大功，终于完全得到了慈禧的信任，成为军机大臣、文渊阁大学士，主管兵部、节制北洋海陆各军、统领近畿武卫五军。死后还追赠了一等男爵。
尽管荣禄婚约之事靠不大住，但阿鲁特氏看不起慈禧太后，认为她身份低贱而且“德行有亏”，也还是说得过去的。
前面已经说过，慈禧太后爱看“粉戏”，也就是言情戏，大约是想借此排遣自己寡居的寂寞。她看戏时当然不会如我辈小民般自己买张票猫在角落里看完算数，而是要让大批的内宫女眷们相陪。阿鲁特氏皇后作为正牌儿媳妇当然也在陪客名单中。然而年轻的阿鲁特氏既然出自书香世家饱读经典，如今又是皇后，当然在人前表现得极其不满“淫秽的戏目”，慈禧太后传戏时她经常借故不去，实在推不掉前去的话，也是正襟危坐，目视戏台以外的地方。这使得慈禧觉得儿媳妇是在讽刺自己不守妇德，于是恼羞成怒。
慈禧热衷于享乐，而且也很会享受，对于妆饰打扮赏花养狗更是极上心，直到六七十岁还爱穿鲜艳奢华的服饰，而且只穿新巧的，据说她老年的睡衣上都绣着大朵的红牡丹。以封建社会对寡妇的要求来讲，她是完全站不住脚的。同样是寡妇，恭亲王之女荣寿公主就与养母的生活习性完全不同。据记载，这位公主自十八岁守寡之后，“衣履朴素，绝无嗜好。居恒不与男子通殷勤，毁容不事妆饰，虽二十许人，望之若妪媪。”荣寿公主对养母奢侈的生活方式及爱好妆饰很有意见，经常当面表示不满：“彼清家一老寡妇耳，亦复何心于纷丽，若以此费移作它举，无论公私，均为有裨，何必取快一时，徒贻人之口实。”慈禧太后虽然将养女的谏言当成耳旁风，但却对其如此严守规矩非常佩服，多少还有些收敛态度，并将养女称之为“女汲黯”，反而非常喜爱。
然而阿鲁特氏不是荣寿公主，慈禧太后能够容忍同样身为寡妇的养女说这样的话，却绝不能容忍正在享受夫妻恩爱的儿媳妇也如此说如此做。她对阿鲁特氏几乎恨之入骨。
慈禧太后一辈子最大的遗憾就是做了皇帝的小妾，亲生儿子还得管别的女人叫母亲，她因此对自己的身份极其敏感，只要有可能就要拼命要列出排场显示显示。然而在阿鲁特氏面前，她无论如何显摆也没办法占上风：阿鲁特氏身世高贵，是正宗的皇帝元配嫡妻，论起来这两点就连慈安太后都远远不如。阿鲁特氏自己也很清楚这一点，即使慈禧太后拿婆婆的身份来压她，她的优越感仍然时常流露。想到这个不遂心意的儿媳妇样样都比自己强，还能享受夫妻恩爱，慈禧太后就更受不了啦，简直觉得这个儿媳妇就是眼中的一根刺，越发不能容忍儿子亲近她、让她生下儿女。于是对同治帝亲近皇后便横加阻挠。
同治帝毕竟是个皇帝，又正在少年，哪里受得了老娘管了自己的朝政不算，还把手插进自己的床帐里头来？他干脆来了个“罢召”，连皇后带所有嫔妃的寝宫都不进去，自己独个儿睡进了乾清宫。
慈禧太后如此有闲暇来管皇帝的夫妻之事、如此与儿子媳妇过意不去，与同治大婚后亲政也很有关系。
同治十二年（1873）正月二十六日，十八岁的同治帝终于结婚成家之后，于太和殿举行了盛大的亲政典礼，他从此亲政了。
虽然迫于局势，慈禧太后不得不撤去了自己曾经隐身十一年的那道帘子，但她心里是盼望儿子仍然事事前来向自己请示的。然而少年皇帝却并不买这个账，他迫不及待地要展现自己的能力。母子俩因此在权力与家务两方面都发生了冲突。同治帝便想将老娘挪出皇宫，搬到圆明园去。九月，他发下了重修圆明园的诏书。慈禧似乎也不愿再和儿子媳妇不停地当面闹矛盾，何况她从来享受方面就不含糊，如今更是乐得让儿子出头，免得自己担罪名，再者说了，难道同治帝把她送进圆明园之后，就当真能乾纲独断？于是她对修园也表现出了极大的兴趣。
