四国纳入了秀吉政权的属下。这是小一郎率军开战五十多天之后的事，可以说是一次历史上为数不多的速决战。就在这以后，秀吉升任关白，实现了多年来的夙愿，紧接着又在源、平、藤、橘四姓之外，创设了丰臣姓，表面上则采用了由朝廷赐姓丰臣的形式。不用说，小一郎也在这次四国战役之后，抛弃了原先的羽柴这个姓，而称做丰臣秀长了。
从四国班师回朝之后，小一郎调换了封地。他从纪州转到了大和。大和也跟纪州一样，是个情况很复杂的国度。这大和，土地大多属寺院、神社等宗教势力所有，不是兴福寺的，便是春日神社的。加之战国百年间，这些土地都为筒井氏和松永氏等所侵占，就是在丰臣政权成立之后，有关土地所有权的讼诉和纠纷，也依然接连不断地发生。只因为这些讼诉和纠纷大多与京城的皇家有牵连，因而在某种意义上，这大和地方，要比纪州还难以治理。
秀吉说：“这事儿，小一郎能成！”
他看中了弟弟在这方面的才干，把大和委托给了他。秀吉赐给小一郎的封地不光是大和，还包括伊贺以及其他一些地方，一共有一百万石。首府设在大和的郡山城。
小一郎的官位也晋升了，在征讨四国之后的第二年，他当上从三位参议，获得了公卿的身份，被允许上宫廷拜谒天皇。接着在第二年，即天正十五年（1587年）讨伐九州之役结束后，又升到从二位，任大纳言。为此，世人通常称他为“大和大纳言”。
从这时起，连秀吉也不再称呼这位竹阿弥的儿子为“小一郎”了。
秀吉开始对他使用“大纳言殿下”这个敬称。
有一天，小一郎登上大阪城去向哥哥请安。
秀吉问他道：“你那个神国怎么样啦？”
秀吉所以称之为“神国”，是因为大和地方神社和寺院所属的土地甚多，因而世人都这么称呼它。自然，这也很难说是一种尊称。特别是秀吉现在这样说，是多少带点揶揄和“这地方不好对付吧”的语气。与此同时，对受秀吉之托、在治理这副烂摊子的小一郎说这话，多半也包含了一点慰劳的意思吧。
“有点难弄吧！”
“有一点儿。”
小一郎回答得很简单。事实上，小一郎也曾为之大伤脑筋。几乎每天都有佛教大乘教派的名刹、皇室的嫡传寺院一条院，以及春日神社等等，找上门来，向小一郎诉苦，告状。而且哪一桩都是棘手难办的。
“把土地还我！”
找上门的大部分人都是为了这个目的。就连小一郎分给家臣的封地，他们都会说：“您把那个村子随便分给别人可不行啊。一百年前，那是本寺院的领地，您要看证据的话，我这里有。请您务必还给我们。”如果一一照他们说的去办，那么小一郎在大和的领地恐怕会丧失殆尽的吧。况且，他们这么说，究竟有没有法律根据呢？
小一郎不同于其他大名，他在这个问题上，不能不伤脑筋。在战国时期一百年间，天下六十余州中，原本属于寺院、神社、皇室以及贵族等所有的土地，全部被当时各国的大名侵吞了。战国大名的经济地位，正是建立在这一基础之上的。丰臣秀吉结束了这一群雄割据的战国时期，建立了统一的政权。
大和各家寺庙跟神社对小一郎说：“所以说，请您回复到战国之前那样嘛！”
然而，由于时过境迁，情况的变化，像这种前一时代的土地所有权，可以说是早已分化而变得无效了。来向丰臣政权算这笔账，乃是找错了门。真要算账，那恐怕只能到那些战国时期曾在这大和地方任意侵占别人领土的、而今早已死去了的英雄豪杰们的墓穴里去算了。
小一郎是丰臣政权在大和的代表，他对于这些人的种种请求，尽量做到洗耳恭听；对于那些合理的要求，有时也把土地还给他们一点。但是，人的欲望是没有止境的，小一郎越对他们客气，他们就越认为软弱可欺。于是，找上门来的人摩肩接踵，不绝于途。
