所谓纵向结构，是指行政机关按照我国行政区域的划分，从所辖事务领域的由宽到窄可分为五个层级。在该层级体系构成的金字塔结构中，处于顶端的是国务院，即中央人民政府；由上往下，第二个层级是省、自治区和直辖市的人民政府；第三个层级是设区的市、自治州的人民政府；第四个层级是县、自治县和不设区的市的人民政府；第五个层级是乡、民族乡和镇的人民政府。其中，各级行政机关在所辖区域内享有行政职权，它们的职权划分不存在交叉重叠；上下级行政机关之间是隶属关系，下级行政机关接受上级行政机关的领导，地方各级行政机关接受国务院的统一领导。由于各级行政机关的职责明确、分级负责且有统一领导，这种纵向结构有利于行政权力的统一行使和提高行政效率。
所谓横向结构是指县级以上人民政府在其内部按照具体职能和专业的不同而划分为相应的工作部门。这些工作部门是彼此平行的，它们在其各自的职权范围内行使行政权。行政管理涉及工业、农业、商业、信息产业、教育、科学、文化、卫生、公安、海关、金融、环保等各个专业，横向结构就是按照所涉及专业的不同而进行的合理分工。因此，横向结构的设置有利于各个部门分门别类地处理繁杂的具体行政事务。但是，横向结构的分工体系，也很容易造成某些细致的行政事务在认定所属管辖部门上存在困难，容易发生工作部门之间的推诿和扯皮现象，为此，有待行政立法的进一步完善，使之相互配合与协调，各司其职。另外，在我国的行政机关设置中，也有很多工作部门是接受双重领导的，它们既受本级政府的领导，又受上一级行政机关的领导。
总的来说，我国的行政机关设置在结构上是体现了在分工基础上注重行政效率的原则的。至于如何克服这一结构中相伴随的负面效应，则有赖于行政法的进一步界定，有赖于在行政活动的展开过程中针对出现的问题予以法律完善。
（三）中央行政机关
1.国务院。根据宪法规定，中华人民共和国国务院，即中央人民政府，是最高国家权力机关的执行机关，是最高国家行政机关。国务院的组成、职权和活动原则等则由宪法和《国务院组织法》规定。
国务院由总理、副总理若干人、国务委员若干人、各部部长、各委员会主任、审计长和秘书长组成。国务院实行总理负责制，总理负责领导国务院的工作，副总理和国务委员协助总理的工作。总理召集和主持国务院常务会议和全体会议，国务院工作中的重大问题，必须经国务院常务会议或全体会议讨论决定。根据宪法第89条的规定，国务院享有18项行政管理职权。国务院作为最高国家行政机关，可以独立行使管理权，因而具有行政主体资格。
2.国务院的组成部门。国务院的组成部门是指由国务院组成人员担任行政首长的机关，包括国务院办公厅和各部、委、行、署。国务院办公厅是国务院的日常办事机构，主要协助国务院领导处理日常工作。国务院办公厅由秘书长领导，副秘书长若干人协助秘书长工作。各部、委、行、署亦称国务院职能部门，它们是国务院的组成部门。各部、委、行、署设正职1名，副职2-4名，委员会另设委员5-10名。国务院组成部门实行首长负责制。国务院组成部门承担的行政事务或职能由国务院决定。
国务院组成部门的设置，由全国人民代表大会决定；在全国人民代表大会闭会期间，由全国人大常委会决定。对于国务院可以设立哪些部、委、行、署，1954年以来的宪法均无具体规定，现行的《国务院组织法》和《国务院行政机构设置和编制管理条例》也没有具体规定。按照1998年第九届全国人大第一次会议通过的国务院机构改革方案，国务院的组成部门从原有的41个减少为29个。从现有的组成部门来看，国务院组成部门的设置主要按照业务性质设置，它们都具有行政主体资格。
3.国务院的直属机构。国务院直属机构的行政首长不是国务院组成人员，因此这些机构也不是国务院的组成部门。国务院直属机构是在国务院直接领导下，负责领导和管理某一方面专业性较强的行政事务的行政管理部门。目前，国务院设有海关总署等17个直属机构。直属机构的地位低于部、委，但又高于各部、委内设的司、局，一般为副部级。直属机构的设置由国务院自行规定。国务院直属机构中凡是具有行政管理职能的，具有行政主体资格。
