南镇抚司设镇抚一人，从五品。自洪武十五年锦衣卫添设北镇抚司后，南镇抚司似已不再问理本卫刑名，其职掌“专理军匠”而已。
２北镇抚司
《大明会典》曰：“洪武十五年，设镇抚司。……其北镇抚司，本添设，专理诏狱。”《明史·刑法志》亦曰：“洪武十五年添设北司，而以军匠诸职掌属之南镇抚司，于是北司专理诏狱。”由上述记载可知，北镇抚司亦系设于洪武十五年（１３８２），惟其设置较晚于南镇抚司。
“锦衣卫狱”（或简称锦衣狱）实即“北镇抚司狱”（或简称镇抚司狱），亦即世所称“诏狱”。北镇抚司设镇抚一人，从五品。品级虽与南镇抚司镇抚相同，但北镇抚司镇抚权力极大，6超过其品级。北镇抚司隶属于锦衣卫，就体制上言，北镇抚司应由锦衣卫指挥使监督，镇抚应听命卫指挥使。明代中期以后，这项体制大体上仍被遵循着，卫指挥使的权力与地位均超过镇抚，卫指挥使得指挥监督镇抚。明宪宗成化十四年（１４７８）以后，这项体制完全被破坏。
明代中期以后，北镇抚司独立性愈来愈大，关键性的转变是在成化十四年（１４７８）。《大明会典》曰：“成化十四年，始增铸印信。”又曰：“凡问刑，悉照旧例，径自奏请，不径本卫，或本卫有事送问，问毕，仍自具奏，俱不呈堂。”《明史·刑法志》亦曰：“（成化）十四年增铸北司印信，一切刑狱毋关白本卫。即卫所行下者，亦径自上请可否，卫使毋得与闻。故镇抚职卑而其权日重。”明世宗嘉靖初年，御史曹怀言：“朝廷专任一镇抚，法司可以空曹，刑官为冗1矣。”北镇抚司镇抚之威权可见一斑。
３经历司
各京卫之下均设经历司，锦衣卫亦同。经历司设经历一人，从七品。
“掌本卫文移出入等事。”
４十七所
《大明会典》（万历年间修）载，锦衣卫所属有十四所。（此十四所系千户所）惟《明史·职官志》载：“锦衣卫……统所凡十有七。”可见锦衣卫所属千户所，在万历以后，增加了三个千户所。《明史·职官志》并没有详载这十七个千户所的名称，只是概括地说：“中、左、右、前、后五所、领车士。五所分銮舆、擎盖、扇手、旌节、旌幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢、驯马十司，各领将军、校尉，以偏法驾。上中、上左、上右、上前、上后、中后六亲军所，分领将军、力士、军匠。驯象所，领象奴养象，以供朝会冻列、驾辇、驮宝之事。”从这段记载中，只看到（１）锦衣中所，（２）锦衣左所，（３）锦衣右所，（４）锦衣前所，（５）锦衣后所，（６）上中所，（７）上左所，（８）上右所，（９）上前所，（１０）上后所，（１１）中后所，（１２）驯象所等十二所名称，其余五所名称不详。
锦衣卫所属军士，无论是将军、校尉、力士、军匠，其数目都不固定，所谓“恩功寄禄无常1”。锦衣卫官“嘉靖以前，文官子弟多不屑就。万历初，刘守以名臣子掌卫，其后皆乐居之。”其实早在正统年间，中贵子弟就已经乐居锦衣卫官，《明史·兵志》即曰：“正统后，妃、主、公、侯、中贵子弟授官者，多寄禄锦衣中。”
锦衣卫十七个所，分置官校，官指千户、百户、总旗、小旗等，校指校尉、力士，他们除了直驾、侍尉之外，专司侦缉，名为“缇骑”（缇骑一语4自汉代，原义为穿着红色戎装的骑兵）。锦衣卫军士“鲜衣怒马”，总人数应在数万人以上。