他不能把这些找上门来的人，冷冰冰地顶回去。因为，这些大的寺院，和其他地区不同，它们或是佛教某一宗派的开山寺院，或是由皇公贵族的近亲担任住持的寺院。也就是说，它们和京都的朝廷是一家人，拒绝这些人，也就是拒绝朝廷。丰臣政权是建立在拥戴朝廷的基础上的。小一郎是这个政权的成员之一，自然不能那样做。
秀吉说道：“他们说的这事儿，可真不好办哪！”
照秀吉的解释，那就是：过去是过去，现在是现在。丰臣政权采取了这样的原则：过去的权利，由于百年来的战乱，应看作早已付之流水。这个新政权重新馈赠给他们土地，然而这和过去的事情是无关的。本着这样的原则，秀吉对于朝廷，也重新献上从前曾经是皇室和贵族的土地。朝廷的王公贵族对此都极为高兴，虽说他们的远祖享有过荣华富贵，然而这几代以来，却一直过着衣不蔽体、食不果腹的贫困生活，与此相反，现在是好多了。不过，奈良的大寺院的那些贵族们，却对历史上有过的权利十分固执。
小一郎压低了嗓门儿说道：“说句笑话。”
照他的意见，哥哥倒不如干脆改姓源氏，当征夷大将军，开设幕府，建立纯粹的军人政权为好。丰臣政权，在这一点上有点不伦不类。秀吉当了关白，秀次和小一郎自己，以及丰臣家的其他家族，都成了王公贵族。一方面是皇室的成员，一方面又统率着各地的诸侯，统治着六十余州。从皇室成员这一点来说，和奈良的那些大寺院是本家。既然是本家，就得和他们站在同一个立场上，对他们的要求、说法作出响应。以上便是小一郎的意见。
秀吉对他说：“土地所有权的事儿，你看着办就得了。”
可是使他感到意外的是，想不到作为行政长官的小一郎，竟还是个理论家，有如此犀利的观察和分析。秀吉心想，也不知道他是什么时候，具备了这种细致入微地思考问题的能力的。
“你说的，我已经明白了，可实际上你是怎么处理的呢？”
小一郎一边慢慢地吸了一口气，一边回答说：“靠金子。”
他给他们黄金以代替土地。这办法竟有奇异的功效。上门告状的人一拿到黄金，就变得心平气和了。不久前，在佐渡和全国各地的金山，挖掘出了大批的黄金。用这种金属作为正式的流通货币，在日本这个国家，是从秀吉开始的。而小一郎通过和奈良大寺院里的那些贵族们打交道，早就懂得黄金这种东西的巨大效能。秀吉听了小一郎的这番话，大笑起来，他对这种处理方法很是满意。
不光是应付奈良的那些令人棘手的人物，小一郎也很善于调解丰臣家各大名之间的不满和冲突。有些因得罪了秀吉而被他疏远的大名们，都是要么找北政所，要么找小一郎，请求他们在秀吉面前说情。又如，遭到秀吉身边的亲信官员们排挤而感到困惑的大名们，也来请小一郎调解。这种时候，小一郎总是亲自到官员们的办公室，查问事情的真相，如果确实是亲信官员们错了，他就对他们毫不客气地严加申斥。
为此，在大名和王公贵族之中，甚至有人这样说：“丰臣家是靠了这位大和大纳言，才保住了江山的。”
然而，丰臣政权这个黄金时期，却没有延续多久。
这二十年来，小一郎跟随秀吉参加了所有的战役，唯独天正十八年（1590年）秀吉所指挥的攻打小田原的战斗，他却未能参加。
正当秀吉要出师的时候，小一郎在上京期间染病，病情非常严重。母亲阿仲这时已晋升到从一位，住在大阪城里，已经是七十八岁高龄了。她生怕这个儿子比她先去世，就给当地各神社、寺庙捐了土地，祈求小一郎早早康复。秀吉在动身去小田原战场的时候，让乘轿绕了点路，来到小一郎在京都的住处，特地登门看望。
即便在这种时候，小一郎也丝毫没有放弃对兄长的拘谨的态度，他叫人把病床整理了一番，又整顿了衣冠，在床边等待。
秀吉一边不放心地打量着已经瘦小了一圈的小一郎的身体，一边问道：“已经能这样起床了吗？”
这位弟弟一个劲儿地微笑着回答说：“看来难关已经过去了。”并不时地点点头。
明眼人一看就明白，这是极力为了不让秀吉担心。