同治帝的这个计划，当然难以被人们接受。大学士文祥立即上奏，认为后果将极其严重。但同治帝却不想听，他不但想把碍事的老娘弄走，还想要借修园勘察之机常去宫外游荡，坚决要修此园，将大臣们的劝阻奏章、边陲战报、地方事务都统统丢开不管，只顾修园。钱不够就逼大臣们捐款，恭亲王也不得不第一个上交二万两白银。急于筹钱又毫无经验的同治帝甚至还因此上了一个商人李光昭的大当。此人以捐献木料的名义得到了同治帝的欢心后，便打着皇帝的幌子到处行骗，直骗到法国领事馆的头上，造成了一起国家纠纷，事发后李光昭被直隶总督李鸿章处斩，而同治帝则脸面威信丢尽。
尽管如此，同治帝仍然孜孜于修园，并且屡屡以视察工程为名跑到圆明园，然后带着一两个小太监便外出游荡。私游中他还认识了翰林院检讨王庆祺，从该人手中得到了一大堆的淫书春画。同治帝又与儿时的伴读载澄重新频繁来往，此时的载澄已是个花花公子，对于寻花问柳极有心得。此二人知道皇帝与后妃分居，正是苍蝇见了蛋上的缝，可劲地教皇帝如何寻欢。不谙风情的宫女们很快就令同治帝失了兴趣，他随即在载澄、王庆祺等人的引导下逛起了花街柳巷，“大开眼界”之后更加流连忘返。野史中便记载着这位同治帝不但与京城名妓来往，甚至还沾染男色之事。
同治帝的私游逐渐在京城里出了名，重臣们也终于忍耐不住了。同治十三年夏，恭亲王、惇亲王、醇亲王、科尔沁亲王，军机大臣文祥、李鸿藻等十大重臣联名上奏，请同治帝“停园工、戒微行、远宦寺、绝小人、警宴朝、开言路、征夷患、去玩好”。
七月十九日，又羞又怒的同治帝召见十重臣。恭亲王和醇亲王的话还没说完，同治帝便咆哮起来，把大学士文祥当场吓晕，召见草草收场。
同治帝恼怒于以恭亲王为首的重臣们蔑视自己的皇帝权威，“欺朕年幼，奸弊百出，目无君上”；更恼怒于自己寻欢作乐的事情竟被重臣们了如指掌。他认为定是恭亲王之子载澄走了风讯，决定给他们父子和满朝老臣们以及老臣们背后的两宫皇太后一点儿颜色看看。
七月二十九日，他不经过任何人的咨询商议，就发下一道诏书，将恭亲王连降十级，由世袭罔替亲王降为辅国公，和其子载澄一起撤所有职务并交宗人府严议。
事儿闹大了，重臣们将整件事都报到了两宫太后面前。一看这样的场面，老辣的慈禧立即意识到修园之事众怒难犯，虽然心里仍然痒痒，还是表示定要终止修园，将所有的“炮火”都转到了儿子身上，将儿子训了一顿。
同治帝的怒火更盛。他又写了道诏书，打算一股脑儿将十重臣统统撤职查办。八月初一这天，正当他召集所有大臣上朝，打算当庭爆发皇帝的“雷霆之怒”树立威权之时，两宫太后突然出现在了朝堂上。由慈禧太后开口，将同治帝当众数落了个一钱不值。于是恭亲王父子官复原职，同治帝的皇权君威彻底垮掉，两宫皇太后尤其是慈禧太后则重新恢复了她们才是王朝真正懂行统治者的权威。
同治帝的任性妄为，造成了君臣离心的后果，大臣们更加拥护两宫太后。备感挫败却又不知错在何处的同治帝干脆破罐子破摔，何况慈禧太后仍然在宫中管他的房闱私事，于是他仍然不沾正规妻妾后妃的边，而是在宫内折腾宫女太监，同时出宫冶游。据说，从此后他“学了乖”，怕遇上有脸面的朝臣宗室，也不相信有门道的载澄等人，再不往名妓们聚集的高级红灯区跑，而是出没于下三烂地段甚至京郊地方，与那些连寻常妓女都看不起的暗娼之流厮混。
这样的地方去多了，消息当然还是又传出来了。朝臣宗室们认为他“好内多嬖，且轻万乘之尊，临污邪之地”，无不“垂涕极谏”。然而同治帝却已经乐在其中，根本不听。重臣们将消息报给太后，慈禧太后却都当没听见，首先儿子荒嬉，她正好重新掌权；其次她也可能确实是不愿相信。
