康熙四十二年（1703年）五月十九日，康熙命将索额图拘禁，并传谕说：
尔任大学士时，因贪恶革退，后朕复起用，尔并不思念朕恩。即若养犬，尚知主恩，若尔者，极力加恩亦属无益。朕差人搜与尔行走之江潢以家，得书字甚多。朕亦欲差人到尔家搜看，但被尔牵连之人甚多，举国俱不得安，所以中止。朕若不先发，尔必先之，朕亦熟思之矣。朕将尔行事指出一端，就可在此正法。尚念尔原系大臣，朕不忍心，但若著尔闲住，又恐结党生事，背后怨尤议论，著交宗人府与根度一处拘禁，不可疏放。（《清圣祖实录》卷二一二，第15页）
谕旨中“朕若不先发，尔必先之”一语，表明索额图助太子“潜谋大事”似乎到了有所行动的地步，再从“被尔牵连之人甚多，举国俱不得安”一语中，又可窥见从者颇众。由于事关太子，宫廷内幕，讳莫如深，“不可宣说”。康熙帝采取断然措施，对索额图及其同党中的主犯严加惩处。在拘禁索额图的同时，将其子并家中主要成员一并拘禁。索额图同党额库礼等“俱著锁禁”，同祖子孙在部院任职者，“俱查明革退”。再传谕旨：“著晓谕门上大人与众侍卫等，若尔等在索额图处行走，必被索额图连累致死。”此上谕乃专为隔绝皇太子与索额图的联系而发，严禁宫门大人与侍卫与索额图往还。索额图于五月十九日被拘禁，七月初二以前，于禁所被处死。
索额图与康熙帝的矛盾是权臣与皇帝的矛盾。“索阁老者，皇后之叔也，专权用事，贿赂公行，人多怨之。”（《朝鲜李朝实录中的中国史料》第十册，第4038页）索额图的权势初在明珠之上，后来明珠的地位上升，明珠与索额图的“形势相埒，相互倾轧”。在当时有这样一则时谚，说：“要做官，问索三；要讲情，问老明。”又有一**谣，说：“天要平，杀老索；天要安，杀老明。”他们都曾被革职，又被再次起用。康熙帝几次惩处索额图之后又予以重用，明显的是利用他来牵制明珠。事实证明，这并不高明，反倒搞得皇帝自己身心憔悴，因为其中又牵扯到太子的废立问题。索额图之罪是“议论国事，结党妄行”，后来又说是“潜谋大事”，这是篡位的委婉语。确凿的证据是没有的，也不需要那么严谨，康熙帝又不是书呆子，既然索额图当年曾经参与了康熙帝“潜谋大事”，逮治鳌拜，他的最大功绩也就成了他最大的可疑点。既然当年可以是本朝第一功臣，如今就可以成为“本朝第一罪人”。这真是“功臣不可为”呀，后来年羹尧的幕客汪景祺作《功臣不可为》一文警告年羹尧，也是说对了。这是一条永恒的原则，某些时候即使是小人物之间的关系也是如此。如今，人们看到有人躺在地上奄奄待毙，围观者都见死不救，这现象背后也有“功臣不可为”的意思，有很深的历史教训。
索额图一旦与太子结党，就只有两个结局：一是“潜谋大事”成功，一是被康熙帝处死。如果康熙帝不是对太子绝望，索额图如果不是与太子结党，当不至于被康熙帝制死。索额图被拘禁后，“人们仍旧怕他”。以为太子终有登基的一日，甚至竟有人欲将他救出来。康熙帝不能不将索额图置于死地而后安。
