在中国整个封建社会中，清朝封建专制空前加强，思想钳制空前强化，这主要表现在以下几个方面。
统治者倡导以理学治国，对于与理学相悖的“异端邪说”，尤其是对疑有反清意识的只言片语，动辄罗织文网，迭兴文字狱。顺治朝就有文字狱。康熙、雍正、乾隆三朝，见于记载的文字狱有80余起，而仅乾隆帝在位之时，竟兴起70余次文字狱。文字狱固然有利于加强思想统治，但也严重地窒息了文化和学术，使思想界、学术界噤若寒蝉，循规蹈矩，丧失了生机活力。
文字狱使得大量的读书人不敢过问时事与实学，转而埋头于故纸堆，进行繁琐地考证，乾嘉之际，形成了一个以考据为主的学派，称“汉学”或“朴学”。汉学的成就已于前述，但其弊也不少，尤其是汉学的末流。其一弊在于崇古、泥古，崇信汉儒，声言凡西汉以下之书皆不读，愈古愈好，以古作为衡量一切的尺度。其二弊在门户之见与家法之争，今古文经学门户之见日炽，经生惟“师法”或“家法”是宗，述而不作，不敢越雷池一步，因循保守，学风日趋僵化。三弊在繁琐空疏，不少读书人皓首穷经，毕生致力于片言之语的琐屑考据之中，虽也有成果，然大多流于空疏无用。结果导致儒学于清代读书人而言，既不能经世，又难以致用，蜕变成复诵的教条，思想的桎梏。
清朝延袭明制，实行八股取士。明自洪武三年（1370）开始设科取士，考试以八股文为主，内容以“四书”为据，代圣贤立言。考生不得自出新意，只要“依经按传”，依葫芦画瓢，博得考官的青睐即可高中。这种考试制度为清朝沿袭，一直延续到清朝末年。八股取士的科举制度，严重地束缚士人的思想，驱使士人把全部精力用于背诵“四书五经”、写八股、揣摩试题、背诵时文选本、模仿中试范文上面，而无暇博览群书，更不务追求新知了。科举内容毫不涉及自然科学与技术的学问，严重地阻断了广大士人对自然科学与技术的学习，更谈不上创新与发明了。明清两代没有像欧洲那样发生产业革命，一个极为重要的原因便是科举制排斥了自然科学。
为夸示文治、兼行书禁，清统治者大力搜求藏书，编辑整理古籍。乾隆时编成《四库全书》，对于保存古籍和传播文化具有重大意义。但其弊端仍存：有的古籍未尽收入。有的古籍内容根据统治阶级的需要被删改，文字被篡改。有的字故意写错而等乾隆帝御览时指摘以显示其高明，但拍马之举往往弄巧成拙，结果乾隆帝未改而错字散布于书中。而最糟糕的是乾隆帝下令查禁、销毁了大量有损于其统治教化的书籍。毁掉的书籍有3000余种，六七万卷以上，几乎与《四库全书》收书的总数相等，使文化典籍遭受了空前的浩劫。
