光绪八年，长期的劳累奔波，日积月累，奕訢的身体健康状况迅速下降，经常感觉倦怠。进入八、九月份，身体更是不支，有时甚至几天不能入直。十月，军机大臣王文韶因云南报销案受牵连，被开缺。奕訢得知后，心情更坏，病情加重，经常便血，无法入直，只得请长假在家养病。十二月初一日（1882年1月9日），鉴于奕訢病情无法在短期内恢复，总理衙门许多事亟待处理，慈禧太后正式谕令李鸿章代理该衙门有关外交大事。
次年二月（1883年3月），奕訢病愈，但仍精神不振。慈禧召见，见其依然难堪繁巨事务，于是又赏假一个月，安心调理。直至该年六月（7月），奕訢才重入军机。在奕訢生病的大半年内，李鸿藻受慈禧之命主持机要。经常与李鸿藻意见相左的翁同龢也进入军机处。这时朝野内外，开始共同注目来自西方国家法国的侵略。
法国侵略的策略是先侵占越南，进而以越南为跳板，打通进入中国西南地区的通道。早在1787年，法国传教士百多禄就曾上书法国国王路易十六，建议占领越南并开辟一条通往中国内地的商路。
道光末年，法国不断派传教士和远征军作为先头部队侵略越南。
咸丰八年（1858年），法国伙同英国组成英法联军发动侵华战争后，又单独以武力攻占越南南方三省，并于同治元年（1862年），迫使越南与之签订《西贡条约》，割占边和、嘉定、定祥三省及昆仑岛。
同治六年（1867年），法军又攻占永隆、昭笃、河仙三省，控制了湄公河三角洲。此前一年，法国的一个调查团在对中国云南和越南北方进行勘察后，露骨地说：“法国必须占领北圻……因为它是一个理想的军事基地，由于有了这个基地，一旦欧洲各强国企图瓜分中国时，我们将是一些最先出现在中国腹地的人。”
同治十二年（1873年）末，安邺指挥法军相继攻陷河内、海阳、宁平、南定等地。越南政府邀请刘永福及其率领的黑旗军协助越南抗击法军。刘永福率黑旗军在河内城郊大败法军，击毙安邺，迫使法军退出红河，困守海防。越南国王授刘永福以三宣副提督之职。
光绪七年（1881年），法国议会通过了240万法郎远征北圻的军费案。光绪八年（1882年），法国海军上校李威利指挥法军再次进攻北圻，占领河内。次年3月侵占南定。在越南政府的邀请下，刘永福再次率黑旗军开赴前线，于该年5月19日在河内城西的纸桥附近设伏，痛歼法军，击毙李威利。越南国王授刘永福以三宣正提督之职。
光绪九年（1883年）四月，法国不甘心在越南的失败，法议会再次通过增加远征越南军费550万法郎和增派1800名侵略军的议案。法国总理茹费理继续鼓吹“必须征服那个巨大的中华帝国”。8月，法军兵分两路，攻入越南首都顺化，强迫越南与之签订了《顺化条约》，变越南为其殖民地。从此以后，法国便将侵略的主要矛头指向了中国，并提出种种侵略条件，中法关系日趋紧张。
面对法军大举进攻越南，危及中国西南边疆的形势，清朝统治集团内部出现了主战与主和两种意见。
主战者为以军机大臣李鸿藻为首的清流派、奕譞及湘系官僚，如左宗棠、刘坤一等。他们强调援越抗法是一场正义的和必要的战争，就道义责任而言，中越存在着历史上的宗藩关系，越南受到侵略，中国“本应保护”。就利害关系而论，中越两国山水相连，唇齿相依，法国侵越，“非徒并越，而特欲以越为根脚耳。粤边之煤矿，滇中之金矿，无不垂涎”，所以中国断无坐视之理。
主和者主要是淮系官僚，直隶总督兼北洋大臣李鸿章是其代表。早在战争之初，慈禧太后命令李鸿章赴广东督办越南事宜时，李鸿章因反对对法开战，坚决请辞。光绪十年正月（1884年2月）李鸿章给总理衙门的一封公函，从士气、战术、装备、训练等方面分析法军优越于我军的状况，要奕訢或者避战求和，或者下令前线避开阵地战，展开丛林战和游击战，方能取胜。这封公函表达了长久以来李鸿章一直主和的缘由。
奕訢或许由于久病体弱，无力顾及，或者由于几遭罢黜已无棱角之故，对战事一直持消极的态度，他对言战颇感犹豫，对言和又颇多顾忌。遭受多次打击和大病初愈的奕訢此时尽量保持少言说的态度，看太后的眼色行事。
