目前，蒙古牧羊犬的核心产区，应以呼伦贝尔草原为核心地带。
呼伦贝尔草原位于大兴安岭以西，是牧业四旗——新巴尔虎右旗、新巴尔虎左旗、陈巴尔虎旗、鄂温克旗和海拉尔区、满洲里市及额尔古纳市南部、牙克石市西部草原的总称。由东向西呈规律性分布，地跨森林草原、草甸草原和干旱草原三个地带。除东部地区约占本区面积的10.5％为森林草原过渡地带外，其余多为天然草场。呼伦贝尔地区属温带气候，北部的大兴安岭北端属寒温带气候，由于地处中纬度西风带，在国家的内陆腹地，远离海洋，故属于较强的大陆性气候，多数地区干旱少雨，冬夏温差悬殊，冬季最低气温可达到零下50℃。长期以来，由于蒙古高原特有的冬季高寒、夏季酷暑的严酷地理环境，也造就了蒙古牧羊犬体硕毛厚、抗疾病能力强、凶悍勇猛、不畏野兽的特性。呼伦贝尔尽管也为高原地貌，但西部草原地区的平均海拔仅仅在600—800米，较之青藏高原更接近于平原，这也是蒙古牧羊犬更加适应平原地区的一个优势。至于那里究竟有多么寒冷，在草原上经常可以见到一些断尾的牧羊犬，那绝对不是出于什么美观的考虑而断掉的，幼犬基本上都是在隆冬季节出生，那也是草原最寒冷的时节，它们骨多肉少的尾巴就是那时被冻掉的。
在历史上，呼伦贝尔地区，除伪满洲国时期的日本关东军驻军可能携带少量的军犬外，几乎没有任何外来犬种的进入，历史记载也并无日军在海拉尔有大规模军犬部队的记录。而唯一发生在新巴尔虎左旗诺门罕布尔德附近的诺门罕战争（发生在1939年5月至9月，是第二次世界大战初期一场对战局有重要影响的战争。交战双方，一方是苏联和蒙古国军队，一方是日本关东军和伪满洲国军队。战争持续了5个月，以日本关东军惨败而告终，被日本陆军省称作“日本陆军成军以来首次惨败”。战争中双方战死近4万人）苏蒙联军与日本关东军主要为步兵师团、坦克战，并无军犬参加战争的记录，所以可以排除战争中军犬进入草原的可能性。
相比而言，这个犬种几乎没有受到任何外来其他犬种血统的干扰。
呼伦贝尔草原与蒙古国接壤，所以此犬种在蒙古国也有分布，甚至更为广泛。但由于政治原因，20世纪40年代，横贯欧亚大陆的西伯利亚铁路修建时期，一些来自苏联的犬种已经开始与当地的蒙古牧羊犬进行杂交。第二次世界大战时期苏联红军为抗击日本军队进入蒙古地区时，也携带有大量军犬，在战争和铁路的修建工程完成之后，苏军撤走，大量（估计数百近 千 头 ） 军 犬 （ 多 为 德 国牧羊犬，German ShepherdDog）被留下来，它们多被蒙古人收养，与当地的蒙古牧羊犬杂交。到20世纪60年代中期，近10万苏联军队再次进驻蒙古，随行的军犬像它们的主人一样，侵略性地使当地的蒙古牧羊犬的血统受到巨大的打击。总之，现在的蒙古国，即使在一些极其边远的地区也很难找到纯种的蒙古牧羊犬了。所以，蒙古牧羊犬最纯正的血缘地应该在内蒙古草原，而其核心地，是呼伦贝尔地区。
