公平与效率似乎是经济发展进程中的一对矛盾体，它们之间的关系一直成为影响我国经济发展目标设计与社会转型模式选择的重要因素。公平与效率的关系在本书第一章已有详细阐释，笔者认为，公平与效率二者既有相互矛盾的一面，又有相互依存的一面。相互矛盾主要表现为：在特定条件和一定的时期内，二者相互间存在着此长彼消的替代关系，即为了达到公平往往要以牺牲一定的效率为代价，而为了促进效率又要以牺牲一定的公平为代价；相互依存则主要表现为：效率是公平的基础，公平促进效率。
对于公平与效率的关系，笔者强调，二者应是耦合耦合是指两个实体相互依赖于对方的一个量度。互动的，是一种建立在多层面基础上的对立耦合与交错互动的关系。因此，讲公平与效率的关系，应该分清从什么角度、什么领域来讲，应该放在具体的社会关系中分析，而不是一概而论，应该基于动态平衡的基本原则处理两者的内在关系，努力实现两者间的耦合互动。任何一种制度的安排，都会面临着公平与效率的关系问题，对这一问题的处理方式不同，制度绩效也就自然因此而不同。其实，效率与公平是人类社会追求的两大价值目标，对公平与效率关系的处理决定于制度的价值取向。那么什么样的制度价值取向才是正确的呢？
公平与效率关系失衡的问题，其本质上是由于社会经济发展的不均衡所导致的。当社会经济发展出现某一层面的不均衡时，社会经济结构或制度自然就要面对这一层面的公平与效率选择的问题。从整个社会长远发展来看，公平与效率的平衡是社会制度的基本价值取向，但从短期发展来看，制度将不可避免地面临如何对待公平与效率相互替代的问题，这时政策制定者就会根据制度价值取向来处理公平与效率的关系。公平与效率的关系本质上内含在生产力与生产关系的关系之中，因此，笔者认为，对制度价值取向是否正确应该根据具体情况，综合考虑各种因素，针对不同发展阶段社会生产力水平的客观要求，从生产力和生产关系的互动角度进行评判。
总之，公平与效率是耦合互动的，公平的缺失必定会导致效率的最终丧失，而效率的缺失也会影响公平的实现。公平与效率是随经济发展动态变化的，通过制度的调整努力实现公平与效率的动态平衡，这才是积极、正确的态度。
聚焦到我国农村土地制度安排上，制度的建设或创新同样必须充分考虑到公平和效率的影响作用，即一方面要在合理利用的前提下最大限度地提高农村土地资源的利用效率；另一方面要通过制度安排来实现农民对土地权益的公平追求。笔者强调，农村土地制度创新必须坚持一个基本原则，即在生产力与生产关系相统一的关系下平衡公平与效率，努力实现公平与效率动态平衡下的耦合互动。
公平包括三个层面含义，即起点公平、过程公平、结果公平，不管是哪个层面的公平，其本质上都是强调利益分配的公平，即人们能公正地、合理地获取财产和积累财富。效率在这里主要是从资源配置的角度来理解，是指劳动生产率或经济资源的利用率，强调通过以最少的资源投入来获得最大的产出。就我国农村土地制度而言，一方面要充分有效地配置土地资源，实现土地资源的高效率利用，创造出更高的经济效益；另一方面，要从整个社会以及农村内部两大层面充分保障农民能公平地、合理地通过土地获得经济利益。
公平与效率在制度中是耦合的，任一制度安排都不可能设想借舍此而取彼。一味地强调公平就有可能犯平均主义的错误，人民公社对农村生产力的破坏在很大程度上就是因为“一大二公”的错误做法；相反，舍弃公平而一味地强调效率，将会扩大社会贫富差距。社会财富分配的过于不公很有可能导致社会动乱，并最终影响到经济效率的提高。因此，在进行农村土地制度创新的过程中，必须注意公平与效率的动态耦合，切实保护农民权益，以此促进中国经济的良性增长。
