安德海以一顿板子的代价，换得了逃离八大臣势力范围的机会，他带着盖有两宫太后印章的密信回到北京，找到了恭亲王奕诉。在此之前，恭亲王曾经屡次要求前往热河，都被咸丰帝拒绝，咸丰帝死后八大臣又以两宫太后的名义不许他赴热河奔丧，恭亲王因此对热河行宫里的真实情况根本摸不着底，一直以为整个热河行宫都是一块铁板跟自己过意不去的。如今看过密信听过安德海的汇报，他顿时眼睛发亮，明白两宫太后和小皇帝已与八大臣势不两立，是愿意与自己为盟的。既有如此好机会，他遂正式并坚决地要求去热河叩拜咸丰帝灵柩。
奏章递到热河，两宫太后当然立即应允，八大臣想想毕竟给哥哥吊丧也不好反对，再说两个寡妇已经对顾命大臣俯首帖耳，应该也没什么妨碍，也就答应了。
八月初一清晨，恭亲王奕诉赶到了热河。他的目的当然并不真是只为了吊唁老哥。果然，他刚祭拜过咸丰帝灵柩，两宫太后召见的懿旨就传了出来。八大臣当然不愿让恭亲王见嫂，当即百般阻挠。咸丰帝师傅杜受田之子杜翰宣称叔嫂宜避嫌，太后热孝中更不能召亲王入宫。恭亲王将计就计反将一军，请郑亲王端华陪自己一起进见以避嫌。这个主张一出来，八大臣顿时哑口无言，他们当然也不敢公然摆出监视的模样得罪在北京城里还有一帮子人马的恭亲王，只好假笑道：“老六，汝与两宫叔嫂，何必我辈相陪？”
奕诉终于顺利地见到了两宫太后，叔嫂密谋妥当，他又装出无所事事的样子在热河内外转悠了好几天，才于六天后踏上归途。
恭亲王前脚刚走，热河行宫里面就闹翻了天。
八月初六，山东道监察御史董元醇递交了一份奏章，在奏章中，他建议两宫太后垂帘听政，另选皇族近支亲王加入辅政行列，为小皇帝选择师傅，避免高级官员欺凌小皇帝。
从后来发生的一系列事情来看，董元淳上书请求两宫太后垂帘听政、近支亲王辅政等等，其实都是两宫太后与恭亲王叔嫂密谋之后达成的政治交易。因为这位山东监察御史董元淳，正是恭王派干将吏部尚书周祖培的门生。
这道奏章戳了八大臣的肠子，却非常切合两宫太后的意愿，一呈上去就立即被西太后给扣了下来，八大臣屡次派人索要都没能拿回。
八月十一日，两宫太后抱着小皇帝召见了八大臣，要求将董元醇的奏章交由群臣共商。
八大臣当然知道两宫太后打的是什么算盘，立即反唇相讥。两个女人一次最多只能同时说两句话，八大臣却能同时说出八句话，不但“声震殿陛”盖过了两宫太后细弱的嗓音，还字字句句都直刺两宫太后身为女子，尤其是懿贵妃不过是皇帝的妾室，只有侍奉皇帝寝居的资格。并公然宣称：“请太后看奏章就已经是多余的了！”直将东太后气得眼泪直流，小皇帝载淳则当场被八个壮硕男人的吼叫声给吓得钻进东太后怀里，并且毫不含糊地尿了裤子。
吃了这一场亏之后，东太后再也不敢直接面对八大臣了。几天后的第二场争论便只剩了西太后一人单挑八大臣。这一场当然也是太后们输了。
八大臣吵上了瘾，第二天不等宣召，就径自入宫与两宫太后大吵大闹，面对这群不打招呼就直冲进寡妇宫里的男人，两宫太后都气得浑身发抖，几乎晕过去。为了至高无上的权力和太后的尊严，她们再次拒绝了八大臣的强硬要求。
八大臣眼见两个女人还不肯服输，干脆宣布罢工，一切朝政国事都拒不处理，也不移交给太后。无可奈何的东太后首先屈服，并且劝说西太后也做出退让，同意并下发了贬斥董元醇的谕旨。八大臣终于制服了两宫太后和她们身边的小皇帝，不禁得意非凡，肆无忌惮地在人前讥笑两宫太后。
八大臣都可谓是人精，各方面都有相当见识，但被权力蒙住眼睛之后，他们忘形了。对于这一切，热河驻地的所有人都看在眼里，也几乎都预料到了他们的结局，但是他们自己却不知道。
