但苏南土地规模经营试验也暴露出一些问题：农民的专业化组织程度较低。土地的流转速度不如设想的那样快。它需要集体大量的资金投入做支撑。经验表明，苏南地区劳均经营员缘亩以上的耕地，包括农机、道路、水利、仓储等设施在内，平均每亩要新增投资1000元左右。
§§§第五节广东南海的“股份合作制”改革
南海在1987年被列入试验区的初期，其试验主题是粮食规模经营。后又提出了农业适度规模经营的试验方案，重点是发展非粮食生产的种植业与养殖业的适度规模经营。进入20世纪90年代，随着1992年兴起的“开发区热”大规模占地引发的矛盾冲突，南海肯定了基层群众为保护土地增值收益而创造的以土地为中心的农村股份合作制，并以此作为新的改革试验项目的主要内容。以股份制来改造合作制，以股份制来稳定、完善和发展家庭联产承包制，以便既保证在农地转为非农用地过程中农民的利益不受损，也保证土地的规模经营和统一规划。南海在土地制度上的创新的主要内容是实行土地三权分离，即先是由集体把土地承包给农户，实现所有权与承包权的分离；再由农户用承包权入股，由集体统一经营土地，集体获得实际意义上的土地使用权，实现农户承包权与实际使用权的分离。
1987年南海初期确立的粮食规模经营试验方案进展得不顺利，在一年的时间内，只有8户农户搞了粮食规模经营，共计413亩，仅占当时全市粮食生产面积的0.42%。随后他们跳出了粮食规模经营的圈子，搞起了农业规模经营，发展多种经营，但其效果也不明显，刚起步就陷入了停滞不前的局面。
1992年邓小平南方讲话后，南海利用广东全面放开粮食市场的有利时机，加快了结构调整，并在各级地方政府搞开发区占用耕地引发纠纷的压力下，尝试以土地为中心的农村社区股份合作制改革。其具体做法是：区别不同地区，采取不同的折价形式，把土地和集体企业的固定资产折股，无偿量化给农民，以稳定农民的土地承包权。农民在获得承包权后，再区别土地用途和收益折价，把土地的使用权交给集体，纳入股份合作组织统一使用，以达到规模经营和统一规划的目的。在推行土地股份合作制的过程中，实行农民股权“生不增，死不减”，对新增人口实行配售股。既解决了因人口变动而引起的频繁的股权调整，又解决了新增人口的生活保障和利益分配问题。
南海推行以土地为中心的农村股份合作制，其制度绩效主要表现在以下几个方面：全市对农村土地、财产进行估价析股，将员猿园多亿元的资产总额以股份的形式配置给76.6万农民，并发放了股权证书，确认了农民在集体财产中所占有的经济份额，农民成为集体财产真正的主人。打破了集体收益按人均分的旧机制，形成了按股分配的新机制。集体配给农民的股权分为基本股、承包股和贡献股三部分。基本股，它体现公平的原则，所占的比例最低；土地承包股，是根据农民承包土地的多少来确定的；劳动贡献股，是根据农民劳动年龄和对集体的贡献大小来定的。集体的收益根据农民持股的多少来分配。1996年，全市农村股份合作组织共有再分配款4.08亿元，人均分红578元。实现了对土地的区划化管理。45万亩肥沃土地被划为农田保护区，7.5万亩靠近城镇、公路的土地和山坡地被划为经济开发区，2.5万亩靠近村庄的土地被划为商业住宅区。促进了农业规模经营。全市农业经营大户发展到8245户，规模经营面积达愿万亩，占全市农田面积的16%。
§§§第六节圆员世纪初农村土地确权
进入21世纪以后，随着社会主义市场经济的发展和不断完善，中国的工业化和城市化进程不断加快。在原有的城乡二元结构下，城市化和工业化对农村资源呈现出单向吸附作用，表现为城市规模的急剧扩大和农村劳动力以农民工的形式向城市的转移，其结果是农村土地被征用的范围越来越大，全国耕地面积大量减少；大量农村青壮年劳动力进城务工，承包地则由留守的老弱人口勉强耕种，或转包给他人，或干脆撂荒。由于家庭承包制下对农民与集体间的土地权属规定存在相当大残缺性和模糊性，即集体产权主体虚置，土地承包合同对承包土地边界规定不规范，农民转包土地、转让房产以口头协议为主等，导致征地和土地流转过程中出现大量纠纷。同时，农业产业化的发展，要求必须突破家庭承包制下土地细碎格局的限制，在相当大的范围内整合农民的承包地，实现土地的规模经营。这些都对新世纪中国农村土地制度的变革提出了新的要求。