目前，我国农村土地制度，从农业和农村层面上看，其在价值取向上仍主要偏向公平，这主要是基于广大农民的生存保障考虑的。通过我国现行的农村土地制度，农民“均田承包”集体土地，实现了耕者有其田，这算是起点公平。为了防止农民失去基本的生活来源，并力图通过公平实现农村稳定，农村集体对土地流转存在事实上的一定限制并在承包经营权上设定了期限，且可以基于公平对承包地进行调整，这些都可算是过程公平。公平往往是政府主导的，即便国家已经关注到制度其中显现出的低效率，强调“增人不增地，减人不减地”，并鼓励土地承包经营权流转，但由于制度本身的缺陷，加之地方政府对农村土地使用权流转的引导、规范不足，其结果是虽然做到了农民之间的“公平”，但是却大大降低了农村土地的使用效率，农民的土地经营收益和财产性收益因此都受到了严重限制，农民收入无法提高，造成城乡间事实上的严重不平等。农村土地制度实现了起点公平、过程公平，但这种“低水平的公平”内含有不利于生产力发展的要素，随着生产力的发展，这种不公平将在生产关系中不断放大，从社会宏观层面上看这可算是结果的不公平，最终必将会因为生产关系不适应生产力而阻碍经济的发展。因此，从农村经济发展和农地资源利用效率的层面上来看，农村土地制度创新应该对“效率”的实现有所侧重。
然而，从社会宏观层面上看，我国土地制度明显偏重于效率。新中国成立后，为了加快发展经济，国家制定了优先发展工业和城市的发展战略，反映在农村土地制度上就表现为提倡效率优先。为了提高土地资源的经济效益，国家不断将大量农地资源非农化，以适应城市化和工业化的发展需要。一般来说，公平需要政府主导，效率则以市场主导，而我国土地征收制度却表现出浓厚的计划色彩，这样通过计划而非市场手段达到的“高效率”，结果是以牺牲农民权益为代价发展经济，表现为城乡的极度不公平。改革开放后，经济快速增长很大程度上归功于农村土地制度不断输出的经济绩效，农村土地制度的“高效率”更多地表现为服务国家主义的现代化发展而不是农村经济的发展，这就导致农民土地权益大量流失，农民无法公平地分享改革成果，严重地阻碍了我国和谐社会的构建。由于农民土地权益变化与工业化和城市化的发展直接相关，因此必须强调现代化进程的协调性与合理性。这就要求基于可持续发展的基础，通过推动技术与制度变迁（具体到农民土地权益的保护而言，就是土地经营中的科技运用和土地制度的变革进步），确保工业化和城市化能在健康的轨道上发展，并通过工业化与城市化发展反哺和支持农业和农村发展。这才是农民土地权益真正得以实现和保障的根本所在。
总的看来，我国现行农村土地制度存在着诸多不完善之处，其很难有效地平衡公平与效率之间的关系，为适应经济增长的迫切需求，就需要进行农村土地制度创新。在农村土地制度创新上，要做到：既照顾到历史与现实，又能使有限的土地资源发挥出较高的效率；要正确处理好个人公平与社会公平之间的关系；正确处理好起点公平和结果公平之间的关系；要处理好公平、效率与土地流转的关系；正确处理好农地资源的福利保障功能和经济功能之间的关系。钱忠好：《中国农村土地制度变迁和创新研究》（续），社会科学文献出版社2005年版，第259～261页。总之，农村土地制度创新要坚持公平与效率的动态平衡。
从制度的不同层面上看，公平和效率要求的平衡比例不同，要具体对待，如土地征用、土地流转、制度保障，要针对其主要作用的层面来考虑公平与效率的平衡，而不是简单地界定为公平优先或是效率优先。另外，制度设计上要存有弹性机制，有利于制度设定者根据不同时期的不同经济形势，动态平衡公平与效率的关系，最终达到最优的经济绩效。