终于，祸事来了。
同治十三年十月二十一日（1874年11月30日），同治帝在去西苑时受凉感冒，这本是小病，没想到竟越来越厉害，到十月三十（12月8日），他竟然发起疹子来了。两天后，宫里传出同治帝“有天花之喜”的消息。虽经百般调治，同治帝仍然在一个多月后病死，成了清王朝最短命的皇帝，仅十九周岁。
关于这位浪荡皇帝的病情，野史一直众说纷纭，多数时候老百姓都认为同治帝不是死于天花，而是死于性病梅毒，理由正是他热衷冶游。不过从清宫医案及常去探望同治帝的帝师翁同□的日记来看，天花一说更合理些。何况梅毒之疾过程缓慢，梅毒的疹子多数还不痛不痒且能自行消退，梅毒虽有致命倾向，但即使从不医治，从起病到晚期也往往有好几年甚至十几年时间。同治帝的病程却总共也不过三四十天时间，如何会是梅毒？——当然，很多人还是愿意认为皇帝得了这“脏病”的，就算承认他得的是天花，也要说他是天花加梅毒……不过即使是天花，其病之来也与同治帝好冶游不自重脱不了干系。他老娘虽然要他接近慧妃，不许他接近皇后，可也没不许他接近□妃、瑜妃和宫女，他如果好好地呆在皇宫中而不是到脏乱之地胡混，天花病毒要找上他恐怕也不容易。
据说，同治帝的病情在治疗过程中曾经有过起色，但很快就急转直下。在传说中，此事与慈禧太后和阿鲁特氏婆媳间的一场争吵有关。
据说当时阿鲁特氏前往探望同治帝，夫妻俩屏退众人说私房话，阿鲁特氏便向丈夫哭诉自己如何受婆婆欺负，却没料到慈禧太后躲在外头偷听。当她听到同治帝偏向老婆的言谈之后，立即冲进来大发脾气举手要打阿鲁特氏。阿鲁特氏一急之下冲口而出：“我是大清门进来的，你不能打我。”——这话的意思是：我是明媒正娶的皇后，你虽是婆婆却是个小妾出身，没有资格打嫡妻身份的女人，哪怕这个女人是你的儿媳妇——这话一出，慈禧顿时大哭大闹，与普通的撒泼老妇一般无二。躺在病床上的同治帝眼见这样的场面，顿时晕厥过去，病情于是再不可收拾。
此事是否当真很难确认，不过也还符合慈禧与阿鲁特氏之间恶劣的婆媳关系状况。但此说法虽然表现了慈禧太后的横蛮，阿鲁特氏却也脱不了干系：老公病得将死，还要去对他抱怨婆媳之争，这皇后怎么做的？！
与此野语相比，另一种说法就可靠得多：十一月初八初九两天，同治帝病情稍有好转，痘花也颗颗饱满，只待鼓胀浆出便可望痊愈。然而就在这天，慈禧太后哄得同治帝回心转意，发下了在自己病中将政务全数交予太后的上谕：“请太后代阅奏折，待过百日之喜，病情稍缓，朕再出来办事”。冲动之下将此谕发出后，同治帝越想越不是味儿，发现上了老娘的大当，权力一旦正式交出，就算自己病好了，恐怕也很难再收回；万一病好不了，那自己恐怕就连选继承人的权力都没了。在这样的情绪刺激下，从发布上谕以后，同治帝病情便恶化并终至不治。
关于阿鲁特氏与“大清门进宫”的说法是如何扯上关系的，在稗官野史上还有另一种相关记载。不过照这说法，慈安太后也有不是处，因此极少被提及。
此说法出自《朝野杂记》，说阿鲁特氏自册后以来就不得慈禧太后的欢心，慈安太后刚开始还在慈禧面前为阿鲁特氏打打圆场，但是初来乍到的儿媳妇怎么也没有共事几十年的老姐妹亲密，时间久了也渐渐倾向慈禧一方，加上慈禧确实抓住了阿鲁特氏的小辫子。于是也就应允了废后之事。然而当两宫太后召见当时的宗人府宗令——爱新觉罗氏族长惇亲王奕□提出废后要求时，惇亲王却表示反对：“欲废后，非由大清门入者，不能废大清门入之人，奴才不敢奉命。”一家伙替阿鲁特氏把两宫太后都给得罪完了。慈禧更是气得发晕。慈安太后想来肚里也暗生闷气。于是阿鲁特氏在两宫太后面前就更落不了好儿。
