且说天京被湘军所围，洪秀全召李秀成回兵救京，李秀成立即搬来松江之兵，回到苏州。在苏州与众商议，准备在两年里把苏州的粮食、枪炮全部解回天京，准备持久战，同时避免与湘军正面作战，以避其锐气，等湘军包围天京不耐烦的时候，再进行冲击突围。众将表示同意，就要实施这一计划时，洪秀全又派使奉诏急催李秀成回军。秀全之诏大意如此：“三次下诏要你回救天京，为什么还不启程呢？你到底想干什么，如果你不按诏行事，天国之法难以容忍。”天王之诏如此严厉，李秀成不能再在苏州呆下去了，原来所商议的计划也落空了。李秀成当即点兵将，派部分军队先行，自己又将苏州的事务交与部将管理，为了表示对洪秀全的忠诚，将在苏州的母亲及家眷送到天京作抵押。
李秀成将苏州事务交待好之后，统军于9月14日，从苏州出发，经过溧阳、溧水，到达天京城南，另一路向秣陵关雨花台进军，由板桥进攻天京西南清军营垒。从10月13日起，对西南曾国荃的守军，发动猛烈的进攻。城内太平军也乘机出击。太平军勇猛进攻，前仆后继，在混战中，曾国荃的面额被太平军的流弹所击伤，湘军伤亡惨重。10月23日，李世贤也带领浙江的三四万太平军赶到，参加战斗。经过几次猛烈的攻击，由于湘军凭营垒和沟壕死守，太平军没占到半点便宜，非但没攻下敌人的营盘，而且付出相当惨重的代价。进攻的锐气大减，不再如前那样强烈，这给曾国荃以喘息之机，急忙从外调入援兵。11月3日，太平军用炮轰开雨花台敌营垒的两个大缺口，太平军将士乘机发起总攻，个个踊跃争先，但敌营内有好几道壕沟，刚冲开缺口，就立刻遭到营内湘军的射击和强烈的抵抗。最后，李秀成未能攻下敌营。到11月26日，李秀成、李世贤见攻营没多大希望，就分别撤军，另作打算。
这次围攻曾国荃湘军，战争相当激烈，把守军打得焦头烂额，在曾国荃本人的脸上也可见一斑。直把曾国荃军搞得寸步难行，孤军无援。就是曾国藩，对此战也是“心已用烂，胆已惊碎，实在没有什么比这更可怕的”。但太平军由于没攻下曾国荃的营垒，并没解天京之围，在战略上实际是失败了。这次围攻，太平军在兵力和武器上都占据绝对的优势，但最后却失败了，原因在哪里呢？李秀成对这次失败，客观上认为是由于9月14日出兵，已是秋季，行军时并没有带冬衣出来，遇上10月、11月份，天气寒冷；同时，粮食运输困难，供应不上，使士兵受饥饿威胁，影响战斗力。不过，还有一些主观上的原因不能忽略，由于洪秀全紧急下诏召李秀成回京，当时许多将士，包括李秀成本人，都很不愿意，而且将士连日来奔波在各战场上，没得到休息，引起军心涣散，削弱了战斗力，不能形成统一的默契配合作战。
李秀成撤兵之后，天王对他的失败当着众臣的面，加以指责，并革了他的爵位，命他统兵渡过长江，向安徽北部进攻。李秀成此次同样怀着无奈的心情，调集数万兵马，冒着风雪严寒，渡江北上。派林绍章、洪春元、郜永宽等部将于12月8日从天京北岸九州出发，分路围攻清将李世忠的军营；一边率军日夜兼程，乘清军增援不及，攻下浦口、江浦，打开向北进军的通道。再向和州进攻，于12月21日占领和州，继续北进。李秀成并没有当即随先头部队进军，由于他时时挂念苏、浙一带的太平军战事，径自回到苏州，处理苏杭的军政要务。等他陆续调集陈坤书和黄崇发、吴如孝两军分别于2月27日、3月16日率军渡江北上后，才率领各将士随后出发，从含山、和州经过，3月31日到达巢县，打算进攻安徽北部，以解天京之围。从巢县出发，进军到江浦县。江浦县守军是原太平军部将李昭寿（此时已投降清军改名为李世忠）率兵把守。太平军一边围城，一边对江浦县进行激烈的攻击，李世忠战败，太平军当即攻下江浦。