2003年10月，中共中央十六届三中全会通过了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》，该决定着眼于解决农村改革发展中存在的一些突出问题，围绕建立有利于逐步改变城乡二元经济结构的体制，从统筹城乡发展的高度，对深化农村改革提出了一些重大措施和作出了部署。该决定指出：“土地家庭承包经营是农村基本经营制度的核心，要长期稳定并不断完善以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制，依法保障农民对土地承包经营的各项权利。农户在承包期内可依法、自愿、有偿流转土地承包经营权，完善流转办法，逐步发展适度规模经营。实行最严格的耕地保护制度，保证国家粮食安全。按照保障农民权益、控制征地规模的原则，改革征地制度，完善征地程序。严格界定公益性和经营性建设用地，征地时必须符合土地利用总体规划和用途管制，及时给予农民合理补偿。”提出了完善农村土地制度过程中保障农民土地权益的问题，为推进改革、完善农村经济体制指明了方向。2008年10月召开的中共中央十七届三中全会，通过了《关于推动农村改革发展重大问题的决定》，更是明确提出：“赋予农民更加充分而有保障的土地承包经营权，现有土地承包关系要保持稳定并长久不变。”这表明，中国农村土地制度改革重点领域开始从实物配置转向了权利配置，中国农村土地制度改革从此进入了严格意义的产权改革范畴，中国土地制度改革也因此进入了一个新的阶段，被一些人称为“新一轮的土地改革”。
农村土地产权改革必须在农村土地权属关系明确的情况下进行，因此，农村土地确权就成为新时期农村土地制度改革的首要工作。在2006年7月，国务院批准成都、重庆两地为统筹城乡综合配套改革试验区，农村土地确权是两地改革试验的重点内容。在总结两地农村土地确权工作经验的基础上，中共中央和国务院决定在全国开展农村土地确权工作。2009年12月31日，中共中央和国务院下发2010年1号文件《中共中央国务院关于加大统筹城乡发展力度进一步夯实农业农村发展基础的若干意见》，提出：“加快农村集体土地所有权、宅基地使用权、集体建设用地使用权等确权登记颁证工作，工作经费纳入财政预算。力争用3年时间把农村集体土地所有权证确认到每个具有所有权的农民集体经济组织。”为贯彻2010年1号文件精神，2011年5月，国土资源部联合财政部、农业部下发《关于加快推进农村集体土地确权登记发证工作的通知》（以下称《通知》），明确了相关工作的重大政策问题。
《通知》的主要内容有：
（员）明确农村集体土地确权登记发证的范围。
农村集体土地确权登记发证是对农村集体土地所有权和集体土地使用权等土地权利的确权登记发证。农村集体土地使用权包括宅基地使用权、集体建设用地使用权等。农村集体土地所有权确权登记发证要覆盖到全部农村范围内的集体土地，包括属于农民集体所有的建设用地、农用地和未利用地，不得遗漏。
（圆）依法依规开展农村集体土地确权登记发证工作。
按照《中华人民共和国物权法》、《中华人民共和国土地管理法》、《土地登记办法》、《土地权属争议调查处理办法》、《确定土地所有权和使用权的若干规定》等有关法律政策文件以及地方性法规、规章的规定，本着尊重历史、注重现实、有利生产生活、促进社会和谐稳定的原则，在全国土地调查成果以及年度土地利用变更调查成果基础上，依法有序开展确权登记发证工作。
（猿）加快农村地籍调查工作。
各地应以“权属合法、界址清楚、面积准确”为原则，查清农村每一宗土地的权属、界址、面积和用途（地类）等，为农村集体土地确权登记发证提供依据。
（源）把农村集体土地所有权确认到每个具有所有权的农民集体。
确定农村集体土地所有权主体遵循“主体平等”和“村民自治”的原则，按照乡（镇）、村和村民小组三类所有权主体，将农村集体土地所有权确认到每个具有所有权的农民集体。凡是村民小组（原生产队）土地权属界线存在的，土地应确认给村民小组农民集体所有，发证到村民小组农民集体；对于村民小组（原生产队）土地权属界线不存在并得到绝大多数村民认可的，应本着尊重历史、承认现实的原则，对这部分土地承认现状，明确由村农民集体所有；属于乡（镇）农民集体所有的，土地所有权应依法确认给乡（镇）农民集体。