“穆宗后阿鲁特氏，尚书崇绮女。不得孝钦太后欢，孝贞从中敷衍之……以事欲废之，诏惇王欲发表焉……惇王对曰：‘欲废后，非由大清门入者，不能废大清门入之人，奴才不敢奉命。’盖讥两后皆由妃正位者。由此，遂中止。”
无论如何，同治帝死了，他没有儿子，连女儿都没有，清王朝必须从宗室中选出一位继承者。
同治帝崩逝的当天深夜，关于继位人问题的御前会议立即在养心殿西暖阁召开。与会者包括宗室王公、朝廷重臣，还有同治帝的师傅。一番争执之后，早有盘算的慈禧太后一锤定音：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者实不愿，须幼者乃可教育，现一语即定，永无更移，我二人（两宫太后）同一心，汝等敬听。”随后宣布：“醇亲王奕□之子载□承继文宗显皇帝为子，入承大统为嗣皇帝。”
这道旨意一出，诸人大出意外！醇亲王本人更是当场昏迷过去。然而谁也不敢表示反对，因为载□也有非常明显的优势，他是咸丰帝的亲侄儿、慈禧太后的亲外甥，是正宗的皇家近支。那么，为什么不给同治帝过继儿子呢？原来，当时的皇族近支中“溥”字辈的人选只有一个溥伦，乃道光帝长子奕纬的嗣孙。溥伦虽是道光帝长子长孙，但他身上并没有流着道光帝的血液，甚至连嘉庆帝的血液都没有：溥伦的父亲载治是过继给奕伟的，他的亲祖父乃是皇族的旁系。不过既是过继，似乎也没有必要讲究这些。何况就算是让堂弟入嗣大统，也大可选个年纪大些的，为什么会找上载□这个还没断奶的孩子？
这当然就是慈禧太后的算盘了。假如从旁支溥字辈中选一个做同治帝的过继儿子，那么两宫太后就成了太皇太后，再垂帘听政就说不过去了：同治帝的皇后还在呢！假如选年纪大些的载字辈堂兄弟，那么首当其冲要被考虑的就是恃才傲慢的恭亲王的儿子们。这当然绝对不是两宫太后、尤其是慈禧太后愿意看到的。更何况，选中的小皇帝越是年幼无知，慈禧太后掌权的时间就会越久。除此之外慈禧太后还另有私心，载□是她亲上加亲的外甥，父母一向温驯听话，肯定比恭亲王父子好摆弄得多。当然，据说还有一条比较“人性化”的理由：慈禧太后想要重新看到自己儿子当年做小皇帝的模样。“寻求她儿子的印象，使她聊以自慰。”
总之，事情就这么定了下来。同治帝死去的当夜，一道出自同治帝师翁同□之手的诏书颁布：“钦奉慈安端裕康庆皇太后、慈禧端佑康颐皇太后懿旨：皇帝龙驭上宾，未有储贰，不得已以醇亲王奕□之子载□承继文宗显皇帝为子，入承大统，为嗣皇帝。俟嗣皇帝生有皇子，即承继大行皇帝为嗣。特谕。”
十二月初七，载□生父醇亲王主动请辞一切职务，慈禧太后正中下怀地批准，让他去监修皇陵。
醇亲王辞职的同一天，两宫太后重新垂帘听政。同治纪年终结，光绪朝揭开帷幕。
对于同治帝死后竟没过继儿子、皇位也交给最年幼的堂弟继承，朝野上下都心怀不满。恭亲王当然是最不满的，但他的儿孙们离皇位很近，他利益攸关不敢出声。不过敢出声的自然大有人在。光绪元年（1875）正月十五，内阁侍读学士广安上奏，要求两宫太后立下铁券，保证日后一定要为同治帝过继儿子并将皇位交由其嗣子继承。这要求立即触怒了慈禧太后，对广安大加斥责，铁券也就化为泡影。
此事发生一个月后，光绪元年二月二十日（1875年3月27日），宫内又传出噩耗：二十二岁的同治帝嘉顺皇后阿鲁特氏崩逝。
阿鲁特氏的“嘉顺皇后”头衔，是在同治帝死后慈禧太后封给她的。
皇宫里颁出的懿旨说，嘉顺皇后是伤心同治帝之死而自愿殉情的。但实情究竟如何？
