莫理循在中国的辛亥革命中力挺袁世凯，在报纸上为他摇旗呐喊，在实践中为他出谋划策，已经大大超越了记者的职权。他的这些努力从他个人的收获来说是巨大的。由于他所支持的袁世凯最终当上了中华民国的总统，他又一次赢得了欧美读者的信任，正像他极力推动的日俄战争终于爆发后，人们钦佩他的预测力一样。袁世凯则使他成为中华民国政府的第一位政治顾问，给他以崇高的荣誉。
袁世凯就任临时大总统之后，以一封口气尊崇的信函，邀请莫理循担任中华民国政府的政治顾问，以表示自己对莫理循的感激，同时也希望借助莫理循的力量在财政支持等方面更加容易地得到列强的支持与帮助。蔡廷干说，信函是中国向外国人发出的最为荣耀的聘书，而且用最礼貌的语言来表达。
1912年8月1日，莫理循与中国政府签约，同意担任中华民国政府的政治顾问。中国政府给予他优厚的待遇，除每年3500英镑的薪水外，还有房租津贴250英镑，雇用机要秘书津贴200英镑，免费为他配备一名干练的中文翻译。他因回国结婚返回北京的旅费，以及合同期满后回国的旅费，都由中国政府支付。此外，他还可每年享受两个月的休假。
中外报界对于莫理循担任顾问一事频发报道和评论。从1912年8月到年底，莫理循的名字在中外报刊上出现的频率之高，是他个人经历中从所未有的。而他以记者身份担任政治顾问进入政界，也提高了记者的声望，在来华外国记者群中掀起了不小的波澜，似乎点燃了其他记者从政的欲望。中国著名记者黄远庸形容为：“北京外国人之活动五光十色，上至使馆，下至商人，无不为政治之活动。自摩利逊（即莫理循）之声望日隆，于是外国新闻记者，于政治上尤分一部分之势力。京中今颇有一种摩利逊党游说当路。”更有甚者，这年8月3日，英国的《插图伦敦新闻》的封面刊登了一幅与莫理循有关的照片。莫理循站在袁世凯侧后方，交给袁一份文件。袁世凯扭头认真地审看。其实，这张照片是袁世凯与其秘书蔡廷干在办公室议事的合影，《插图伦敦新闻》对照片进行了剪贴。莫理循对这张照片做了注解：“许多图片新闻刊载有我的画像，最有趣的是伪造我站在袁世凯身旁并以一份文件请其过目的那张画像。这是总统和他的秘书蔡廷干的快照，不过蔡的头被我的头取而代之了。”这张剪贴画像说明了莫理循如何受到袁世凯的重视，袁世凯又是如何回报他在辛亥革命期间支持自己的。
但是，从莫理循担任政治顾问之后的经历来看，他有得，但也有失。这首先表现在莫理循担任政治顾问后，其影响力在大大下降。对此，莫理循的一些好友和同事在他接受顾问任命后就对他有所警告。如日本新闻记者佐原笃介认为：“过去一直到现在你都是个批评者，而现在你成了台上的或者幕后的一个角色。”英国驻华使馆医生德来格认为：“现在他是中国的公仆，而不再像从前那样是一位独立而无所偏袒，并且能够时时让袁世凯从他的见解中得到益处的观察家了。”
从记者到政治顾问的转变，不仅是职业的转变，随之会出现各方面的变化。过去莫理循是一个为英国著名报社服务、并受到万人瞩目的知名记者，英国公众通过他的报道了解远东局势。当他担任中国政府的雇员后，已经不是站在客观、公正的立场对所观察事务提出批评的无冕之王，而首先要考虑中国的立场，或者说，需要他站在中国政府甚至是袁世凯的立场上行事。在他担任中华民国政府政治顾问初期，英国外交大臣爱德华·葛雷爵士曾表示满意，但有家德国报纸认为莫理循得到中国政府的任命，是英国在华的一个胜利。然而，由于他为“他的新主人们效力的努力”，会“使他同他的本国政府发生龌龊”。英国人对他怀疑和拭目以待是肯定的，甚至由于把他看作为另一个国家服务的雇员而对他产生某种敌意。从中国人的角度看，他在担任记者期间曾为中国的“新政”改革做过大量的宣传与报道，受到了各界的肯定。现在虽然成为中国雇员，但中国人理解的他首先是英国人，存有戒心也是不言而喻的。因此，莫理循从在聘书上签下自己的名字起，就已经进入了一个尴尬的境地——一个不能像记者时期受到中英双方信任的境地。事实也如此。《纽约先驱报》记者端纳曾在报上披露了莫理循的这种尴尬：“我每天见到莫理循博士，他不知道自己是否对现在的职务已经感到厌倦。他经历了一段艰难的日子。忠告是易于提供的，中国人也听从忠告，可是他们仍然自行其是。莫理循时常感到为难……莫理循充任《泰晤士报》记者的时候，拥有比现在高两倍的威望和加三倍的影响。”