既然文攻不行，那就只能武斗了。于是，两宫太后与奕诉派将宝押到了咸丰帝灵柩返京的时候。
照肃顺等人的心意，恐怕更愿意一直待在热河把持小皇帝过日子，但是咸丰帝的灵柩不可能不回京。最终在争论之后，回銮的日子定在了九月二十三日（10月26日）。在这个时候，宫廷的老制度帮了两宫太后的一个大忙：按规矩，小皇帝作为孝子，太后们作为未亡人，先要在热河避暑山庄门前跪送咸丰帝的灵柩启程，然后要提前抄小路返回北京，在皇宫门外跪接灵柩。而咸丰帝的灵柩则要摆出浩荡的仪仗，在辅政重臣和皇族近支王公们的护送下缓缓返京。
在选择护送灵柩者的时候，两宫太后已经埋下了伏笔，安排下了西太后妹夫醇郡王奕□这个“自己人”与肃顺等共同扶灵。对于这个安排，八大臣也提不出什么反对意见，因为醇郡王既非明显的奕诉派，更是咸丰帝的亲弟弟。
在带着小皇帝先期返京的时候，西太后聪明地决定不辞辛苦日夜赶路，只花了五天时间就赶回了北京，两宫太后中途甚至还在京郊石槽与恭亲王秘密会见过一次，议定了返京后的章程。
九月二十九日午时（11月1日12时），两宫太后的轿子到达北京德胜门。一顶轿子是东太后带着小皇帝，一顶轿子是西太后。按照筹划好的算盘，恭亲王奕诉带着大群王公官员前来迎接，两宫太后虽然疲倦却并不急于返回皇宫（一进宫门要见大臣就不太容易了），而是当场就由两宫太后公开向众人控诉八大臣凌辱孤儿寡母的行径。在奕诉派和两宫太后的配合下，很容易就使众人群情激奋，公誓要与八大臣势不两立。
与此同时，清王朝的各路军将也纳入了奕诉派拉拢的范围内。其中尤其以三人为主：首当其冲的是兵部侍郎胜保，陪肃顺等人一起护送咸丰帝灵柩返京的两万余名护卫兵士，几乎都是胜保的直系。胜保原本可能成为八大臣的羽翼，然而八大臣却因小失大，只因为可能不知内情的胜保想向小皇帝和皇太后上请安折子，八大臣就异常敏感地给了胜保一个下马威，并且拿他当鸡杀给猴儿看，大骂了一顿还要写认罪书，反倒把胜保生生地逼进了奕诉派里。其次是实力最强的曾国藩，他当时以兵部尚书衔兼两江总督，并以钦差大臣督办江南军务。肃顺曾经派自己的汉官亲信王恺运赶往祁门大营，向正与太平天国作战的曾国藩示好请盟。作为有志光大儒学的汉官，曾国藩异常反感太后理政；然而作为官场战场老姜，他却聪明地采取了坐山观虎斗的两不相帮策略。最后一位重要将领是蒙古王爷僧格林沁。这位就更不用说了，本是一个没落子弟，却被道光帝选为王爷过继子而平步青云，又是扶保咸丰帝的顾命大臣，满心满眼就只知“皇帝”二字，根本就不买八大臣的账。
九月三十日（11月2日），两道奏章同时送到两宫太后的手里。一道出自文臣之手，由大学士贾桢与周祖培、户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光联名，一道出自武将之手，作者正是直系兵马护送咸丰帝灵柩的胜保。两道奏章的内容大同小异，都是请求两宫太后垂帘听政并以近支亲王辅政的。
武将与文官都倒向了两宫太后与小皇帝，八大臣的结果可想而知。
然而，自认为有咸丰帝遗诏在手并且已制服两宫太后“女流之辈”的八大臣们自己，却对发生在不远处的一切都茫然无知。
就在两道奏章送达的当天，两宫太后急召众臣会议。辅政八大臣中已先期到达北京的载垣、端华也同时进宫。两人一见太后们竟敢召见八大臣的政敌臣子，顿时习惯成自然地当场向太后发作。结果正好被当众抓住把柄，被以大逆不道罪名抓了起来。随即两宫太后又以小皇帝的名义颁发了一道密旨给正在护送灵柩路上（密云县）的睿亲王仁寿、醇郡王奕□，让他们立即捉拿肃顺等人。