光绪九年九月（1883年10月）底，在国内外主战的强烈呼声下，慈禧态度变得强硬起来。有一次在召见军机时，她竟然明确表示清朝不能再退让了，语意坚决。她一面命李鸿章、曾纪泽两人对来津谈判的法国特使提出的“划界撤兵，共剿土匪”的要求，坚持定见，一概不予允许；一面又令西南前线将领，督饬防营，严密布置，不能因法国言议和，就有丝毫懈怠。
十月初（11月），又发布上谕，派广西巡抚徐延旭饬令刘永福整军进扎，相机攻取河内省城，不可稍有退阻。并特别布置了山西和北宁的防守工作。上谕称“北宁为我军驻扎之地，如果法人前来攻逼，应令督饬官员极力捍御，毋稍松劲”，同时令云南军队固守山西，以与北宁成犄角之势；惩处不愿遵旨的云南巡抚唐炯，摘取顶带；奖赏英勇抗法的刘永福黑旗军十万两白银，按每月五千两的数目支给刘永福充做军饷。
见慈禧太后已明确主战，奕訢也随之附和“言战”，朝廷内外一片主战声。这年底，双方军队集结于山西和北宁地区。在山西的唐景嵩所带滇军慑于法军炮火的威力，首先溃退，黑旗军势单力孤，山西失守。
次年正月（1884年2月），中国又投入大量的人力和财力与法军决战于越南北宁。中国方面包括黑旗军、政府军和越南爱国军人共计3万人与法国方面1.5万官兵拉开了战斗的阵势。二月十八日（3月15日），北京收到北宁失守的电报。
山西、北宁相继失守的消息传到北京，清廷大为震惊。李鸿藻和态度模糊的翁同龢此时也深感“海防不足为恃”，时局艰难，从此以后可能更加棘手！清流派这一群“不习戎事”的书生再也不敢言战。御史们开始纷纷追究战争责任，按律最先逃跑的前敌将领应处死，统兵大员当拿问，于是清廷下令将唐炯、徐延旭革职拿问，任命潘鼎新为广西巡抚，张凯嵩为云南巡抚。层层追问，保荐统兵大员的荐主也应受处罚。谁来承担失败的主要罪责呢？这时的慈禧想到了奕訢。三月初八（4月3日）召见军机大臣，慈禧为罢免军机大臣改组军机处制造舆论。分析战争责任时，她大谈“边方不安定，封疆大臣因循守旧，国用空虚，海防粉饰，这何以对祖宗呀！”言辞严厉。
恰在当天，祭酒盛昱上了《疆事败坏请将军机处交部严议》的奏折。特请慈禧明降谕旨，将军机大臣交部议处，责令戴罪立功，认真改过。
慈禧先将折子留中不发。第二日，即三月初九日（4月4日），是清明节，慈禧派奕訢去东陵祭祀，主持慈安皇太后三周年祭典，支开了奕訢。也是在这一天，慈禧让光绪帝到景寿山皇殿行礼，使其避开他的生父奕譞。之后，慈禧自己则以祭典九公主的名义前往九公主府并留下用膳。九公主也称寿庄公主，奕譞的同母妹，排行第九，一个月前逝世，当时慈禧已经赐祭过一次。这次前来，目的是为专门单独召见奕譞。
用过午膳之后，慈禧取出盛昱弹劾军机的奏折，两人进行了秘密的商讨。次日（初十日）在宫中，慈禧匆匆召见军机后，再次召见奕譞，两人又密谈了三刻钟。十二日时，慈禧依旧匆匆召见了军机，然后相继密召了孙毓汶和奕譞。
十三日，奕訢办理完祭典相关事宜后回来，本应召见，但这一日，慈禧只召见御前大臣、大学士、六部满汉尚书，军机大臣一概未得召见。有的军机大臣也兼任大学士、协办大学士、尚书等职，但也未能参加召见。
就在奕訢和诸位军机大臣耐心等待召见的时候，领班军机章京传出的太后懿旨，着实让在场的每一个人都大吃了一惊。这是一份革除奕訢及全体军机大臣的上谕，上谕加给奕訢等人的罪状是：
“军机处实为内外用人行政之枢纽。恭亲王奕訢等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循是甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行”等等。
上谕最后宣布将奕訢为首的军机处全班撤换。奕訢被革去一切职务，并撤去恩加双俸，令家居养疾，处罚最重。跟随奕訢二十多年的宝鋆也被开去一切差使，仍以原品休职；李鸿藻和景廉降两级调用；翁同龢革职留用，退出军机，仍在毓庆宫行走，继续为光绪帝授读，处罚最轻。
