2月下旬主持召开苏中区党委第五届扩大会议，与党委几位领导同志讨论并决定发起车桥战役。他分析国际、国内和苏中形势，认为“从战略上考虑，虽然不知道日寇失败的确切时间，但是已经看到日寇在太平洋战场逐渐失利，在中国战场也大势已去，已经是穷途末路了”。他判断，苏中日军“正在作垂死挣扎，战争进行到了转折关头”，实行局部反攻的条件已经成熟。“我们要看透这个变化，应该有压倒敌人的气魄，在战略相持阶段，争取有利时机，推进局部战略反攻”。“为了打通苏中与苏北、淮南、淮北四个大区的战略联系，以便将来进行大规模的战略机动，因此需要在两淮（淮阴、淮安）地区发动一个攻势”。
他的意见得到几位领导同志一致赞同。随即召开团以上干部会议，研究制定作战方案，提出三个方案分析比较，最后确定采取“先取车桥，后取泾口”方案。
这一方案的优点是：首先，打下车桥，敌人可能放弃一大片地区，我们可能得到最有利的战役效果；其次，车桥处于敌人中心地区，是敌人的心脏，工事坚固又有日军驻守，敌人自以为安全，而敌人认为安全的地方，正是我最容易得手的地方，这是战争的辩证法。
3月5日发起车桥战役，歼灭日军大佐以下官兵460余人（内生俘24人）、伪军500余人，攻克车桥等日伪据点13处，解放了淮安、宝应以东纵横50余公里地区，打通了苏中与苏北、淮北、淮南的战略联系，揭开了苏中以至华中战略反攻的序幕。战后，延安《解放日报》发表社论，祝贺“苏北新四军大捷”。新华社赞扬这一仗是“以雄厚兵力”打的一个“大歼灭战”。
3月8日与叶飞联名发出致陈毅、张云逸、饶漱石、赖传珠并中共中央军委电，报告车桥战役情况。张云逸、饶漱石、赖传珠于3月9日复电，认为“车桥战斗大破强敌，获得大的胜利，此种英勇善战是好的”，但是“为便于坚持与调集干部整风，必须打开淮宝地区作为阵地的估计，似是不妥的”，“在反攻以前我们不宜主动过分暴露自己的力量”，“如果过分刺激敌人，很可能引起敌人大的报复”。3月11日，与叶飞、陈丕显联名复电，说明组织车桥战役的理由以及对付敌人报复的部署。3月13日，张云逸、饶漱石、赖传珠再电表示：“车桥战役既已打了，而且战斗打得很好。不过今后关于较大战斗部署，应先电告军部”。
3月17日在抗大第九分校作形势报告，从苏德战场讲到远东战场，讲到全国形势、苏中形势，详尽介绍了苏中军民一年来坚持原地斗争的成绩。
3月21日发出致苏中军区各军分区、第一师各旅团电，提出对国民党军李明扬、陈泰运两部的斗争策略和部署。
3月26日发出致叶飞、陈玉生、张藩、阮英平、许家屯电，指出日伪军对第三分区的“清乡”将是“军事性的机动清乡”，应采取相应的军事斗争战术。
4月18日苏中区党委决定全面展开整风运动，成立整风学习委员会，粟裕为主任委员。
5月10日发出致张云逸、饶漱石、赖传珠请示电：为打击敌人“扩展清乡”，拟举行一次攻势战役。张云逸、饶漱石、赖传珠复电：组织攻势战役“在时机上说尚非适宜”。
5月18日苏中区党委发出《关于当前反“清乡”的决定》，提出今后反“清乡”斗争方针：第四分区以武装斗争为主，其他辅助斗争为次，抓紧反据点斗争为中心环节；丹北、澄锡虞、澄西、苏常太地区仍以坚持秘密斗争、长期积蓄力量为主，武装斗争为辅。
5月27日连发两电给张云逸、饶漱石、赖传珠，一电提出反对日伪军“扩展清乡”方针的建议，一电报告在第四分区反“清乡”中主力部队与民兵配合作战的情况和经验。饶漱石、张云逸、赖传珠复电称：“关于苏中反‘清乡’问题，我们认为主力部队配合民兵打击敌人，是必要的，但须严格估计当前情况。”