4.国务院的办事机构。办事机构是国务院根据工作需要和精简原则，协助总理办理专门事项、直接向总理负责的辅助性机构。目前，国务院设有国务院外事办公室等6个办事机构。国务院办事机构的行政级别一般等同于各部、委。办事机构的设立、合并或撤销，由国务院决定，其行政首长由总理任免。办事机构一般不享有独立的行政管理权限，不具有行政主体资格。
5.国务院部、委管理的国家局。国务院设有一些国家局，它们归属有关部、委管理。部、委管理的国家局不同于部、委内设的司、局，它们是负责国家某方面工作的行政管理机关，具有相对的独立性。目前，国务院设有国家粮食储备局（由国家发展计划委员会管理）等18个国家局。主管的部、委对国家局工作的总体方针、政策和工作部署等事项实施管理，并由主管部、委的部长（主任）对国务院负责。国家局的设立和撤销没有专门的法律规定，由国务院根据需要来决定。国家局在行政管理中享有独立的行政职权，具有行政主体资格。
此外，国务院还设有议事协调机构、直属事业单位、企业单位和其他机构。对这四者的设立、撤销没有专门的法律规定，通常由国务院根据需要而定。它们没有法律、行政法规的授权，就不具有行政主体资格。
（四）地方国家行政机关
1.地方各级人民政府。地方人民政府是指按照行政区域设立的地方各级国家行政机关。根据宪法和《地方组织法》的规定，我国的行政区划为省、市、县、乡四级，地方人民政府的设置也相应地分为四级。地方人民政府是双重从属的行政机关，即一方面它们由同级的地方人民代表大会产生，对其负责，是其执行机关；另一方面，它们在行政机关的纵向结构中是垂直领导的关系，下级人民政府受其上一级人民政府直接领导，行政权力最终统一于国务院。地方各级人民政府实行首长负责制。按照宪法和《地方组织法》的规定，地方各级人民政府享有本行政区域内行政事务的管理权，独立地进行行政管理活动，具有行政主体的资格。
2.县级以上地方各级人民政府的工作部门。根据《地方组织法》的规定，县级以上的地方各级人民政府可以根据工作需要和精干的原则，设立一定数量的工作部门，承担某一方面行政事务的管理职能。这些工作部门的设立、增加、减少或者合并由本级人民政府报请上一级人民政府批准。这些工作部门一方面受本级人民政府的领导，另一方面受上一级人民政府主管部门的领导或指导。这些工作部门中的大多数部门享有独立管理行政事务的职权，具有行政主体的资格。
3.派出机关和派出机构。地方各级人民政府的派出机关，是指县级以上地方人民政府经有权机关批准，在一定区域内设立的行政机关。根据《地方组织法》的规定派出机关包括三种：由省、自治区人民政府经国务院批准设立的行政公署；由县、自治县人民政府经省、自治区、直辖市人民政府批准设立的区公所；由市辖区、不设区的市人民政府经上一级人民政府批准设立的街道办事处。
上述派出机关不是一级人民政府，因此在原则上不享有行政主体资格，然而它们在其所辖区域内享有行政事务的管理权，并能对其行为后果承担法律责任，因而在实践中又具有行政主体的资格。这有待于法律的进一步明晰。根据现行的一些法律规定，当派出机关直接依据法律、法规作出行政决定时，具有行政主体的资格。
派出机构是地方政府工作部门根据工作需要在一定区域内设立的派出组织，如公安派出所、工商所、税务所等，它们通常职能单一。除非有法律、法规的明确授权，派出机构不享有行政主体的资格。
除了上述机关和机构外，地方各级人民政府还设有一些临时行政机构，它们大多是非常设性机构。
需要说明的是，由于香港和澳门特别行政区的行政管理相对于其他地方政府具有特殊性，其法律体系也自成一统，故不予具体介绍。
三、行政机关编制
（一）行政机关编制的涵义
1.编制的涵义。就一般意义而言，编制是指对一事物的一种主观的计划活动。例如，国家预算的编制，就是指对国家预算进行的计划活动。编制是主观计划活动，然而，在主观计划活动开始时，它就要受到客观条件的限制，而且，一旦这种主观计划活动成立之后，它所达成的结果就将形成一定的持续影响，随意的编制是不可取的。因而有必要在编制之初就对其进行的程序等进行规定。研究编制主要就是从这种计划活动的结果上来阐述编制的涵义。
限定到行政法上，编制是指一个组织或单位的内部构成情况，通常包括该组织或单位的内部机构设置、人员定额以及不同人员的比例。因此，编制主要包涵三个方面的内容：
