第一部小说的故事可能把脚伸到第二部小说里面，第四部小说说不定一开始就议论第三部小说的结局如何悲惨。至于陆高、姚亮之流的人物则可以乘坐一辆破卡车走访多部小说”。这指的是马原自己作品间的互文性。而马原小说的互文性还不仅如此，它还存在于文本自身与文本虚构出的文本之间，也存在于马原自己的小说与他人的小说之间。《旧死》提到了雨果的《九三年》，《涂满古怪图案的墙壁》则提到博尔赫斯的《沙之书》。这就出现了克里斯蒂瓦所说的那种现象：“任何作品的本文都是像许多引文的镶嵌品那样构成的，任何本文都是其他本文的吸收和转化。”文本成为一个敞开性的东西，它不再是独立自足和完全独创的。
在这里，作者的概念因此发生了微妙的变化，也即罗兰·巴特在《作者的死亡》中所提出来的，作者根本不先于文本而存在，而是与文本同时产生的，由于语言的社会化和程式化的作用，特别是文学的互文性广泛存在，文本一旦写成，就完全脱离开了作者。马原在运用互文手法的同时，应当说直觉地把握到了罗兰·巴特所说的“作者的死亡”的现象。他不仅在《涂满古怪图案的墙壁》中虚构了姚亮（马原）的死亡，而且在《上下都很平坦》中插入了“那部小说的作者也叫马原，不知道那个马原是否还活着”“我不知道那个也叫马原的写这部小说时对我们那里的实际情况知道多少”一类的句子。写作《中间地带》的作者已经故去，创作《涂满古怪图案的墙壁》的作者马原在创作的同时得以诞生。作品一经产生，作者便已死去。
这也就可以解释马原小说所唤起的隐含作者形象的那种矛盾性：一方面在夸耀作者的权威，一方面又在摧毁独创性的幻想。马原小说中不时出现的戏谑色彩也由此而生。其小说中的“马原”同真实的作者马原之间，也常常构成类似于博尔赫斯之《博尔赫斯和我》《两个博尔赫斯的故事》中“博尔赫斯”与“我”的那种关系。
马原小说中真实作者、隐含作者、叙述者、人物身份的有意混淆，互文手法的频繁使用，在很大程度上造成其小说叙事的迷宫感，但马原小说迷宫感的来源，还源于作者在叙述的过程中有意识在扭曲了时间的线性特征，斩断了故事的因果逻辑联系，对神秘感和不确定性进行了有意的强调。
现代小说的重要特征之一，是加大了故事时间与叙事时间的分化与差异，即在将故事时间兑换为叙事时间的过程中，改变了故事时间的线性特征。人类的时间意识，是折磨着自古至今以来无数哲人和文学家的最大的恼人问题之一。特别是一旦时间进入记忆和幻想的领域，时间的线性特征和过去、现在、将来间的划分便露出了可疑的、虚幻的痕迹。“我”的玛曲村之行用时间来度量看上去是那么的精确，但一俟走出玛曲村，精确的时间立即变得不堪一击。《虚构》对时间的描绘显然不同于“洞中方七日，世上已千年”一类的时间感，它不是要用时间来突出两个世界的差异，而是要通过时间的扭曲来直接质疑人类的时间概念：一旦进入到幻想和想像的领地，人类的时间概念便变得土崩瓦解。马原经常性地利用倒叙和预叙等时间倒错手法来表现时间的分裂、重复、错位，时间在他的笔下经常呈现为一种混沌和弥散状态。
《拉萨生活的三种时间》是他蓄意瓦解时间的线性特征的最为极端的作品。作品一开始便写要说说三天里发生的事，但作者却蓄意颠倒昨天、今天、明天的顺序。小说先从明天说起，写转八角街时康巴汉子送我银饰；再折返到昨天，朋友午黄木家天花板上出现恐怖的声响和一堆像羊肋的白骨；再说今天，赠“我”银饰的康巴汉子提出和“我”换猫——但今天的某些事事实上还没有发生，今天其实也就不存在，结尾又回到明天，“我”用枪打死了正在我家天花板上捉老鼠的黑猫贝贝。这一作品将时间弄得乱七八糟，蓄意制造出的声响渲染出一种煞有介事的恐怖，拉萨的地理人文背景更增加了一种神秘的氛围。其中所折射出的时间观念，显然暗合于博尔赫斯所说的：
