1956年5月16日，毛泽东亲自主持起草并通过了《中国中共中央委员会通知》，即著名的“五·一六”通知，揭开了“文化大革命”的序慕，一场史无前例的十年浩劫由此上演，像梁漱溟这样的“反面教员”，等待他的，又将是什么呢？
面对这场突如其来的“运动”，梁漱溟感到困惑、迷茫。但他仍然保持沉默，和政协的其他同志一样，每天念文件、看报纸、谈心得。当然，所有的心得只能是“坚决拥护”，在没有看清运动的性质和形势之前，他始终一言不发，以静观其变。
但随着老干部，老朋友一个个被打倒，他无法再无动于衷，忍不住要谈谈自己的看法。6月7日，他在政协学习会上说：“对于时局的变化、发展，我的心情是困惑，难过，常常是事前茫然，事来震惊，事后百思不得其解……我一直是这样的心情，不希望这种事发生，看到这种事，心里很难过……搞了多年的革命、受到党和人民的信仰、已经进入党的领导核心的人，还出这样的大问题，如何理解？不能不纳闷，想不通。说他们是混进来的反革命，还是变质成为反党反社会主义分子，都不大好自圆其说。”
参加政协学习会的人虽然大都对文革不理解，但谁也不敢公开讲，而梁漱溟竟然公开为那些“反党反社会主义分子洗脱罪名”，自然招到不少人的攻击。但命运又一次偏袒了梁漱溟，在对他的批判未形成高潮之时，文革的烈火就烧到了政协机关中，政协的大门被红卫兵查封，对梁“反动言论”的批判也不了了之。
政协学习组既然已停办，梁漱溟就又回到家中继续他的研究。但激进的群众运动已容不下一张安静的书桌。8月24日，梁漱溟正伏案疾书《儒佛异同论》，忽听一阵急促的敲门声。门开之后，一群红卫兵蜂拥而入，领头的一位气势汹汹，劈头就是一句：“我们要造你的反！”面对这群稚气未退的孩子，梁漱溟无可奈何，只好说：“既然是造反，那就各自为之吧，翻抄什么都可以。”
小将们翻箱倒柜，很快将梁家三代的藏书、明清字画、各代名家手札统统搬了出来。除了留下几本马列毛的著作外，一律撕的撕、烧的烧，砸的砸。当红卫兵抱出两大本《辞海》、《辞源》时，梁漱溟急忙说：“这两部书是谁都用得着的工具书，而且是一位外地的学生借给我的，如烧了我就无法物归原主了。”但却无济于事，梁只能眼睁睁看着伴随自己多年的书籍被付之一炬，心疼不已，“造我的反，造我祖宗三代的反，我都忍受下来了，为什么连这两部普通的工具书都不放过？”而梁夫人因气不过说了一句：“你们这样做是犯法的”，立即遭至罚跪和毒打。梁漱溟知道任何辩解都是徒劳，只有表面平静地承受这一切。
破完了“四旧”，红卫兵发现梁宅院落宽敞，正房装有电话，便宣布将司令部就设在正房，命令梁漱溟夫妇立即搬到南面小屋中，每日打扫院内卫生、清洗厕所，只许老老实实，不许乱说乱动。他们还企图扣发梁的工资，后因周恩来总理干预，未果。他们还时常将梁漱溟拉出去游街批斗，梁由此遭受到前所未有的侮辱。
9月21日，梁漱溟第一次游斗归来，拖着疲惫的身躯走进小南屋，不禁感慨万千，家被抄了，所有的字画、书籍都被烧了，特别是那篇已写了一万多字的《儒佛异同论》也化为了灰烬，值得庆幸的是人还在。他自信“墨写的字可以烧掉，但人的思想却烧不掉”。他决定从现在开始，动手整理自己一生中积累的学问，保住这份无法烧掉的思想。
从此，梁漱溟白天打扫院落、厕所、构思文章，夜晚就躲进小南屋，在没有一本参考书的情况下，仅凭记忆写作《儒佛异同论》。在他那瘦小清癯的身躯里，仿佛蕴藏着无穷的精力。他以每天一千多字的速度，一个月便完成了4万余字的《儒佛异同论》。之后，又马不停蹄地写作《东方学术概观》，而当时，他已是位73岁高龄的老人了。
