宋神宗熙宁二年（1069），苏轼、苏辙兄弟为苏洵守丧期满，回到京城。时王安石为参知政事，与枢密院陈升之共同设立了制置三司条例司，开始熙宁变法。三月，苏辙上书论事，召对延和殿，遂命苏辙为制置三司条例司检详文字（三司条例司之僚属）。王安石急于财利，吕惠卿则附和王安石，而苏辙的观点和他们多有牴牾。
王安石拿出青苗法让苏辙“熟议”，并说：“有不便，以告无疑。”苏辙是老实人，遂以自己的观点告知王安石：“以钱贷民，使出息二分，本以救民，非为利也。然出纳之际，吏缘为奸，虽有法不能禁；钱入民手，虽良民不免妄用；及其纳钱，虽富民不免逾限（超过期限）。”并竭力推崇中唐刘晏理财之法：“有贱必糴（dí，买入），有贵必糶（tiào，卖出），以此四方无甚贵、甚贱之病，安用贷为（哪用贷款）？”王安石听后说：“君言诚有理，当徐思之（慢慢想想此事）。”此后一个多月，王安石未谈青苗法之事。
正在此时，河北转运使判官王广廉以乞度僧牒的数千钱为本钱，在陕西漕司私行青苗法，春散（贷出）秋敛（收回）。这正合了王安石的心意。于是青苗法就在全国推行。王安石派遣众多使者到各地去“访求遗利”。朝廷内外许多人明知迎合王安石必定会出麻烦，但都不敢明言。在众人缄口不言时，苏辙去面见陈升之，将青苗法的推广比之于嘉祐年间遣使宽恤诸路，认为是“为天下笑”的荒唐事。接着又上《制置三司条例司记事状》，对新法提出批评，力陈不可在全国推行青苗法，并请求辞去职务。王安石对此大怒，将加罪于苏辙，后因陈升之制止而作罢。苏辙又上书曰：“每于本司商量公事，动皆不合。”特申请调任。神宗问如何安置苏辙，曾公亮上奏，神宗同意，于是苏辙被调任为河南府留守推官。
苏辙在青苗法问题上与王安石意见不合，并且多次直接向王安石表明：青苗法不可行，因此惹恼了大权在握的王安石。苏辙清醒地知道，自己再在制置三司条例司干下去，不会有好果子吃，于是明智地选择了退出。苏辙虽暂时回避了和新法的正面冲突，但他最终仍未能逃脱这场政治斗争带给他的麻烦：当其老兄苏轼因“乌台诗案”被下狱贬官时，他也受牵连而被贬官。