九月三十日夜，仁寿和奕□等到肃顺带着两个小妾安寝之后，立即带着大队人马破门而入，将肃顺当场活捉，并且顺理成章地给他加了一项“大孝期间违制寻欢”的罪名。被抓了个现行的肃顺自知死到临头，不禁破口大骂：“悔不该早治此婢（指叶赫那拉氏）！”然而再骂也没有用，他再没有翻盘的机会了。
辅政大臣被捉，毕竟是一件大事，何况他们也多年经营自成帮派。两宫太后和奕诉担心夜长梦多，仅仅过了六天，处理结果就出来了：载垣、端华自尽，肃顺处斩。
这场政变，两宫太后和恭亲王奕诉取得了胜利。十月初九（11月11日），六岁的小皇帝载淳于太和殿登基，八大臣定下的“祺祥”年号被废除，“同治”年号诞生。两宫太后则得到了垂帘听政的权力。至于恭亲王奕诉更是炙手可热，同时兼任议政王、首席军机大臣、宗人府宗令（爱新觉罗氏族长）。奕诉的亲信大学士桂良（奕诉老丈人）、户部尚书沈光霖、户部右侍郎宝□同时兼任军机处大臣，鸿胪寺少卿曹毓瑛则成为军机大臣上行走。就连奕诉年仅六岁的女儿，都于当年十二月被西太后收为养女，封为“荣寿固伦公主”，享受皇后嫡女的待遇。
然而，两宫太后、尤其是西太后，并没有忘记奕诉是自己丈夫咸丰帝的最大政敌。在为了眼前政治利益厚待奕诉派的同时，精明并富于政治眼光的西太后已经在预防奕诉有朝一日成为“肃顺第二”的可能，开始为自己收服人心。肃顺等三人死后，在奕诉主持的王大臣会议上，辅政八大臣所剩下的五个：景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛原本是被议定为“革职发配新疆”的，这个议案却没能过得了西太后的关。她免去了此五人发配新疆的处分。除此之外，她也没有大搞株连，连内宫中原本帮着八大臣欺负寡妇太后的太监，她也只处分了十余人，还将肃顺等人家中抄得的书信及账簿统统“公开焚毁，毋庸呈览”，为两宫太后赢得了“恩泽惠下”的名声，轻易地得到了众王公大臣对太后垂帘的心服口服，并迅速使太后成为能与奕诉派相抗衡的一股政治力量。
掌握权力，对东太后慈安来说只是生活的保证，并不是生活的内容，而且她对政治也没有那个精力和兴趣，理政对她来说是个苦差事。虽然两宫太后同时临朝，但是送呈上去的奏章，却几乎都是归西太后叶赫那拉氏批阅的。时间长了，西太后手里掌握的权力便越来越大，两宫太后与小皇帝之间则以慈安太后更为亲近，而慈禧与亲生儿子同治帝之间的母子之情却越来越淡漠。形成这种局面的原因有很多，并不仅仅是因为西太后热衷权力，而是与清王朝的宫廷制度大有关系。
在东太后钮祜禄氏面前，西太后叶赫那拉氏在宗族间的地位仅仅是个妾室，她所生的儿子首先是要认东太后为母的。按照清宫规定，所有的皇子公主出生之后不能留在生母身边，而是要立即交给指定的保姆奶妈谙达养育，从此以后与生母只能在指定的时间偶尔短暂相见，见面时也要摆出接人待物的外交架势，一言一行都必须合乎礼制。母子间是没有什么培养亲情的可能的。同治帝幼冲即位，倒是经常能与母亲们见面，但在嫡母和生母间，慈安太后作为咸丰帝的嫡妻，更有资格抚养和接近小皇帝，叶赫那拉氏虽是生母却为庶室，是必须将这些机会让给丈夫正妻的，同治帝自然更亲近嫡母。这也就埋下了同治帝后来家庭悲剧的根子。
慈安太后既然更多的专注于宫廷内家庭生活，理政之事自然就多数交给了慈禧太后。随着时间的推移，慈禧太后的权力越来越大，胆量越来越大，对于如何运用权术也越来越谙熟。