“什么是现时？现在这个时间一半在过去，一半在未来。现时本身就像几何中的那个有限的点。也就是说，现时本身并不存在……我们看到时间正逐渐地成为过去、成为未来。”“时间问题就是连续不断地失去时间，从不停止……我的现时（或者已是我过去的现时）已经过去。然而，这一过去的时间并非完全过去。”
在博尔赫斯那里，时间既不是共时的，也不是历时的，而更像《曲径分岔的花园》中艾伯特所说的“我”祖先崔朋持有的那种时间观：“不相信单一、绝对的时间，认为存在着无限的时间系列，存在着一张分离、汇合、平行的种种时间织成的、急遽扩张的网。这张各种时间的互相接近、分岔、相交或长期不相干的网，它包含着全部的可能性。”马原显然接受了这样的一种时间观，时间在他的作品里是一座循环往复的迷宫，一座小径分岔的花园，其间充满了各种各样的偶然与重复、片断与碎片、互不相关与非逻辑性织成的网。
马原的不少小说是由片断叠加或交错而成，如《冈底斯的诱惑》《叠纸鹞的三种方法》《四个女人的三个阶段性想法》等都是如此。在其中，读者既找不到各个片断之间的有机联系，也看不到每个片断所述的故事有什么环环相扣的情节。当然，马原也创作了像《错误》那种利用误会来制造戏剧性的作品，但人物的毫无例外的不计后果的行为和过激情绪又抵消了情节所搭建起来的表面逻辑。至于《冈底斯的诱惑》这样的作品，或许是一种观念艺术的成果，互不相关的看天葬的故事、穷布的故事、尼姆顿月的故事被勉强统一在了“诱惑”这个关键词之下。
至于《叠纸鹞的三种方法》，只是叙述了杀人老太婆、独居老太婆、放纸鹞的藏族姑娘的一些事，作者将他们放在一起，或许只是为了传达一种生活感受，因为这都是“我”在陷入想像时突然被小格桑造访所打断后回到日常生活中来时所听到、或回想起的耳闻目睹的一些片断，这就说明了，日常生活中发生的事往往是互不相关、缺乏因果的，只有在传统小说中将它组织成故事时才赋予它以因果联系。马原既借这种生活片断的随意组接来突出人们日常交往的真实感和人的生活感受的同时性与不相关联性，同时似乎也解决了作品中“我”所面临的那种“写一个故事之前，总要为写什么怎么写这类问题伤脑筋”的苦恼——题目“叠纸鹞的三种方法”或许便暗喻了写作的多种方法，爱怎么写便怎么写，全不受人为逻辑的束缚，因为生活本身便不是由僵硬逻辑来建构的。
在题为《方法》的创作谈中，马原曾说自己的方法是不逻辑的：“生活不是逻辑的，但是其间有些很逻辑的断片；存在不是逻辑的，有些局部存在又似乎证实着逻辑学的某些定义。我于是不喜欢逻辑同时不喜欢反逻辑，我的方法就是偶尔逻辑局部逻辑大势不逻辑。”从这个角度看来，人们称马原是一个偏执的方法论者，还不应当只局限于指这个作家将小说的叙事方法放到了首要地位，马原实际上还在固执地依照自己的方法叙述着生活和存在。问题在于，在《错误》这样的作品中，作者过分地专注于局部逻辑以至于造成了大势的不逻辑而使一顶帽子引出的故事成为一个过于耸人听闻的故事，而在《叠纸鹞的三种方法》这样的作品中，从小说的叙事艺术来考虑，由于作家执意要突出大势的不逻辑而使小说的结构显得过分的散漫和随意。
对神秘感和不确定性的有意强调，是马原造成小说叙事迷宫感的常用方法之一。马原影响较大的一些作品，都是以西藏为背景，这块土地本身一出现便常常能唤起读者神秘莫测的印象，它的一些人事物景仿佛就难以用常情常理来衡量。但是，我们也注意到，马原的小说，并不以折射西藏的带有神秘色彩的民情风俗、自然地理环境见长，他也写康巴汉子、天葬风俗之类，但他写得更多的还是一些和他有着相同经历的进藏汉人的故事，作者日常生活中的一些朋友经常以真名实姓的方式出现在其小说中，特别是《拉萨河女神》、“拉萨的小男人”系列小说，都有相当强的实录色彩，虽然，即使是真人真事，一旦进入小说便难以用对号入座的眼光来看待，但毫无疑问，小说所反映出的对西藏风情的熟稔和描绘上，马原甚至还赶不上扎西达娃及后来的阿来。