4月9日，李秀成在石涧埠碰上曾国藩的驻军。曾国藩的湘军一个劲地固守营盘，严守不出战，欲以逸待劳，拖垮太平军。老谋深算的曾国藩此计果真有效。太平军连续攻击几天也没攻下。此时，由于连日来降大雨，军中疾疫流行。很多太平军将士受到传染，一病不起。眼看与曾军战又不成，攻又不下，身后清援军就要逼近太平军后路，李秀成经过分析，认为这不是长久之计，如果受腹背夹击，那太平军的形势将十分不利，便当机立断，从江浦撤军，率兵向庐江、无为州进攻。乘敌人闻声惊惧之际，迅速截断无为州的清军的后路。无为州守将李连捷接到指示，死守无为州。虽然李秀成对其进行猛烈攻击，杀死、杀伤大量清军，但仍未能迅速地拿下城池。曾国藩又调来援军向无为州增援。李秀成只好中途而废，放弃无为州，将矛头指向庐江。5月6日，开始对庐江发动进攻，没过几天，又有清将鲍超率兵前来增援。李秀成又被迫改变进攻对象，突击舒城，打败城中守军，于5月10日率军到达六安。
李秀成原打算与扶王陈得才在此会军，但当李秀成军到达六安时，才知道陈得才已率军进入陕西，李秀成的联合作战计划已成泡影。此时，六安正值是水稻未成熟的青黄不接时期，同时李秀成所带军粮已所剩无几，当地居民家也很贫穷困苦，度日艰难。因此，军队的供粮就成了问题。
面对这种种困难，李秀成无法迅速解决，天京也在等候救援。他只好从六安回军。5月19日，开始撤军，途中经过寿州。寿州周围三百里，一片荒凉，主要原因是清将苗沛霖在此骚扰多年，烧杀抢掠，强征谷粮，胡作非为，农民纷纷逃走，使该地人烟稀疏，原来肥沃的土地尽是荒草或不毛之地。太平军撤到此地时，粮草将无，军士一路上以食草根充饥，沿途饿死了很多士兵。冒着生命危险，太平军终于过了这是非之地，到达天长。
正在此时，清将曾国荃率军攻破太平军镇守的要隘雨花台；在巢县镇守的洪元春也被湘军鲍超部打败，被迫退出巢县；而在1863年5月，英国著名的“吸血”舰队已经开到上海，很快就要到达天京江面。天京局势由于种种军事失利，立刻变得十分严峻起来。洪秀全急忙派人火速召忠王李秀成率军返回天京解救。
忠王接到命令后，当即收割沿途尚未成熟的稻谷，征集一切可以食用的东西，虽然军中钱饷十分充足，却无法购得粮食。然后，就踏上了极其艰难的行军路途。军中一点点粮食，实际上还不够一半的行军路程所用，再加上一路上清军的堵击，事实上是远远不够的。在行程中，太平军只好忍饥挨饿，日夜兼程南进天京。经过二十多天的艰难行军，到达离天京仅有二百多里的长江北岸附近。但这最后的一段路程，更难前进。由于连日降下大暴雨，雨水淹没了长江以北许多洼地，成为一片泽国。太平军每通过这些不毛之地与沼泽，到达一处干燥的地方，就必须要击败驻守在那里的清军才能通过。这些清军粮食充足，军备齐全，又有众多的船只，占有有利的地势，他们像蜜蜂一样，成千上万地涌向太平军，死死地咬着不放，在路途中，饥饿劳累得奄奄一息的李秀成撤军，每到一处旱地，都要付出一批批太平军的尸体，这样惨重的代价一次又一次重复着……