云南人何桂清第一个撞到慈禧手里。咸丰十一年（1861）五月十九日，太平天国将领李秀成攻克丹阳，身在常州的清军大将何桂清大惊失色，以筹饷的名义弃城出逃苏州。常州士绅挡路顶香跪请何桂清留守，何竟命亲兵开枪，当场致死士绅十九人。几天后常州失陷，生灵涂炭。激起公愤的何桂清逃往苏州，江苏巡抚徐有壬拒其入城并向清廷上书弹劾何桂清，何又逃往上海。此后苏州失陷。徐有壬跳水自尽，死前留下遗折，仍然请求严惩何桂清。江苏绅民对何桂清尤为痛恨，都要求处死他。尽管如此，何桂清仍然在朝廷中有盘根错节的关系网，他的生死也关系着朝政大局，关系着各支兵马彼此牵制抗衡的局面。于是，何桂清之事一搁置就是两年。同治元年，何桂清终于入狱，然而也惹来了以大学士祁俊藻为首的十七人上疏搭救。然而慈禧太后并没有就此收手。当年冬天，何桂清问斩。慈禧太后一举立威并兼收民心。
另一件立威之事发生在同治二年。在“辛酉政变”中立下大功的胜保由于擅自调兵，不再完全驯服，尽管他“有无敌御侮之功，无失地丧师之罪”，慈禧太后仍然颁下了赐死胜保的诏令。
随着慈禧太后在权力和能力各方面的成熟，两宫太后与恭亲王奕诉之间的关系也发生了微妙的变化。同治四年（1865）春天，奕诉终于败下阵来，被两宫太后以“信任亲戚，内廷召对，时有不检”的罪名，一道谕旨罢免了所有职务。
这当然只是个显露手段的花招而已。谕旨下过之后，以西太后妹夫醇郡王为首的王公大臣们就像约好了似的纷纷上书请饶，几天后，两宫太后终于发了慈悲，命奕诉“仍在内廷行走，管理总理各国事务衙门”。奕诉终于尝到了慈禧太后的厉害，知道自己旧日的权力地盘已经失守，立即进宫痛哭请罪，并且主动要求将女儿荣寿公主的封号降级。两宫太后对奕诉的态度表示满意，又降旨说“王亲信重臣，相关休戚，期望既厚，责备不得不严。仍在军机大臣上行走。”——经此一役，奕诉老实了很多，同时也意识到慈禧在其中起的作用，遂着意保持与慈安太后的关系，希望能够与慈安以及慈安一边的同治帝联手制服慈禧。
作为深居后宫的太后，慈禧权力虽大，接触得最多的人却无非是太监宫女，而在“辛酉政变”中立下汗马功劳的太监安德海当然首屈一指。由于立下如此大功，安德海极得慈禧信任，地位也扶摇直上，成了六品蓝翎大太监。但这位大太监与后来的李莲英不同，过于小人得志，凡事都不知道要留有余地，他借着慈禧太后的光儿，将慈安太后、恭亲王乃至小皇帝载淳都不放在眼里。慈安太后与慈禧太后之间的关系也因此逐渐紧张起来。恭亲王奕诉更是对安德海痛恨之至，认为他一介太监时有干政，违背了祖制，早想除之而后快。
清宫向有制度，太监不得干政，更不得擅自出宫。然而年轻识浅得意忘形的安德海却打算借太后之威挑战制度。同治八年（1869）七月，安德海觉得在皇宫内炫耀得还不够，想要到外头去威风威风，便向慈禧提出请求，想要亲自出马到江南去督办同治帝的龙衣。慈禧太后开始倒也对安德海作了些劝阻，但终于禁不住安德海的巧辩，答应了下来，征得了同治帝的口头应允之后，安德海便以“钦差大臣”的名义浩浩荡荡地顺水路出京了。安德海前脚刚出京，同治帝后脚便将此事告诉了东太后慈安及恭亲王奕诉，决定借此机会除掉安德海，遂将一道密诏发至与奕诉关系密切的山东巡抚丁葆桢处。
安德海一入山东境内，就进入了丁葆桢的监控之中。安德海却茫然不知，一路骚扰百姓，索取贿赂，七月二十一日这天还在山东德州境内大摆寿宴。勘察明白之后，丁葆桢立即将安德海在泰安地方捉住。安德海被抓时仍然嚣张无比地对丁葆桢说：“汝辈自速辜耳！”丁葆桢答曰：“宦竖私出，非制。且大臣未闻有命，必诈无疑。”丁葆桢随后上奏，奏章也恰到好处地先被恭亲王看见。于是此事便被公开举发。慈禧太后闻讯后非常惊慌，害怕此事会烧至自身。她很快就看清了形势，决定丢卒保车，遂与东太后、恭亲王及军机大臣们一起商议定了诛杀“安姓太监”的主张。对于处死安德海，慈禧太后是很不情愿的。谕旨拖了两天，才在醇亲王的当面请求下从宫中发出。