如果说在袁世凯当政时他尚受到一定的重视，那么，在袁世凯去世后的政府里，他已经是个被忽略的人物了。在中国要派代表参加巴黎和会的消息传出时，没有人想到莫理循。如果不是莫理循的一些友人的呼吁，总统徐世昌也不会想到邀请他担任中国赴巴黎和会代表团的技术顾问。
其次，莫理循虽然在被任命之初也曾踌躇满志，并在民初三四年间致力于支持袁世凯、希望新生的政府能够带领中国走上强国的道路，但最终是失望代替了希望。因为在莫理循看来，他所企望的辛亥革命的结局并不像他想象的那样完美，没有达到他的理想境界。
清政府被推翻，结束了两千年的帝制，中国最终以共和制作为自己的政体。从积极的角度来说，革命党人所主张的民族革命和政治革命都基本达到了目的。共和国建立后，中国在政治、经济、社会、文化、教育、风俗等各个方面，都取得了前所未有的变化，中国人自19世纪60年代以来渴望的近代化进程在辛亥革命以后取得了明显的、长足的进步。但是如果从另一个角度，或者说，从消极的方面来看，莫理循极力主张由袁世凯为总统建立的共和国，在政事方面则呈现了令我们，也令莫理循扼腕痛惜的结果。莫理循在报道袁世凯与南方革命党人议和的电文中，经常会用到“compromise”这个词，即“妥协”。事实上，辛亥革命的结局正是袁世凯和孙中山妥协的产物。袁世凯放弃君主立宪的政治主张，取得了没有多少权力的总统职位。孙中山失去了总统的头衔，实现了清帝逊位、暂时给总统以较大权力限制的共和制的理想。但袁世凯是一个权力欲极强的人，他之所以妥协，政治主张和他的权力欲比起来又在其次。据赵秉钧言：“项城本具雄心，又善利用时机，武昌事起，举朝皇皇，起用项城，授以指挥全国军队全权，正是大有为时机，得以偿其抱负。”因此，一场革命到了袁世凯那里却成为实现权力的机会。清政府的倒行逆施，尤其是对袁世凯的无情贬斥，甚至危及他的生命，使他不愿为清廷卖命。但作为一个既主张改革、走近代化道路，又反对意识形态变革的官僚，他不愿意看到中国出现孙中山所描述的民主共和的局面，而是主张通过君主立宪的方式达到南北双方的调和。而当时革命声势浩大，举国一致要求推翻清政府，建立民主共和国。据徐世昌回忆：“项城以为在此潮流转变之下，民心思动，已非一朝，不是单靠兵力所能平定，主张剿抚兼施……清廷被迫起用袁世凯后，他言剿改而言抚，言抚进而言和，纯出于项城之主持……资政院迎合民意，亦供项城之利用，经此酝酿，乃促成南北议和之局。”可是，袁世凯处心积虑达成的和局，莫理循费尽口舌得到的结果，却是袁世凯为得到个人权力而斗争的开始。英国驻华公使朱尔典的一番话就颇有深意：“一切动乱的根源，在于南北双方的政治观点存在着重要分歧。像孙中山和黄兴这样的人，确实与袁世凯和较老的官僚阶层毫无共同之处。孙中山等人赞扬宪法程序，想利用那些程序作为剥夺总统权力的工具。袁世凯等人认为国会没有什么优点，它已经变成名副其实的魔窟；他们在很大程度上继续按照那些旧的方针路线统治国家。”其结果是两败俱伤，“渔翁得利”。俄国与外蒙独立，英国与插手西藏事务，日本与“二十一条”，民初种种外交危机显示出，列强的乘机侵略与国内的权力之争总是使当时的人们处于剧烈的矛盾斗争中，似乎总是不能协调抵制侵略与国内权力之争这二者的关系。被权力欲强烈吸引的袁世凯在对外交涉方面就显得相对软弱，而对革命党人的镇压却十分强硬和果断。辛亥革命带给这个古老国度的进步影响和深层次的意义便被淹没在政事的纷争之中了。对于这一现象，莫理循曾极力为袁世凯做过辩护，并尽己之力希望把袁世凯引导到实现强大中国的道路上去。但袁世凯最终以称帝这一毁灭自己又使中国陷入灾难的举动，给莫理循以极大刺激，使他对自己的理想产生了怀疑，他为此大惑不解。而无论他多么不解、无奈与愤懑，历史却是无法改变，也不能重新来过。
然而，尽管莫理循身份的转变导致极大的落差与对比，尽管他充满了不满和不解，他还是采取了知其不可为而为之的态度，满怀信心地投入到为中国及其政府的服务之中。尽管他多次抱怨不受重用，得不到中国事务的信息，但他依然为这个国家的财政、外交、边境、新闻宣传等撰写了大量的备忘录，提出了各种意见和建议。而在揭露日本灭亡中国的“二十一条”内容、反对袁世凯称帝、敦促中国参加第一次世界大战以改变中国在世界的地位等方面，均起到了积极的作用。这一点实在是难能可贵的。
