2001年，福建省东山岛郑成功古战船遗址被发现以来，国家水下考古研究中心等组成的考古队多次到现场进行调查探测，做了大量的前期工作。经国家有关部门批准，2003年11月16日郑成功沉船遗址投入第一期正式发掘，对沉船遗址的范围大小、文物保存状况等做具体勘测，布好探方等，然后进行钢架围堰300多米。
2004年6月20日，福建省东山岛郑成功古战船遗址进入了第二期的发掘，将有20多名考古专家和大批国家潜水队队员投入发掘工作。这个已在海底沉睡300年的郑成功古战船有望于今年内浮出海面，重见天日。
在古战船发掘现场，退潮时已可以看见两门古大炮裸露在海滩上，中国历史博物馆水下考古研究中心考古队的队员正在紧张有序地工作中，有的忙着搭筑钢架堵住围堰缺口，有的忙于搬移沉船遗址周围沉积多年的破烂渔船、石块等障碍物。
据考古队员刘春健介绍，20多名考古专家和国家大批潜水队队员将赶来参加发掘。这次两艘古战船发掘工作时间较长，预计年底圆满结束。郑成功战船当年因何会沉没海底？战船上尚有多少兵器或是宝藏？随着挖掘工作的进行，这些秘密不久将一一被揭晓。
东山岛是民族英雄郑成功的主要军事基地之一，现在还留有大量郑军遗迹，但过去从来没有发现过他的战船遗址。专家证实，冬古湾郑成功古战船沉船遗址埋藏丰富文物，并有大面积船板存在，估计船体相当部分保存较好。发现如此完整的郑成功战船，在中国考古史上尚不多见。现发现的两艘郑成功战船遗骸和武器等文物，对于研究当年郑成功如何收复台湾，在东山造船、练兵等活动的史实，具有十分重要的价值。
在已经结束的一期挖掘中，出土了部分文物，包括铁炮、铜铳、炮弹、弹丸、火药、手雷、陶瓷器、船用带缆桩、船板残段等。其中打捞上来的4门铜铳上均铸有国姓爷的国字，出土的永历通宝铜钱则为明室南渡后东南沿海的流通货币，极具价值。前期勘探过程中还发现了南宋时期的瓷器。估计二期工程将有大量文物出水。据了解，国家博物馆已决定在东山岛建设郑成功古战船等水下文物保护基地，现已征地100亩，正在进行规划、设计、资金筹措等前期准备工作。