数日后谕旨到达济南，二十六岁的安德海及其随从二十余人被斩。安德海的后台是慈禧太后乃路人皆知之事，他的死震惊朝野，丁葆桢因此赢得一致好评，正患眼病的曾国藩更称其为“豪杰士”，说这消息使自己眼目都为之清楚。
关于安德海之死的过程，野史演义说法不一，流传最广的一种是安德海是假太监，与慈禧太后关系非常并私自出京，在山东被丁葆桢发觉并上奏，同治帝及慈安太后、恭亲王则背着慈禧太后下了诛杀密旨，丁葆桢嗣后受到打击免官云云。这说法当然香艳惊险，但是细考却站不住脚：
第一，清宫对太监“验身”极其严苛，除入宫时要验证外，每年还要查察，安德海当初是咸丰帝身边的太监，有什么不同之处就更瞒不了人。
第二，慈禧太后非常清楚自己当时并非一头独大的情形，何况安德海在宫中红极一时，同治帝与慈安太后也与他日日可见，他离开宫廷之事也绝不可能背着同治帝去做。
第三，丁葆桢并未因此免官，这位以“严刚有威”、清正廉明闻名的贵州人此后的官运虽不是最为兴旺，却也中规中矩。同治十年（1871），仍任山东巡抚的他主持了山东境内河道工程，1875年，他上书朝廷请建山东机器局也得到了批准。1876年，在做了近十年山东巡抚后，丁葆桢升任四川总督，接了慈禧太后大红人吴棠的缺，而且在这个惹人眼热的肥缺上一干就是十年。光绪十一年（1885），丁葆桢逝于成都，当时慈安太后及同治帝都早已不在人世，实权都掌握在慈禧太后的手里。丁葆桢一生清苦为公，性情刚猛，在官场上得罪的人很多，死后有很多实权人士追着告他的状，慈禧太后却统统不予理睬，将丁葆桢追赠为太子太保，上美谥“文诚”，准许山东、四川、贵州等地为其建忠良祠——从丁葆桢与安德海截然不同的人生结局，不难看出慈禧太后的政治才干，更深地了解她能够令大臣信服，从而掌控朝政几十年的原因。
诛杀安德海，是慈安太后唯一一次正面在政治舞台上出现的记录，此后她的生活重心完全转向了后宫。这位似乎不问世事的东太后一直平淡地过着寡居生活，而且在绝大多数情况下，慈禧虽然在政治上掌握实权，仍然在家庭关系上遵守自己的妾室地位，表现得从属于慈安太后这位嫡妻。但是政见与生活细节上的参差，也势必加重两宫太后之间潜在的矛盾。同治帝选后之事就是一例。
在同治帝结婚的事情上，慈禧太后与急着抱孙子的慈安太后不同，而是一直在找各种借口拖延。同治十一年（1872），同治帝载淳已经十七岁了。照说这在当时早已经是可以当爹的年纪了，同治帝却还没有成婚。背后的原因当然是作为生母的慈禧太后不愿承认儿子已到成家年纪，不愿在儿子成婚后撤帘归政所致。然而皇帝一天天长大，没法再拖下去了，慈禧太后也终于同意为儿子筹办婚事，在大婚后撤帘了。
经过层层遴选，五名秀女成为同治帝后妃的候选人。在秀女中，呼声最高的是蒙古族正蓝旗人阿鲁特氏。阿鲁特氏比同治帝大两岁，生于咸丰四年（1854）七月初一，是四人中最年长稳重的，虽然相貌不够美，家世却非常显赫，自己也满腹诗书，因此得到了慈安太后的喜欢。但是慈禧太后却对阿鲁特氏异常反感，她中意的是江西司员外郎凤秀之女富察氏。