从当时的情况来看，为同治帝继嗣之事被太后借故推脱未得确实，阿鲁特氏作为一个没有儿女依靠的寡妇，不过是新帝的嫂嫂，新帝又是个孩童，婆婆掌控全局又与自己素有仇隙……所有种种，都足以令这个年轻女人难以生存、生无可恋。
一种传说在暗暗地流传。这传言说，同治帝病重之时，曾经让帝师李鸿藻代写过一份遗诏，选立了年已十余岁的堂弟载澍贝勒（道光帝第九子孚郡王奕□之子），然而李鸿藻将遗诏交给了慈禧，于是同治帝的遗愿泡了汤。阿鲁特氏作为皇后，知道世间曾有此诏，因此太后不能容许她活在世上。
据宫廷传言，同治帝死后，皇后终日痛哭不思饮食，其父崇绮便将这情形奏报给了两宫太后。谁知慈禧听完竟冷冷地回答：“既然如此不舍，她就随大行皇帝去吧！”
崇绮听了这话，知道女儿的性命迟早无可挽回，不如自己这个当爹的动手，还能保住全家。他就派人给皇后送去了一个空食盒。皇后明白了父亲的意思，便绝食（或曰吞金）而亡。
关于阿鲁特皇后之死，民间还有一种传说，说是她身怀有孕，慈禧太后怕她生出儿子正位太后所以逼死了她，顺便连自己未出生的孙儿孙女也一起害死了。这种说法实在有些无聊。因为从更多的时人笔记来看，同治帝确实是无儿女而死的。原因很可能就是他在男色与女色之间，更多的倾向男色。据《清代野记》记载，那位翰林王庆祺就是他的男宠之一。《清稗类钞》中也有同治宠优伶侯俊山的记载（当时的优伶都为男子）。光绪年间的山西道监察御史李慈铭在其《越缦堂日记》中也有同治“耽溺男宠，日渐羸瘠，未及再祺，遂以不起”的记载。
慈禧太后坚持不给同治帝过继儿子并由其承嗣帝位的原因，当然首先是因为她自己要当皇太后以便掌权；其次，一旦同治帝有了过继儿子，慈安慈禧不但是祖母身份，而且“以妃正位”的宗族地位在“由大清门入”的阿鲁特氏皇后面前更是相形见绌，无论从人情还是道理来讲，听政的都将会是阿鲁特氏。阿鲁特氏与婆婆一向格格不入，她如果掌控了权力，慈禧会是怎么个下场，那也难说得很。这两个原因或者就是慈禧要在同治帝重病时“忽悠”儿子颁下由太后代理政事的正式谕旨、在儿子死后也不给他立即过继子嗣的真正原因。（假如两宫太后曾经召宗人府宗令讨论废后之事属实的话，那么不难得出另一个结论：慈安太后为何对于慈禧太后在同治帝死后的这一系列与儿媳妇为难乃至逼其寻死的做法，都没有站出来明确反对的原因：她也唯恐嘉顺皇后怨恨并报复自己。）
慈禧太后的做法不但冷酷无情，而且也精准快狠。她甚至将照料儿时光绪帝的责任也交给慧妃富察氏而不是正牌皇嫂阿鲁特氏。阿鲁特氏皇后从此便陷入了活着比死更难熬的境地，终于以自己的死结束了这一场婆媳之争。
阿鲁特氏在她死后的第四个月，得了一个“孝哲嘉顺淑慎贤明宪天彰圣毅皇后”的谥号。第二年，即光绪二年五月，御史潘敦俨上书请求为阿鲁特氏皇后更定谥号：“后崩在穆宗升遐百日内，道路传闻，或称伤悲致疾，或云绝粒□生，奇节不彰，何以慰在天之灵？何以副兆民之望？”恼怒的慈禧太后以“谬妄”之罪免去了潘敦俨的官职。
光绪五年，同治帝的惠陵终于修好，当年三月，同治帝与阿鲁特氏合葬惠陵。
荒嬉无度的同治帝谥号全称为：“继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝”，阿鲁特氏皇后的谥号全称为：“孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后”。
同治帝死时，他的皇贵妃（慧妃）富察氏年仅十六岁，被尊封为敦宜皇贵妃并进“敦宜荣庆皇贵妃”。她照料幼年光绪帝，与其虽名为嫂叔，实际情同母子。虽然她与慈禧太后的关系一直很好，仍然不时为光绪帝申辩。富察氏死于光绪三十年正月二十八日（1904年3月24日），享年四十六岁，谥“淑慎皇贵妃”。