5月29日发出致各分区并报饶漱石、张云逸、赖传珠电，通报日伪军策划“扩展清乡”情况，作出打破敌人“扩展清乡”的部署，提出：“为更有力坚持苏中斗争与巩固苏中根据地，必须予敌‘扩展清乡’计划以惨重打击，以教训敌伪，使其再不敢轻易尝试其所谓‘扩展清乡’，以至打破其‘扩清’计划”。
张云逸、饶漱石、赖传珠于6月2日复电指示：“你们对于当前敌情的估计和反‘扩展清乡’部署，原则上我们都同意，望照执行”。
6月3日发出致张云逸、饶漱石、赖传珠电，提出：“为先发制敌以打破或迟滞敌人‘扩展清乡’计划，拟于最近以二、四分区力量，组织一次较大的战役，集中攻击四分区封锁线上之敌，以打开缺口，便于今后派大部队深入‘清乡’区内，并拟令一、七两团前往参战”。张云逸、饶漱石、赖传珠于6月4日复电：基本上同意3日电部署。6月5日，发出致各分区并报张云逸、饶漱石、赖传珠电，提出南坎战役作战部署，并说：“我于七日赴军部。此次整个战役，统由叶副师长依此方针部署指挥”。6月6日，电告叶飞：南坎战役请你“负全责进行”。
6月23日第一师、苏中军区集中兵力攻击日伪军的“清乡”封锁线。第七团在如皋以东的海河滩歼灭日军1个中队、伪军1个大队，俘虏日军官兵14人、伪军官兵200余人。
6月26日发起南坎战役。第四分区特务团一举攻克南坎镇日伪军据点，歼灭日军12人、伪军100余人。第七团全歼由掘港增援之敌，消灭日军丹木中队长以下14人、伪军100余人。同时在“清乡”区内展开持续20余天的破击战，拆除封锁篱笆20余公里，破坏公路700公里，炸毁桥梁50多座。苏中军区海防部队在吕泗港、环港一带海面奇袭并俘获日伪军运输艇2艘，歼灭艇上日伪军，缴获军用物资100多吨。取得反“扩展清乡”的重大胜利。苏中各区军民乘胜展开以反据点斗争为中心的夏季攻势和秋季攻势，连续作战323次，攻克和迫使敌人撤走据点69处，不仅收复了第四分区被敌人占领的地区，而且使根据地有所扩大，苏中区反“清乡”斗争取得决定性胜利，日伪军的“扩展清乡”、“强化屯垦”随之宣告破产。
7月12日发出致陈丕显的一封信，谈关于苏中反“清乡”斗争的方针的讨论。
7月19日参加新四军军部在黄花塘召开的整党整风汇报会议。
8月21日毛泽东复张云逸、饶漱石、赖传珠电，指出：“美军准备在中国登陆，要求和我军配合作战”。“请你们认真布置吴淞、宁波、杭州、南京间，特别是吴淞至宁波沿海及沪杭甬铁路沿线地区的工作，广泛地发展游击战争及准备大城市的武装起义。一师及苏中、苏南的党在此工作上应担负很大责任”。
8月下旬新四军第一师第十六旅发起持续一个月的长兴战役，与各地地方武装配合，攻克浙西、苏南地区日伪军据点25处，并一度攻入长兴、溧水两县城，歼灭伪军5个营，迫使伪军1个连起义。
9月上旬原属中间势力的国民党税警总团陈泰运部转向反共，勾结伪军攻击“联抗”部队，对苏中三、四分区进行蚕食破坏活动。
9月21日集中第一师6个团兵力发起讨伐陈泰运部战役。战至10月中旬，共歼灭陈泰运部及增援伪军2000余人，攻克其据点19处。