野史说，慈禧太后反对阿鲁特氏的原因是她迷信无比，认为阿鲁特氏属虎，做儿媳妇肯定不利于自己这个属羊的婆婆。当然这个原因也未尝不是一种可能，却应该不是主要原因。阿鲁特氏在慈禧太后面前大大失分的原因，跟她的家世和她本人的脾性更有关系。
说起来阿鲁特氏的家世真是一笔复杂的账。她的祖父名赛尚阿，是咸丰帝初年的首辅大臣。赛尚阿本人后来虽失宠遭贬，却生了一个读得书的儿子崇绮，同治四年（1865）四月二十一日，崇绮一举成名，竟成为有清一朝唯一的一位旗人状元，当上了户部侍郎。崇绮前后娶了两房妻室，第一任妻子爱新觉罗氏是郑亲王端华的女儿，为崇绮生下的长女便是如今进入皇后候选名单的阿鲁特氏。这位妻子死得很早，她死后崇绮便迎娶了第二任妻子瓜尔佳氏，瓜尔佳氏的胞兄正是慈禧太后面前的大红人荣禄。阿鲁特氏的亲外祖父郑亲王端华正是咸丰帝遗诏确定的顾命八大臣之一。端华本人虽然在“辛酉政变”中失败被杀，但他作为曾经凌辱过慈禧太后的人，慈禧太后对他的敌意却并不能人死债消。崇绮虽是端华的女婿，却也是荣禄的妹夫，荣禄的这个胞妹在慈禧太后面前很有脸面，崇绮沾续弦老婆的光也颇得慈禧太后眷顾。然而崇绮的长女阿鲁特氏身上却流着端华的血，是绝对不可能得到与父亲同样待遇的。
除了先天血脉的因素，阿鲁特氏本人也让慈禧太后不满。除了野史所持的生肖之说，她较长的年纪、一看就很有主见很有个性的外表，也不可能过得了慈禧太后的关。慈禧太后怎么会愿意让一个有个人见解的人做儿媳，影响自己在同治帝大婚后继续执掌朝政？她所满意的皇后人选是富察氏，因为富察氏不但家世较低，而且年龄也是五位秀女中最小的，年仅十四岁，她如果当了皇后，自然要比一个年纪又大家世又显赫的皇后要听话得多，也更易控制，最大限度地满足慈禧太后继续插手朝政的愿望。
然而，在皇后人选方面，慈禧太后的意见却并没有得到慈安太后与同治帝本人的认可。他们都认为“选后取德，选妃取色”。
谁是皇后谁是妃嫔，一切在二月初二这天揭晓。同治帝手中那枚象征皇后之位的信物玉如意最终还是交到了阿鲁特氏的手里。大局定下之后，慈安太后为免慈禧太后过于难堪，命同治帝将象征皇妃身份的信物荷包交给了富察氏，她成了慧妃。还有三名秀女，分别是皇后的亲姑姑、赛尚阿十六岁的庶出女儿阿鲁特氏；知府崇龄十八岁的女儿赫舍里氏；主事罗霖的女儿西林觉罗氏。小阿鲁特氏被封为□嫔，赫舍里氏被封为瑜嫔，西林觉罗氏被封为瑨贵人。
在这场两宫太后凭借家族身份以及对儿皇帝影响力进行的竞争中，慈禧太后输了。然而这一场令慈禧太后大失颜面的选秀，却最终导致了同治帝及其后妃惨淡的未来和结局。
这场选秀之后，慈安太后的人生又归于沉寂。直到十二年后她去世时为止。
光绪七年三月九日，两宫太后齐赴早朝，此后慈安太后还召见了军机大臣，当时大臣们都看见慈安太后面色红润谈吐自如，晚间却传来了她“不豫”的消息，仅仅过了一天，三月初十戌时（19—21点），慈安太后便在钟粹宫中去世了，年四十五岁。慈安太后从起病到弃世，前后仅两天时间，这使得关于她的死在野史中也被说得甚是热闹。在所有的传说中，两种说法最为卖座。
第一种说法：咸丰帝临终之时曾经留下一道密诏给慈安，说是假如慈禧本分就罢，若是仗着儿子掌权违制，慈安可凭此诏诛杀慈禧。因为有此诏的缘故，慈禧一直对慈安毕恭毕敬，蒙在鼓里的慈安却对她毫无防范，认为丈夫待慈禧太过严厉，遂将此诏当着慈禧的面烧毁。谁知意欲独揽大权的慈禧却在随后向慈安下了杀手。
第二种说法：光绪七年初，慈禧太后难耐后宫寂寞，与宫外男子（此男子为何人，说法不一）来往并怀上身孕，又因打胎而长期卧病。消息走漏后慈安太后打算惩办，却被慈禧先下了毒手。
