1999年俄罗斯总检察长斯库拉托夫宣布对纽约银行洗钱案一事组织调查，并怀疑俄罗斯总统叶利钦家族成员涉嫌此案。对该案的调查一时成为社会关注的焦点，这引起了俄罗斯上层领导人和社会精英们的极度恐慌与不满。正当此案调查期间，俄罗斯舆论界揭露出斯库拉托夫私生活不检点的事实并予以大肆渲染。叶利钦趁机以此为由宣布解除斯库拉托夫的总检察长职务，但联邦委员会却站在总检察长一边，否决了总统的命令，双方僵持不下。在这起政治冲突中，司法机关也参与其间，它指责检察机关干预了属于法院的司法诉讼程序，要求对检察机关的职权范围进行限制。普京当选总统后，联邦委员会对解除斯库拉托夫职务的态度有所松动。斯库拉托夫终因无力抵抗，最终被迫辞去了总检察长职务。针对纽约银行洗钱案的调查也不了了之。
普京当政后，将改革俄罗斯检察机关视为整个司法制度改革的一部分，目的是要将检察机关完全排除在司法机关之外，把它的职权限制在法律监督的范围内。在普京提交给联邦会议审议的司法制度改革草案中就包含了这方面的内容。
根据该草案，检察院将不再参与对一般经济合同诉讼案和部分其他案件的审理，此类案件完全由法院负责；拘押权和解除当事人职务的权力也由检察机关移交各级法院所属，检察机关不得干预。如果草案获通过，俄罗斯检察机关的地位将大大降低。不言而喻，对检察机关职权的限制不仅仅是为了维护司法公正原则，更重要的还是为了理顺各权力机关的职权范围，改变以往国家权力过于分散、各部门之间职权重叠与职责不分的现象，使之更有利于加强国家权威。这也正是此次司法制度改革带有明显的国家意志和受到上层领导集团积极支持的一个主要原因。
二、俄罗斯司法制度的基本原则
俄罗斯司法制度的基本原则是指规范司法机关进行司法活动的基本准则。除了世界西方国家所普遍遵循的诸如“司法独立”、“法律面前人人平等”等基本的司法原则外，俄罗斯根据自己的司法实践还制定了一系列有本国特点的司法审判原则，以规范司法活动的全过程。所有这些原则共同构成了俄罗斯司法制度的基础。根据俄罗斯现行宪法和俄罗斯司法体系法，俄罗斯司法制度的基本原则主要有：
（1）司法独立原则
俄罗斯司法独立是指在俄罗斯境内司法审判权只能由法院行使，其他国家机关不得干预法院的活动。法院在审理案件时判定国家机关或其他机关的活动不符合法律时，可根据法律作出判决。法官独立并只服从俄罗斯宪法和联邦法律，任何机关和公职人员无权干预法官和陪审员的审判活动，法官也没有向任何人汇报自己审判活动的义务。
（2）司法公开原则
根据俄罗斯宪法，除法律规定的情况外，所有法院对案件的审理都要公开举行，允许诉讼双方和其他公民进入法庭旁听。在对刑事案件进行审理时，不得对被告人实行缺席审理。
（3）司法平等原则
俄罗斯司法制度中的司法平等原则是指俄罗斯宪法规定的个人及社会团体在法律和法庭面前一律平等原则。在具体的司法程序中，双方当事人在进行法庭调查和法庭辩论时享有平等权利。被告人有权拥有辩护人，有权就对他的起诉作出解释，抗辩或提出申诉，等等。
（4）陪审团参加庭审原则
根据俄罗斯宪法第123条第2款的规定，在联邦法律规定的情况下，由陪审团参加诉讼程序。目前俄罗斯的陪审团只参加联邦最高法院和联邦主体法院对个别重大犯罪案件的审理，如叛国罪、恐怖活动罪、破坏活动罪等。
（5）无罪推定原则
根据俄罗斯宪法，无罪推定原则主要是指：其一，在缺乏法律认可的证据或法院判决正式生效之前任何人不得被认为有罪；其二，被告人没有证明自己无罪的义务；其三，如果无法排除对某人罪过的怀疑，则对这一怀疑的解释应有利于被告人。