锦衣卫权大位尊，权贵子弟多寄禄卫中，奏带冒衔锦衣。嘉靖初年，曾查核冒滥武职，《春明梦余录》载：“自正统后，贵妃、尚主、公侯、中贵子弟多寄禄卫中，递进用事。至正德间，奄宦擅权，贵幸子弟以奏带冒衔锦衣者尤多。……今查应革者二千一百九十九1，岁省度支十万计。”一次汰二千一百九十九1，可见当时锦衣卫冒滥之严重。
５东司房与西司房
锦衣卫下设东司房与西司房。惟此二机构之设置不见于《大明会典》，仅于《明史·刑法志》中见之。《明史·刑法志》曰：“而外廷有扞格者，卫则东西两司房访缉之，北司拷问之，锻炼周内，始送法司。”明熹宗天启五年（１６２５），魏大中即曾“羁锦衣卫东司房”，惟东司房与西司房之详细情形，目前尚不明晰。
三锦衣卫有关司法审判的职掌锦衣卫原系军事机关，但因皇帝之信任，职掌扩大至司法审判。本节仅讨论锦衣卫有关司法审判之职掌，其职掌无关司法审判者，均不予论述。
关于锦衣卫之职掌，《大明会典》载：“锦衣卫……其职掌，直驾、侍卫、巡察、捕缉等事。”《明史·职官志》载：“锦衣卫，掌侍卫、缉捕、刑狱之事。
……盗贼奸究，卫涂洫，密缉而时省之。凡承制鞫狱录囚勘事，偕三法司。”《明史·刑法志》载：“太祖时，天下重罪逮至京者，收系（锦衣卫）狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多。”又载：“世宗立……复谕缉事官校，惟察不轨、妖言、人命、强盗重事，他词讼及在外州县事，毋得与。”
由上述记载可知，锦衣卫有关司法审判之职掌约有下列数项：
（一）侦缉：上述记载所谓“盗贼奸宄，街涂沟洫，密缉而时省之。”“惟察不轨、妖言、人命、强盗重事。”原则上，锦衣卫所侦缉的是所谓“机密重事”。
但事实上，其所侦缉的范围非常之广，可以说是无所不包。
（二）逮捕：上述记载所谓“捕缉”、“缉捕”，兼指侦缉与逮捕。
（三）审判：上述记载所谓“刑狱”、“断治”、“鞫狱录囚”皆系审判。
锦衣卫有关司法审判之职掌，如深入研究，则发现上述三项职掌只不过是其大略而已。锦衣卫有关司法审判之职掌非常广泛，兹分述之如下。
（一）侦缉例一：洪武二十六年（１３９３），“锦衣卫指挥蒋献告蓝玉谋反，下吏鞫问……狱具，族诛之。”
例二：（天顺初），“锦衣卫指挥逯杲听事者言，诬（弋阳王）奠壏蒸母，帝令（靖王）奠培具实以闻，复遣驸马都尉薛桓与杲按问。”
例三：（天顺初），校尉言：“（李）斌素藏妖书，谓其弟健当有大位，欲阴结外番为石亨报仇。”（逯）杲以闻，下锦衣卫，（门）达坐（李）斌谋反。
锦衣卫侦缉四方，百姓畏之如虎。其侦缉之情形，《明史·刑法志》载：
“凡缙绅之门，必有数人往来踪迹。故常晏起早阖，毋敢偶语。旗校过门，如被大盗，官为囊橐，均分其利。京城中奸细潜入，佣夫贩子阴为流贼所遣，无一举发，而高门富豪局蹐无宁居。其徒黠者恣行请托，稍拂其意，飞诬立构，摘竿牍片字，株连至十数人。”
（二）拘提（逮捕）
例一：天顺元年（１４５７），“命锦衣卫差官往执宁夏神铳内官高平、公干云南内官阎礼，并籍其家以来，俱砾于市。”
