元代宁夏，不再是一个封闭的割据王国，而是元帝国的一片腹地。它不仅是西北移民屯垦的基地，而且是内地与西北和北方经济文化交流的一条通道。元代宁夏也是多民族互相交往和融合的地区。宁夏地区除原有的汉、党项、蒙古等族居民外，到元朝又增加了新的成员———回回。从回回在我国出现时起，宁夏就是回回的一个重要的活动基地。回回先民不是在中国土生土长的，而是来自阿拉伯、波斯等信奉伊斯兰教的各族人民。
伊斯兰教是公元7世纪初穆罕默德在麦加创立的，随后建立了穆斯林的神权国家。穆罕默德去世后，他的继承者第一任哈里发阿布·伯克尔统一了阿拉伯半岛，并开始向外扩张。在以后几任哈里发统治时期，继续向外扩张，大约在7世纪中叶征服了波斯；到8世纪中叶，建立了包括今阿拉伯半岛、叙利亚、巴勒斯坦、伊拉克、波斯、中亚、亚美尼亚、埃及、北非和西班牙等地的大帝国，横跨亚、非、欧三大洲，伊斯兰教也随之传布各地。由于波斯和中亚地区各族相继信奉伊斯兰教，大批通过丝绸之路来到中国的使臣、商人、移民，他们不仅把伊斯兰教传入中国，而且有的还在中国定居、繁衍，他们就是中国最早的回族先民。
在唐代，回族先民就已经来到中国。唐太宗贞观年间，穆罕默德的弟子撒哈八就作为使者来华；唐高宗永徽二年（651年），大食使臣曾到唐都长安，从此双方使臣往来不绝。除使臣外，商业往来更为频繁。他们都是结伴或组团来华，其中有不少“胡商”“蕃客”留居中国。另外，唐安史之乱时，曾借用几千名西域军士参加平叛战争，以后在中国落了籍，其中有很多人信仰伊斯兰教。到公元8世纪初，许多什叶派教徒和伊斯兰教第四代哈里发阿里的后裔，为了躲避倭马亚王朝的压迫，他们隐姓埋名逃到中国西北部。
当时固原地区是丝绸之路东段北道的必经之地，因此，唐宋时期不论是阿拉伯商人，还是逃难的伊斯兰教徒，都有可能在这里定居生活。这些定居下来的阿拉伯人和波斯人，建造清真寺，营造公共墓地，被称为“蕃客”。定居下来后娶妻生子、繁衍生息的，成为“土生蕃客”。经过唐宋600多年的发展，回族先民尽管有所繁衍，宗教习俗尽管始终不变，但还远远没有形成民族共同体，他们还缺少同族之间的政治联系，也没有得到必要的政治地位，中国政府对蕃客的政治活动限制也很严格。他们之中一部分人“侨居”观念较浓，在华人眼里他们仍是“蕃”与“客”。
蒙古国（指元朝建立以前的蒙古前四汗，即成吉思汗、贵由汗、蒙哥汗和忽必烈汗的早期，时间为1206年~1271年）建立前，回回商人已进入蒙古高原，他们用纺织品、粮食换取兽皮，还有一些回回人效力于蒙古各部，成为开国功臣。成吉思汗建立蒙古国后，中亚的一些回回首领率众归附蒙古。成吉思汗西征花剌子模等国时，被统称为回回人的大批花剌子模人、康里人、钦察人、大食人投降蒙古，被掳军士、工匠、子女数以万计，仅撒马尔罕一地，被编入蒙古军队的回回人就近3万人。这些回回人中的许多上层人士，或因治国才能或因战功而成为蒙古国的大臣、大将。忽必烈继汗位后，开始重用阿合马、赛典赤·赡思丁等回回政治家以及回回制炮师等工程技术专家。宪宗蒙哥二年（1252年），正式成立“回回户”，标志着回回先民的“蕃客”地位发生了根本性转变，即由“客”变为“户”，正式成为中华民族大家庭中新的一员。蒙古国时期是回回人大批定居并落籍中国的时期。
元朝时期（1271年~1368年），是回族共同体形成过程中的重要阶段。因为回回人归附蒙古最早，元朝建立时，回回家族中的第二、第三代人物的社会地位较高，出现一批著名的政治家。元代中央机构中，回回人担任宰臣的几乎代不乏人；在地方上，回回人担任要职的更多。在经济活动方面，除了在朝廷中出现过回回理财家之外，回回商人多从事贩运、珠宝、外贸等业，其中也出现过不少回回巨商。此外，还有大批回回工匠在官办手工业作坊中从事生产。回回军士战时作战，平时随军在驻地屯田。