9月27日中共中央电示中共中央华中局，重申发展东南的战略方针，指出：“我军为了准备反攻，造成配合盟军的条件，对苏浙地区应有新的发展部署，特别是浙江的工作，应视为主要发展方向”。“苏南部队除巩固现有地区外，中心工作应放在太湖西南岸，沿京杭国道深入天目山，造成过钱塘江与浙东打通的战略形势”。后来又指示：新四军在执行西进、南下两大任务中，应以南下为主，尔后视情况变化，争取全面控制苏、浙、皖、闽、赣诸省，使我党我军在举行战略反攻时处于有利的战略地位。10月9日，中共中央华中局和新四军军部作出发展苏浙皖地区的部署，决定以第一师担负南进任务。
10月23日中共中央华中局采纳粟裕的建议，提出由粟裕率苏中军区第一批主力部队执行南进任务，电报中共中央批准中共中央于10月24日复电同意。
11月2日，毛泽东与刘少奇又电示饶漱石、张云逸、赖传珠：为了配合美军登陆及准备夺取杭州、上海、苏州、南京等大城市，除粟裕带两个团南进外，请你们考虑设立苏浙军区，以粟裕为司令员，谭震林为政治委员，统一指挥苏南及全浙江，将来必要时设立中央分局领导之。
11月2日发出致张云逸、饶漱石、赖传珠电，建议派更多兵力到苏浙地区。他认为，“苏浙斗争形势是长期之三角斗争，敌伪及顽势力均优于我，将来国际局势即或好转，而对国民党方面仍不能不作强力之战备”。
11月12日参加中共中央华中局和新四军军部在淮南召开的会议，讨论和决定发展东南的方针政策以及坚持苏中斗争等问题。
11月20日中共中央华中局与新四军军部发出致中共中央电，报告发展东南的具体部署：首先由粟裕率三个团南下，汇合第十六旅，攻占长兴、吴兴、安吉等地；再由陶勇率部过富春江，打通与浙东联系；粟裕统一指挥苏浙党政军工作。中共中央于11月26日复电同意，再次强调在西进、南下两大任务中应以南下为主要任务，并指出：在粟裕率部南下后，应成立苏浙军区，统一指挥江南各部。
11月刘少奇、陈毅从延安发电报给张云逸、饶漱石、赖传珠，指出：新四军的战略任务是在江南地区实行大发展，占领大城市，即“破敌，收京（南京），入沪”。
11月组织部队进行为期两个月的整训，补充武器装备，布置苏中军区军工部制造小型迫击炮500门、炮弹5000发，使南下部队每连装备自制52毫米小炮3门，每营一个装备自制73毫米迫击炮和重机枪的机炮连，每团一个装备洋造82毫米迫击炮的炮兵连。12月5日，成立南下司令部（对外称练兵司令部），派得力干部到江边侦察，选择南渡路线。
12月3日发出致第十六旅旅长王必成、政委江渭清电，同意他们集中兵力歼灭进犯宣长路以北的国民党顽固派军队一部。
12月11日午时发出致中共中央军委、新四军军部并苏中各分区电，报告：丹北独立团以里应外合战术，一举攻克日伪军据点八处。
12月27日率领新四军第一师指挥机关、三个主力团和地方干部近万人渡江南下，于12月31日到达长江以南的溧阳地区。
12月签发新四军第一师兼苏中军区1944年工作报告。
1945年38岁
1月6日率领苏中第一批南下部队和地方干部到达苏浙皖交界的长兴县仰峰祘，与在当地坚持斗争的第十六旅会师，胜利完成渡江南进的长途行军任务。
1月13日根据中共中央军委电令，成立苏浙军区，统一指挥江南、浙东部队，以粟裕为司令员，谭震林为政委（未到任）。华中局委托粟裕以华中局代表名义全面领导江南、浙东各党委工作。苏浙军区所属部队统一整编为三个纵队：以原第十六旅为第一纵队，王必成任司令员，江渭清任政委；原浙东游击纵队为第二纵队，何克希任司令员，谭启龙任政委；苏中第一批南下部队为第三纵队，陶勇任司令员，阮英平任政委。