例二：嘉靖二十二年（１５４３），“上曰：‘各省乡试，出题刻文，悉听之巡按，考试教官莫敢可否。……叶经职司监临，事皆专任，并同（周）矿等，陈儒等，俱令锦衣卫差官校逮系至京治之。’”
例三：天启六年（１６２６），“（丁）乾学籍居京城，（高）守谦先时故与有隙。
至是，已夤5珰门下为锦衣官。知乾学方以触珰惧祸，拥集二千余人，突入其家，称奉驾帖拿门。乾学方俯伏听旨，诸奸将棍石乱击，又倾抢财物，一哄而散。乾学以殴伤愤死。”
例四：万历元年（１５７３），“王大臣事起，冯珰密差数校至新郑，声云：‘钦差拿人’。胁高文襄（高拱），令自裁，家人皆痛哭，高独呼校面诘，索驾帖观之。诸校词窘，谓‘厂卫遣来奉慰耳’。非高谙典故，几浪死矣。”
锦衣卫拘提人犯，只凭驾帖，无须精微批文。《大明会典》曰：“凡奉旨提取罪犯，本卫从刑科给驾帖，都察院给批，差官前去。”实际上并非如此。成化十二年（１４７６），大学士商辂即奏言：“近日伺察太繁，法令太急，刑网太密。
官校拘执职官，事皆出风闻。暮夜搜检家财，不见有无驾帖。人心震慑，各怀疑惧。”
逮捕与拘提性质类似，锦衣卫逮捕人犯，也须驾帖。锦衣卫须持原奏到刑科签发驾帖。明世宗嘉靖年间，锦衣卫和刑科曾经为签发驾帖一事起争执，最后是锦衣卫获得胜利。《明史》载：“故事厂卫有所逮，必取原奏情事送刑科签发驾帖。千户白寿赍帖至，（刑科都给事中刘）济索原奏，寿不与，济亦不肯签发，两人列词上，帝先入寿言，竟诎济议。”
（三）监禁例一：（建文年间），“王宁，寿州人，既尚（怀庆公）主，掌后军都督府事，建文中尝泄中朝事于燕，籍其家，系锦衣卫狱。成祖即位……封永春侯。”
例二：（正德年间），“宸濠败，张忠、许泰诬（王）守仁与通，诘宸濠，言无有。忠等诘不已，曰：‘独尝遣冀元亨论学’。忠等大喜，搒元亨，加以炮烙，终不承，械系京师诏狱。”
锦衣卫狱即镇抚司狱，依明人记载，该狱十分阴惨：“镇抚司狱亦不比法司，其室卑入地，其墙厚数仞，即隔壁嗥呼，悄不闻声。每市一物入内，必经数处验查，饮食之属，十不能得一。又不能自举火，虽严寒，不过啖冷炙，披冷衲而已。家人辈不但不得随入，亦不许相面。惟拷问之期，得于堂下遥相望见。”
锦衣卫狱所囚人犯有长达数年，甚至数十年者。如嘉靖年间，御史杨爵先后在狱七年，兵部1外郎杨继盛系狱三年。万历年间，御史曹学程系狱十年，临江知府钱若赓狱更长达三十七年。忠良之臣长系黑狱之中，令人悲痛。
（四）审讯（侦讯）
例一：（弘治年间），“内使刘雄过仪真，知县徐淮不以时供应。雄怒，弃关文渡江，愬诸守备太监傅容，奏其事。命械系淮，付锦衣卫考鞫之。”
例二：正统八年（１４４３），“内使张环、顾忠匿名写诽谤语，锦衣卫鞫之，得实。诏磔于市，仍令内官俱出观之，”
锦衣卫审讯时亦得使用刑讯。最重者受全刑，《明史·刑法志》载：“全刑者，曰械，曰镣，曰棍，曰拶，曰夹棍。五毒具备，呼謈声沸然，血肉溃烂，宛转求死不得。”刑求致死的情形很普遍。