至于慈禧太后下毒手的方法，说法也多姿多彩。最盛行的一种，是慈禧先让慈安吃自己的点心使其麻痹大意后，再将毒放在点心中送往其宫里。还有说是派太监在慈安太后饮食中下毒的。总之都是毒药在起作用。
然而这些说法也都有些值得推敲之处。
首先说遗诏。慈安太后死时，已经是光绪七年，在此之前，慈禧太后不但掌权，而且还背得有逼死同治皇后阿鲁特氏的嫌疑，此后光绪幼冲即位，恢复了两宫太后垂帘听政制度，然而在长达七年的时间里，多数时候都是慈禧一人理政，多数事情也都是由慈禧一人独裁。假如世上真有这样一道遗诏，假如慈安太后当真要执行，早就该用上一百回都不止了。何况如此隐秘的遗诏内容及烧诏现场，太监宫女或大臣们再得两宫太后宠信，也绝无让他们当场见证的可能，除非——慈安太后不怕担烧毁先帝遗诏的罪名，慈禧太后不怕被人知道死鬼老公猜忌自己——那……就是两宫太后都疯癫了。
再说慈禧太后私孕的传说。慈禧太后确实有不符皇族寡妇的举动，比如她嗜好看“粉戏”，也就是不庄重的戏剧，然而此人好排场，虽然看的是粉戏，也总是要招一大帮子贵妇人陪着一起看，陪看的人从儿皇帝媳皇后直到王爷福晋公主，总是一大帮一大帮的，能有什么时间和戏子眉来眼去？至于宫外男子由李莲英领进宫去偷情之说，更有些平头老百姓臆想的味道，简直是将深宫大院当成了土财主的浅门小屋。关于这一点，《红楼梦》中贾母掰谎一篇中有精彩的陈述，在此就不再重复了。而在光绪七年（1881）时候，慈禧太后已经是四十七岁绝经期的妇人，竟还能老蚌生珠，也可算是奇事一件。至于说到她光绪七年三月，即慈安太后崩逝的时候，慈禧太后确实在卧病期间。然而她的这场病却是从光绪六年害起，直到光绪八年才告痊愈，当其病愈时，慈安太后早就死了一年多了，由于害病时间太长，光绪皇帝甚至还曾经下诏要各地督抚举荐良医。
但是这并不是说慈安太后之死这件事上，慈禧太后毫无可疑之处。在正式记录的史料中，以慈禧太后的权力，当然不会留下任何不利于自己的记载，但对于慈安死后其所居钟粹宫的情形，当时的大学士翁同□在日记中却有提及。据他说慈安向有头疼之疾。三月九日这天感觉身体不适，十日头疼也异常剧烈，随后便在当夜去世了。她去世次日，翁同□在钟粹宫中看到了九日十日两天共计五张药方。奇怪的是这些药方都没有拿去抓药。据说是因为她头疼后不久便已经神志不清牙关不开无法喝药，但是真相如何，深宫隐晦，仍然令人极费猜疑。
慈安太后的另两种死法，传播较少，不过也值得注意。一种是说她被娘家家务事气急或因政事繁亢疲劳，于是诱发旧病而死，据她生前药方来看，她后来有较严重的高血压，常用天麻。光绪年间较少上朝理政，恐怕也有这个原因在内。不过慈禧太后虽然独自理政，但大事都要经过她，疲累恐怕也难免。
另一种说法是说她自杀，原因那就说啥都有，主要当然还是说是给慈禧逼的……
说到慈禧太后的一生，就不能不说她与两位儿皇帝的关系。
用民间的话来说，两宫皇太后（包括慈安慈禧）不但克夫，而且绝不益子孙，更离奇的是似乎出自她们撮合首肯并且关系来往特别亲密的夫妻也都没有好结果——咸丰帝与丽贵妃所生的女儿荣安固伦公主出嫁仅一年工夫，就像弟弟同治帝一样无子而死，额驸符珍成了鳏夫。恭亲王奕诉的大女儿被两宫太后收为养女封荣寿固伦公主，于同治五年下嫁道光帝第六女之子志端，结婚仅五年志端就死了，十八岁的荣寿公主从此守了一辈子寡，干脆长年在皇宫中陪伴太后；还有一位四格格，是庆王奕劻的女儿，她也是由太后指婚的，也是新婚不久就当了寡妇；常年陪侍在太后身边的寡妇还有一位，是内务府大臣庆善之女，慈禧太后将她指婚给自己的弟弟桂祥做儿媳妇，这位更惨，婚礼还未举行未婚夫就死了，连丈夫长啥样都没弄明白就做起了寡妇。除此之外还有同治帝的敦宜皇贵妃（即慧妃）富察氏、瑜妃赫舍里氏、□妃阿鲁特氏、瑨嫔西林觉罗氏；光绪帝的皇后叶赫那拉氏、瑾妃他他拉氏这两个守活寡就更不用说了。慈禧太后（光绪七年前还有慈安太后）的闲暇时光，就和这么一群被她们“制造”出来的寡妇们一起消耗。