越靠近长江北岸边，太平军所遭受到的苦难更多。长江旁的一条条小河也成了太平军战士的葬身之地。他们为了过河，不能乘船渡过，而要游过去，这就是把自己完全暴露在清军军舰的炮弹攻击之下，残遭轰击……还有什么不幸比这些悲惨的爱国志士所处的境地更加可怕的呢？
由于饥饿，在近一个月内，太平军战士完全靠吃地上的青草和绿色的竹笋，甚至吃尸体充饥，暂时维持生命。在撤军的途中，太平军的前锋和两翼，不断地遭受凶恶的清军的袭击，成百上千精疲力尽的太平军将士遭到清军残酷的屠杀、任意的宰割。在太平军到达长江北岸时，已有几千太平军死在清军的袭击之下。几千人陷没在沼泽中而不能自拔，淹没在水中而不能动弹！什么人应对这一切生命的损失负责呢？是洪秀全的战略决策失误？是李秀成的无能？不，都不是！这是英、法侵略军的军事干涉，是英美侵略者把一批批杀害太平军战士的战略物资运送给清军所造成的，外国侵略者应对此负责任。李秀成在以后写的《自述》中也说，如果没有美国的干涉，清政府早已惨败而灭亡了。
渡江又是一个难题。清军炮舰几乎全部控制了天京附近的江面，太平军则只控制江北炮台和九华洲炮台，及该两炮台所控制的长江江面。而且，江面上的清军战舰不断地轰击这仅有的两个炮台，给长江北岸制造了很多危机。
当忠王军赶到江边，密集在江岸边，排列成长约五六里的纵队时，清军炮舰和炮队对太平军横加轰击，太平军仍以令人难以置信的坚韧不拔的精神屹立在自己的阵地上，给敌人以同样顽强的抵抗。
最悲惨的是在太平军过江时，出现的一幕幕惨剧。许多身体过于衰弱，完全不能动弹的士兵，眼看就要到达目的地，他们为回到这里，曾经付出了多少艰辛与血汗，忍受了多少痛苦，可现在却不得不留下来等死，即使有小部分士兵被救过江去，那只是少得可怜的几个；敌人无情的炮火向着这些拥挤在江边无援的人群轰击，炸死一排又一排人，一切都只能逆来顺受；渡江时，小船在江中眼睁睁地看着被洪水冲走，却无可奈何；对清军的进攻，残弱士兵尽管作着最后的殊死的拼搏，仍无济于事……忠王李秀成将自己的残存部队绝大部分安全地渡过江之后，才随军一同坐大木船，渡进天京城内。
这样悲惨的局面整整持续了二十天。一切可以得到援救的兵士全都渡过了扬子江，回到天京城内，他们重新投入友好、热烈的气氛之中。对岸，只留下九华洲炮台的守军和无数饿死或被敌人杀害的尸体。最后，似乎所有人都沉睡在死亡的寂静之中时，只有几个可怜的人爬到江边投入滚滚的急流里面，去结束自己的痛苦。在随后的日子里，那些死亡的太平军的尸体变成了一片寒光闪闪的白骨，似乎仍在诉说他们悲惨的遭遇和他们的功绩！
这支久经沙场的部队，在太平天国革命运动中，得到磨练，成为太平军的精华。刚开始撤退时，尚有可作战的士兵五万多人，此外，军中还有众多俘虏和其他随从人员。当这支曾有十几万人马浩浩荡荡的队伍回到天京城里时，只剩下一万五千人。这支几乎从来没打过败仗的军队，在这次回返南京的大撤退中，遭到重创。将士的自信和士气开始动摇。李秀成也深深感到，这次退军前后共损失数万太平军精兵，太平天国已岌岌可危了！