锦衣卫使用之酷刑极多，其中一种酷刑，叫做“昼夜用刑”。据明人记载：“此刑以木笼四面攒钉内向，令囚处其中，少一转侧，钉入其肤。囚之膺此刑者，十二时中但危坐如偶人。”
锦衣卫常奉旨与三法司会审大案，或派往外省会审大案，此种情形与锦衣卫单独审讯之情形不同，兹不赘述。
（五）移送拟罪锦衣卫审讯后，应移送法司拟罪。《明史·刑法志》曰：“而外廷有扞格者，卫则东西两司房访缉之，北司拷问之，锻炼周内，始送法司。”嘉靖年间，刑部尚书林俊亦言：“祖宗以刑狱付法司，以缉获奸盗付镇抚，讯鞫既得，犹必付法司拟罪。”
成化元年（１４６５）以前，锦衣卫移送法司时，原本只是移送人犯及供招等而已，并不能附加参语（参酌之语，意即拟罪意见）。成化元年以后，移送时得附加参语。《大明会典》曰：“凡（锦衣卫镇抚司）鞫问奸恶重情，得实，具奏请旨发落。内外官1有犯送问，亦如之。旧制俱不用参语，成化元年，始令复奏用参语。”锦衣卫有了附加参语之权后，等于有了准拟罪权。三法司的拟罪权被侵夺了。《明史·刑法志》即曰：“镇抚职理狱讼……然大狱经讯，即送法司拟罪，未尝具狱词。成化元年始令复奏用参语，法司益掣肘。”
嘉靖年间，吏部侍郎何孟春即叹曰：“法司于东厂及本卫之所送问者，不敢为一毫为平反矣，刑部尚有何人能少易抚司之按语乎！”（此处所称按语应即系参语）
（六）拟罪在君主政治之下，一切国家权力（包括行政、立法、司法）均属于君主。
明代审判机关（三法司）并无现代所谓“司法独立”或“审判独立”之观念，明代三法司对于犯罪案件只有“拟罪权”，但是这项权力并不是三法司所独有的，锦衣卫也有这项权力。
前已言之，成化元年（１４６５）以后，锦衣卫有附加参语之权，侵夺了三法司的拟罪权。但这仍然是间接的侵夺，在国家体制上，三法司仍然是法定的审判机关，只有三法司才有法定的拟罪权。
锦衣卫是皇帝的亲信，在某些重大案件，皇帝早就授给锦衣卫拟罪权了，直接侵夺三法司的拟罪权。嘉靖二年（１５２３），刑科都给事中刘济即直言：“锻炼于诏狱之手，旨从内降，大臣初不与知，为圣政累非浅。”所谓“旨从内降”，也就是说犯罪案件不经三法司拟罪，迳由锦衣卫拟罪请旨，圣旨由内廷直接下达。
其实早在明太祖时，锦衣卫即已有拟罪权。《明史·刑法志》即曰：“太祖时，天下量罪逮至京者，收系（锦衣）狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多。”明代历朝皇帝对于付诏狱的重大案件，经常不经由三法司拟罪，而直接由锦衣卫拟罪，“旨从内降”，生杀予夺，在于一人。到了明代末年，在皇帝的眼中，锦衣卫与三法司一样，都是“刑官”。崇祯十五年（１６４１），言官姜埰、熊开元以言事下诏狱，左都御史刘宗周约九卿共救，奏言二臣当付法司。帝怒甚，曰：“法司、锦衣皆刑官，何公何私？”崇祯帝明白表示，锦衣卫与三法司一样，都是法定的审判机关。皇帝都如此认知，夫复何言？
（七）执行依《大明会典》，“三法司处决罪囚，奉钦依者，俱该锦衣卫直日官，将原给驾帖，填写5由，列名批钤，以凭送问处决。”这是一般的正常法定程序，但锦衣卫执行死刑，常不依法定程序。除刑求致死外，有未奉旨即迳行杀害者，有奉皇帝命令杀害者，兹举二例以说明之。