同日还宣布：礼亲王世铎，户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万在军机大臣行走，工部左侍郎孙毓汶在军机大臣上学习行走。次日（4月9日），又有上谕宣布：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕譞商办，俟皇帝亲政后再降谕旨”。
这样，清明节前后不到一个星期的时间，慈禧完成了军机处的变动。
改组后的军机处全然为“醇党”人物所掌控。盛昱和御史丁振铎等于事后上折，称“恭亲王才力聪明，举朝无人能及”，因此请慈禧令恭亲王等仍当差效职，奏疏上达后，慈禧留中不报，不予理睬。
慈禧紧接着又对部院大臣作了调整。原礼部尚书徐桐接李鸿藻任吏部尚书，礼部尚书由原左都御使毕道远接任，理藩院尚书乌拉喜崇阿接任景廉兵部尚书一职，理藩院尚书则由原左都御使延煦接任，都察院左都御使分别由原吏部左侍郎昆冈、祁世长接任。贝勒奕劻管理总理衙门事务，内阁学士周德润、军机大臣阎敬铭、许庚身后来也在总理衙门行走。八旗都统也相继作了变动。
光绪十年（1884年）为农历的甲申年，这年的三月（4月），“当之无愧”的清王朝的女主人最终为其独揽大权扫清了道路。她用了不到一个星期的时间，彻头彻尾地撤换了奕訢和以奕訢为首的军机处；又用了不到一个星期的时间，使王朝的官僚层实现了一次大换血，建立了完全听命于她的官僚阶层。这次重大的人事变动，历史上称“光绪甲申朝局之变”。
这次奕訢遭罢黜，与十九年前的那次弹劾风波引起的反响完全不同。当时列名于倭仁奏折和肃亲王奏折的王公、宗室、大臣共计70余人，加上都察院、宗人府的大臣，内阁学士、给事中、御史等等纷纷上折，形成一股强大的舆论力量，迫使慈禧最终收回成命，恭王仅仅只被削掉一个封号。而这一次罢免却呼声甚微，仅寥寥数人上疏。为什么会有如此巨大的反差呢？
辛酉政变之初，奕訢重用汉臣，对曾国藩、李鸿章、左宗棠等有求必应，不加遥控；对外实行“外敦信睦，隐示羁縻”的外交路线，力求中外和好以借师助剿，最终扑灭了太平天国运动的熊熊烈火，使摇摇欲坠的清王朝的统治得以稳定，奕訢因而获得“中兴贤王”的誉称。此后，为防止汉族地主势力的发展，从稳固王朝统治的角度考虑，奕訢大力剪除和限制湘淮地方势力。李鸿章等都曾为此批评奕訢听信浮言，抱怨总理衙门庸鄙无远见。面对西方工业化的浪潮，奕訢为清王朝的长治久安计，倡导向西方学习，引进先进的机器设备和生产技术，开展洋务运动，这又为满族亲贵和封建顽固派所不容，认为是“以夷变夏”。此外，奕訢的“羁縻”外交并未使中外和好的局面长期维持，帝国主义也早看出这种外交政策的实质是在和平的背后排斥外国，远不如李鸿章和奕譞顺从于外国势力。慈禧绕过奕訢，通过李鸿章和洋人拉关系，李鸿章集团权势地位上升，渐呈取代奕訢集团的趋势。
慈禧则经过二十多年的苦心经营，实力渐长，熟谙宫廷斗争的艺术，政治经验也越来越丰富。慈安死后，慈禧大权独揽，常对臣下行不测之威。此次罢黜奕訢，不像十九年前指使蔡寿祺上无凭无据的弹劾折子那样，慈禧作了精心的准备。她抓住山西、北宁失守，徐延旭和唐炯遭逮问后，人们纷纷要求追究最终责任人的时机，将责任推究到奕訢和宝鋆的因循失职。与十九年前发下诏书让廷臣讨论相比，这次诏书的发布更显果断和威严。慈禧单独召见了领班军机章京，以“御前拟旨以上，朱书授之以出”的方式发下谕旨，表明这是宸断，不容妄议。
慈禧积聚了二十多年的力量就在这一刻完成夙愿，清除了最后一名潜在政敌。从此她真正实现了“位至极尊”。
奕訢此次反倒相当地平静。没有被八大臣排挤时的激愤，也没有被削除封号时的愤懑，更没有被同治帝暂时免去差使和撤去亲王爵号时的坚强不屈。他累了。多年的公务缠身，刻无暇晷，他完全抛却了自己的兴趣爱好，以致“几不知世间有吟咏事”。他也知道，慈禧早已对自己厌恶透了。为国家计，他屡次触犯慈禧，反对她的专权和不顾国力而穷尽享乐之欲，这次的前敌战败不过是她罢黜的一个借口罢了。
想到此，奕訢心里好受多了，望着工作了多年的军机处和曾经共事多年的同僚，他坦然地离开了。