1月17日发出致张云逸、饶漱石、曾山、赖传珠电，提出发展东南的两个作战方案：一是全力向孝丰地区出动，尔后在反击中控制天目山，再向浦东和浙东发展；二是先以一部指向莫干山，尔后深入杭嘉湖地区，打通与浦东、海北（指杭州湾以北地区）的联系，再向浙东发展。权衡两案利弊，倾向于实行第二方案。张云逸、饶漱石、赖传珠于1月20日复电同意第二方案。
1月21日对《苏南报》记者发表关于当前国际国内形势和重建江南抗日民主根据地的谈话。
1月下旬组织部队休整，进行团结纪律教育和山地作战训练。组织团以上干部学习毛泽东的《中国革命战争的战略问题》，着重解决由游击战向运动战的战略转变问题。
2月5日在长兴县槐花主持召开苏浙军区成立大会，并发表讲话，动员全体指战员积极响应中共中央提出的“扩大解放区，缩小沦陷区”的号召，准备在战略反攻中实现“破敌、收京、入沪”的战略任务。
2月6日发出致张云逸、饶漱石、赖传珠电，报告因筹粮困难，原拟由向莫干山地区进军，改为向孝丰地区进军。同时报告：国民党顽固派军队“已将省府及军事的重心移至浙西，并在积极部署，似在与我争夺天目山”。
2月10日组织指挥苏浙军区部队向敌后进军，第一纵队于12日进至莫干山地区，第三纵队一部进至广德以南地区。2月14日，根据敌情判断：“莫干山地区不需强大的兵力即可控制，而将来与顽决战的场所当在安吉、孝丰与广德之间地区进行”。因此调整部署，除留少数兵力在莫干山地区扫清残敌外，主力部队集结于孝丰东北地区和广德地区。当天将上述敌情和部署电报新四军领导人。
2月上旬向苏浙军区机关和部队连以上干部作关于大兵团山地作战的报告，提出了大兵团山地作战的一般要领和山地进攻战、山地防御战的要领。
2月12日至18日组织指挥天目山第一次反顽自卫战，歼灭来犯的国民党顽固派军队1700余人，解放孝丰县城，控制了天目山北部地区。2月16日、21日连发两电，向新四军军部报告第一次作战进展情况。
2月22日苏浙公学在长兴县台基村成立，粟裕兼任校长。
2月24日中共中央致华中局电，指出：苏南地区是新四军在江南生根立足、向南发展、反攻夺取大城市的重要阵地。在日军打通浙赣铁路以前，苏浙军区所属部队应巩固现有地区，深入农村工作，整训和扩大部队，随时准备反击国民党顽固派的可能进攻，准备将来大举向南跃进。粟裕接到华中局转来的上述电报，立即按照中共中央指示，部署巩固现有地区和整训部队，准备反击国民党顽固派可能的再次进攻。
2月28日毛泽东电示：粟裕部应巩固莫干山等阵地，如顽军进攻则反击。
同日接到新四军军部2月26日关于第二师谭震林部和第一师叶飞部暂缓南进的电示后，发出致华中局电，建议：如第五旅因桂顽关系尚难离开皖东，则请令叶飞同志所部仍如期南来，以利苏浙地区的巩固和发展。3月11日，中共中央军委决定，为加强苏浙皖地区军事力量，巩固新开辟的根据地，新四军第一师叶飞率部南渡长江。4月23日，叶飞率第一师教导旅3个团及地方干部300人到达孝丰县东南的吴家道，与粟裕率领的苏浙军区指挥机关会合，所率部队改编为苏浙军区第四纵队（廖政国为司令员，韦一平为政委）。
3月6日至27日组织指挥第二次天目山自卫作战，反击国民党顽固派军队12个团的围攻，歼灭国民党第三战区军队1700余人，并乘胜攻占东西天目山和临安县城，控制了浙西11个县纵横100公里、100万人口的广大地区。4月1日，向张云逸、饶漱石、赖传珠报告此次作战的决策、部署和战果。