不过，同样是长期生活在宫院中的寡妇，同治帝留下的嫔妃们却似乎过得并不好，也很少有机会陪伴在慈禧太后身边。尽管她们是慈禧太后亲生儿子的女人，慈禧太后似乎却宁可接近她深恶痛绝的光绪皇帝的后妃——哪怕是珍妃的亲姐姐瑾妃。
同治帝与阿鲁特氏夫妇死后，在他个人所属的那个家庭里，就只剩下了四个妾室，虽然这四个年轻女人的封号一直在逐步提高，但她们的处境却很凄凉。据慈禧太后的宫廷女官德龄回忆说：“她们像囚犯似的永远被禁闭在一座很冷僻的宫院之内，终年不准走到外面来……当同治帝归天的时候，她们都还是红颜少女，太后却将她们囚禁了，不肯放她们出去，却又不愿见她们，以免触起她思念同治的愁绪。她把她们活埋一般地锁闭在深宫里……”
德龄的这段记述并不完全准确。因为慈禧在日常生活中还是会让同治帝的嫔妃们在旁边陪伴的，她还非常偏爱同治帝的慧妃富察氏，同治帝生前富察氏未曾生育便当上了皇贵妃，新寡之后她成为敦宜皇贵妃，在慈禧六十大寿之时，慈禧太后甚至将富察氏封为“敦宜荣庆皇贵妃”，使富察氏成为清朝唯一一个享有四字尊封的皇贵妃。但是同治的另外几位嫔妃就不好说了，慈禧太后西逃时带上了光绪夫妇、带上了光绪的瑾妃他他拉氏，偏偏没有带上同治帝的寡妇□妃、瑜妃、瑨妃。在那样面对生死存亡的时候，几个年轻的寡妇心里最大的怨恨，恐怕还是怨恨自己的死鬼丈夫为什么死得那么早吧？
说起来，同治帝确实是死得太早了，他是清王朝最短命的皇帝，不但没有儿女，而且只在人世间活了二十个年头。同治十三年十二月初五酉时（1875年1月12日17—19时），同治帝爱新觉罗载淳死于养心殿东暖阁。同治帝死后不到一百天，即光绪元年二月二十日寅时（1875年3月27日3—5时），他的皇后阿鲁特氏也离开了人世，享年二十二岁。
这对皇族夫妇的死，成为清宫的一大谜案。而各种各样的稗史野记，都不约而同地将矛头指向了同一个人：慈禧太后。认为是她间接或直接地将亲生儿子小夫妻推上了绝路的。
在多数时候，慈禧太后被描绘成一个没有母子亲情的女人，当然这也成立，因为皇宫中根本就不允许父母子女间产生什么真感情，那是“违制”的。除此之外，慈禧本人在宫廷生活中还日渐养成了极强的报复心——“如果有什么事情恼了她，便不可开交了！不管是怎样一件无关紧要的小事，她都不肯甘休，必然要大发雷霆，闹得上下不安，而且这样一来，她一定会把这个人或这件东西恨到了底，虽隔三年两载，还是耿耿于怀记着……即使把这一生的时间全用来赎罪，一刻不离地在她的足下长跪，她也断断不肯宽放的！”在绝大多数时候，慈禧还是个不苟言笑，喜怒不形于色，也不肯轻易相信别人的感情的人。据野史记载，大约就是光绪六年至八年慈禧太后那场大病的时候，年仅十岁的光绪帝曾经学着书上说的样子要为养母割股疗疾，被太监拦住，慈安太后听说后表现得非常感动，慈禧听了之后却没有在人前有任何特别明显的动情迹象。而据慈禧太后的贴身宫女回忆说，慈禧太后对于汉高祖刘邦在战败时“推子女下车”的事迹大加赞赏，认为这才是干大事的举止。由此来看，她似乎还在有意地将自己往无情的权力机器方向塑造。