秀吉也觉察到这点，虽说今天是率师出征的良辰吉日，但是仍旧不由得落下了眼泪。看到哥哥这般光景，小一郎却慌了神，说道：“这可是不吉利的啊！”并连忙叫来了吉田神社的神官，请他为哥哥念诵咒文，免去灾祸，祓除不祥。
秀吉告辞离开的时候，小一郎一手搭在勤务兵的肩上，一直送到大门前。
“真是一个能干的人哪！”
秀吉回到乘轿之后，回想小一郎的生平，不禁再一次掉下了眼泪。可在这之后，小一郎的病情有了点起色。在小田原前线的秀吉也听到了这一消息，便立即给母亲大政所寄去一信，信中写道：欣闻大纳言息灾康复，儿喜甚幸甚。
在京城恢复小康之后，小一郎回到他居住的大和郡山城去了，在那里养病。当秀吉打完小田原这一仗后不久，即这一年的十月前后起，小一郎的病情再度恶化。秀吉和大政所请各地神社、庙宇为他祈祷，然而却没有显著的效验。由于这缘故，致使大政所也因过度悲伤而病倒在床了。秀吉为了尽量使病中的母亲得到宽慰，决定为小一郎举行大规模的祈祷（虽说他自己是并不相信这类事的），并恳请朝廷，向神社寺院派出为小一郎祈求康复的御使。大概是认为，御使亲自登门祈求，神佛们多少会重视一点吧。共选派了九位御使，他们在同一天的同一时刻，从京城御所出发，分别到两贺茂、爱宕、鞍马、多贺、八幡宫离宫、石清水等各地著名的神社和寺院的神佛前，为小一郎祈求。然而小一郎的病情丝毫也未见好转。这一年的岁暮，秀吉身穿素服，从京城下郡山城，来到小一郎的床边探望。可这时的小一郎已经连抬起头的力气都没有了，只见他脸部的肌肉微微牵动了几下，这大概算是对兄长的来访微笑致意的意思吧。秀吉把跪坐着的膝盖向前挪动了几步。
秀吉动情地说：“快好起来吧，你要有个好歹，咱丰臣家的天下该怎么办呢？”
这话叫小一郎感动得涕泪纵横了，泪水如地下的清泉似的不停地冒出来。小一郎也许觉得，秀吉的这一句话正是对他一生的评价吧。
小一郎用难以听见的微弱的声音说：“那……那一天，哥哥……”
秀吉为了听清他在说什么，把耳朵凑近了他的嘴边。
“你是……绳子的马镫……来的呀。”
秀吉弄不清他到底在说什么，但还是回答他说：“是的，是的。”揣摩那意思，小一郎好像是在讲三十年前，秀吉第一次从清洲到中村衣锦还乡时的事情。直到翌月二十三日，秀吉才省悟到大概是这么个意思。那时候，小一郎早已死去。讲这话的那一天，在小一郎的脑海里，或许曾清晰地浮现出三十年前兄弟俩第一次见面时故乡蔚蓝的天空吧。
小一郎终年五十一岁。死后，兴福寺等奈良的寺庙和神社的人极力诋毁他道：“这是因为没有退还神佛原有的土地而遭的报应啊！”
有一个同是奈良的宗教贵族，《多闻院日记》一书的作者英俊，在这一年正月二十三日的日记里写道：大纳言秀长大人死了。查其金银，计有金币五万六千枚，白银在两间四角见方的屋子里直堆到屋梁上，不计其数。这无限的财宝，如今已不能为物主所有。真是个要财不要命的人啊！可悲也可鄙！
小一郎可不是一个贪得无厌的人，不如说是个仗义疏财的人。可鄙的，恐怕倒是日记的作者这一类人吧。小一郎在世的时候，他们以种种理由一而再、再而三地向他索取金银财宝。
小一郎的葬礼，是在他去世之后的第六天，在郡山城举行的。众多的王公贵族和各方大名，云集郡山城参加了他的葬礼。据说，光是那些听到噩耗之后从四面八方聚来的百姓，就有二十万人。参加葬礼的各方大名无不感到，大纳言这一死，一直照射在丰臣家头顶上空的艳阳，已经开始迅速西斜了。事实上，从这一天算起，时隔九年之后，当关原之战的前夕，这个家族分裂的时候，大阪城里不少年长者以十分惋惜的口吻，私下悄悄地议论道：“倘使今天那位大纳言还在，就不至于闹到这般地步啦！”