第一，一个组织或一个单位内部机构的设置。如国务院组成部门内部、省级人民政府内部、县级人民政府内部的机构设置。
第二，一个组织或一个单位内工作人员的定额。
第三，一个组织或一个单位内部人员的比例。该比例一方面是和所从事工作的性质联系在一起的。如组织或单位中从事管理工作、从事业务工作和从事后勤工作人员的比例。另一方面，该比例也是和人员的自身条件联系在一起的。如人员比例也表现为文化程度、年龄档次不同而形成的比例。
在我国，存在着大量不同性质的组织和单位，主要有国家机关、政党组织、企事业单位、社会团体等等。由于种类不同，其编制也不尽相同。
2.行政机关编制的涵义和特征。行政机关编制是指行政机关的内部机构设置，人员定额以及内部人员的比例。由此可以看出，行政机关编制主要涉及的是行政机关的内部构成情况。这与行政机关设置形成了区别。某一行政机关的设置主要涉及该行政机关本身的设立情况，它包括该行政机关设置的根据、性质和在国家行政机关体系中的地位等。行政机关的设置通常是通过宪法和法律，特别是有关组织法加以规定的，宪法和有关组织法在规定行政机关的设置的同时也规定了行政机关的职权，包括其行政职权的管辖区域、所涉事务、实施条件和行使原则等等。因此，从行政机关的设置中，可以据其职权来确定一个行政机关的行政主体资格。这一点从行政机构的编制中无法得出判断，行政机关的内部机构是代表行政机关行使职权的，其行为后果归属于其所属的行政机关。
另外，行政机关编制和行政编制的涵义是不同的。行政编制是指行政管理中从行政经费的来源进行编制划分的一种类型。在我国，属于行政编制的不仅有行政机关，还包括各政党和工、青、妇等人民团体。与行政编制的分类相对应的还有事业编制、企业编制和独立的军事编制。
具体而言，行政机关编制具有如下特征：第一，行政机关编制属国家机关编制的范畴。因而，行政机关编制不能任意进行，应由国家通过法律的形式明确规定。同时，行政机关编制一旦经法律确定下来，若非不符合实践需要并经过法定程序修改，行政机关自身不得任意更改。
第二，行政机关编制仅指行政机关内部机构的设置。在我国，行政机关不仅包括国务院和地方各级人民政府，而且也包括国务院和地方人民政府的职能部门。一定意义上说，各级政府的职能部门既是独立承担行政事务的行政机关，又是各级政府的内部机构。但是，由于它们具有行政机关的性质，故其设置主要是由《国务院组织法》、《地方组织法》予以原则规定。
第三，行政机关编制中内部机构的设置和人员的定额与比例是联系在一起的，两者缺一不可。如果只有对内部机构设置的规定，而没有对于机构人员定额和比例的规定，势必造成人员有增无减的现象，导致多人管一事的人员重叠；同理，如果只有对人员定额和比例的规定，而没有对机构设置的规定，也会造成机构数量的有增无减，导致一人任多职的机构重叠。两者都不利于行政效率的提高。
（二）行政机关编制的现状和意义
在本质上，行政机关编制是行政机关设置的更进一步。行政机关编制和行政机关设置很多情况下是联系在一起的。例如，1997年的《国务院行政机构设置和编制管理条例》就把国务院中工作部门的设置和其内部机构编制置于同一行政法规中。但是，由于行政机关编制只涉及行政机关的内部机构设置、人员定额和人员比例，而不涉及行政机关的地位和职权，因此，很多国家都只有单独的行政机关组织法，而没有单独的关于行政机关编制的法律。我国的情况也是如此。
在实践中，我国的行政机关编制主要包括行政机关内部的人员定额和人员比例。例如上述《管理条例》规定，编制方案应包括国务院的机构人员定额、人员机构比例、机构领导职数和司级内设机构领导职数，却没有涉及国务院内部的机构总数。
综观我国行政机关编制的现状，主要问题有：
1.编制管理机构缺乏权威性。建国初，政务院就成立了整编工作委员会，后改为国家编制委员会，统一管理行政机关的编制工作。除文革中陷于瘫痪外，国家编制委员会一直在运行，但缺乏权威性。这表现在：一方面，编制管理机构本身实行多重领导。它隶属于人事部门，受同级人民政府的领导，还受上级编制管理机构的领导。另一方面，编制工作多头管理，除专门的编制管理机构外，其他机关甚至领导人也有权决定编制。政出多门，难免造成编制混乱。
