笛卡儿去世后，由于他是天主教徒，在信仰新教的瑞典，他被埋葬在为未受过洗礼的人而准备的公墓里。
笛卡儿一生没担任过任何公职，没参加过大的活动，也不太喜欢社交。他的著作全集不过12卷。对于一位伟大的作家来说，似乎显得少了一点。但是，不能完全根据著作的数量来评价这位思想家。
笛卡儿把大量的时间花在旅行、沉思和科学研究上。他的每一部著作的质量在当时都是第一流的。
笛卡儿酷爱数学。他钻到数学内层，又登高环顾，发现了将算术、几何、代数囊括在内的更为普遍的数学哲理。他认为科学的本质是数学，因此他说：“所有那些目的在于研究顺序和度量的科学，都和数学有关。关于所求的度量是关于数的呢，形的呢，星体的呢，声的呢，还是其他的东西呢，都是无关紧要的。因此，应该有一门普遍的科学，去解释所有我们能够知道的顺序和度量，而不考虑它们在个别科学中的应用。事实上，通过长期的使用，这门科学已经有了自身的专名，这就是数学。它之所以在灵活性和重要性上远远超过那些依赖于它的科学，是因为它完全包括了这些科学的研究对象和许许多多的别的东西。”笛卡儿认为自然界定律是预先规定的数学图景的一部分，具有不变性，就是上帝也无可奈何。所以笛卡儿虽然是个虔诚的天主教徒，但他否定了当时的信条：上帝至高无上，无所不能，不断地干预着宇宙的活动。
笛卡儿发展了数学方法原理并把它作为普遍的思想法则写进了他的《方法论》中去。最后归纳出的结论是：上帝是存在的，上帝是按照数学规律建立自然界的。
笛卡儿强调感性是人类认识的可靠依据，否认经验的实在性，提出“我思故我在”的哲学格言。他的哲学是以相互矛盾的唯心主义（机械）和唯物主义为基础的二元论。他以包含着唯物主义思想的自然科学著作反对封建主义神学经院哲学，在发扬法国民族的唯物主义传统，反对非理性主义、神秘主义、蒙昧主义的斗争中发挥了进步作用。
笛卡儿在钻研数学和哲学的同时，长年广泛地思考多种自然科学，如力学、光学、生物学、气象学、天文学，乃至音乐。他的思想产生于宗教改革运动之后，是当时正酝酿着的一场科学革命的一部分。
这场科学革命不仅推翻了中世纪科学的权威，而且也推翻了古代世界的科学权威。因而它比基督教兴起以来每一件事物都更加灿烂夺目，从而使文艺复兴运动和宗教改革运动变成不过是中世纪基督教世界体系内的插曲和内部变位。笛卡儿对这场科学革命作出了特殊的贡献。
在物理学上，笛卡儿重新提出了广延和运动是组成世界的基本量的说法。他和伽利略一样，倾向于把物质和容积等同起来，就是说和三维的广延性等同起来。他改进了伽利略的说法，认为自然运动是采取在一条直线上的而不是伽利略所设想的一个圆圈上的匀速的运动形式。这样，笛卡儿就成为第一个提出近代惯性原理的人。
笛卡儿的自然科学体系是机械主义的。在他的体系中，所有的物质的东西都是为同一机械规律支配的机器，动物、植物和无机物如此，人体也是如此。这样，他就排除了亚里士多德的那种以为自然界总是按照一定的等级制度构成的传统观念，把自然规律和机械原理看成一回事。这种机械的科学思想对以后几个世纪欧洲科学思想和哲学思想的影响也是极大的。
在光学上，笛卡儿也有所建树。他总结了前人的经验，第一个提出折射率的定律，即认为，光的入射角的正弦总是相互保持同一比例。他是光的微粒说的积极倡导者。虽然从近代物理学，尤其是量子力学的角度看，光的微粒说和它的对立面，即光的波动说都有其片面性。光的运动既是波动，也是粒子传播的。但是，在科学发展上，笛卡儿的光的微粒说曾起过相当大的作用，19世纪之前，一直在光学研究中处支配地位。
在地质学上，笛卡儿把地球起源问题作为宇宙论或者说世界起源问题的一部分来研究，成为近代地球成因学中最有意义的理论。
总之，笛卡儿在哲学、数学、物理学、光学、地质学、心理学等研究方面的成就，都载入了16、17世纪世界科学技术史和哲学史。
此外，笛卡儿还强调科学的应用，指出科学的目的在于“造福人群”，使人类成为自然界的“主人和统治者”。
笛卡儿对教会势力的斗争讲求策略。为了躲避教会势力的迫害，尽量不与教会发生正面的冲突。但是，终因其学说与教义矛盾而屡遭教会的迫害，引起荷兰僧侣们的极度愤怒，1647年他的著作遭到荷兰教会的烧毁。他辞世时，由于教会的干预，给他送葬的只是几个友人，且不准为他致悼词。
后来，笛卡儿的著作被教会视为洪水猛兽。
1663年被梵蒂冈教会列入“禁书目录”。
但是，由于笛卡儿的哲学与数学思想影响日益深远，在他长眠17年后，法国政府不得不将他的骨灰请回国内，安葬在潘提翁的法国伟人墓地——神圣巴黎保卫者和名人公墓。
1799年骨灰又被厝置在历史博物馆，1819年移入圣日耳曼圣心堂中，墓碑上镌刻着：
笛卡儿，欧洲文艺复兴以来第一个为人类争取并保证理性权利的人。