（第三节）国家权力体系中的司法机关
俄罗斯现行宪法以西方国家“三权分立与相互制衡”的民主政治理论为基础，将国家政权划分为立法权、执行权与司法权，规定它们独立地行使各自的职权。然而，宪法赋予三权的独立职权并不均衡，作为国家元首和执行权力机关首脑的俄罗斯总统在三权中更是起着极其特殊的作用。概括起来，俄罗斯的司法权主要包括：以法律为依据、依据诉讼程序解决社会中的各种冲突，审理各种宪法诉讼案，并在这一过程中保护公民权利不受侵犯。但是，司法机关在行使职权时要受到立法机关和执行机关的制约与影响。
一、司法机关与立法机关之间的关系
首先，俄罗斯立法机关——议会两院通过的与国家司法制度有关的所有联邦法律和规范性法规是司法机关进行司法活动的法律基础，这类法律主要有：俄罗斯司法体系法、诉讼程序法等等。立法机关还可以通过对这类法律的修改和补充影响或调整司法权力机关的活动。目前俄罗斯正在进行的大规模司法制度改革，其成败的关键也主要取决于有关法律能否在议会两院获得通过。
其次，根据宪法，经俄罗斯总统提名，俄罗斯议会上院——联邦委员会有权任命联邦最高法院、联邦宪法法院和联邦仲裁法院的院长、副院长和所有法官。俄罗斯总统在任命联邦主体法院和区法院法官时也须征得该联邦主体立法机关的同意。但是，根据司法独立原则，国家的立法机关只拥有对以上法官的任命权或认可权，以上法官上任后并不需要对它负责，各级立法机关也无权对各级法院作出的判决及其他司法决定的合法性提出任何疑义。相反，联邦宪法法院负责对各级立法机关通过的法律的合宪性进行监督，并按照规定程序对有关此类问题的质询进行审议。
再次，俄罗斯宪法规定，维持法院正常活动的主要经费来源只能是联邦预算，而属于法院系统的联邦预算则必须经议会下院——国家杜马批准、议会上院——联邦委员会审议通过后才能划拨给各级法院。近年来，俄罗斯国内普遍认为，法院系统办案能力不强的一个主要原因就是从联邦预算获得的维持正常司法活动的经费严重不足。有些法院因经费短缺而不得不放弃陪审团制度。尽管后来俄罗斯议会通过了一部有关向各级法院提供财政保障的法律，但由于当前俄罗斯国家经济发展状况等问题，该法实际上很难执行。
二、司法机关与执行机关之间的关系
苏联后期，在俄罗斯国家权力体系中，司法权获得真正独立的一个显著标志是实现了司法权与执行权在组织上的分离。
勃列日涅夫当政时期，法院系统的直接上级领导单位就是苏联司法部，各级法院要向它汇报工作并接受它的审查和监督。从80年代起，司法部的这一职能逐渐被削弱，它与法院系统的联系仅仅表现在为法院活动提供必要的外部保障方面，如向法院拨款，负责制作司法统计报表，为法院提供设备、技术及物质方面的保障等。
苏联解体后，俄罗斯按照三权分立的原则对国家的司法制度进行了深入的改革。根据1993年俄罗斯宪法，法院成为行使司法权的惟一机关，即“司法机关”，而其他参与司法活动的国家机构，包括俄罗斯司法部、内务部、联邦安全局、联邦保卫局、联邦边防局、对外情报局、国家海关委员会、联邦税务警察局，以及律师等统称为“护法机关”。俄罗斯的司法机关与护法机关分属相互独立的两个国家权力体系——司法权力体系与执行权力体系，并拥有不同的职权范围与活动方式。
司法机关按照规定的诉讼程序独立地进行司法审判与司法监督活动，护法机关则在其管辖范围内负责保障国家与公民的安全。