在文化方面，由于回回人在民族成分上具有多元性，因而呈现多种色彩。以阿拉伯文字为基础而创制的“回回字”，是当时通行的3种官方文字之一。回回文字的流行，推动了回回文化的形成与发展。有的回回家族渐渐接受汉儒文化，许多回回人中举入仕，还涌现出一批著名的思想家、诗人、散文家、史学家、书画家等。
元代是回回人不断融合其他民族而扩充本民族的时期，也是回族共同体逐渐形成的时代。回回人最初只限于阿拉伯人和波斯人，但共同的伊斯兰教信仰和文化，使回回的范围扩大到伊斯兰化的突厥人中去，进而使一些原先不信仰伊斯兰教的阿速人（绿睛回回）、吉普赛人（啰哩回回）、犹太人（术忽回回）、蒙古人（阿难答部众）加入回回人的行列。“回回”的概念扩大为凡信奉伊斯兰教的人都成为广义上的回回，“回回”正式成为信奉伊斯兰教的各色人种的总名称。元代回回人的伊斯兰教信仰比较严格，伊斯兰教的一些教规，逐渐变成了回族共同的风俗习惯。
《明史·西域传》称：“元时回回遍天下，至是居甘肃者尚多。”公元13世纪以来，回回人迁徙至陕甘宁地区的日益增多。元朝建立后，伊斯兰教在陕甘宁地区得到了充分的发展，这与元世祖忽必烈的孙子安西王阿难答有极大的关系，这一情况在前文《安西王阿难答》中已有详细的叙述。另外，迁徙至陕甘宁地区的回回人主要是中亚突厥族的穆斯林。因为突厥诸族的穆斯林的居住地离中原汉地最近，他们向内地渗透首先占据陕甘宁地区之利。
元朝亦集乃路所在的黑城子（今内蒙古额济纳旗东南）发现的14世纪礼拜寺遗址、波斯文残碑、穆斯林墓葬等，证明当地回回人一直在进行宗教活动。由于陕甘宁回回人的大量增加，元政府在陕西行中书省设回回令史，陕西诸道行御史台设回回掾（yu àn）史，专管回族事务。
明朝从公元1368年至1664年，是中国封建专制主义中央集权高度发展的一个朝代。
明朝在全国设南北两直隶和13个布政使司，下辖府、州、县。此外，在边境军事要地设置军政合一的卫、所，从事屯防。今宁夏当时为边防要地，固原地区及同心县属陕西布政使司，其余为实行卫、所制的陕西都指挥使司所辖。属于陕西布政使司的有固原州（治在今固原市，也是固原卫所在地），在今宁夏地区辖西安、镇戎、平虏3个守御千户所。今隆德县属平凉府静宁州，泾源县属平凉府华亭县。属于陕西都指挥使司的有宁夏卫（治在宁夏城，今银川市）、宁夏左屯卫（治在宁夏城）、宁夏右屯卫（治在宁夏城）、宁夏前卫（治在宁夏城）、宁夏中屯卫（治在宁夏城）、宁夏后卫（治在花马池，今盐池县）、宁夏中卫（治在今中卫市）。另设灵州、兴武营两个守御千户所及韦州群牧千户所。明代将长城沿线的战略要地划分为9个防区，分段防守，称为“九边”或“九镇”，其中在宁夏境内有两镇：固原镇（设于今固原市）、宁夏镇（设于今银川市），固原当时还是延绥、甘肃、宁夏3个重镇指挥部———“三边总制”府的所在地。因此，明代宁夏地区的历史多与军事活动有关。
朱元璋当了皇帝后，为了巩固其统治，将他的24个儿子和1个孙子分封到各地为王，企图“以同姓治异姓”。洪武二十四年（1391年），朱元璋封第16子朱栴为庆王，封地宁夏。从此，朱栴的子孙们就在宁夏地区繁衍生息。
另外，固原草场大部分划给藩王作为牧地，西安州和海剌都等地划给楚王（朱元璋第6子朱桢），今西吉县城（即沐家营）一带划给黔宁王（朱元璋义子沐英），今大湾川堡一带划给肃王（朱元璋第14子朱模），今开城北一带划给韩王（朱元璋第20子朱松）。四藩王牧地犬牙交错，风光独异。