属于村民小组集体所有的土地应当由其集体经济组织或村民小组依法申请登记并持有土地权利证书。对于村民小组组织机构不健全的，可以由村民委员会代为申请登记、保管土地权利证书。
在土地登记簿的“权利人”和土地证书的“土地所有权人”一栏，集体土地所有权主体按“伊伊组（村、乡）农民集体”填写。
（缘）依法明确农村集体土地所有权主体代表。
属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会受本农民集体成员的委托行使所有权；分别属于村内两个以上农民集体所有的，由村内各该集体经济组织或者村民小组代表集体行使所有权；属于乡镇农民集体所有的，由乡镇集体经济组织代表集体行使所有权；没有乡（镇）农民集体经济组织的，乡（镇）集体土地所有权由乡（镇）政府代管。在办理土地确权登记手续时，由农民集体所有权主体代表申请办理。
集体经济组织的具体要求和形式，可以由各省（区、市）根据本地有关规定和实际情况依法确定。
（远）严格规范确认宅基地使用权主体。
宅基地使用权应该按照当地省级人民政府规定的面积标准，依法确认给本农民集体成员。非本农民集体的农民，因地质灾害防治、新农村建设、移民安置等集中迁建，在符合当地规划的前提下，经本农民集体大多数成员同意并经有权机关批准异地建房的，可按规定确权登记发证。已拥有一处宅基地的本农民集体成员、非本农民集体成员的农村或城镇居民，因继承房屋占用农村宅基地的，可按规定登记发证，在《集体土地使用证》记事栏应注明“该权利人为本农民集体原成员住宅的合法继承人”。非农业户口居民（含华侨）原在农村合法取得的宅基地及房屋，房屋产权没有变化的，经该农民集体出具证明并公告无异议的，可依法办理土地登记，在《集体土地使用证》记事栏应注记“该权利人为非本农民集体成员”。
对于没有权属来源证明的宅基地，应当查明土地历史使用情况和现状，由村委会出具证明并公告猿园天无异议，经乡（镇）人民政府审核，报县级人民政府审定，属于合法使用的，确定宅基地使用权。
（苑）妥善处理农村违法宅基地和集体建设用地问题。
违法宅基地和集体建设用地必须依法依规处理后方可登记。对于违法宅基地和集体建设用地，应当查明土地历史使用情况和现状，对符合土地利用总体规划与村镇规划以及有关用地政策的，依法补办用地批准手续后，进行登记发证。
（愿）加强土地权属争议调处。
各地要从机构建设、队伍建设、经费保障、规范程序等各方面，切实采取有力措施，建立健全土地权属争议调处机制，妥善处理农村集体土地权属争议。
（怨）规范完善已有土地登记资料。
严格按照有关法律、法规和政策规定，全面核查整理和完善已有土地登记资料。凡是已经登记发证的宗地缺失资料以及不规范的，尽快补正完善；对于发现登记错误的，及时予以更正。各地要做好农村集体土地登记资料的收集整理工作，保证登记资料的全面、完整和规范。各地要进一步建立健全有关制度和标准，统一规范管理土地登记资料。
《通知》下发后，农村土地确权工作在全国随即展开，截至2012年年底，全国农村集体土地所有权累计确权登记发证约620万宗，发证率达94.7%，基本完成了农村集体土地所有权确权登记发证任务。
从各地的试点工作开展效果来看，农村土地的确权颁证不仅对于推进农村土地市场建设，维护农村土地权利人合法权益有着重要的意义。尤其重要的是，农村土地权属的界定，为新的农村产权制度安排的确立给定了初始条件，适应农村市场经济发展的产权交易与产权制度安排成为可能，农村土地产权权益博弈的市场化均衡机制将建立并发挥作用，由此引起的农村土地资源要素的优化配置效应、农业产业化发展效应、农业生产经营组织化程度提高效应及长效的农民资产性增收效应等作用将发挥出来。而进行农村集体土地确权登记发证，依法确认和保障农民的土地物权，进而通过深化改革，还权赋能，最终形成产权明晰、权能明确、权益保障、流转顺畅、分配合理的农村集体土地产权制度，为以农村土地产权交易为基础的农地资源的市场化配置创造条件，从而促进农业现代化和产业化发展，提高农村经济的自我发展能力，才是农地确权的根本目的。农村土地确权是农村经济体制市场化改革的重要基础，将引起农村经济发展一系列的重大变革。