例一：永乐十三年（１４１５），“前交趾参议解缙死于狱。时锦衣卫纪纲上囚籍，上见缙姓名，曰：‘缙犹在那？’纲遂希旨，醉缙酒，埋积雪中，立死。”
例二：崇祯十五年（１６４１），姜埰、熊开元以言事下诏狱。“帝怒两人甚，密旨下卫助骆养性，令潜毙之狱。养性惧，以语同官，同官曰：‘不见田尔耕、许显纯事乎？’养性乃不敢奉命。”
（第六节）其他机关
一宗人府
（一）宗人府组织《大明会典》曰：“国初，置大宗正院，秩正一品。洪武二十二年，改为宗人府。设宗人令、左右宗正、左右宗人，掌皇九族之属籍。以时修其玉牒，书宗室子女嫡庶、名封、生卒、婚嫁、谥葬之事。凡宗室有所陈请，即为上闻。
听天子命，初以亲王领之，后以勋戚大臣摄府事，不备官。”《明史·职官志》所载宗人府原有之“录罪过”职掌，移至三法司，而若干其他职掌“亦尽移之礼部”，宗人府成为一个地位崇高但没有权力的机关。
洪武二十二年（１３８９），改为宗人府时，“秦王樉为令，晋王、燕王棣为左、右宗正，周王、楚王桢为左、右宗人。”事实上，秦王、晋王于洪武十一年（１３７８）之藩，燕王于洪武十三年（１３８０）之藩，周王、楚王于洪武十四年（１３８１）之藩。明太祖任命他的五个儿子担任宗人府的职务，是有名无实的。
永乐以后，多以勋戚大臣摄宗人府事。《春明梦余录》即曰：“及建都北京，永春侯王宁，洪熙、宣德，武定侯郭铉署事。正统三年，始建府，西宁侯宋瑛；嘉靖中，京山侯崔元署事。宁、瑛、元，皆驸马都尉，铉，仁宗贵妃弟。崇祯五年壬申，推掌印，以近代多用都尉诸戚畹，太康伯张国纪辈起而争之，然竟用都尉。至（崇祯十一年）乙卯再推，复力争，仍用都尉万烨。”驸马都尉一官，位在伯爵之上侯爵之下。凡大长公主（皇姑）、长公主（皇姐妹）及公主（皇女）之夫，皆封驸马都尉。明代宣德以后，皇亲（含驸马都尉）常奉旨处理宗室犯罪案件。
（二）宗人府职掌（有关司法审判部分）
洪武年间，宗人府原有“录罪过”之职掌。后因宗人府不备官，仅以勋戚大臣摄府事，原有“录罪过”之职掌，移至三法司。宗室犯罪案件，依其情节之轻重，而有多种不同之处理方式。重大案件多逮至北京，由三法司会多官审理。一般案件多遣司礼监太监、三法司堂官（或司官）及锦衣卫等官往其封地审理。至于介于轻重之间的其他案件，则有多种不同处理方式，并无一定。
宗人府掌府事等官得会同三法司参与宗室犯罪案件之司法审判，兹举下列案例说明之：
例一：正统六年（１４４１）十一月乙卯，（明英宗）“书谕靖江王佐敬及各辅国、奉国将军曰：‘得王奏，言辅国将军赞俨告男佐忠不孝之罪，念系宗事之亲，今遣皇亲武定侯郭玹前去，同王及各将军拘执佐忠拥问明白，即送仪卫司收监奏来处置。’”
例二：嘉靖二十四年（１５４５）九月丁丑，楚世子英燿弑父案发。明世宗“诏司礼监太监温祥同驸马都尉邬景和、刑部左侍郎喻茂坚、锦衣卫都指挥使袁天章，会镇巡等官往按其事。……会巡抚单纯、巡按伊敏生验治徐景荣等各词服，论罪具奏。上复令法司集廷臣杂议，掌府事东宁伯焦栋等、吏部尚书熊浃等议曰：‘英燿性本凶残，行复秽恶，弑父鞭尸，天理灭绝，罪不容诛……’”