同治帝□妃阿鲁特氏，是同治帝皇后的亲姑姑，守寡时十九岁，封为贵妃，宣统后为“庄和皇贵太妃”。死于清王朝终结后的1921年。
同治帝瑜妃赫舍里氏，被认为是同治帝后妃中相貌最美的，守寡时十九岁，尊封为贵妃，宣统后成为“敬懿皇贵太妃”。她与慈禧太后关系不错，与光绪帝的后妃却关系很糟。末代皇帝溥仪的淑妃文绣，原本是瑜妃中意的皇后人选，终因瑜妃势力不如光绪瑾妃，最终在后位争夺中输给了婉容。
同治帝瑨嫔西林觉罗氏，守寡时二十一岁，尊封为瑨妃，宣统后成为“荣惠皇贵太妃”。
敬懿皇贵太妃和荣惠皇贵太妃一直活到了末代清帝溥仪被逐出紫禁城之后。此后二人迁居麒麟碑胡同荣寿公主府邸（公主于1924年刚刚去世）。两人于1933年同一年间先后去世。
同治帝崩逝的次日——实际上就是当天深夜，年仅四岁的醇亲王嫡子载□被浩浩荡荡的队伍迎进了皇宫，从此成为清王朝的又一位小皇帝。清王朝的年号也由“同治”进入了“光绪”。光绪帝生于同治十年六月二十八日（1871年8月14日），是慈禧太后亲妹妹与醇亲王所生的第三个儿子，也是那位亲王之妻所生的四子一女五个孩子中唯一长大成人的一个。
由于这个小皇帝实在太小，就在他登基的同一天，礼亲王世驿便递上了一道奏章，要求两宫皇太后重新垂帘听政。慈禧太后立即将这项建议采纳下来。于是，朝堂上的那道帘子又重新垂下，清王朝的军国政务又一次交到了两宫皇太后的手里。
有了亲生儿子同治帝的教训，两宫太后对光绪帝的教育格外上心，在他五岁那年就选择了师傅教学，不但学儒书，还学骑射及满蒙汉各种语言，为防止他学习不用心，慈禧太后还派其生父醇亲王陪读，终于使光绪帝学有所成。当然，光绪帝学业有成之时，两宫皇太后已经只剩了慈禧太后一个。虽然性情较宽厚的慈安太后不在了，对于光绪帝的学业，慈禧太后给出的评语仍然远非同治帝所能企及。对亲生儿子的学业极为不满的慈禧太后如今却毫不吝惜地表扬少年光绪帝“孜孜念典，德业日新”，“披阅奏章，论古断今。剖决是非，权衡允当”。
然而光绪帝学习成绩再好，慈禧太后也不情愿把手中的权力交到养子的手中去。当然，那样至高无上的权力，世上恐怕也难得有人甘愿拱手出让。最令人费解的是，慈禧太后明明是光绪帝的亲姨妈兼养母，却偏要光绪帝称自己为“亲爸爸”，有一种解释说是她不愿意让亲生儿子同治帝以外的任何人称自己为母亲，不过更有可能的是她心中希望自己能是个名正言顺执掌权力的男子吧。
和对待同治帝一样，为了不想太快让出权力，慈禧太后直拖到光绪十三年正月，光绪帝十六岁时才为小皇帝举行了亲政典礼。典礼虽然举行了，慈禧太后仍然与礼亲王一唱一和，弄了个《训政细则》，以法令的形式打算在皇帝亲政后继续“训政”，也就是在幕后操控皇帝。
除了操控光绪帝的政事，慈禧太后还要操控光绪帝的婚姻。
光绪十四年（1888），慈禧太后终于拖无可拖，要为年已十七岁的光绪帝挑选后妃了。这年十月初五，经过激烈的竞争，五名秀女进入最后的淘汰赛：由太后与皇帝当面确定谁是皇后。
进入决赛的五名秀女中，最引人关注的就是慈禧太后之弟桂祥的女儿沁凤（或曰静芬）。当然她令人关注的只是她的家庭背景，她本人的外貌风姿实在有些平平。另四位秀女则正好是两对姐妹，分别是江西巡抚德馨的两个女儿和侍郎长叙的两个女儿。这两对姐妹中，德馨的两个女儿貌美如花，站的位置也仅次于太后侄女；长叙的两个女儿站在最后面，相貌虽然不如德馨之女，却也比沁凤略强。