虽然，俄罗斯司法机关与执行机关在组织与权限上各自独立，但两者在很多方面仍存在着相互制约的关系。一方面，部分司法机关的组成属于执行机关的职权范围。根据俄罗斯现行宪法，作为国家元首和国家执行权力机关首脑，俄罗斯总统根据俄罗斯最高法院院长的提名，在征得联邦主体代表机关同意及由法官鉴定委员会出具的结论意见书的基础上有权任命联邦主体法院法官和军事法院的法官。在履行自己职责时，司法机关在很多方面需要执行机关予以协助，如在案件审理时，隶属司法部的司法警察负责维持法庭的正常秩序、押送羁押人员到庭受审并对法院的判决实施执行。另外，司法机关每年向社会公布的司法统计材料也都由俄罗斯司法部负责组织收集和整理。另一方面，司法机关对执行机关享有法律监督权。俄罗斯司法机关对执行机关的法律监督主要分为三种类型。其一，俄罗斯宪法法院对由俄罗斯政府及联邦主体执行机关制定的规范性法律法规的合宪性、联邦执行机关与联邦主体执行机关之间，以及联邦主体执行机关之间签订的行政协议或条约的合宪性等问题进行监督；其二，按照联邦法律规定的原则和程序，普通法院对执行机关及其负责人针对公民、社会联合会及其他社会组织所作的决定与所采取的措施的合法性进行监督；其三，仲裁法院对执行机关制定的有关企业活动中公民与组织合法权益方面的法规的合法性进行法律监督。当然，在行使法律监督职能的同时，司法机关在审议各类诉讼案件时也应该负责保护执行机关及其领导人的合法权益。
在三权分立、权力制衡原则基础上，俄罗斯根据政治发展的需要从宪法和法律角度逐步明确了立法权、执行权、司法权三者之间的关系。然而，叶利钦时期的政治实践表明，俄罗斯的司法独立具有很大的局限性。从三权分立的角度来看，俄罗斯的司法独立仅仅具有宪法意义，更多的是停留在字面上。司法权对于特别是行政权力不具备应有的制约力，这特别表现在政治斗争实践中。在1992～1993年俄罗斯两大权力机关激烈对抗的过程中，作为司法权拥有者的俄罗斯宪法法院实际上对执行权力、对总统并无多大约束力。为了政治斗争的需要，总统可以利用各种借口对宪法法院施加压力，不服从宪法法院的裁决，最后甚至可以要求，实际上是逼迫宪法法院自行解散。
1993年宪法通过、生效后，司法权在很大程度上仍然受制于执行权、受制于总统。
叶利钦时期另一个十分突出的问题是，司法权、国家法律对相当一部分高官，特别是总统及其周围的人、“家族”势力实际上没有监督作用，更谈不上行使审判权了。一些人、一些商界头面人物只要攀上了总统，攀上了“家族”势力，就等于享有了“法律豁免权”。这正是导致当时俄罗斯社会高层腐败、寡头横行，进而社会普遍腐败，却得不到法律追究的重要原因之一。在1996年总统选举前，寡头们为了自身利益联合起来，给予叶利钦以大力支持，而在叶利钦连任总统后他们获取了丰厚的政治回报：叶利钦于8月14日任命名列俄罗斯富豪排名榜第四位的私人银行家波塔宁为俄罗斯政府第一副总理，开创了私人资本入阁参政之先河。随后，叶利钦又于同年10月26日任命私有化进程中的暴发户、俄罗斯十大企业家之一、在俄罗斯民众中颇有争议的“大牌”人物别列佐夫斯基为俄罗斯国家安全会议副秘书。显然，这些“暴发户”在经营活动中的各种违法活动不仅不可能受到法律的追究和制裁，反而变得“合法”了，同时这也为他们以后公开地巧取豪夺创造了条件。为数不多的试图追究官员腐败、“家族”涉嫌经济犯罪刑事责任的努力，也被总统及政治精英们以种种借口和手段压制下来，不了了之。
