辛亥革命前后,沙俄趁中国政局动荡之际,加紧进行吞并中国蒙古地区的侵略活动。
蒙古地区中部有一条戈壁沙漠,以北称外蒙古,以南称内蒙古,自古都是中国的领土。武昌起义爆发后,沙俄乘机策动外蒙古于1911年年底宣布“独立”,并发表“独立宣言”,成立“大蒙古国”,拥第八世哲布尊丹巴为博格多汗,沙俄要求清政府承认外蒙古“自治”。1912年11月,为达到完全控制外蒙古的目的,沙俄政府采取威逼利诱的手段,与外蒙库伦(今蒙古国乌兰巴托)当局签订了所谓《俄蒙协约》及附约《俄蒙商务专案》,取得了在外蒙驻军、练兵、收税、贸易、开设银行、发行货币、采矿、筑路、兴办邮电等近似殖民地的特权。
此后,沙俄又把侵略扩张的矛头指内蒙古地区。1912年7月,沙俄策动了内蒙古哲里木盟王公叛乱。1913年,沙俄又在内蒙古全境挑起更大规模的武装叛乱,靠近宁夏地区的伊克昭盟也被卷入。伊克昭盟达拉特旗扎萨克喇嘛王德尼玛(即戒工活佛)在沙俄和外蒙王公的支持下,按照后套抱疙疸佛爷的指令,与达子韩昌等拥兵叛乱,反对北京政府。其活动范围在张家口以西的乌兰察布盟、伊克昭盟、阿拉善盟等广大西蒙地区,主要武装力量有2000多名骑兵。这些武装叛乱分子,在归绥、包头一线横行无阻,到处烧杀抢掠,致使后套一带“腥风扑鼻,尸骸枕藉,愁云暗暗,路无人迹”,京包、包兰间交通受阻。袁世凯曾派绥远驻军多次进剿,均遭失败。又派山西大同镇守使孔庚率晋军进剿,亦收效不大。因为内蒙古地广人稀,这些叛乱分子善骑射,又熟悉地形,行动迅速,飘忽不定,故官军进剿,往往不能奏效。
袁世凯见武力不能解决,遂令宁夏镇总兵马福祥会同阿拉善旗亲王塔旺布里特甲拉,相机与王德尼玛讲和。1913年6月,马福祥请准晋京。6月8日于宁夏起程,14日抵达磴口,与塔旺布里特甲拉会合,继续沿黄河东行。6月29日,在官渠遇到王德尼玛游骑数十人,被马部擒获。经审问得知王德尼玛驻扎于10公里之外的一座喇嘛庙里,马福祥认为擒获王德尼玛的机会来了,立即释放这些骑兵,发还枪支马匹,赔礼道歉。并派塔旺布里特甲拉手下的阿拉善旗班克总管安久先向王德尼玛通报讲和的愿望,希望见面会谈。据说安久为清朝公主下嫁到阿拉善旗的满族随员的后代,在蒙民中有些威望,因此得到王德尼玛的热情接待。安久劝说王德尼玛与马福祥见面,王德尼玛同意了。王德尼玛带随从数人在麻尼渡上船会见马福祥。在船上王德尼玛力劝马福祥共同行动,先破晋军追剿部队,再进袭包头,以图山西。马福祥佯表同意,约定下次在汇德城(今临河县)再次相见,“共商大计”。6月30日,马福祥一行抵达汇德城。马福祥在河内准备了3只大船,作为会见之所,在渡船上张灯结彩,并设丰盛宴席。王德尼玛率数百精骑蜂拥而来,这些人打着黄旗,笳鼓乐队吹吹打打“,声闻数里”。王德尼玛将人马驻扎在河北岸,只带头目韩昌等14人由河北岸驾舟过河至南岸,分别上了马福祥的3只大船。入席后,马福祥将自己没装子弹的手枪假言相赠,并提出要欣赏一下王德尼玛的手枪,王德尼玛不好拒绝,只好把装有子弹的手枪递给他看。马福祥接过手枪后,随即给手下随从使了个眼色,当场将王德尼玛拿获,并击毙了几个反抗的随从。另外两只船上的十来个头人也被一一擒拿,唯有韩昌抗拒,随即击毙。马福祥活捉王德尼玛后,立即命令解下缆绳离岸而去。留在黄河北岸的蒙兵,惊闻情况有变,立即进行阻击。马福祥部驾船沿黄河而下,北岸蒙兵纵马追击,可谓险象环生。马福祥命人将王德尼玛用绳索捆结实置于船头,追击的蒙兵不敢轻易开枪,终于摆脱蒙兵追击。7月8日,孔庚率军抵包头,马福祥将王德尼玛等人交给孔庚,押解送京。
王德尼玛被押到北京后,袁世凯叫他给抱疙疸佛爷发电报劝其拥护共和。抱疙疸佛爷担心王德尼玛等人被害,随即回电表示归顺北京政府。袁世凯给王德尼玛派了都尉卫士,每月给薪500元,将他软禁在京城,其余头人被释放。马福祥智擒王德尼玛,使西蒙地区分裂叛乱活动受到沉重打击,一时群龙无首,不久即偃旗息鼓。马福祥以最小的伤亡,在最短的时间内解除内蒙古边患,受到袁世凯的器重,认为马“智勇兼备”,肃清边患有功,遂改任马福祥为宁夏护军使,直隶中央,同时授陆军中将衔及二等文虎奖章,并节制乌审、鄂托克、阿拉善三旗军务。袁世凯还手书“萱闱春永”四字为马母韩氏祝寿。马福祥就是在此时借机请准添建甘肃新军,以其侄马鸿宾为新军司令,让其子马鸿逵在京任大总统府侍从武官的。
不久,北洋政府开缺宁夏将军常连军职,由马福祥兼宁夏将军。1914年1月,马福祥返宁就任宁夏护军使。1918年2月至1919年8月,马福祥大兴土木,耗费12450余两白银,修建起富丽堂皇的宁夏护军使署。